MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Thiomonas intermedia K12 plasmid pTINT01

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014154	GAAC	2	8	569	576	50 %	0 %	25 %	25 %	296137612
2	NC_014154	GAAG	2	8	1177	1184	50 %	0 %	50 %	0 %	296137613
3	NC_014154	GGCC	2	8	1501	1508	0 %	0 %	50 %	50 %	296137613
4	NC_014154	CGGC	2	8	1592	1599	0 %	0 %	50 %	50 %	296137613
5	NC_014154	GCTT	2	8	1843	1850	0 %	50 %	25 %	25 %	296137614
6	NC_014154	GCCT	2	8	2065	2072	0 %	25 %	25 %	50 %	296137615
7	NC_014154	ATGG	2	8	2873	2880	25 %	25 %	50 %	0 %	296137616
8	NC_014154	GCTG	2	8	2971	2978	0 %	25 %	50 %	25 %	296137616
9	NC_014154	TGCT	2	8	3093	3100	0 %	50 %	25 %	25 %	296137616
10	NC_014154	GCTT	2	8	3887	3894	0 %	50 %	25 %	25 %	296137618
11	NC_014154	GGCG	2	8	5011	5018	0 %	0 %	75 %	25 %	296137620
12	NC_014154	GGCC	2	8	5062	5069	0 %	0 %	50 %	50 %	296137620
13	NC_014154	TGCG	2	8	5118	5125	0 %	25 %	50 %	25 %	296137620
14	NC_014154	CACC	2	8	5190	5197	25 %	0 %	0 %	75 %	296137620
15	NC_014154	GGCC	2	8	5443	5450	0 %	0 %	50 %	50 %	296137620
16	NC_014154	ACCC	2	8	5930	5937	25 %	0 %	0 %	75 %	296137620
17	NC_014154	GCGA	2	8	5957	5964	25 %	0 %	50 %	25 %	296137620
18	NC_014154	CAGC	2	8	6466	6473	25 %	0 %	25 %	50 %	296137620
19	NC_014154	CCGA	2	8	6492	6499	25 %	0 %	25 %	50 %	296137620
20	NC_014154	CGGC	3	12	6570	6581	0 %	0 %	50 %	50 %	296137620
21	NC_014154	ACCG	2	8	6731	6738	25 %	0 %	25 %	50 %	296137620
22	NC_014154	GAAG	2	8	6891	6898	50 %	0 %	50 %	0 %	296137620
23	NC_014154	TCGT	2	8	7296	7303	0 %	50 %	25 %	25 %	296137621
24	NC_014154	GCTC	2	8	7619	7626	0 %	25 %	25 %	50 %	296137621
25	NC_014154	CGAC	2	8	7982	7989	25 %	0 %	25 %	50 %	296137622
26	NC_014154	GCCG	2	8	9117	9124	0 %	0 %	50 %	50 %	296137622
27	NC_014154	GCCT	2	8	9260	9267	0 %	25 %	25 %	50 %	296137622
28	NC_014154	GCAG	2	8	9603	9610	25 %	0 %	50 %	25 %	296137622
29	NC_014154	AACA	2	8	9828	9835	75 %	0 %	0 %	25 %	296137623
30	NC_014154	AGCG	2	8	10530	10537	25 %	0 %	50 %	25 %	296137623
31	NC_014154	CAGC	2	8	10942	10949	25 %	0 %	25 %	50 %	296137624
32	NC_014154	TTGC	2	8	11003	11010	0 %	50 %	25 %	25 %	296137624
33	NC_014154	GCTG	2	8	11052	11059	0 %	25 %	50 %	25 %	296137624
34	NC_014154	CACG	2	8	11118	11125	25 %	0 %	25 %	50 %	296137624
35	NC_014154	GGCA	2	8	11163	11170	25 %	0 %	50 %	25 %	296137624
36	NC_014154	ACGC	2	8	11236	11243	25 %	0 %	25 %	50 %	296137624
37	NC_014154	CGCT	2	8	11612	11619	0 %	25 %	25 %	50 %	296137624
38	NC_014154	GAAG	2	8	11686	11693	50 %	0 %	50 %	0 %	296137624
