MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2001	NC_018722	GCG	2	6	100537	100542	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501994
2002	NC_018722	CG	5	10	100541	100550	0 %	0 %	50 %	50 %	408501994
2003	NC_018722	GTA	2	6	100607	100612	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501994
2004	NC_018722	GC	3	6	100854	100859	0 %	0 %	50 %	50 %	408501994
2005	NC_018722	GGT	2	6	100884	100889	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501994
2006	NC_018722	GTC	2	6	100890	100895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501994
2007	NC_018722	TTC	2	6	100938	100943	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501994
2008	NC_018722	CAGC	2	8	100963	100970	25 %	0 %	25 %	50 %	408501994
2009	NC_018722	CTT	2	6	100980	100985	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501994
2010	NC_018722	TTG	2	6	100987	100992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501994
2011	NC_018722	CGCA	2	8	101005	101012	25 %	0 %	25 %	50 %	408501994
2012	NC_018722	GCC	2	6	101050	101055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501994
2013	NC_018722	GCG	2	6	101070	101075	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501994
2014	NC_018722	GCT	2	6	101095	101100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501994
2015	NC_018722	GT	3	6	101155	101160	0 %	50 %	50 %	0 %	408501994
2016	NC_018722	CG	3	6	101165	101170	0 %	0 %	50 %	50 %	408501994
2017	NC_018722	GCT	2	6	101184	101189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501994
2018	NC_018722	TGC	2	6	101205	101210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501994
2019	NC_018722	GGA	2	6	101214	101219	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501994
2020	NC_018722	GCC	2	6	101280	101285	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501994
2021	NC_018722	TG	3	6	101291	101296	0 %	50 %	50 %	0 %	408501994
2022	NC_018722	ATA	2	6	101338	101343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501994
2023	NC_018722	CTG	2	6	101378	101383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501994
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2027	NC_018722	GAT	2	6	101615	101620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2028	NC_018722	AGC	2	6	101643	101648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501995
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2030	NC_018722	GAG	2	6	101690	101695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501995
2031	NC_018722	ATG	2	6	101718	101723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501995
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2033	NC_018722	CGT	2	6	101828	101833	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501995
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2035	NC_018722	TG	3	6	101875	101880	0 %	50 %	50 %	0 %	408501995
2036	NC_018722	GC	3	6	101935	101940	0 %	0 %	50 %	50 %	408501995
2037	NC_018722	GC	3	6	102071	102076	0 %	0 %	50 %	50 %	408501995
2038	NC_018722	GA	3	6	102099	102104	50 %	0 %	50 %	0 %	408501995
2039	NC_018722	TGC	2	6	102128	102133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501996
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2042	NC_018722	GT	3	6	102221	102226	0 %	50 %	50 %	0 %	408501996
2043	NC_018722	TTC	2	6	102275	102280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501996
2044	NC_018722	GCGT	2	8	102313	102320	0 %	25 %	50 %	25 %	408501996
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2046	NC_018722	TCCTC	2	10	102366	102375	0 %	40 %	0 %	60 %	408501996
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2051	NC_018722	TGC	2	6	102595	102600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501996
2052	NC_018722	GTA	2	6	102769	102774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2053	NC_018722	AAT	2	6	102777	102782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2054	NC_018722	CG	3	6	102788	102793	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2055	NC_018722	TTGA	2	8	102852	102859	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2056	NC_018722	GCG	2	6	102916	102921	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501997
2057	NC_018722	AGC	2	6	102966	102971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501997
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2059	NC_018722	GTC	2	6	103094	103099	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501997
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2061	NC_018722	GCT	2	6	103220	103225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501997
2062	NC_018722	ATG	2	6	103226	103231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501997
2063	NC_018722	CG	4	8	103282	103289	0 %	0 %	50 %	50 %	408501997
2064	NC_018722	TTC	2	6	103290	103295	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501997
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2072	NC_018722	CTACT	2	10	103525	103534	20 %	40 %	0 %	40 %	408501997
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2090	NC_018722	G	7	7	104277	104283	0 %	0 %	100 %	0 %	408501998
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2094	NC_018722	AGCA	2	8	104405	104412	50 %	0 %	25 %	25 %	408501998
2095	NC_018722	GCA	2	6	104481	104486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501998
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2107	NC_018722	CGA	2	6	105330	105335	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501998
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2109	NC_018722	GA	3	6	105421	105426	50 %	0 %	50 %	0 %	408501998
2110	NC_018722	GGT	2	6	105434	105439	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501998
2111	NC_018722	GCG	2	6	105445	105450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501998
2112	NC_018722	A	6	6	105520	105525	100 %	0 %	0 %	0 %	408501998
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2117	NC_018722	AC	3	6	105726	105731	50 %	0 %	0 %	50 %	408501998
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2119	NC_018722	AGCG	2	8	105798	105805	25 %	0 %	50 %	25 %	408501998
2120	NC_018722	GC	3	6	105856	105861	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2121	NC_018722	TTC	2	6	105862	105867	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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2123	NC_018722	CG	3	6	105948	105953	0 %	0 %	50 %	50 %	408501999
