MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 22292

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4501	NC_016844	TCT	3	9	243689	243697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974870
4502	NC_016844	CA	3	6	243733	243738	50 %	0 %	0 %	50 %	378974871
4503	NC_016844	AACG	2	8	243804	243811	50 %	0 %	25 %	25 %	378974871
4504	NC_016844	AAG	2	6	243865	243870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974871
4505	NC_016844	GGT	2	6	243873	243878	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974871
4506	NC_016844	TTG	2	6	243904	243909	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974871
4507	NC_016844	GGA	2	6	243938	243943	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974871
4508	NC_016844	GT	3	6	243946	243951	0 %	50 %	50 %	0 %	378974871
4509	NC_016844	T	6	6	243984	243989	0 %	100 %	0 %	0 %	378974871
4510	NC_016844	TTC	2	6	243993	243998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974871
4511	NC_016844	CTC	2	6	244082	244087	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974871
4512	NC_016844	T	6	6	244101	244106	0 %	100 %	0 %	0 %	378974871
4513	NC_016844	ACA	2	6	244113	244118	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974871
4514	NC_016844	GGA	2	6	244164	244169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974871
4515	NC_016844	TGA	2	6	244172	244177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974871
4516	NC_016844	CAA	2	6	244185	244190	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974871
4517	NC_016844	GAA	3	9	244381	244389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974872
4518	NC_016844	CGC	2	6	244440	244445	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378974872
4519	NC_016844	GCA	2	6	244495	244500	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974872
4520	NC_016844	TGG	2	6	244536	244541	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974872
4521	NC_016844	CGC	2	6	244596	244601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378974872
4522	NC_016844	TTA	2	6	244614	244619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974872
4523	NC_016844	CGA	2	6	244647	244652	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974872
4524	NC_016844	GC	3	6	244673	244678	0 %	0 %	50 %	50 %	378974872
4525	NC_016844	TGC	2	6	244747	244752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974872
4526	NC_016844	ATC	2	6	244760	244765	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974872
4527	NC_016844	GCA	2	6	244779	244784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974872
4528	NC_016844	GAA	2	6	244821	244826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974873
4529	NC_016844	AAG	2	6	244957	244962	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974873
4530	NC_016844	T	6	6	245027	245032	0 %	100 %	0 %	0 %	378974873
4531	NC_016844	TGC	2	6	245061	245066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974873
4532	NC_016844	TGC	2	6	245070	245075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974873
4533	NC_016844	AGG	2	6	245112	245117	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974873
4534	NC_016844	ATG	2	6	245155	245160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974873
4535	NC_016844	GTCG	2	8	245167	245174	0 %	25 %	50 %	25 %	378974873
4536	NC_016844	GCT	2	6	245248	245253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974873
4537	NC_016844	CG	3	6	245287	245292	0 %	0 %	50 %	50 %	378974873
4538	NC_016844	ACG	2	6	245329	245334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974873
4539	NC_016844	AAG	2	6	245392	245397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974873
4540	NC_016844	AGT	2	6	245486	245491	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974873
4541	NC_016844	GCT	2	6	245531	245536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974874
4542	NC_016844	CTT	3	9	245568	245576	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974874
4543	NC_016844	AGC	2	6	245610	245615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974874
4544	NC_016844	CG	3	6	245630	245635	0 %	0 %	50 %	50 %	378974874
4545	NC_016844	CGTG	2	8	245649	245656	0 %	25 %	50 %	25 %	378974874
4546	NC_016844	GTG	2	6	245663	245668	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974874
4547	NC_016844	TGG	2	6	245727	245732	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974874
4548	NC_016844	CG	3	6	245779	245784	0 %	0 %	50 %	50 %	378974874
4549	NC_016844	TGCC	2	8	245811	245818	0 %	25 %	25 %	50 %	378974874
4550	NC_016844	GTG	2	6	245822	245827	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974874
4551	NC_016844	GAAA	2	8	245895	245902	75 %	0 %	25 %	0 %	378974874
4552	NC_016844	ACG	2	6	245939	245944	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974874
4553	NC_016844	GTG	2	6	246008	246013	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974874
4554	NC_016844	ATA	2	6	246138	246143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378974875
4555	NC_016844	GGC	2	6	246145	246150	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974875
4556	NC_016844	ATT	2	6	246167	246172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974875
4557	NC_016844	GGA	3	9	246226	246234	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974875
4558	NC_016844	GAG	2	6	246305	246310	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974875
4559	NC_016844	CAGA	2	8	246311	246318	50 %	0 %	25 %	25 %	378974875
4560	NC_016844	TGT	2	6	246325	246330	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974875
4561	NC_016844	A	7	7	246356	246362	100 %	0 %	0 %	0 %	378974875
4562	NC_016844	TTA	2	6	246369	246374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974875
4563	NC_016844	GGCTT	2	10	246399	246408	0 %	40 %	40 %	20 %	378974875
4564	NC_016844	TGG	2	6	246426	246431	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974875
