MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_016842	CG	3	6	26742	26747	0 %	0 %	50 %	50 %	378972520
502	NC_016842	CCTT	2	8	26836	26843	0 %	50 %	0 %	50 %	378972520
503	NC_016842	GCAC	2	8	26942	26949	25 %	0 %	25 %	50 %	378972520
504	NC_016842	TGC	2	6	26952	26957	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972520
505	NC_016842	GGTGG	2	10	26986	26995	0 %	20 %	80 %	0 %	378972520
506	NC_016842	CAA	2	6	27139	27144	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972520
507	NC_016842	GA	3	6	27244	27249	50 %	0 %	50 %	0 %	378972520
508	NC_016842	AGCG	2	8	27255	27262	25 %	0 %	50 %	25 %	378972520
509	NC_016842	T	6	6	27270	27275	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
510	NC_016842	TTGAGA	2	12	27323	27334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972520
511	NC_016842	CAGT	2	8	27346	27353	25 %	25 %	25 %	25 %	378972520
512	NC_016842	GT	4	8	27415	27422	0 %	50 %	50 %	0 %	378972520
513	NC_016842	GC	4	8	27457	27464	0 %	0 %	50 %	50 %	378972520
514	NC_016842	T	6	6	27494	27499	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
515	NC_016842	GTG	2	6	27613	27618	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
516	NC_016842	GTT	2	6	27660	27665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972521
517	NC_016842	TGG	2	6	27677	27682	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
518	NC_016842	TGG	2	6	27687	27692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
519	NC_016842	TATTT	2	10	27712	27721	20 %	80 %	0 %	0 %	378972521
520	NC_016842	CTGCG	2	10	27778	27787	0 %	20 %	40 %	40 %	378972521
521	NC_016842	TGCG	2	8	27794	27801	0 %	25 %	50 %	25 %	378972521
522	NC_016842	GT	4	8	27809	27816	0 %	50 %	50 %	0 %	378972521
523	NC_016842	CATC	2	8	27823	27830	25 %	25 %	0 %	50 %	378972521
524	NC_016842	T	6	6	27834	27839	0 %	100 %	0 %	0 %	378972521
525	NC_016842	GGT	2	6	27860	27865	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
526	NC_016842	GTA	2	6	27934	27939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972521
527	NC_016842	GT	3	6	28050	28055	0 %	50 %	50 %	0 %	378972521
528	NC_016842	AGTG	2	8	28056	28063	25 %	25 %	50 %	0 %	378972521
529	NC_016842	ATG	2	6	28102	28107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972521
530	NC_016842	T	6	6	28112	28117	0 %	100 %	0 %	0 %	378972521
531	NC_016842	TTA	2	6	28133	28138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972521
532	NC_016842	AT	4	8	28143	28150	50 %	50 %	0 %	0 %	378972521
533	NC_016842	TCA	2	6	28204	28209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972521
534	NC_016842	T	6	6	28252	28257	0 %	100 %	0 %	0 %	378972521
535	NC_016842	G	6	6	28269	28274	0 %	0 %	100 %	0 %	378972521
536	NC_016842	T	6	6	28356	28361	0 %	100 %	0 %	0 %	378972521
537	NC_016842	CAG	2	6	28422	28427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972521
538	NC_016842	TTTG	2	8	28440	28447	0 %	75 %	25 %	0 %	378972521
539	NC_016842	TGA	2	6	28487	28492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972521
540	NC_016842	GT	3	6	28496	28501	0 %	50 %	50 %	0 %	378972521
541	NC_016842	TG	3	6	28511	28516	0 %	50 %	50 %	0 %	378972521
542	NC_016842	GTG	2	6	28693	28698	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
543	NC_016842	TGA	2	6	28736	28741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972521
544	NC_016842	GGT	2	6	28885	28890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
545	NC_016842	GCT	2	6	29132	29137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972522
546	NC_016842	TCC	2	6	29158	29163	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972522
547	NC_016842	GC	3	6	29216	29221	0 %	0 %	50 %	50 %	378972522
548	NC_016842	GAT	2	6	29255	29260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972522
549	NC_016842	ATC	2	6	29309	29314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972522
550	NC_016842	AAC	2	6	29324	29329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972522
551	NC_016842	A	7	7	29336	29342	100 %	0 %	0 %	0 %	378972522
552	NC_016842	A	6	6	29448	29453	100 %	0 %	0 %	0 %	378972522
553	NC_016842	TCT	2	6	29477	29482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972522
554	NC_016842	GAA	2	6	29551	29556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972522
555	NC_016842	TC	3	6	29587	29592	0 %	50 %	0 %	50 %	378972522
556	NC_016842	AG	3	6	29867	29872	50 %	0 %	50 %	0 %	378972523
557	NC_016842	ACC	2	6	29944	29949	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972523
558	NC_016842	TGCGC	2	10	29966	29975	0 %	20 %	40 %	40 %	378972523
559	NC_016842	AGT	2	6	29980	29985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972523
560	NC_016842	CCG	2	6	30122	30127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972523
561	NC_016842	TCT	2	6	30161	30166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972523
562	NC_016842	CAC	2	6	30320	30325	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972523
563	NC_016842	T	6	6	30338	30343	0 %	100 %	0 %	0 %	378972523
564	NC_016842	TC	3	6	30396	30401	0 %	50 %	0 %	50 %	378972523
565	NC_016842	AGC	2	6	30463	30468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972523
566	NC_016842	TGC	2	6	30493	30498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
567	NC_016842	TGT	2	6	30538	30543	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972523