2124	NC_018722	GC	3	6	105990	105995	0 %	0 %	50 %	50 %	408501999
2125	NC_018722	CGC	2	6	106018	106023	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501999
2126	NC_018722	TGT	2	6	106080	106085	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501999
2127	NC_018722	TCA	2	6	106137	106142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501999
2128	NC_018722	TTG	2	6	106203	106208	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501999
2129	NC_018722	AGCG	2	8	106227	106234	25 %	0 %	50 %	25 %	408501999
2130	NC_018722	CTA	2	6	106243	106248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501999
2131	NC_018722	CAA	2	6	106267	106272	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501999
2132	NC_018722	CACC	2	8	106319	106326	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2133	NC_018722	CTG	2	6	106361	106366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2134	NC_018722	AGA	2	6	106463	106468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502000
2135	NC_018722	ACC	2	6	106512	106517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502000
2136	NC_018722	CT	3	6	106678	106683	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2137	NC_018722	GA	3	6	106689	106694	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2138	NC_018722	TGCT	2	8	106697	106704	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2139	NC_018722	AGC	2	6	106712	106717	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2140	NC_018722	AGG	2	6	106736	106741	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502001
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2142	NC_018722	CAGG	2	8	106780	106787	25 %	0 %	50 %	25 %	408502001
2143	NC_018722	GAA	2	6	106807	106812	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502001
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2146	NC_018722	GC	3	6	106882	106887	0 %	0 %	50 %	50 %	408502001
2147	NC_018722	GC	3	6	106909	106914	0 %	0 %	50 %	50 %	408502001
2148	NC_018722	CCG	2	6	106923	106928	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502001
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2151	NC_018722	CG	3	6	107024	107029	0 %	0 %	50 %	50 %	408502001
2152	NC_018722	CGTG	2	8	107046	107053	0 %	25 %	50 %	25 %	408502001
2153	NC_018722	TG	4	8	107052	107059	0 %	50 %	50 %	0 %	408502001
2154	NC_018722	GC	3	6	107068	107073	0 %	0 %	50 %	50 %	408502001
2155	NC_018722	GTC	2	6	107083	107088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502001
2156	NC_018722	GCGTC	2	10	107123	107132	0 %	20 %	40 %	40 %	408502001
2157	NC_018722	AG	3	6	107200	107205	50 %	0 %	50 %	0 %	408502001
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2164	NC_018722	T	6	6	107483	107488	0 %	100 %	0 %	0 %	408502002
2165	NC_018722	AGG	3	9	107552	107560	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502002
2166	NC_018722	ATC	2	6	107563	107568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502002
2167	NC_018722	TAA	2	6	107649	107654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502002
2168	NC_018722	GTCGGT	2	12	107692	107703	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	408502002
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2176	NC_018722	CAC	2	6	107997	108002	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502002
2177	NC_018722	GAACG	2	10	108054	108063	40 %	0 %	40 %	20 %	408502002
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2180	NC_018722	CG	3	6	108366	108371	0 %	0 %	50 %	50 %	408502003
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2194	NC_018722	CGGG	2	8	109057	109064	0 %	0 %	75 %	25 %	408502004
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2214	NC_018722	T	6	6	109775	109780	0 %	100 %	0 %	0 %	408502005
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2237	NC_018722	ATC	2	6	111032	111037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502005
2238	NC_018722	CTA	2	6	111043	111048	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502005
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2240	NC_018722	AAT	2	6	111225	111230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502005
2241	NC_018722	TGC	2	6	111374	111379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502005
2242	NC_018722	TCA	2	6	111408	111413	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502005
2243	NC_018722	TTC	2	6	111426	111431	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502005
2244	NC_018722	GC	3	6	111626	111631	0 %	0 %	50 %	50 %	408502005
2245	NC_018722	CG	3	6	111640	111645	0 %	0 %	50 %	50 %	408502005
2246	NC_018722	AG	3	6	111728	111733	50 %	0 %	50 %	0 %	408502005
2247	NC_018722	A	6	6	111766	111771	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2248	NC_018722	GATG	2	8	111827	111834	25 %	25 %	50 %	0 %	408502006
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2469	NC_018722	A	6	6	122212	122217	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2470	NC_018722	C	9	9	122232	122240	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2471	NC_018722	CA	3	6	122254	122259	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2472	NC_018722	GAG	2	6	122265	122270	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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2484	NC_018722	CGA	2	6	123174	123179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502011
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2486	NC_018722	CG	3	6	123204	123209	0 %	0 %	50 %	50 %	408502011
2487	NC_018722	AGC	2	6	123218	123223	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502011
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2491	NC_018722	TCC	2	6	123677	123682	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2492	NC_018722	CTG	2	6	123819	123824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502012
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2498	NC_018722	GCGT	2	8	124261	124268	0 %	25 %	50 %	25 %	408502012
2499	NC_018722	AAC	2	6	124288	124293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502012
2500	NC_018722	GTTC	2	8	124294	124301	0 %	50 %	25 %	25 %	408502012

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