MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 780

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016844	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	378974634
2	NC_016844	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	378974635
3	NC_016844	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	378974639
4	NC_016844	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	378974641
5	NC_016844	GAAAG	2	10	11080	11089	60 %	0 %	40 %	0 %	378974642
6	NC_016844	CTGTG	2	10	11271	11280	0 %	40 %	40 %	20 %	378974642
7	NC_016844	CTGCG	2	10	15900	15909	0 %	20 %	40 %	40 %	378974645
8	NC_016844	TTGCG	2	10	19719	19728	0 %	40 %	40 %	20 %	378974647
9	NC_016844	GTTTT	2	10	20298	20307	0 %	80 %	20 %	0 %	378974647
10	NC_016844	TGCGA	2	10	22062	22071	20 %	20 %	40 %	20 %	378974648
11	NC_016844	TACCG	2	10	22202	22211	20 %	20 %	20 %	40 %	378974648
12	NC_016844	GCCAC	2	10	22297	22306	20 %	0 %	20 %	60 %	378974648
13	NC_016844	AAGGG	2	10	22899	22908	40 %	0 %	60 %	0 %	378974648
14	NC_016844	CGGTG	2	10	23466	23475	0 %	20 %	60 %	20 %	378974648
15	NC_016844	GTATC	2	10	26076	26085	20 %	40 %	20 %	20 %	378974650
16	NC_016844	GGTGG	2	10	26983	26992	0 %	20 %	80 %	0 %	378974650
17	NC_016844	TATTT	2	10	27709	27718	20 %	80 %	0 %	0 %	378974651
18	NC_016844	CTGCG	2	10	27775	27784	0 %	20 %	40 %	40 %	378974651
19	NC_016844	TGCGC	2	10	29963	29972	0 %	20 %	40 %	40 %	378974653
20	NC_016844	TCCAG	2	10	30789	30798	20 %	20 %	20 %	40 %	378974653
21	NC_016844	TGGGG	2	10	31347	31356	0 %	20 %	80 %	0 %	378974653
22	NC_016844	AAGAT	2	10	33653	33662	60 %	20 %	20 %	0 %	378974654
23	NC_016844	AAAGT	2	10	36210	36219	60 %	20 %	20 %	0 %	378974656
24	NC_016844	GTTGT	2	10	36310	36319	0 %	60 %	40 %	0 %	378974656
25	NC_016844	GATGT	2	10	37373	37382	20 %	40 %	40 %	0 %	378974657
26	NC_016844	TGCAT	2	10	38013	38022	20 %	40 %	20 %	20 %	378974657
27	NC_016844	GGTCA	2	10	39200	39209	20 %	20 %	40 %	20 %	378974658
28	NC_016844	CGGGT	2	10	39310	39319	0 %	20 %	60 %	20 %	378974658
29	NC_016844	TTTTC	2	10	40336	40345	0 %	80 %	0 %	20 %	378974660
30	NC_016844	TGCTG	2	10	43277	43286	0 %	40 %	40 %	20 %	378974663
31	NC_016844	ACGTA	2	10	43478	43487	40 %	20 %	20 %	20 %	378974663
32	NC_016844	CGTCG	2	10	44170	44179	0 %	20 %	40 %	40 %	378974664
33	NC_016844	TTTTG	2	10	46795	46804	0 %	80 %	20 %	0 %	378974667
34	NC_016844	TGTTT	2	10	47642	47651	0 %	80 %	20 %	0 %	378974668
35	NC_016844	AGTTG	2	10	49266	49275	20 %	40 %	40 %	0 %	378974668
36	NC_016844	GCGCA	2	10	49577	49586	20 %	0 %	40 %	40 %	378974669
37	NC_016844	GCGCA	2	10	50737	50746	20 %	0 %	40 %	40 %	378974670
38	NC_016844	TGCAG	2	10	52868	52877	20 %	20 %	40 %	20 %	378974671
39	NC_016844	CGCTG	2	10	53792	53801	0 %	20 %	40 %	40 %	378974671
40	NC_016844	GCTAC	2	10	54156	54165	20 %	20 %	20 %	40 %	378974671
41	NC_016844	TCGCT	2	10	54193	54202	0 %	40 %	20 %	40 %	378974671
42	NC_016844	ATGCT	2	10	55484	55493	20 %	40 %	20 %	20 %	378974673
43	NC_016844	CTGCA	2	10	56887	56896	20 %	20 %	20 %	40 %	378974675
44	NC_016844	GCAGG	2	10	58861	58870	20 %	0 %	60 %	20 %	378974678
