MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 785

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016842	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	378972502
2	NC_016842	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	378972503
3	NC_016842	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	378972507
4	NC_016842	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	378972509
5	NC_016842	AAGGA	2	10	9497	9506	60 %	0 %	40 %	0 %	378972510
6	NC_016842	GAAAG	2	10	11082	11091	60 %	0 %	40 %	0 %	378972511
7	NC_016842	CTGTG	2	10	11273	11282	0 %	40 %	40 %	20 %	378972511
8	NC_016842	AGGGA	2	10	12402	12411	40 %	0 %	60 %	0 %	378972512
9	NC_016842	CTGCG	2	10	15903	15912	0 %	20 %	40 %	40 %	378972515
10	NC_016842	TTGCG	2	10	19722	19731	0 %	40 %	40 %	20 %	378972517
11	NC_016842	GTTTT	2	10	20301	20310	0 %	80 %	20 %	0 %	378972517
12	NC_016842	TGCGA	2	10	22065	22074	20 %	20 %	40 %	20 %	378972518
13	NC_016842	TACCG	2	10	22205	22214	20 %	20 %	20 %	40 %	378972518
14	NC_016842	GCCAC	2	10	22300	22309	20 %	0 %	20 %	60 %	378972518
15	NC_016842	AAGGG	2	10	22902	22911	40 %	0 %	60 %	0 %	378972518
16	NC_016842	CGGTG	2	10	23469	23478	0 %	20 %	60 %	20 %	378972518
17	NC_016842	GTATC	2	10	26079	26088	20 %	40 %	20 %	20 %	378972520
18	NC_016842	GGTGG	2	10	26986	26995	0 %	20 %	80 %	0 %	378972520
19	NC_016842	TATTT	2	10	27712	27721	20 %	80 %	0 %	0 %	378972521
20	NC_016842	CTGCG	2	10	27778	27787	0 %	20 %	40 %	40 %	378972521
21	NC_016842	TGCGC	2	10	29966	29975	0 %	20 %	40 %	40 %	378972523
22	NC_016842	TCCAG	2	10	30792	30801	20 %	20 %	20 %	40 %	378972523
23	NC_016842	TGGGG	2	10	31350	31359	0 %	20 %	80 %	0 %	378972523
24	NC_016842	AAGAT	2	10	33656	33665	60 %	20 %	20 %	0 %	378972524
25	NC_016842	AAAGT	2	10	36210	36219	60 %	20 %	20 %	0 %	378972526
26	NC_016842	GTTGT	2	10	36310	36319	0 %	60 %	40 %	0 %	378972526
27	NC_016842	GATGT	2	10	37373	37382	20 %	40 %	40 %	0 %	378972527
28	NC_016842	TGCAT	2	10	38013	38022	20 %	40 %	20 %	20 %	378972527
29	NC_016842	GGTCA	2	10	39200	39209	20 %	20 %	40 %	20 %	378972528
30	NC_016842	CGGGT	2	10	39310	39319	0 %	20 %	60 %	20 %	378972528
31	NC_016842	TTTTC	2	10	40336	40345	0 %	80 %	0 %	20 %	378972530
32	NC_016842	TGCTG	2	10	43277	43286	0 %	40 %	40 %	20 %	378972533
33	NC_016842	ACGTA	2	10	43478	43487	40 %	20 %	20 %	20 %	378972533
34	NC_016842	CGTCG	2	10	44170	44179	0 %	20 %	40 %	40 %	378972534
35	NC_016842	TTTTG	2	10	46795	46804	0 %	80 %	20 %	0 %	378972537
36	NC_016842	TGTTT	2	10	47642	47651	0 %	80 %	20 %	0 %	378972538
37	NC_016842	AGTTG	2	10	49266	49275	20 %	40 %	40 %	0 %	378972538
38	NC_016842	GCGCA	2	10	49576	49585	20 %	0 %	40 %	40 %	378972539
39	NC_016842	GCGCA	2	10	50736	50745	20 %	0 %	40 %	40 %	378972540
40	NC_016842	TGCAG	2	10	52867	52876	20 %	20 %	40 %	20 %	378972541
41	NC_016842	CGCTG	2	10	53791	53800	0 %	20 %	40 %	40 %	378972541
42	NC_016842	GCTAC	2	10	54155	54164	20 %	20 %	20 %	40 %	378972541
43	NC_016842	TCGCT	2	10	54192	54201	0 %	40 %	20 %	40 %	378972541
44	NC_016842	ATGCT	2	10	55483	55492	20 %	40 %	20 %	20 %	378972543
45	NC_016842	CTGCA	2	10	56886	56895	20 %	20 %	20 %	40 %	378972545
46	NC_016842	GCAGG	2	10	58860	58869	20 %	0 %	60 %	20 %	378972548
