MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 22292

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_016844	GCT	2	6	29129	29134	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974652
502	NC_016844	TCC	2	6	29155	29160	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974652
503	NC_016844	GC	3	6	29213	29218	0 %	0 %	50 %	50 %	378974652
504	NC_016844	GAT	2	6	29252	29257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974652
505	NC_016844	ATC	2	6	29306	29311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974652
506	NC_016844	AAC	2	6	29321	29326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974652
507	NC_016844	A	7	7	29333	29339	100 %	0 %	0 %	0 %	378974652
508	NC_016844	A	6	6	29445	29450	100 %	0 %	0 %	0 %	378974652
509	NC_016844	TCT	2	6	29474	29479	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974652
510	NC_016844	GAA	2	6	29548	29553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974652
511	NC_016844	TC	3	6	29584	29589	0 %	50 %	0 %	50 %	378974652
512	NC_016844	AG	3	6	29864	29869	50 %	0 %	50 %	0 %	378974653
513	NC_016844	ACC	2	6	29941	29946	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378974653
514	NC_016844	TGCGC	2	10	29963	29972	0 %	20 %	40 %	40 %	378974653
515	NC_016844	AGT	2	6	29977	29982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974653
516	NC_016844	CCG	2	6	30119	30124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378974653
517	NC_016844	TCT	2	6	30158	30163	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974653
518	NC_016844	CAC	2	6	30317	30322	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378974653
519	NC_016844	T	6	6	30335	30340	0 %	100 %	0 %	0 %	378974653
520	NC_016844	TC	3	6	30393	30398	0 %	50 %	0 %	50 %	378974653
521	NC_016844	AGC	2	6	30460	30465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974653
522	NC_016844	TGC	2	6	30490	30495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974653
523	NC_016844	TGT	2	6	30535	30540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974653
524	NC_016844	GTG	2	6	30564	30569	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974653
525	NC_016844	TG	3	6	30633	30638	0 %	50 %	50 %	0 %	378974653
526	NC_016844	TCCAG	2	10	30789	30798	20 %	20 %	20 %	40 %	378974653
527	NC_016844	TTC	2	6	30801	30806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974653
528	NC_016844	TGC	2	6	30816	30821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974653
529	NC_016844	CGT	2	6	30922	30927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974653
530	NC_016844	AAAG	2	8	30937	30944	75 %	0 %	25 %	0 %	378974653
531	NC_016844	CA	3	6	30959	30964	50 %	0 %	0 %	50 %	378974653
532	NC_016844	GT	3	6	31052	31057	0 %	50 %	50 %	0 %	378974653
533	NC_016844	CTA	2	6	31103	31108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974653
534	NC_016844	GCGG	2	8	31113	31120	0 %	0 %	75 %	25 %	378974653
535	NC_016844	ATG	2	6	31167	31172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974653
536	NC_016844	CTT	2	6	31226	31231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974653
537	NC_016844	CTG	2	6	31247	31252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974653
538	NC_016844	TCGT	2	8	31279	31286	0 %	50 %	25 %	25 %	378974653
539	NC_016844	GAACAG	2	12	31304	31315	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378974653
540	NC_016844	A	6	6	31320	31325	100 %	0 %	0 %	0 %	378974653
541	NC_016844	TGGGG	2	10	31347	31356	0 %	20 %	80 %	0 %	378974653
542	NC_016844	GTT	2	6	31364	31369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974653
543	NC_016844	TCC	2	6	31402	31407	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974653
544	NC_016844	TGTC	2	8	31419	31426	0 %	50 %	25 %	25 %	378974653
545	NC_016844	GC	3	6	31458	31463	0 %	0 %	50 %	50 %	378974653
546	NC_016844	GCT	2	6	31465	31470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974653
547	NC_016844	TCA	2	6	31519	31524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974653
548	NC_016844	T	7	7	31527	31533	0 %	100 %	0 %	0 %	378974653
549	NC_016844	GTCTGG	2	12	31539	31550	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378974653
550	NC_016844	GCA	2	6	31583	31588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974653
551	NC_016844	TGG	2	6	31624	31629	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974653
552	NC_016844	GA	3	6	31731	31736	50 %	0 %	50 %	0 %	378974653
553	NC_016844	GCG	2	6	31752	31757	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974653
554	NC_016844	CAA	2	6	31826	31831	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974653
555	NC_016844	TGC	2	6	31882	31887	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974653
556	NC_016844	A	8	8	31905	31912	100 %	0 %	0 %	0 %	378974653
557	NC_016844	AGC	2	6	31998	32003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974653
558	NC_016844	ATCC	2	8	32109	32116	25 %	25 %	0 %	50 %	378974653
559	NC_016844	CTCG	2	8	32118	32125	0 %	25 %	25 %	50 %	378974653
560	NC_016844	GTAC	2	8	32142	32149	25 %	25 %	25 %	25 %	378974653
561	NC_016844	G	6	6	32173	32178	0 %	0 %	100 %	0 %	378974653
562	NC_016844	G	6	6	32181	32186	0 %	0 %	100 %	0 %	378974653
563	NC_016844	T	6	6	32301	32306	0 %	100 %	0 %	0 %	378974653
564	NC_016844	CCT	2	6	32359	32364	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974653
