MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 20636

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_017268	AGG	3	9	32607	32615	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421574
502	NC_017268	CTT	2	6	32766	32771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421574
503	NC_017268	CAAA	2	8	32793	32800	75 %	0 %	0 %	25 %	384421574
504	NC_017268	T	7	7	32844	32850	0 %	100 %	0 %	0 %	384421574
505	NC_017268	GAA	2	6	32919	32924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421574
506	NC_017268	GC	3	6	32986	32991	0 %	0 %	50 %	50 %	384421575
507	NC_017268	AG	3	6	33098	33103	50 %	0 %	50 %	0 %	384421575
508	NC_017268	AG	3	6	33107	33112	50 %	0 %	50 %	0 %	384421575
509	NC_017268	GAT	2	6	33133	33138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421575
510	NC_017268	TGA	2	6	33145	33150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421575
511	NC_017268	GCA	2	6	33153	33158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421575
512	NC_017268	T	6	6	33163	33168	0 %	100 %	0 %	0 %	384421575
513	NC_017268	ATC	2	6	33221	33226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421575
514	NC_017268	TGCG	2	8	33240	33247	0 %	25 %	50 %	25 %	384421575
515	NC_017268	T	7	7	33270	33276	0 %	100 %	0 %	0 %	384421575
516	NC_017268	GAA	2	6	33289	33294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421575
517	NC_017268	CG	3	6	33308	33313	0 %	0 %	50 %	50 %	384421575
518	NC_017268	GCA	2	6	33421	33426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421575
519	NC_017268	CTT	2	6	33473	33478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421575
520	NC_017268	CTC	2	6	33479	33484	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421575
521	NC_017268	TGG	2	6	33550	33555	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421575
522	NC_017268	AGG	2	6	33573	33578	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421575
523	NC_017268	CCGC	2	8	33643	33650	0 %	0 %	25 %	75 %	384421575
524	NC_017268	AAGAT	2	10	33654	33663	60 %	20 %	20 %	0 %	384421575
525	NC_017268	TTC	2	6	33671	33676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421575
526	NC_017268	GCA	2	6	33705	33710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421575
527	NC_017268	AC	3	6	33733	33738	50 %	0 %	0 %	50 %	384421575
528	NC_017268	CTT	2	6	33778	33783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421575
529	NC_017268	ACC	2	6	33819	33824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384421575
530	NC_017268	GCC	2	6	33864	33869	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421575
531	NC_017268	GAG	2	6	33964	33969	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421575
532	NC_017268	TTTCCG	2	12	34173	34184	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384421576
533	NC_017268	GT	3	6	34194	34199	0 %	50 %	50 %	0 %	384421576
534	NC_017268	TGC	2	6	34206	34211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421576
535	NC_017268	TGT	2	6	34224	34229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421576
536	NC_017268	CTG	2	6	34233	34238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421576
537	NC_017268	TGC	2	6	34351	34356	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421576
538	NC_017268	CTT	2	6	34478	34483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421576
539	NC_017268	ATT	2	6	34493	34498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421576
540	NC_017268	GCCG	2	8	34518	34525	0 %	0 %	50 %	50 %	384421576
541	NC_017268	GAC	2	6	34673	34678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421576
542	NC_017268	TAT	2	6	34783	34788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421576
543	NC_017268	ATTG	2	8	34804	34811	25 %	50 %	25 %	0 %	384421576
544	NC_017268	CG	4	8	34818	34825	0 %	0 %	50 %	50 %	384421576
545	NC_017268	AGA	2	6	34857	34862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421576
546	NC_017268	GAA	2	6	34927	34932	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421576
547	NC_017268	AGA	2	6	34945	34950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421576
548	NC_017268	GACG	2	8	34955	34962	25 %	0 %	50 %	25 %	384421576
549	NC_017268	AGA	2	6	34969	34974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421576
550	NC_017268	GC	3	6	35001	35006	0 %	0 %	50 %	50 %	384421576
551	NC_017268	GCA	2	6	35044	35049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421576
552	NC_017268	GC	3	6	35056	35061	0 %	0 %	50 %	50 %	384421576
553	NC_017268	TGA	2	6	35089	35094	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421576
554	NC_017268	AT	3	6	35130	35135	50 %	50 %	0 %	0 %	384421576
555	NC_017268	T	6	6	35144	35149	0 %	100 %	0 %	0 %	384421576
556	NC_017268	TA	3	6	35219	35224	50 %	50 %	0 %	0 %	384421576
557	NC_017268	TTC	2	6	35278	35283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421576
558	NC_017268	CAC	2	6	35347	35352	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384421576
559	NC_017268	TG	3	6	35375	35380	0 %	50 %	50 %	0 %	384421576
560	NC_017268	TAG	2	6	35435	35440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421576
561	NC_017268	TG	3	6	35495	35500	0 %	50 %	50 %	0 %	384421577
562	NC_017268	GTC	2	6	35534	35539	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421577
563	NC_017268	CT	3	6	35673	35678	0 %	50 %	0 %	50 %	384421577
