MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3001	NC_016842	TGC	2	6	157159	157164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972644
3002	NC_016842	GCG	2	6	157170	157175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972644
3003	NC_016842	GAA	2	6	157202	157207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972644
3004	NC_016842	GA	4	8	157208	157215	50 %	0 %	50 %	0 %	378972644
3005	NC_016842	CCG	2	6	157248	157253	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972644
3006	NC_016842	TG	4	8	157623	157630	0 %	50 %	50 %	0 %	378972645
3007	NC_016842	GAG	2	6	157633	157638	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972645
3008	NC_016842	GGT	2	6	157678	157683	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972645
3009	NC_016842	GC	3	6	157684	157689	0 %	0 %	50 %	50 %	378972645
3010	NC_016842	GGT	2	6	157690	157695	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972645
3011	NC_016842	GT	3	6	157694	157699	0 %	50 %	50 %	0 %	378972645
3012	NC_016842	CCA	2	6	157836	157841	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972645
3013	NC_016842	GCA	3	9	158019	158027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972645
3014	NC_016842	G	6	6	158083	158088	0 %	0 %	100 %	0 %	378972645
3015	NC_016842	CGG	2	6	158140	158145	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972645
3016	NC_016842	G	6	6	158156	158161	0 %	0 %	100 %	0 %	378972645
3017	NC_016842	CTC	3	9	158167	158175	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972645
3018	NC_016842	AGC	2	6	158180	158185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972645
3019	NC_016842	AGC	2	6	158213	158218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972645
3020	NC_016842	AAGA	2	8	158234	158241	75 %	0 %	25 %	0 %	378972645
3021	NC_016842	GTG	2	6	158282	158287	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972645
3022	NC_016842	ACC	2	6	158288	158293	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972645
3023	NC_016842	GGC	2	6	158351	158356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972645
3024	NC_016842	GCA	2	6	158361	158366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972645
3025	NC_016842	GGGGGT	2	12	158369	158380	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	378972645
3026	NC_016842	TCC	2	6	158504	158509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972645
3027	NC_016842	CGT	2	6	158514	158519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972645
3028	NC_016842	CTT	3	9	158544	158552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972645
3029	NC_016842	CCT	3	9	158553	158561	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972645
3030	NC_016842	CGA	2	6	158562	158567	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972645
3031	NC_016842	GA	3	6	158673	158678	50 %	0 %	50 %	0 %	378972645
3032	NC_016842	GC	3	6	158690	158695	0 %	0 %	50 %	50 %	378972645
3033	NC_016842	AG	3	6	158731	158736	50 %	0 %	50 %	0 %	378972645
3034	NC_016842	CGGT	3	12	158814	158825	0 %	25 %	50 %	25 %	378972645
3035	NC_016842	A	7	7	158853	158859	100 %	0 %	0 %	0 %	378972645
3036	NC_016842	GGGC	2	8	158889	158896	0 %	0 %	75 %	25 %	378972645
3037	NC_016842	CAG	2	6	158932	158937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972645
3038	NC_016842	CGC	2	6	158959	158964	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972645
3039	NC_016842	ACGA	2	8	158975	158982	50 %	0 %	25 %	25 %	378972645
3040	NC_016842	ACC	2	6	159011	159016	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972645
3041	NC_016842	GCAAG	2	10	159200	159209	40 %	0 %	40 %	20 %	378972646
3042	NC_016842	AGA	2	6	159238	159243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972646
3043	NC_016842	GGTG	2	8	159283	159290	0 %	25 %	75 %	0 %	378972646
3044	NC_016842	C	6	6	159397	159402	0 %	0 %	0 %	100 %	378972647
3045	NC_016842	CTT	2	6	159434	159439	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972647
3046	NC_016842	CTGT	2	8	159454	159461	0 %	50 %	25 %	25 %	378972647
3047	NC_016842	GC	3	6	159499	159504	0 %	0 %	50 %	50 %	378972647
3048	NC_016842	TGCG	2	8	159515	159522	0 %	25 %	50 %	25 %	378972647
3049	NC_016842	GAT	2	6	159558	159563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972647
3050	NC_016842	CT	3	6	159712	159717	0 %	50 %	0 %	50 %	378972647
3051	NC_016842	C	6	6	159726	159731	0 %	0 %	0 %	100 %	378972647
3052	NC_016842	GCA	2	6	159737	159742	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972647
3053	NC_016842	CAA	2	6	159756	159761	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972647
3054	NC_016842	CTTT	2	8	159764	159771	0 %	75 %	0 %	25 %	378972647
3055	NC_016842	AGC	3	9	159819	159827	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972647
3056	NC_016842	A	6	6	159908	159913	100 %	0 %	0 %	0 %	378972647
3057	NC_016842	AGGA	2	8	159922	159929	50 %	0 %	50 %	0 %	378972647
3058	NC_016842	CTT	2	6	159954	159959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972647
3059	NC_016842	AC	3	6	159975	159980	50 %	0 %	0 %	50 %	378972647
3060	NC_016842	GCG	2	6	160019	160024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972647
3061	NC_016842	GTA	2	6	160126	160131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972648
3062	NC_016842	CAC	2	6	160186	160191	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972648