4565	NC_016844	GAAA	2	8	246451	246458	75 %	0 %	25 %	0 %	378974875
4566	NC_016844	GGC	2	6	246475	246480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974875
4567	NC_016844	TG	3	6	246718	246723	0 %	50 %	50 %	0 %	378974876
4568	NC_016844	AC	3	6	246816	246821	50 %	0 %	0 %	50 %	378974877
4569	NC_016844	AG	3	6	246960	246965	50 %	0 %	50 %	0 %	378974877
4570	NC_016844	TGA	2	6	247055	247060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974877
4571	NC_016844	TTG	2	6	247132	247137	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974877
4572	NC_016844	AAT	2	6	247149	247154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378974877
4573	NC_016844	ATC	2	6	247224	247229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974877
4574	NC_016844	GTG	2	6	247245	247250	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974877
4575	NC_016844	AAGG	2	8	247302	247309	50 %	0 %	50 %	0 %	378974877
4576	NC_016844	ATT	2	6	247332	247337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974877
4577	NC_016844	A	6	6	247377	247382	100 %	0 %	0 %	0 %	378974877
4578	NC_016844	TGCG	2	8	247438	247445	0 %	25 %	50 %	25 %	378974877
4579	NC_016844	ATC	2	6	247470	247475	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974877
4580	NC_016844	GCT	2	6	247532	247537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974877
4581	NC_016844	GA	3	6	247612	247617	50 %	0 %	50 %	0 %	378974877
4582	NC_016844	ATCC	2	8	247620	247627	25 %	25 %	0 %	50 %	378974877
4583	NC_016844	GAT	2	6	247638	247643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974877
4584	NC_016844	CTG	2	6	247644	247649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974877
4585	NC_016844	ATT	2	6	247674	247679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974877
4586	NC_016844	TGTAT	2	10	247797	247806	20 %	60 %	20 %	0 %	378974877
4587	NC_016844	CGG	2	6	247846	247851	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974877
4588	NC_016844	ACT	2	6	247950	247955	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974877
4589	NC_016844	GAT	2	6	247974	247979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974877
4590	NC_016844	TCA	2	6	248002	248007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974877
4591	NC_016844	GAT	2	6	248034	248039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974877
4592	NC_016844	CGT	2	6	248058	248063	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974877
4593	NC_016844	TTCG	2	8	248065	248072	0 %	50 %	25 %	25 %	378974877
4594	NC_016844	GGAAAC	2	12	248153	248164	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378974877
4595	NC_016844	AC	3	6	248280	248285	50 %	0 %	0 %	50 %	378974877
4596	NC_016844	GCG	2	6	248288	248293	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974877
4597	NC_016844	TGG	2	6	248312	248317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974877
4598	NC_016844	ACGC	2	8	248440	248447	25 %	0 %	25 %	50 %	378974877
4599	NC_016844	GTT	2	6	248499	248504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974877
4600	NC_016844	CTA	2	6	248546	248551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974877
4601	NC_016844	CGG	2	6	248569	248574	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974877
4602	NC_016844	G	6	6	248623	248628	0 %	0 %	100 %	0 %	378974877
4603	NC_016844	TTTCTG	2	12	248689	248700	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378974877
4604	NC_016844	TC	3	6	248703	248708	0 %	50 %	0 %	50 %	378974877
4605	NC_016844	ATG	3	9	248725	248733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974877
4606	NC_016844	CG	3	6	248800	248805	0 %	0 %	50 %	50 %	378974877
4607	NC_016844	AGA	2	6	248896	248901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974877
4608	NC_016844	CCG	2	6	248914	248919	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378974877
4609	NC_016844	AGG	2	6	248938	248943	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974877
4610	NC_016844	ACC	2	6	248992	248997	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378974877
4611	NC_016844	AGG	2	6	249169	249174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974877
4612	NC_016844	GAA	2	6	249275	249280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974877
4613	NC_016844	GTGC	2	8	249327	249334	0 %	25 %	50 %	25 %	378974877
4614	NC_016844	GAC	2	6	249380	249385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974877
4615	NC_016844	GCT	2	6	249398	249403	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974877
4616	NC_016844	GAAG	2	8	249428	249435	50 %	0 %	50 %	0 %	378974877
4617	NC_016844	TTC	2	6	249443	249448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974877
4618	NC_016844	GGAG	2	8	249509	249516	25 %	0 %	75 %	0 %	378974877
4619	NC_016844	GGT	2	6	249542	249547	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974877
4620	NC_016844	GC	3	6	249627	249632	0 %	0 %	50 %	50 %	378974877
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4622	NC_016844	GAA	2	6	249642	249647	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974877
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4992	NC_016844	TCC	2	6	268277	268282	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974890
4993	NC_016844	GAG	2	6	268431	268436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974891
4994	NC_016844	GGT	2	6	268442	268447	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974891
4995	NC_016844	GT	3	6	268446	268451	0 %	50 %	50 %	0 %	378974891
4996	NC_016844	T	6	6	268527	268532	0 %	100 %	0 %	0 %	378974891
4997	NC_016844	CAG	2	6	268558	268563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974891
4998	NC_016844	CTTT	2	8	268701	268708	0 %	75 %	0 %	25 %	378974892
4999	NC_016844	GTT	2	6	268733	268738	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974892
5000	NC_016844	CTG	2	6	268749	268754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974892

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