47	NC_016842	CTGCA	2	10	59840	59849	20 %	20 %	20 %	40 %	378972549
48	NC_016842	TCAAA	2	10	60363	60372	60 %	20 %	0 %	20 %	378972549
49	NC_016842	GCCAC	2	10	63807	63816	20 %	0 %	20 %	60 %	378972552
50	NC_016842	TGCCT	2	10	65580	65589	0 %	40 %	20 %	40 %	378972555
51	NC_016842	TGAAG	2	10	66057	66066	40 %	20 %	40 %	0 %	378972555
52	NC_016842	TGGGG	2	10	66659	66668	0 %	20 %	80 %	0 %	378972556
53	NC_016842	CGTTG	2	10	67714	67723	0 %	40 %	40 %	20 %	378972557
54	NC_016842	TGAGT	2	10	67735	67744	20 %	40 %	40 %	0 %	378972557
55	NC_016842	CACGG	2	10	68033	68042	20 %	0 %	40 %	40 %	378972557
56	NC_016842	CAGAG	2	10	68852	68861	40 %	0 %	40 %	20 %	378972557
57	NC_016842	CGCTT	2	10	69197	69206	0 %	40 %	20 %	40 %	378972559
58	NC_016842	AGCGT	2	10	71083	71092	20 %	20 %	40 %	20 %	378972563
59	NC_016842	GAAAA	2	10	76357	76366	80 %	0 %	20 %	0 %	378972572
60	NC_016842	AATAA	2	10	77411	77420	80 %	20 %	0 %	0 %	378972572
61	NC_016842	GCGCC	2	10	79046	79055	0 %	0 %	40 %	60 %	378972574
62	NC_016842	CGTGT	2	10	80702	80711	0 %	40 %	40 %	20 %	378972576
63	NC_016842	ATGCA	2	10	83367	83376	40 %	20 %	20 %	20 %	378972578
64	NC_016842	GCACC	2	10	86307	86316	20 %	0 %	20 %	60 %	378972580
65	NC_016842	CGCAC	2	10	86768	86777	20 %	0 %	20 %	60 %	378972580
66	NC_016842	GTACC	2	10	88644	88653	20 %	20 %	20 %	40 %	378972581
67	NC_016842	TTTGC	2	10	90346	90355	0 %	60 %	20 %	20 %	378972584
68	NC_016842	TGGTG	2	10	91716	91725	0 %	40 %	60 %	0 %	378972584
69	NC_016842	CGTGT	2	10	91972	91981	0 %	40 %	40 %	20 %	378972585
70	NC_016842	GGTAT	2	10	91986	91995	20 %	40 %	40 %	0 %	378972585
71	NC_016842	TCGCT	2	10	92822	92831	0 %	40 %	20 %	40 %	378972586
72	NC_016842	CGTAT	2	10	95801	95810	20 %	40 %	20 %	20 %	378972589
73	NC_016842	CGTAC	2	10	96092	96101	20 %	20 %	20 %	40 %	378972590
74	NC_016842	CCCGT	2	10	96259	96268	0 %	20 %	20 %	60 %	378972590
75	NC_016842	AAGGA	2	10	98044	98053	60 %	0 %	40 %	0 %	378972592
76	NC_016842	ACTGC	2	10	100019	100028	20 %	20 %	20 %	40 %	378972594
77	NC_016842	TCCTC	2	10	102052	102061	0 %	40 %	0 %	60 %	378972596
78	NC_016842	CTGCT	2	10	103148	103157	0 %	40 %	20 %	40 %	378972597
79	NC_016842	CTACT	2	10	103211	103220	20 %	40 %	0 %	40 %	378972597
80	NC_016842	GCGGT	2	10	103719	103728	0 %	20 %	60 %	20 %	378972598
81	NC_016842	GTGCT	2	10	105401	105410	0 %	40 %	40 %	20 %	378972598
82	NC_016842	GCGTC	2	10	106809	106818	0 %	20 %	40 %	40 %	378972601
83	NC_016842	ACCTG	2	10	107424	107433	20 %	20 %	20 %	40 %	378972602
84	NC_016842	GAACG	2	10	107740	107749	40 %	0 %	40 %	20 %	378972602
85	NC_016842	GTTCC	2	10	108069	108078	0 %	40 %	20 %	40 %	378972603
86	NC_016842	CCTCG	2	10	110215	110224	0 %	20 %	20 %	60 %	378972605
87	NC_016842	CTGCG	2	10	112289	112298	0 %	20 %	40 %	40 %	378972606
88	NC_016842	TTCGT	2	10	112371	112380	0 %	60 %	20 %	20 %	378972606
89	NC_016842	GGACG	2	10	112888	112897	20 %	0 %	60 %	20 %	378972606
90	NC_016842	GATGT	2	10	113069	113078	20 %	40 %	40 %	0 %	378972606
91	NC_016842	GATTT	2	10	113899	113908	20 %	60 %	20 %	0 %	378972607
92	NC_016842	TCAGA	2	10	117126	117135	40 %	20 %	20 %	20 %	378972608
93	NC_016842	GCAGA	2	10	118126	118135	40 %	0 %	40 %	20 %	378972608