3063	NC_016842	TC	3	6	160217	160222	0 %	50 %	0 %	50 %	378972648
3064	NC_016842	TTC	2	6	160231	160236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972648
3065	NC_016842	A	6	6	160252	160257	100 %	0 %	0 %	0 %	378972648
3066	NC_016842	CAA	2	6	160266	160271	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972648
3067	NC_016842	GCG	2	6	160536	160541	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972648
3068	NC_016842	TTG	2	6	160625	160630	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972648
3069	NC_016842	ACA	2	6	160640	160645	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972648
3070	NC_016842	ATG	2	6	160730	160735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972648
3071	NC_016842	TTC	2	6	160819	160824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972649
3072	NC_016842	TGC	2	6	160831	160836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972649
3073	NC_016842	ATC	2	6	160889	160894	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972649
3074	NC_016842	ATG	2	6	161116	161121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972649
3075	NC_016842	ATGA	2	8	161123	161130	50 %	25 %	25 %	0 %	378972649
3076	NC_016842	AAG	2	6	161136	161141	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972649
3077	NC_016842	C	6	6	161173	161178	0 %	0 %	0 %	100 %	378972649
3078	NC_016842	CTC	2	6	161196	161201	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972649
3079	NC_016842	ATA	2	6	161210	161215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972649
3080	NC_016842	A	6	6	161224	161229	100 %	0 %	0 %	0 %	378972649
3081	NC_016842	TAG	2	6	161262	161267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972649
3082	NC_016842	A	6	6	161299	161304	100 %	0 %	0 %	0 %	378972649
3083	NC_016842	GGC	2	6	161305	161310	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972649
3084	NC_016842	GAGT	2	8	161345	161352	25 %	25 %	50 %	0 %	378972649
3085	NC_016842	TAGA	2	8	161362	161369	50 %	25 %	25 %	0 %	378972649
3086	NC_016842	CAA	2	6	161373	161378	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972649
3087	NC_016842	AAG	2	6	161389	161394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972649
3088	NC_016842	GA	3	6	161434	161439	50 %	0 %	50 %	0 %	378972649
3089	NC_016842	T	6	6	161450	161455	0 %	100 %	0 %	0 %	378972649
3090	NC_016842	A	8	8	161461	161468	100 %	0 %	0 %	0 %	378972649
3091	NC_016842	C	6	6	161528	161533	0 %	0 %	0 %	100 %	378972649
3092	NC_016842	ATG	2	6	161537	161542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972649
3093	NC_016842	ACGA	2	8	161579	161586	50 %	0 %	25 %	25 %	378972649
3094	NC_016842	GA	3	6	161659	161664	50 %	0 %	50 %	0 %	378972649
3095	NC_016842	CGA	2	6	161697	161702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972649
3096	NC_016842	GC	3	6	161712	161717	0 %	0 %	50 %	50 %	378972649
3097	NC_016842	AAT	2	6	161746	161751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972649
3098	NC_016842	CGA	2	6	161808	161813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972649
3099	NC_016842	A	6	6	161857	161862	100 %	0 %	0 %	0 %	378972649
3100	NC_016842	AGA	2	6	162050	162055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972649
3101	NC_016842	TG	3	6	162056	162061	0 %	50 %	50 %	0 %	378972649
3102	NC_016842	ACC	2	6	162074	162079	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972649
3103	NC_016842	CTT	2	6	162133	162138	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972649
3104	NC_016842	GTG	2	6	162200	162205	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972649
3105	NC_016842	GCAC	2	8	162242	162249	25 %	0 %	25 %	50 %	378972649
3106	NC_016842	TGA	2	6	162264	162269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972649
3107	NC_016842	GAA	2	6	162338	162343	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972649
3108	NC_016842	GGA	2	6	162414	162419	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972649
3109	NC_016842	CA	3	6	162426	162431	50 %	0 %	0 %	50 %	378972649
3110	NC_016842	TGAG	2	8	162467	162474	25 %	25 %	50 %	0 %	378972649
3111	NC_016842	TCTG	2	8	162528	162535	0 %	50 %	25 %	25 %	378972650
3112	NC_016842	AGGG	2	8	162539	162546	25 %	0 %	75 %	0 %	378972650
3113	NC_016842	CGAG	2	8	162551	162558	25 %	0 %	50 %	25 %	378972650
3114	NC_016842	GA	4	8	162656	162663	50 %	0 %	50 %	0 %	378972650
3115	NC_016842	CGAG	2	8	162750	162757	25 %	0 %	50 %	25 %	378972651
3116	NC_016842	TG	3	6	162774	162779	0 %	50 %	50 %	0 %	378972651
3117	NC_016842	GT	3	6	162818	162823	0 %	50 %	50 %	0 %	378972651
3118	NC_016842	GC	3	6	162824	162829	0 %	0 %	50 %	50 %	378972651
3119	NC_016842	CGC	2	6	163038	163043	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972651
3120	NC_016842	GGCA	2	8	163055	163062	25 %	0 %	50 %	25 %	378972651
3121	NC_016842	GCT	2	6	163077	163082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972651
3122	NC_016842	TAA	2	6	163106	163111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972651
3123	NC_016842	CGG	2	6	163128	163133	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972651
3124	NC_016842	T	6	6	163161	163166	0 %	100 %	0 %	0 %	378972651
3125	NC_016842	GCA	2	6	163170	163175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972651
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