45	NC_016844	CTGCA	2	10	59841	59850	20 %	20 %	20 %	40 %	378974679
46	NC_016844	TCAAA	2	10	60364	60373	60 %	20 %	0 %	20 %	378974679
47	NC_016844	GCCAC	2	10	63808	63817	20 %	0 %	20 %	60 %	378974682
48	NC_016844	TGCCT	2	10	65581	65590	0 %	40 %	20 %	40 %	378974685
49	NC_016844	TGAAG	2	10	66058	66067	40 %	20 %	40 %	0 %	378974685
50	NC_016844	TGGGG	2	10	66660	66669	0 %	20 %	80 %	0 %	378974686
51	NC_016844	CGTTG	2	10	67715	67724	0 %	40 %	40 %	20 %	378974687
52	NC_016844	TGAGT	2	10	67736	67745	20 %	40 %	40 %	0 %	378974687
53	NC_016844	CACGG	2	10	68034	68043	20 %	0 %	40 %	40 %	378974687
54	NC_016844	CAGAG	2	10	68853	68862	40 %	0 %	40 %	20 %	378974687
55	NC_016844	CGCTT	2	10	69198	69207	0 %	40 %	20 %	40 %	378974689
56	NC_016844	AGCGT	2	10	71084	71093	20 %	20 %	40 %	20 %	378974693
57	NC_016844	GAAAA	2	10	76668	76677	80 %	0 %	20 %	0 %	378974701
58	NC_016844	AATAA	2	10	77722	77731	80 %	20 %	0 %	0 %	378974701
59	NC_016844	GCGCC	2	10	79357	79366	0 %	0 %	40 %	60 %	378974703
60	NC_016844	CGTGT	2	10	81013	81022	0 %	40 %	40 %	20 %	378974705
61	NC_016844	ATGCA	2	10	83678	83687	40 %	20 %	20 %	20 %	378974707
62	NC_016844	GCACC	2	10	86618	86627	20 %	0 %	20 %	60 %	378974709
63	NC_016844	CGCAC	2	10	87079	87088	20 %	0 %	20 %	60 %	378974709
64	NC_016844	GTACC	2	10	88955	88964	20 %	20 %	20 %	40 %	378974710
65	NC_016844	TTTGC	2	10	90657	90666	0 %	60 %	20 %	20 %	378974713
66	NC_016844	TGGTG	2	10	92027	92036	0 %	40 %	60 %	0 %	378974713
67	NC_016844	CGTGT	2	10	92283	92292	0 %	40 %	40 %	20 %	378974714
68	NC_016844	GGTAT	2	10	92297	92306	20 %	40 %	40 %	0 %	378974714
69	NC_016844	TCGCT	2	10	93133	93142	0 %	40 %	20 %	40 %	378974715
70	NC_016844	CGTAT	2	10	96111	96120	20 %	40 %	20 %	20 %	378974718
71	NC_016844	CGTAC	2	10	96402	96411	20 %	20 %	20 %	40 %	378974719
72	NC_016844	CCCGT	2	10	96569	96578	0 %	20 %	20 %	60 %	378974719
73	NC_016844	AAGGA	2	10	98354	98363	60 %	0 %	40 %	0 %	378974721
74	NC_016844	ACTGC	2	10	100329	100338	20 %	20 %	20 %	40 %	378974723
75	NC_016844	TCCTC	2	10	102362	102371	0 %	40 %	0 %	60 %	378974725
76	NC_016844	CTGCT	2	10	103458	103467	0 %	40 %	20 %	40 %	378974726
77	NC_016844	CTACT	2	10	103521	103530	20 %	40 %	0 %	40 %	378974726
78	NC_016844	GCGGT	2	10	104029	104038	0 %	20 %	60 %	20 %	378974727
79	NC_016844	GTGCT	2	10	105711	105720	0 %	40 %	40 %	20 %	378974727
80	NC_016844	GCGTC	2	10	107119	107128	0 %	20 %	40 %	40 %	378974730
81	NC_016844	ACCTG	2	10	107734	107743	20 %	20 %	20 %	40 %	378974731
82	NC_016844	GAACG	2	10	108050	108059	40 %	0 %	40 %	20 %	378974731
83	NC_016844	GTTCC	2	10	108379	108388	0 %	40 %	20 %	40 %	378974732
84	NC_016844	CCTCG	2	10	110525	110534	0 %	20 %	20 %	60 %	378974734
85	NC_016844	CTGCG	2	10	112599	112608	0 %	20 %	40 %	40 %	378974735
86	NC_016844	TTCGT	2	10	112681	112690	0 %	60 %	20 %	20 %	378974735
87	NC_016844	GGACG	2	10	113198	113207	20 %	0 %	60 %	20 %	378974735
88	NC_016844	GATGT	2	10	113379	113388	20 %	40 %	40 %	0 %	378974735
89	NC_016844	GATTT	2	10	114210	114219	20 %	60 %	20 %	0 %	378974736
90	NC_016844	TCAGA	2	10	117437	117446	40 %	20 %	20 %	20 %	378974737