39	NC_014154	ATTG	2	8	12584	12591	25 %	50 %	25 %	0 %	296137626
40	NC_014154	TGCC	2	8	12736	12743	0 %	25 %	25 %	50 %	296137626
41	NC_014154	GCCA	2	8	12883	12890	25 %	0 %	25 %	50 %	296137626
42	NC_014154	AAGT	2	8	13149	13156	50 %	25 %	25 %	0 %	296137626
43	NC_014154	TGCA	2	8	13205	13212	25 %	25 %	25 %	25 %	296137626
44	NC_014154	AGCA	2	8	13352	13359	50 %	0 %	25 %	25 %	296137626
45	NC_014154	CCCT	2	8	14069	14076	0 %	25 %	0 %	75 %	296137626
46	NC_014154	CAGC	2	8	14462	14469	25 %	0 %	25 %	50 %	296137626
47	NC_014154	GGCG	2	8	15306	15313	0 %	0 %	75 %	25 %	296137627
48	NC_014154	GGCG	2	8	15521	15528	0 %	0 %	75 %	25 %	296137627
49	NC_014154	TGCC	2	8	15849	15856	0 %	25 %	25 %	50 %	296137628
50	NC_014154	GTTG	2	8	15981	15988	0 %	50 %	50 %	0 %	296137628
51	NC_014154	CGTC	2	8	16350	16357	0 %	25 %	25 %	50 %	296137628
52	NC_014154	CGTG	2	8	16485	16492	0 %	25 %	50 %	25 %	296137628
53	NC_014154	AGCC	2	8	16513	16520	25 %	0 %	25 %	50 %	296137628
54	NC_014154	GGCG	2	8	16575	16582	0 %	0 %	75 %	25 %	296137628
55	NC_014154	GCGT	2	8	17577	17584	0 %	25 %	50 %	25 %	296137628
56	NC_014154	TCGG	2	8	17654	17661	0 %	25 %	50 %	25 %	296137628
57	NC_014154	ACCA	2	8	17824	17831	50 %	0 %	0 %	50 %	296137628
58	NC_014154	CTGA	2	8	19029	19036	25 %	25 %	25 %	25 %	296137630
59	NC_014154	CAGC	2	8	19339	19346	25 %	0 %	25 %	50 %	296137631
60	NC_014154	GGCG	2	8	27613	27620	0 %	0 %	75 %	25 %	296137633
61	NC_014154	ATGG	2	8	27896	27903	25 %	25 %	50 %	0 %	296137633
62	NC_014154	CTTC	2	8	28018	28025	0 %	50 %	0 %	50 %	296137633
63	NC_014154	TGGA	2	8	28386	28393	25 %	25 %	50 %	0 %	296137633
64	NC_014154	CTTG	2	8	28435	28442	0 %	50 %	25 %	25 %	296137633
65	NC_014154	TGCG	2	8	28704	28711	0 %	25 %	50 %	25 %	296137633
66	NC_014154	GAGG	2	8	29233	29240	25 %	0 %	75 %	0 %	296137633
67	NC_014154	GGCG	2	8	29417	29424	0 %	0 %	75 %	25 %	296137633
68	NC_014154	CCGG	2	8	29799	29806	0 %	0 %	50 %	50 %	296137634
69	NC_014154	GGCT	2	8	29886	29893	0 %	25 %	50 %	25 %	296137634
70	NC_014154	AGCG	2	8	29931	29938	25 %	0 %	50 %	25 %	296137635
71	NC_014154	CCTA	2	8	30283	30290	25 %	25 %	0 %	50 %	296137636
72	NC_014154	AGGC	2	8	30360	30367	25 %	0 %	50 %	25 %	296137636
73	NC_014154	TCGC	2	8	30480	30487	0 %	25 %	25 %	50 %	296137636
74	NC_014154	TCGC	2	8	30757	30764	0 %	25 %	25 %	50 %	296137636
75	NC_014154	CCAG	2	8	30874	30881	25 %	0 %	25 %	50 %	296137637
76	NC_014154	AGGC	2	8	31269	31276	25 %	0 %	50 %	25 %	296137637
77	NC_014154	GCCA	2	8	31456	31463	25 %	0 %	25 %	50 %	296137638
