MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_016842	AACGCA	2	12	262590	262601	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	378972756
5002	NC_016842	AGG	2	6	262684	262689	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972756
5003	NC_016842	TGA	2	6	262807	262812	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972756
5004	NC_016842	CGT	2	6	262967	262972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972756
5005	NC_016842	GCG	2	6	263120	263125	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972756
5006	NC_016842	AG	3	6	263140	263145	50 %	0 %	50 %	0 %	378972756
5007	NC_016842	GCA	3	9	263165	263173	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972756
5008	NC_016842	TGC	2	6	263176	263181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972756
5009	NC_016842	TA	3	6	263184	263189	50 %	50 %	0 %	0 %	378972756
5010	NC_016842	GGTT	2	8	263213	263220	0 %	50 %	50 %	0 %	378972756
5011	NC_016842	AGC	2	6	263254	263259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972756
5012	NC_016842	AGT	2	6	263260	263265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972756
5013	NC_016842	CT	3	6	263326	263331	0 %	50 %	0 %	50 %	378972757
5014	NC_016842	GCG	2	6	263455	263460	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972757
5015	NC_016842	GCT	2	6	263485	263490	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972757
5016	NC_016842	AG	3	6	263700	263705	50 %	0 %	50 %	0 %	378972758
5017	NC_016842	GTT	2	6	263780	263785	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972758
5018	NC_016842	G	6	6	263823	263828	0 %	0 %	100 %	0 %	378972758
5019	NC_016842	GCGT	2	8	263868	263875	0 %	25 %	50 %	25 %	378972758
5020	NC_016842	GGT	2	6	263911	263916	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972758
5021	NC_016842	TG	3	6	263933	263938	0 %	50 %	50 %	0 %	378972758
5022	NC_016842	GTGCG	2	10	263970	263979	0 %	20 %	60 %	20 %	378972758
5023	NC_016842	TGT	2	6	264046	264051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972759
5024	NC_016842	CT	3	6	264078	264083	0 %	50 %	0 %	50 %	378972759
5025	NC_016842	CTC	2	6	264139	264144	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972759
5026	NC_016842	G	7	7	264190	264196	0 %	0 %	100 %	0 %	378972759
5027	NC_016842	GCG	2	6	264297	264302	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972759
5028	NC_016842	TGG	2	6	264323	264328	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972759
5029	NC_016842	GCG	2	6	264341	264346	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972759
5030	NC_016842	TG	3	6	264368	264373	0 %	50 %	50 %	0 %	378972759
5031	NC_016842	GT	3	6	264484	264489	0 %	50 %	50 %	0 %	378972759
5032	NC_016842	TGG	2	6	264505	264510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972759
5033	NC_016842	TG	3	6	264634	264639	0 %	50 %	50 %	0 %	378972759
5034	NC_016842	TGG	2	6	264669	264674	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972759
5035	NC_016842	CGG	2	6	264740	264745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972759
5036	NC_016842	TGG	2	6	264826	264831	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972759
5037	NC_016842	CAG	2	6	264891	264896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972759
5038	NC_016842	TAT	2	6	264953	264958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972759
5039	NC_016842	GAC	2	6	264966	264971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972759
5040	NC_016842	AAG	2	6	264978	264983	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972759
5041	NC_016842	AGG	2	6	264991	264996	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972759
5042	NC_016842	GCG	2	6	265023	265028	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972759
5043	NC_016842	CTT	2	6	265029	265034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972759
5044	NC_016842	CCG	2	6	265059	265064	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972759
5045	NC_016842	CTT	2	6	265148	265153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972759
5046	NC_016842	GC	3	6	265167	265172	0 %	0 %	50 %	50 %	378972759
5047	NC_016842	GTG	2	6	265285	265290	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972759
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5049	NC_016842	GTGC	2	8	265401	265408	0 %	25 %	50 %	25 %	378972759
5050	NC_016842	TGG	2	6	265489	265494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972759
5051	NC_016842	CATGCG	2	12	265513	265524	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378972759
5052	NC_016842	G	6	6	265540	265545	0 %	0 %	100 %	0 %	378972759
5053	NC_016842	T	7	7	265560	265566	0 %	100 %	0 %	0 %	378972759
5054	NC_016842	ATTG	2	8	265586	265593	25 %	50 %	25 %	0 %	378972759
5055	NC_016842	TGG	2	6	265595	265600	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972759
5056	NC_016842	AGG	2	6	265623	265628	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972759
5057	NC_016842	GT	3	6	265793	265798	0 %	50 %	50 %	0 %	378972760
5058	NC_016842	CG	3	6	265810	265815	0 %	0 %	50 %	50 %	378972760
5059	NC_016842	TTG	2	6	265830	265835	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972760
5060	NC_016842	GGT	2	6	265861	265866	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972760
5061	NC_016842	GGGAA	2	10	265974	265983	40 %	0 %	60 %	0 %	378972760
5062	NC_016842	CGT	2	6	266039	266044	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972760