568	NC_016842	GTG	2	6	30567	30572	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972523
569	NC_016842	TG	3	6	30636	30641	0 %	50 %	50 %	0 %	378972523
570	NC_016842	TCCAG	2	10	30792	30801	20 %	20 %	20 %	40 %	378972523
571	NC_016842	TTC	2	6	30804	30809	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972523
572	NC_016842	TGC	2	6	30819	30824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
573	NC_016842	CGT	2	6	30925	30930	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
574	NC_016842	AAAG	2	8	30940	30947	75 %	0 %	25 %	0 %	378972523
575	NC_016842	CA	3	6	30962	30967	50 %	0 %	0 %	50 %	378972523
576	NC_016842	GT	3	6	31055	31060	0 %	50 %	50 %	0 %	378972523
577	NC_016842	CTA	2	6	31106	31111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972523
578	NC_016842	GCGG	2	8	31116	31123	0 %	0 %	75 %	25 %	378972523
579	NC_016842	ATG	2	6	31170	31175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972523
580	NC_016842	CTT	2	6	31229	31234	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972523
581	NC_016842	CTG	2	6	31250	31255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
582	NC_016842	TCGT	2	8	31282	31289	0 %	50 %	25 %	25 %	378972523
583	NC_016842	GAACAG	2	12	31307	31318	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378972523
584	NC_016842	A	6	6	31323	31328	100 %	0 %	0 %	0 %	378972523
585	NC_016842	TGGGG	2	10	31350	31359	0 %	20 %	80 %	0 %	378972523
586	NC_016842	GTT	2	6	31367	31372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972523
587	NC_016842	TCC	2	6	31405	31410	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972523
588	NC_016842	TGTC	2	8	31422	31429	0 %	50 %	25 %	25 %	378972523
589	NC_016842	GC	3	6	31461	31466	0 %	0 %	50 %	50 %	378972523
590	NC_016842	GCT	2	6	31468	31473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
591	NC_016842	TCA	2	6	31522	31527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972523
592	NC_016842	T	7	7	31530	31536	0 %	100 %	0 %	0 %	378972523
593	NC_016842	GTCTGG	2	12	31542	31553	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378972523
594	NC_016842	GCA	2	6	31586	31591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972523
595	NC_016842	TGG	2	6	31627	31632	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972523
596	NC_016842	GA	3	6	31734	31739	50 %	0 %	50 %	0 %	378972523
597	NC_016842	GCG	2	6	31755	31760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972523
598	NC_016842	CAA	2	6	31829	31834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972523
599	NC_016842	TGC	2	6	31885	31890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
600	NC_016842	A	8	8	31908	31915	100 %	0 %	0 %	0 %	378972523
601	NC_016842	AGC	2	6	32001	32006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972523
602	NC_016842	ATCC	2	8	32112	32119	25 %	25 %	0 %	50 %	378972523
603	NC_016842	CTCG	2	8	32121	32128	0 %	25 %	25 %	50 %	378972523
604	NC_016842	GTAC	2	8	32145	32152	25 %	25 %	25 %	25 %	378972523
605	NC_016842	G	6	6	32176	32181	0 %	0 %	100 %	0 %	378972523
606	NC_016842	G	6	6	32184	32189	0 %	0 %	100 %	0 %	378972523
607	NC_016842	T	6	6	32304	32309	0 %	100 %	0 %	0 %	378972523
608	NC_016842	CCT	2	6	32362	32367	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972523
609	NC_016842	GT	3	6	32403	32408	0 %	50 %	50 %	0 %	378972523
610	NC_016842	AC	3	6	32444	32449	50 %	0 %	0 %	50 %	378972523
611	NC_016842	TTCA	2	8	32457	32464	25 %	50 %	0 %	25 %	378972523
612	NC_016842	GTTG	2	8	32486	32493	0 %	50 %	50 %	0 %	378972523
613	NC_016842	CTT	2	6	32519	32524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972523
614	NC_016842	AGT	2	6	32591	32596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972523
615	NC_016842	AGG	3	9	32609	32617	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972523
616	NC_016842	CTT	2	6	32768	32773	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972523
617	NC_016842	CAAA	2	8	32795	32802	75 %	0 %	0 %	25 %	378972523
618	NC_016842	T	7	7	32846	32852	0 %	100 %	0 %	0 %	378972523
619	NC_016842	GAA	2	6	32921	32926	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972523
620	NC_016842	GC	3	6	32988	32993	0 %	0 %	50 %	50 %	378972524
621	NC_016842	AG	3	6	33100	33105	50 %	0 %	50 %	0 %	378972524
622	NC_016842	AG	3	6	33109	33114	50 %	0 %	50 %	0 %	378972524
623	NC_016842	GAT	2	6	33135	33140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972524
624	NC_016842	TGA	2	6	33147	33152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972524
625	NC_016842	GCA	2	6	33155	33160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972524
626	NC_016842	T	6	6	33165	33170	0 %	100 %	0 %	0 %	378972524
627	NC_016842	ATC	2	6	33223	33228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972524
628	NC_016842	TGCG	2	8	33242	33249	0 %	25 %	50 %	25 %	378972524
629	NC_016842	T	7	7	33272	33278	0 %	100 %	0 %	0 %	378972524
630	NC_016842	GAA	2	6	33291	33296	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972524
631	NC_016842	CG	3	6	33310	33315	0 %	0 %	50 %	50 %	378972524
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758	NC_016842	T	6	6	40109	40114	0 %	100 %	0 %	0 %	378972529
759	NC_016842	TCGG	2	8	40169	40176	0 %	25 %	50 %	25 %	378972529
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