94	NC_016842	ACAGA	2	10	119481	119490	60 %	0 %	20 %	20 %	378972609
95	NC_016842	GGGAG	2	10	119687	119696	20 %	0 %	80 %	0 %	378972609
96	NC_016842	GTGCG	2	10	119818	119827	0 %	20 %	60 %	20 %	378972609
97	NC_016842	AGGAA	2	10	119975	119984	60 %	0 %	40 %	0 %	378972609
98	NC_016842	TACTG	2	10	120512	120521	20 %	40 %	20 %	20 %	378972610
99	NC_016842	CGTCA	2	10	121425	121434	20 %	20 %	20 %	40 %	378972610
100	NC_016842	TCTTT	2	10	122280	122289	0 %	80 %	0 %	20 %	378972611
101	NC_016842	CGCAG	2	10	124084	124093	20 %	0 %	40 %	40 %	378972612
102	NC_016842	AGCAC	2	10	124120	124129	40 %	0 %	20 %	40 %	378972612
103	NC_016842	CATTG	2	10	126414	126423	20 %	40 %	20 %	20 %	378972613
104	NC_016842	CCGTG	2	10	126775	126784	0 %	20 %	40 %	40 %	378972614
105	NC_016842	AACCA	2	10	128499	128508	60 %	0 %	0 %	40 %	378972615
106	NC_016842	AAAAG	2	10	129150	129159	80 %	0 %	20 %	0 %	378972615
107	NC_016842	TTATC	2	10	129765	129774	20 %	60 %	0 %	20 %	378972616
108	NC_016842	CGCGC	2	10	131900	131909	0 %	0 %	40 %	60 %	378972618
109	NC_016842	GCGAT	2	10	134223	134232	20 %	20 %	40 %	20 %	378972619
110	NC_016842	TGTTT	2	10	135645	135654	0 %	80 %	20 %	0 %	378972620
111	NC_016842	GTCTT	2	10	136833	136842	0 %	60 %	20 %	20 %	378972621
112	NC_016842	ACCAA	2	10	141957	141966	60 %	0 %	0 %	40 %	378972626
113	NC_016842	AGCCA	2	10	142429	142438	40 %	0 %	20 %	40 %	378972626
114	NC_016842	GCAGC	2	10	145143	145152	20 %	0 %	40 %	40 %	378972627
115	NC_016842	GGATC	2	10	147204	147213	20 %	20 %	40 %	20 %	378972629
116	NC_016842	CTTGC	2	10	148592	148601	0 %	40 %	20 %	40 %	378972630
117	NC_016842	GTTTG	2	10	150646	150655	0 %	60 %	40 %	0 %	378972635
118	NC_016842	TGCGC	2	10	152811	152820	0 %	20 %	40 %	40 %	378972640
119	NC_016842	TGTTT	2	10	153085	153094	0 %	80 %	20 %	0 %	378972640
120	NC_016842	GGTCT	2	10	154121	154130	0 %	40 %	40 %	20 %	378972641
121	NC_016842	GGTCT	2	10	155350	155359	0 %	40 %	40 %	20 %	378972642
122	NC_016842	CGGGG	2	10	156724	156733	0 %	0 %	80 %	20 %	378972643
123	NC_016842	GCAAG	2	10	159200	159209	40 %	0 %	40 %	20 %	378972646
124	NC_016842	TGCCT	2	10	163726	163735	0 %	40 %	20 %	40 %	378972652
125	NC_016842	AGAGG	2	10	165814	165823	40 %	0 %	60 %	0 %	378972654
126	NC_016842	GCAGC	2	10	166518	166527	20 %	0 %	40 %	40 %	378972654
127	NC_016842	TGAAG	2	10	168014	168023	40 %	20 %	40 %	0 %	378972655
128	NC_016842	CGGTA	2	10	171364	171373	20 %	20 %	40 %	20 %	378972656
129	NC_016842	ATTCC	2	10	171467	171476	20 %	40 %	0 %	40 %	378972656
130	NC_016842	ATAAG	2	10	171685	171694	60 %	20 %	20 %	0 %	378972656
131	NC_016842	ACGCA	2	10	172274	172283	40 %	0 %	20 %	40 %	378972657
132	NC_016842	CGTGA	2	10	173340	173349	20 %	20 %	40 %	20 %	378972659
133	NC_016842	CTTGC	2	10	173365	173374	0 %	40 %	20 %	40 %	378972659
134	NC_016842	CTTTT	2	10	173405	173414	0 %	80 %	0 %	20 %	378972659
135	NC_016842	CTTCT	2	10	175487	175496	0 %	60 %	0 %	40 %	378972661
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253	NC_016842	TGACG	2	10	362241	362250	20 %	20 %	40 %	20 %	378972837
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261	NC_016842	GAAAT	2	10	373365	373374	60 %	20 %	20 %	0 %	378972848
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