565	NC_016844	GT	3	6	32400	32405	0 %	50 %	50 %	0 %	378974653
566	NC_016844	AC	3	6	32441	32446	50 %	0 %	0 %	50 %	378974653
567	NC_016844	TTCA	2	8	32454	32461	25 %	50 %	0 %	25 %	378974653
568	NC_016844	GTTG	2	8	32483	32490	0 %	50 %	50 %	0 %	378974653
569	NC_016844	CTT	2	6	32516	32521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974653
570	NC_016844	AGT	2	6	32588	32593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974653
571	NC_016844	AGG	3	9	32606	32614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974653
572	NC_016844	CTT	2	6	32765	32770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974653
573	NC_016844	CAAA	2	8	32792	32799	75 %	0 %	0 %	25 %	378974653
574	NC_016844	T	7	7	32843	32849	0 %	100 %	0 %	0 %	378974653
575	NC_016844	GAA	2	6	32918	32923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974653
576	NC_016844	GC	3	6	32985	32990	0 %	0 %	50 %	50 %	378974654
577	NC_016844	AG	3	6	33097	33102	50 %	0 %	50 %	0 %	378974654
578	NC_016844	AG	3	6	33106	33111	50 %	0 %	50 %	0 %	378974654
579	NC_016844	GAT	2	6	33132	33137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974654
580	NC_016844	TGA	2	6	33144	33149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974654
581	NC_016844	GCA	2	6	33152	33157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974654
582	NC_016844	T	6	6	33162	33167	0 %	100 %	0 %	0 %	378974654
583	NC_016844	ATC	2	6	33220	33225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974654
584	NC_016844	TGCG	2	8	33239	33246	0 %	25 %	50 %	25 %	378974654
585	NC_016844	T	7	7	33269	33275	0 %	100 %	0 %	0 %	378974654
586	NC_016844	GAA	2	6	33288	33293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974654
587	NC_016844	CG	3	6	33307	33312	0 %	0 %	50 %	50 %	378974654
588	NC_016844	GCA	2	6	33420	33425	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974654
589	NC_016844	CTT	2	6	33472	33477	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974654
590	NC_016844	CTC	2	6	33478	33483	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974654
591	NC_016844	TGG	2	6	33549	33554	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974654
592	NC_016844	AGG	2	6	33572	33577	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974654
593	NC_016844	CCGC	2	8	33642	33649	0 %	0 %	25 %	75 %	378974654
594	NC_016844	AAGAT	2	10	33653	33662	60 %	20 %	20 %	0 %	378974654
595	NC_016844	TTC	2	6	33670	33675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974654
596	NC_016844	GCA	2	6	33704	33709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974654
597	NC_016844	AC	3	6	33732	33737	50 %	0 %	0 %	50 %	378974654
598	NC_016844	CTT	2	6	33777	33782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974654
599	NC_016844	ACC	2	6	33818	33823	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378974654
600	NC_016844	GCC	2	6	33863	33868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378974654
601	NC_016844	GAG	2	6	33963	33968	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974654
602	NC_016844	C	9	9	34076	34084	0 %	0 %	0 %	100 %	378974655
603	NC_016844	TTTCCG	2	12	34169	34180	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	378974655
604	NC_016844	GT	3	6	34190	34195	0 %	50 %	50 %	0 %	378974655
605	NC_016844	TGC	2	6	34202	34207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974655
606	NC_016844	TGT	2	6	34220	34225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974655
607	NC_016844	CTG	2	6	34229	34234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974655
608	NC_016844	TGC	2	6	34347	34352	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974655
609	NC_016844	CTT	2	6	34474	34479	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974655
610	NC_016844	ATT	2	6	34489	34494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974655
611	NC_016844	GCCG	2	8	34514	34521	0 %	0 %	50 %	50 %	378974655
612	NC_016844	GAC	2	6	34669	34674	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974655
613	NC_016844	TAT	2	6	34779	34784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974655
614	NC_016844	ATTG	2	8	34800	34807	25 %	50 %	25 %	0 %	378974655
615	NC_016844	CG	4	8	34814	34821	0 %	0 %	50 %	50 %	378974655
616	NC_016844	AGA	2	6	34853	34858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974655
617	NC_016844	GAA	2	6	34923	34928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974655
618	NC_016844	AGA	2	6	34941	34946	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974655
619	NC_016844	GACG	2	8	34951	34958	25 %	0 %	50 %	25 %	378974655
620	NC_016844	AGA	2	6	34965	34970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974655
621	NC_016844	GC	3	6	34997	35002	0 %	0 %	50 %	50 %	378974655
622	NC_016844	GCA	2	6	35040	35045	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974655
623	NC_016844	GC	3	6	35052	35057	0 %	0 %	50 %	50 %	378974655
624	NC_016844	TGA	2	6	35085	35090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974655
625	NC_016844	AT	3	6	35126	35131	50 %	50 %	0 %	0 %	378974655
626	NC_016844	T	6	6	35140	35145	0 %	100 %	0 %	0 %	378974655
627	NC_016844	TA	3	6	35215	35220	50 %	50 %	0 %	0 %	378974655
628	NC_016844	TTC	2	6	35274	35279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974655
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