MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Thermovibrio ammonificans HB-1 plasmid pTHEAM01

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014917	GAAGG	2	10	504	513	40 %	0 %	60 %	0 %	319774849
2	NC_014917	GGCGG	2	10	733	742	0 %	0 %	80 %	20 %	319774850
3	NC_014917	TTCTT	2	10	1497	1506	0 %	80 %	0 %	20 %	319774851
4	NC_014917	CCTGC	2	10	2966	2975	0 %	20 %	20 %	60 %	319774852
5	NC_014917	GTCCC	2	10	3965	3974	0 %	20 %	20 %	60 %	319774853
6	NC_014917	GTTCC	2	10	5535	5544	0 %	40 %	20 %	40 %	319774853
7	NC_014917	CCCAG	2	10	6710	6719	20 %	0 %	20 %	60 %	319774854
8	NC_014917	CTTCT	2	10	8043	8052	0 %	60 %	0 %	40 %	319774857
9	NC_014917	TTCGG	2	10	9791	9800	0 %	40 %	40 %	20 %	319774860
10	NC_014917	TCTCT	2	10	10363	10372	0 %	60 %	0 %	40 %	319774861
11	NC_014917	GAAAA	2	10	11832	11841	80 %	0 %	20 %	0 %	319774863
12	NC_014917	GAGAG	2	10	13662	13671	40 %	0 %	60 %	0 %	319774866
13	NC_014917	GCAAG	2	10	14314	14323	40 %	0 %	40 %	20 %	319774866
14	NC_014917	AGGGC	2	10	14401	14410	20 %	0 %	60 %	20 %	319774866
15	NC_014917	TCTCC	2	10	16738	16747	0 %	40 %	0 %	60 %	319774867
16	NC_014917	TTGCC	2	10	18813	18822	0 %	40 %	20 %	40 %	319774871
17	NC_014917	GAAAG	2	10	19057	19066	60 %	0 %	40 %	0 %	319774871
18	NC_014917	AGGGA	2	10	19620	19629	40 %	0 %	60 %	0 %	319774872
19	NC_014917	AACGG	2	10	25813	25822	40 %	0 %	40 %	20 %	319774881
20	NC_014917	TGGAA	2	10	26889	26898	40 %	20 %	40 %	0 %	319774882
21	NC_014917	GCTCT	2	10	26958	26967	0 %	40 %	20 %	40 %	319774882
22	NC_014917	TCTCT	2	10	27510	27519	0 %	60 %	0 %	40 %	319774884
23	NC_014917	TTGAG	2	10	27955	27964	20 %	40 %	40 %	0 %	319774885
24	NC_014917	TCCCT	2	10	28484	28493	0 %	40 %	0 %	60 %	319774886
25	NC_014917	TTCCT	2	10	30009	30018	0 %	60 %	0 %	40 %	319774888
26	NC_014917	ATTTC	2	10	30366	30375	20 %	60 %	0 %	20 %	319774889
27	NC_014917	AGCCC	2	10	32569	32578	20 %	0 %	20 %	60 %	319774891
28	NC_014917	GGGGA	2	10	34401	34410	20 %	0 %	80 %	0 %	319774894
29	NC_014917	TTCGG	2	10	35140	35149	0 %	40 %	40 %	20 %	319774895
30	NC_014917	GAGTC	2	10	36874	36883	20 %	20 %	40 %	20 %	319774897
31	NC_014917	CTTTG	2	10	39402	39411	0 %	60 %	20 %	20 %	319774900
32	NC_014917	GAGAG	2	10	40738	40747	40 %	0 %	60 %	0 %	319774901
33	NC_014917	TCGCT	2	10	41425	41434	0 %	40 %	20 %	40 %	319774903
34	NC_014917	TCCCT	2	10	41809	41818	0 %	40 %	0 %	60 %	319774904
35	NC_014917	ACTGC	2	10	42827	42836	20 %	20 %	20 %	40 %	319774905
36	NC_014917	TCTCT	2	10	44321	44330	0 %	60 %	0 %	40 %	319774906
37	NC_014917	GTTCA	2	10	46147	46156	20 %	40 %	20 %	20 %	319774909
38	NC_014917	TTTCC	2	10	47121	47130	0 %	60 %	0 %	40 %	319774910
39	NC_014917	AAGGT	2	10	48209	48218	40 %	20 %	40 %	0 %	319774910
40	NC_014917	GCTTA	2	10	51746	51755	20 %	40 %	20 %	20 %	319774914
41	NC_014917	CCGGC	2	10	53886	53895	0 %	0 %	40 %	60 %	319774916
42	NC_014917	AAGGT	2	10	54699	54708	40 %	20 %	40 %	0 %	319774918
43	NC_014917	AGAGT	2	10	55076	55085	40 %	20 %	40 %	0 %	319774918
44	NC_014917	TCCTC	2	10	55815	55824	0 %	40 %	0 %	60 %	319774919
45	NC_014917	GAGTG	2	10	57732	57741	20 %	20 %	60 %	0 %	319774921
46	NC_014917	GAAGC	2	10	57766	57775	40 %	0 %	40 %	20 %	319774921
47	NC_014917	AGAGG	2	10	66129	66138	40 %	0 %	60 %	0 %	319774934
48	NC_014917	AGGGT	2	10	69415	69424	20 %	20 %	60 %	0 %	319774941
49	NC_014917	GCTCC	2	10	71090	71099	0 %	20 %	20 %	60 %	319774943
50	NC_014917	CGCCC	2	10	72096	72105	0 %	0 %	20 %	80 %	319774944
51	NC_014917	GCTTT	2	10	73642	73651	0 %	60 %	20 %	20 %	319774945
52	NC_014917	CCTTT	2	10	76135	76144	0 %	60 %	0 %	40 %	319774950

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.