78	NC_014154	GCTT	2	8	31571	31578	0 %	50 %	25 %	25 %	296137638
79	NC_014154	CTTG	2	8	31954	31961	0 %	50 %	25 %	25 %	296137639
80	NC_014154	CCTT	2	8	33065	33072	0 %	50 %	0 %	50 %	296137641
81	NC_014154	GAAT	2	8	33602	33609	50 %	25 %	25 %	0 %	296137642
82	NC_014154	CAAG	2	8	33753	33760	50 %	0 %	25 %	25 %	296137642
83	NC_014154	GCTG	2	8	34236	34243	0 %	25 %	50 %	25 %	296137643
84	NC_014154	CTCA	2	8	34783	34790	25 %	25 %	0 %	50 %	296137643
85	NC_014154	TGGC	2	8	35786	35793	0 %	25 %	50 %	25 %	296137644
86	NC_014154	GTCG	2	8	37000	37007	0 %	25 %	50 %	25 %	296137647
87	NC_014154	CGGA	2	8	38066	38073	25 %	0 %	50 %	25 %	296137647
88	NC_014154	CGGC	2	8	38336	38343	0 %	0 %	50 %	50 %	296137647
89	NC_014154	CGTC	2	8	38346	38353	0 %	25 %	25 %	50 %	296137647
90	NC_014154	GCCA	2	8	38870	38877	25 %	0 %	25 %	50 %	296137647
91	NC_014154	CGAC	2	8	38925	38932	25 %	0 %	25 %	50 %	296137647
92	NC_014154	CGGC	2	8	39087	39094	0 %	0 %	50 %	50 %	296137647
93	NC_014154	ACGC	2	8	39430	39437	25 %	0 %	25 %	50 %	296137647
94	NC_014154	AGCG	2	8	40020	40027	25 %	0 %	50 %	25 %	296137648
95	NC_014154	GTTC	2	8	40658	40665	0 %	50 %	25 %	25 %	296137649
96	NC_014154	GCCG	2	8	40719	40726	0 %	0 %	50 %	50 %	296137649
97	NC_014154	GGAT	2	8	40902	40909	25 %	25 %	50 %	0 %	296137650
98	NC_014154	GCGA	2	8	41432	41439	25 %	0 %	50 %	25 %	296137651
99	NC_014154	GCAT	2	8	41547	41554	25 %	25 %	25 %	25 %	296137651
100	NC_014154	TGGA	2	8	41599	41606	25 %	25 %	50 %	0 %	296137651
101	NC_014154	TGAT	2	8	41974	41981	25 %	50 %	25 %	0 %	296137652
102	NC_014154	TGAT	2	8	42118	42125	25 %	50 %	25 %	0 %	296137652
103	NC_014154	TCTG	2	8	42755	42762	0 %	50 %	25 %	25 %	296137652
104	NC_014154	CCGG	2	8	43279	43286	0 %	0 %	50 %	50 %	296137652
105	NC_014154	CCGC	2	8	43339	43346	0 %	0 %	25 %	75 %	296137652
106	NC_014154	CGAC	2	8	43556	43563	25 %	0 %	25 %	50 %	296137652
107	NC_014154	CTGG	2	8	43646	43653	0 %	25 %	50 %	25 %	296137652
108	NC_014154	TGAG	2	8	43825	43832	25 %	25 %	50 %	0 %	296137652
109	NC_014154	GGCT	2	8	44247	44254	0 %	25 %	50 %	25 %	296137653
110	NC_014154	CAAA	2	8	44381	44388	75 %	0 %	0 %	25 %	296137653
111	NC_014154	TCGC	2	8	44511	44518	0 %	25 %	25 %	50 %	296137653
112	NC_014154	GCCT	2	8	44686	44693	0 %	25 %	25 %	50 %	296137653
113	NC_014154	AAGT	2	8	44697	44704	50 %	25 %	25 %	0 %	296137653
114	NC_014154	CCTT	2	8	44716	44723	0 %	50 %	0 %	50 %	296137653
115	NC_014154	CGAG	2	8	45657	45664	25 %	0 %	50 %	25 %	296137654

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.