564	NC_017268	GTG	2	6	35682	35687	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421577
565	NC_017268	CGTG	2	8	35749	35756	0 %	25 %	50 %	25 %	384421577
566	NC_017268	ATT	2	6	35757	35762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421577
567	NC_017268	T	6	6	35834	35839	0 %	100 %	0 %	0 %	384421577
568	NC_017268	GT	4	8	35873	35880	0 %	50 %	50 %	0 %	384421577
569	NC_017268	T	7	7	35911	35917	0 %	100 %	0 %	0 %	384421577
570	NC_017268	ACG	2	6	35928	35933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421577
571	NC_017268	GAA	2	6	35946	35951	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421577
572	NC_017268	GC	3	6	36020	36025	0 %	0 %	50 %	50 %	384421577
573	NC_017268	CA	4	8	36069	36076	50 %	0 %	0 %	50 %	384421577
574	NC_017268	AC	3	6	36097	36102	50 %	0 %	0 %	50 %	384421577
575	NC_017268	TG	3	6	36113	36118	0 %	50 %	50 %	0 %	384421577
576	NC_017268	ATG	2	6	36160	36165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421577
577	NC_017268	ACT	2	6	36193	36198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421577
578	NC_017268	AAAGT	2	10	36214	36223	60 %	20 %	20 %	0 %	384421577
579	NC_017268	TCA	2	6	36237	36242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421577
580	NC_017268	GGGT	2	8	36292	36299	0 %	25 %	75 %	0 %	384421577
581	NC_017268	GTTGT	2	10	36314	36323	0 %	60 %	40 %	0 %	384421577
582	NC_017268	T	6	6	36343	36348	0 %	100 %	0 %	0 %	384421577
583	NC_017268	AGC	2	6	36376	36381	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421577
584	NC_017268	GACA	2	8	36434	36441	50 %	0 %	25 %	25 %	384421577
585	NC_017268	CG	3	6	36640	36645	0 %	0 %	50 %	50 %	384421577
586	NC_017268	TGT	2	6	36761	36766	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421577
587	NC_017268	TG	3	6	36897	36902	0 %	50 %	50 %	0 %	384421578
588	NC_017268	GT	3	6	36971	36976	0 %	50 %	50 %	0 %	384421578
589	NC_017268	GCG	2	6	37007	37012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421578
590	NC_017268	CA	3	6	37021	37026	50 %	0 %	0 %	50 %	384421578
591	NC_017268	TGG	2	6	37099	37104	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421578
592	NC_017268	GTGC	2	8	37193	37200	0 %	25 %	50 %	25 %	384421578
593	NC_017268	CTT	2	6	37223	37228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421578
594	NC_017268	CCA	2	6	37253	37258	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384421578
595	NC_017268	TGG	2	6	37261	37266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421578
596	NC_017268	TGG	2	6	37371	37376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421578
597	NC_017268	GATGT	2	10	37377	37386	20 %	40 %	40 %	0 %	384421578
598	NC_017268	CTT	2	6	37387	37392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421578
599	NC_017268	GCGA	2	8	37475	37482	25 %	0 %	50 %	25 %	384421578
600	NC_017268	TTG	2	6	37508	37513	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421578
601	NC_017268	GC	3	6	37526	37531	0 %	0 %	50 %	50 %	384421578
602	NC_017268	GTA	2	6	37646	37651	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421578
603	NC_017268	ACGT	2	8	37683	37690	25 %	25 %	25 %	25 %	384421578
604	NC_017268	A	6	6	37718	37723	100 %	0 %	0 %	0 %	384421578
605	NC_017268	GAGC	2	8	37738	37745	25 %	0 %	50 %	25 %	384421578
606	NC_017268	GAT	2	6	37823	37828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421578
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608	NC_017268	GTG	2	6	37874	37879	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421578
609	NC_017268	T	6	6	37937	37942	0 %	100 %	0 %	0 %	384421578
610	NC_017268	ATC	2	6	37973	37978	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421578
611	NC_017268	TG	3	6	37980	37985	0 %	50 %	50 %	0 %	384421578
612	NC_017268	TGCAT	2	10	38017	38026	20 %	40 %	20 %	20 %	384421578
613	NC_017268	TGCG	2	8	38052	38059	0 %	25 %	50 %	25 %	384421578
614	NC_017268	GC	3	6	38090	38095	0 %	0 %	50 %	50 %	384421578
615	NC_017268	AAG	2	6	38352	38357	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421579
616	NC_017268	CTTG	2	8	38426	38433	0 %	50 %	25 %	25 %	384421579
617	NC_017268	ACGA	2	8	38553	38560	50 %	0 %	25 %	25 %	384421579
618	NC_017268	ACT	2	6	38580	38585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421579
619	NC_017268	TGC	2	6	38633	38638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421579
620	NC_017268	GAA	2	6	38736	38741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421579
621	NC_017268	TTGACG	2	12	38836	38847	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384421579
622	NC_017268	GCT	2	6	39050	39055	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421579
623	NC_017268	CAT	2	6	39056	39061	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421579
624	NC_017268	TGG	2	6	39097	39102	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421579
625	NC_017268	GGTCA	2	10	39204	39213	20 %	20 %	40 %	20 %	384421579
626	NC_017268	ATT	2	6	39306	39311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421579
627	NC_017268	CGGGT	2	10	39314	39323	0 %	20 %	60 %	20 %	384421579
628	NC_017268	CT	3	6	39426	39431	0 %	50 %	0 %	50 %	384421579
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630	NC_017268	TTG	2	6	39544	39549	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421579
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