MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_016842	TG	3	6	52981	52986	0 %	50 %	50 %	0 %	378972541
1002	NC_016842	GGT	2	6	53074	53079	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972541
1003	NC_016842	GT	3	6	53109	53114	0 %	50 %	50 %	0 %	378972541
1004	NC_016842	A	6	6	53188	53193	100 %	0 %	0 %	0 %	378972541
1005	NC_016842	CG	4	8	53230	53237	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1006	NC_016842	TAC	2	6	53238	53243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972541
1007	NC_016842	AAG	2	6	53277	53282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972541
1008	NC_016842	AATC	2	8	53323	53330	50 %	25 %	0 %	25 %	378972541
1009	NC_016842	ATTA	2	8	53351	53358	50 %	50 %	0 %	0 %	378972541
1010	NC_016842	GA	3	6	53366	53371	50 %	0 %	50 %	0 %	378972541
1011	NC_016842	TA	4	8	53541	53548	50 %	50 %	0 %	0 %	378972541
1012	NC_016842	CG	3	6	53618	53623	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1013	NC_016842	TTA	2	6	53625	53630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972541
1014	NC_016842	CAAA	2	8	53693	53700	75 %	0 %	0 %	25 %	378972541
1015	NC_016842	GAA	2	6	53753	53758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972541
1016	NC_016842	TAT	2	6	53773	53778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972541
1017	NC_016842	CGCTG	2	10	53791	53800	0 %	20 %	40 %	40 %	378972541
1018	NC_016842	CG	3	6	53803	53808	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1019	NC_016842	ATC	2	6	53832	53837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972541
1020	NC_016842	CGA	2	6	53854	53859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972541
1021	NC_016842	AT	3	6	53863	53868	50 %	50 %	0 %	0 %	378972541
1022	NC_016842	GAT	2	6	53882	53887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972541
1023	NC_016842	CG	3	6	53929	53934	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1024	NC_016842	AGA	2	6	54012	54017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972541
1025	NC_016842	CTG	2	6	54021	54026	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972541
1026	NC_016842	A	7	7	54039	54045	100 %	0 %	0 %	0 %	378972541
1027	NC_016842	CAA	2	6	54085	54090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972541
1028	NC_016842	GCTAC	2	10	54155	54164	20 %	20 %	20 %	40 %	378972541
1029	NC_016842	TCGCT	2	10	54192	54201	0 %	40 %	20 %	40 %	378972541
1030	NC_016842	GGAA	2	8	54316	54323	50 %	0 %	50 %	0 %	378972541
1031	NC_016842	CG	3	6	54349	54354	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1032	NC_016842	TC	3	6	54364	54369	0 %	50 %	0 %	50 %	378972541
1033	NC_016842	AGC	2	6	54486	54491	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972541
1034	NC_016842	A	6	6	54633	54638	100 %	0 %	0 %	0 %	378972542
1035	NC_016842	CATC	2	8	54677	54684	25 %	25 %	0 %	50 %	378972542
1036	NC_016842	T	8	8	54686	54693	0 %	100 %	0 %	0 %	378972542
1037	NC_016842	TTTC	2	8	54766	54773	0 %	75 %	0 %	25 %	378972542
1038	NC_016842	CTTT	2	8	54896	54903	0 %	75 %	0 %	25 %	378972542
1039	NC_016842	T	6	6	54901	54906	0 %	100 %	0 %	0 %	378972542
1040	NC_016842	CAT	2	6	55008	55013	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972542
1041	NC_016842	TTC	2	6	55143	55148	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972542
1042	NC_016842	ACG	2	6	55189	55194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972542
1043	NC_016842	AAT	2	6	55284	55289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972542
1044	NC_016842	TCG	2	6	55300	55305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972542
1045	NC_016842	ACT	2	6	55339	55344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972542
1046	NC_016842	TCGT	2	8	55362	55369	0 %	50 %	25 %	25 %	378972542
1047	NC_016842	ATA	2	6	55422	55427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972542
1048	NC_016842	ATGCT	2	10	55483	55492	20 %	40 %	20 %	20 %	378972543
1049	NC_016842	A	6	6	55535	55540	100 %	0 %	0 %	0 %	378972543
1050	NC_016842	AGG	2	6	55583	55588	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972543