5063	NC_016842	CGT	2	6	266304	266309	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972761
5064	NC_016842	CGG	2	6	266403	266408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972761
5065	NC_016842	GAA	2	6	266412	266417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972761
5066	NC_016842	GTG	2	6	266449	266454	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972761
5067	NC_016842	AGA	2	6	266523	266528	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972761
5068	NC_016842	CCG	2	6	266549	266554	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972761
5069	NC_016842	TGAT	2	8	266579	266586	25 %	50 %	25 %	0 %	378972761
5070	NC_016842	ATGC	2	8	266605	266612	25 %	25 %	25 %	25 %	378972761
5071	NC_016842	TC	3	6	266642	266647	0 %	50 %	0 %	50 %	378972761
5072	NC_016842	AAG	2	6	266648	266653	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972761
5073	NC_016842	ATC	2	6	266680	266685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972761
5074	NC_016842	TGG	2	6	266715	266720	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972761
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5076	NC_016842	TC	3	6	266822	266827	0 %	50 %	0 %	50 %	378972761
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5081	NC_016842	TGC	2	6	267188	267193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972761
5082	NC_016842	TCT	2	6	267256	267261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972761
5083	NC_016842	GC	3	6	267315	267320	0 %	0 %	50 %	50 %	378972761
5084	NC_016842	GTG	2	6	267349	267354	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972761
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5087	NC_016842	GGA	2	6	267492	267497	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972761
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5089	NC_016842	GGAT	2	8	267548	267555	25 %	25 %	50 %	0 %	378972761
5090	NC_016842	GAG	2	6	267568	267573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972761
5091	NC_016842	TCG	2	6	267609	267614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972761
5092	NC_016842	GGA	2	6	267690	267695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972761
5093	NC_016842	AATC	2	8	267729	267736	50 %	25 %	0 %	25 %	378972761
5094	NC_016842	AAC	2	6	267793	267798	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972761
5095	NC_016842	TCC	2	6	267835	267840	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972761
5096	NC_016842	GAG	2	6	267989	267994	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972762
5097	NC_016842	GGT	2	6	268000	268005	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972762
5098	NC_016842	GT	3	6	268004	268009	0 %	50 %	50 %	0 %	378972762
5099	NC_016842	T	6	6	268085	268090	0 %	100 %	0 %	0 %	378972762
5100	NC_016842	CAG	2	6	268116	268121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972762
5101	NC_016842	CTTT	2	8	268259	268266	0 %	75 %	0 %	25 %	378972763
5102	NC_016842	GTT	2	6	268291	268296	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972763
5103	NC_016842	CTG	2	6	268307	268312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972763
5104	NC_016842	GTG	2	6	268327	268332	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972763
5105	NC_016842	TGC	2	6	268346	268351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972763
5106	NC_016842	TTTTC	2	10	268353	268362	0 %	80 %	0 %	20 %	378972763
5107	NC_016842	TTA	2	6	268389	268394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972763
5108	NC_016842	CG	3	6	268395	268400	0 %	0 %	50 %	50 %	378972763
5109	NC_016842	TTTTTC	2	12	268508	268519	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378972763
5110	NC_016842	ATG	2	6	268546	268551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972763
5111	NC_016842	T	6	6	268643	268648	0 %	100 %	0 %	0 %	378972763
5112	NC_016842	CTT	2	6	268651	268656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972763
5113	NC_016842	TGGC	2	8	268682	268689	0 %	25 %	50 %	25 %	378972763
5114	NC_016842	TGCG	2	8	268709	268716	0 %	25 %	50 %	25 %	378972763
5115	NC_016842	GCC	2	6	268721	268726	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972763
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5117	NC_016842	CTT	2	6	268760	268765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972763
5118	NC_016842	T	8	8	268764	268771	0 %	100 %	0 %	0 %	378972763
5119	NC_016842	T	6	6	268785	268790	0 %	100 %	0 %	0 %	378972763
5120	NC_016842	GT	3	6	268807	268812	0 %	50 %	50 %	0 %	378972763
5121	NC_016842	TG	3	6	268972	268977	0 %	50 %	50 %	0 %	378972764
5122	NC_016842	G	9	9	268985	268993	0 %	0 %	100 %	0 %	378972764
5123	NC_016842	GCA	2	6	269124	269129	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972764
5124	NC_016842	ATA	2	6	269186	269191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972764
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5496	NC_016842	AG	4	8	294997	295004	50 %	0 %	50 %	0 %	378972787
5497	NC_016842	CGTTG	2	10	295027	295036	0 %	40 %	40 %	20 %	378972787
5498	NC_016842	GTGC	2	8	295039	295046	0 %	25 %	50 %	25 %	378972787
5499	NC_016842	GCCG	2	8	295064	295071	0 %	0 %	50 %	50 %	378972787
5500	NC_016842	ATC	2	6	295084	295089	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972787

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