91	NC_016844	GCAGA	2	10	118437	118446	40 %	0 %	40 %	20 %	378974737
92	NC_016844	ACAGA	2	10	119792	119801	60 %	0 %	20 %	20 %	378974738
93	NC_016844	GGGAG	2	10	119998	120007	20 %	0 %	80 %	0 %	378974738
94	NC_016844	GTGCG	2	10	120129	120138	0 %	20 %	60 %	20 %	378974738
95	NC_016844	AGGAA	2	10	120286	120295	60 %	0 %	40 %	0 %	378974738
96	NC_016844	TACTG	2	10	120823	120832	20 %	40 %	20 %	20 %	378974739
97	NC_016844	CGTCA	2	10	121736	121745	20 %	20 %	20 %	40 %	378974739
98	NC_016844	TCTTT	2	10	122592	122601	0 %	80 %	0 %	20 %	378974740
99	NC_016844	CGCAG	2	10	124396	124405	20 %	0 %	40 %	40 %	378974741
100	NC_016844	AGCAC	2	10	124432	124441	40 %	0 %	20 %	40 %	378974741
101	NC_016844	CATTG	2	10	126726	126735	20 %	40 %	20 %	20 %	378974742
102	NC_016844	CCGTG	2	10	127087	127096	0 %	20 %	40 %	40 %	378974743
103	NC_016844	AACCA	2	10	128811	128820	60 %	0 %	0 %	40 %	378974744
104	NC_016844	AAAAG	2	10	129462	129471	80 %	0 %	20 %	0 %	378974744
105	NC_016844	TTATC	2	10	130077	130086	20 %	60 %	0 %	20 %	378974745
106	NC_016844	CGCGC	2	10	132212	132221	0 %	0 %	40 %	60 %	378974747
107	NC_016844	TATCG	2	10	133499	133508	20 %	40 %	20 %	20 %	378974748
108	NC_016844	GCGAT	2	10	134535	134544	20 %	20 %	40 %	20 %	378974748
109	NC_016844	TGTTT	2	10	135957	135966	0 %	80 %	20 %	0 %	378974749
110	NC_016844	GTCTT	2	10	137145	137154	0 %	60 %	20 %	20 %	378974750
111	NC_016844	ACCAA	2	10	142269	142278	60 %	0 %	0 %	40 %	378974755
112	NC_016844	AGCCA	2	10	142741	142750	40 %	0 %	20 %	40 %	378974755
113	NC_016844	GCAGC	2	10	145455	145464	20 %	0 %	40 %	40 %	378974756
114	NC_016844	GGATC	2	10	147516	147525	20 %	20 %	40 %	20 %	378974758
115	NC_016844	CTTGC	2	10	148903	148912	0 %	40 %	20 %	40 %	378974760
116	NC_016844	GTTTG	2	10	150916	150925	0 %	60 %	40 %	0 %	378974765
117	NC_016844	TGTTT	2	10	153358	153367	0 %	80 %	20 %	0 %	378974770
118	NC_016844	GGTCT	2	10	154433	154442	0 %	40 %	40 %	20 %	378974771
119	NC_016844	GGTCT	2	10	155662	155671	0 %	40 %	40 %	20 %	378974772
120	NC_016844	CGGGG	2	10	157036	157045	0 %	0 %	80 %	20 %	378974773
121	NC_016844	GCAAG	2	10	159645	159654	40 %	0 %	40 %	20 %	378974775
122	NC_016844	TGCCT	2	10	164171	164180	0 %	40 %	20 %	40 %	378974781
123	NC_016844	AGAGG	2	10	166259	166268	40 %	0 %	60 %	0 %	378974783
124	NC_016844	GCAGC	2	10	166963	166972	20 %	0 %	40 %	40 %	378974783
125	NC_016844	TGAAG	2	10	168459	168468	40 %	20 %	40 %	0 %	378974784
126	NC_016844	CGGTA	2	10	171809	171818	20 %	20 %	40 %	20 %	378974785
127	NC_016844	ATTCC	2	10	171912	171921	20 %	40 %	0 %	40 %	378974785
128	NC_016844	ATAAG	2	10	172130	172139	60 %	20 %	20 %	0 %	378974785
129	NC_016844	ACGCA	2	10	172719	172728	40 %	0 %	20 %	40 %	378974786
130	NC_016844	CGTGA	2	10	173785	173794	20 %	20 %	40 %	20 %	378974788
131	NC_016844	CTTGC	2	10	173810	173819	0 %	40 %	20 %	40 %	378974788
132	NC_016844	CTTTT	2	10	173850	173859	0 %	80 %	0 %	20 %	378974788
133	NC_016844	CTTCT	2	10	175932	175941	0 %	60 %	0 %	40 %	378974790
134	NC_016844	GTGCT	2	10	176076	176085	0 %	40 %	40 %	20 %	378974790
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