1051	NC_016842	GT	3	6	55626	55631	0 %	50 %	50 %	0 %	378972543
1052	NC_016842	ACG	2	6	55637	55642	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972543
1053	NC_016842	CAG	2	6	55656	55661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972543
1054	NC_016842	CAC	2	6	55697	55702	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972543
1055	NC_016842	AC	3	6	55726	55731	50 %	0 %	0 %	50 %	378972543
1056	NC_016842	ACA	2	6	55822	55827	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972544
1057	NC_016842	CAT	2	6	55849	55854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972544
1058	NC_016842	ATA	2	6	55869	55874	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972544
1059	NC_016842	T	7	7	55877	55883	0 %	100 %	0 %	0 %	378972544
1060	NC_016842	CTG	2	6	55916	55921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972544
1061	NC_016842	CAA	2	6	55931	55936	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972544
1062	NC_016842	GC	4	8	55941	55948	0 %	0 %	50 %	50 %	378972544
1063	NC_016842	GCA	2	6	55951	55956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972544
1064	NC_016842	CTA	2	6	55968	55973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972544
1065	NC_016842	CTT	2	6	55980	55985	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972544
1066	NC_016842	CTAA	2	8	56042	56049	50 %	25 %	0 %	25 %	378972544
1067	NC_016842	CTT	2	6	56100	56105	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972544
1068	NC_016842	GCA	2	6	56180	56185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972544
1069	NC_016842	TATG	2	8	56199	56206	25 %	50 %	25 %	0 %	378972544
1070	NC_016842	TCCT	2	8	56416	56423	0 %	50 %	0 %	50 %	378972544
1071	NC_016842	GCG	2	6	56436	56441	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972544
1072	NC_016842	TCC	2	6	56557	56562	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972545
1073	NC_016842	GTG	2	6	56716	56721	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972545
1074	NC_016842	GCG	2	6	56773	56778	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972545
1075	NC_016842	T	6	6	56800	56805	0 %	100 %	0 %	0 %	378972545
1076	NC_016842	AT	3	6	56807	56812	50 %	50 %	0 %	0 %	378972545
1077	NC_016842	TTC	2	6	56862	56867	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972545
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1081	NC_016842	GC	3	6	56934	56939	0 %	0 %	50 %	50 %	378972545
1082	NC_016842	T	8	8	56968	56975	0 %	100 %	0 %	0 %	378972545
1083	NC_016842	CT	3	6	56978	56983	0 %	50 %	0 %	50 %	378972545
1084	NC_016842	AGG	2	6	56985	56990	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972545
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1088	NC_016842	CCA	2	6	57190	57195	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972546
1089	NC_016842	TCC	2	6	57284	57289	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972546
1090	NC_016842	GAT	2	6	57293	57298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972546
1091	NC_016842	CGC	2	6	57316	57321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972546
1092	NC_016842	CG	4	8	57327	57334	0 %	0 %	50 %	50 %	378972546
1093	NC_016842	ACA	2	6	57408	57413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972546
1094	NC_016842	GAT	2	6	57623	57628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972547
1095	NC_016842	TGC	2	6	57645	57650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972547
1096	NC_016842	ATA	2	6	57714	57719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972547
1097	NC_016842	CAC	2	6	57755	57760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972547
1098	NC_016842	A	6	6	57925	57930	100 %	0 %	0 %	0 %	378972547
1099	NC_016842	GGC	2	6	57995	58000	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972547
1100	NC_016842	CAT	2	6	58105	58110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972547
1101	NC_016842	GA	3	6	58192	58197	50 %	0 %	50 %	0 %	378972547
1102	NC_016842	CTG	2	6	58246	58251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972547
1103	NC_016842	CTT	2	6	58252	58257	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972547
1104	NC_016842	CCG	2	6	58306	58311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972547
1105	NC_016842	A	8	8	58351	58358	100 %	0 %	0 %	0 %	378972547
1106	NC_016842	AGA	2	6	58383	58388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972547
1107	NC_016842	GTA	2	6	58410	58415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972547
1108	NC_016842	GCG	2	6	58479	58484	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972547
1109	NC_016842	GC	3	6	58490	58495	0 %	0 %	50 %	50 %	378972547
1110	NC_016842	ACGA	2	8	58547	58554	50 %	0 %	25 %	25 %	378972547
1111	NC_016842	TGC	2	6	58820	58825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972548
1112	NC_016842	TTG	2	6	58835	58840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972548
1113	NC_016842	GCAGG	2	10	58860	58869	20 %	0 %	60 %	20 %	378972548
1114	NC_016842	GTA	3	9	58879	58887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972548
1115	NC_016842	AG	3	6	58915	58920	50 %	0 %	50 %	0 %	378972548
1116	NC_016842	AGT	2	6	58986	58991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972548
1117	NC_016842	ATC	2	6	59128	59133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972548
1118	NC_016842	AGG	2	6	59170	59175	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972548
1119	NC_016842	TGA	2	6	59196	59201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972548
1120	NC_016842	CGC	2	6	59204	59209	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972548
1121	NC_016842	AGG	2	6	59257	59262	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972548
1122	NC_016842	TCA	2	6	59393	59398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972548
1123	NC_016842	GAA	2	6	59599	59604	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972549
1124	NC_016842	GC	3	6	59607	59612	0 %	0 %	50 %	50 %	378972549
1125	NC_016842	CAG	2	6	59629	59634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972549
1126	NC_016842	CTGCA	2	10	59840	59849	20 %	20 %	20 %	40 %	378972549
1127	NC_016842	GCT	2	6	59874	59879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972549
1128	NC_016842	C	6	6	59884	59889	0 %	0 %	0 %	100 %	378972549
1129	NC_016842	AGA	2	6	59903	59908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972549
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1131	NC_016842	CGG	2	6	59937	59942	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972549
1132	NC_016842	TGA	2	6	59943	59948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972549
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1236	NC_016842	TGCCT	2	10	65580	65589	0 %	40 %	20 %	40 %	378972555
1237	NC_016842	GC	4	8	65617	65624	0 %	0 %	50 %	50 %	378972555
1238	NC_016842	AGGGGC	2	12	65735	65746	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	378972555
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1240	NC_016842	AGGC	2	8	65876	65883	25 %	0 %	50 %	25 %	378972555
1241	NC_016842	CCGT	2	8	65884	65891	0 %	25 %	25 %	50 %	378972555
1242	NC_016842	TAC	2	6	65943	65948	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972555
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1244	NC_016842	TGG	2	6	66032	66037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972555
1245	NC_016842	TGAAG	2	10	66057	66066	40 %	20 %	40 %	0 %	378972555
1246	NC_016842	GCT	2	6	66073	66078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972555
1247	NC_016842	GC	3	6	66107	66112	0 %	0 %	50 %	50 %	378972555
1248	NC_016842	TGG	2	6	66202	66207	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972556
1249	NC_016842	TG	3	6	66215	66220	0 %	50 %	50 %	0 %	378972556
1250	NC_016842	TG	3	6	66229	66234	0 %	50 %	50 %	0 %	378972556
1251	NC_016842	CGC	2	6	66243	66248	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972556
1252	NC_016842	CGT	2	6	66319	66324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972556
1253	NC_016842	TGCG	2	8	66340	66347	0 %	25 %	50 %	25 %	378972556
1254	NC_016842	TC	3	6	66368	66373	0 %	50 %	0 %	50 %	378972556
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