MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_018722	GAA	2	6	50710	50715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501947
1002	NC_018722	GCGCA	2	10	50738	50747	20 %	0 %	40 %	40 %	408501947
1003	NC_018722	CA	3	6	50783	50788	50 %	0 %	0 %	50 %	408501947
1004	NC_018722	GCAG	2	8	50848	50855	25 %	0 %	50 %	25 %	408501947
1005	NC_018722	GCA	2	6	50874	50879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501947
1006	NC_018722	CTA	2	6	50928	50933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501947
1007	NC_018722	GTT	2	6	50947	50952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501947
1008	NC_018722	TGC	2	6	51003	51008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501947
1009	NC_018722	GA	3	6	51103	51108	50 %	0 %	50 %	0 %	408501947
1010	NC_018722	TTG	3	9	51115	51123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501947
1011	NC_018722	TC	3	6	51165	51170	0 %	50 %	0 %	50 %	408501947
1012	NC_018722	AGC	2	6	51183	51188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501947
1013	NC_018722	GCG	2	6	51316	51321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501947
1014	NC_018722	AAG	2	6	51349	51354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501947
1015	NC_018722	GGC	2	6	51398	51403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501947
1016	NC_018722	TTCT	2	8	51462	51469	0 %	75 %	0 %	25 %	408501947
1017	NC_018722	TTG	2	6	51479	51484	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501947
1018	NC_018722	CAC	2	6	51491	51496	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501947
1019	NC_018722	GCA	2	6	51558	51563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501947
1020	NC_018722	CG	4	8	51627	51634	0 %	0 %	50 %	50 %	408501947
1021	NC_018722	AGA	2	6	51669	51674	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501947
1022	NC_018722	GC	3	6	51679	51684	0 %	0 %	50 %	50 %	408501947
1023	NC_018722	TTC	2	6	51717	51722	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501947
1024	NC_018722	TGC	2	6	51741	51746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501947
1025	NC_018722	CA	3	6	51947	51952	50 %	0 %	0 %	50 %	408501947
1026	NC_018722	GC	3	6	52015	52020	0 %	0 %	50 %	50 %	408501947
1027	NC_018722	GAG	2	6	52102	52107	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501947
1028	NC_018722	CTG	2	6	52111	52116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501947
1029	NC_018722	TC	3	6	52160	52165	0 %	50 %	0 %	50 %	408501947
1030	NC_018722	GGGC	2	8	52166	52173	0 %	0 %	75 %	25 %	408501947
1031	NC_018722	TGA	2	6	52193	52198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501947
1032	NC_018722	TCG	2	6	52305	52310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501947
1033	NC_018722	CG	3	6	52361	52366	0 %	0 %	50 %	50 %	408501947
1034	NC_018722	A	6	6	52378	52383	100 %	0 %	0 %	0 %	408501947
1035	NC_018722	GAT	2	6	52402	52407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501947
1036	NC_018722	GGA	2	6	52451	52456	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501947
1037	NC_018722	TAT	2	6	52492	52497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501947
1038	NC_018722	TGT	2	6	52515	52520	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501947
1039	NC_018722	GT	3	6	52519	52524	0 %	50 %	50 %	0 %	408501947
1040	NC_018722	TCT	2	6	52577	52582	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1041	NC_018722	TCG	3	9	52628	52636	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501948
1042	NC_018722	GTG	2	6	52637	52642	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501948
1043	NC_018722	GCG	2	6	52660	52665	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501948
1044	NC_018722	TCA	2	6	52700	52705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501948
1045	NC_018722	GGA	2	6	52753	52758	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501948
1046	NC_018722	CGG	2	6	52797	52802	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501948
1047	NC_018722	ATGC	2	8	52823	52830	25 %	25 %	25 %	25 %	408501948
1048	NC_018722	CAA	2	6	52851	52856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501948
1049	NC_018722	TGCAG	2	10	52869	52878	20 %	20 %	40 %	20 %	408501948
1050	NC_018722	GCA	2	6	52944	52949	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501948
1051	NC_018722	TG	3	6	52983	52988	0 %	50 %	50 %	0 %	408501948
1052	NC_018722	GGT	2	6	53076	53081	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501948
1053	NC_018722	GT	3	6	53111	53116	0 %	50 %	50 %	0 %	408501948
1054	NC_018722	A	6	6	53190	53195	100 %	0 %	0 %	0 %	408501948
1055	NC_018722	CG	4	8	53232	53239	0 %	0 %	50 %	50 %	408501948
1056	NC_018722	TAC	2	6	53240	53245	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501948
1057	NC_018722	AAG	2	6	53279	53284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501948
1058	NC_018722	AATC	2	8	53325	53332	50 %	25 %	0 %	25 %	408501948
1059	NC_018722	ATTA	2	8	53353	53360	50 %	50 %	0 %	0 %	408501948
1060	NC_018722	GA	3	6	53368	53373	50 %	0 %	50 %	0 %	408501948
1061	NC_018722	TA	4	8	53543	53550	50 %	50 %	0 %	0 %	408501948
1062	NC_018722	CG	3	6	53620	53625	0 %	0 %	50 %	50 %	408501948
1063	NC_018722	TTA	2	6	53627	53632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501948
1064	NC_018722	CAAA	2	8	53695	53702	75 %	0 %	0 %	25 %	408501948
1065	NC_018722	GAA	2	6	53755	53760	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501948
1066	NC_018722	TAT	2	6	53775	53780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501948
1067	NC_018722	CGCTG	2	10	53793	53802	0 %	20 %	40 %	40 %	408501948
1068	NC_018722	CG	3	6	53805	53810	0 %	0 %	50 %	50 %	408501948
1069	NC_018722	ATC	2	6	53834	53839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501948
1070	NC_018722	CGA	2	6	53856	53861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501948
1071	NC_018722	AT	3	6	53865	53870	50 %	50 %	0 %	0 %	408501948
1072	NC_018722	GAT	2	6	53884	53889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501948
1073	NC_018722	CG	3	6	53931	53936	0 %	0 %	50 %	50 %	408501948
1074	NC_018722	AGA	2	6	54014	54019	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501948
1075	NC_018722	CTG	2	6	54023	54028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501948
1076	NC_018722	A	7	7	54041	54047	100 %	0 %	0 %	0 %	408501948
1077	NC_018722	CAA	2	6	54087	54092	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501948
1078	NC_018722	GCTAC	2	10	54157	54166	20 %	20 %	20 %	40 %	408501948
1079	NC_018722	TCGCT	2	10	54194	54203	0 %	40 %	20 %	40 %	408501948
1080	NC_018722	GGAA	2	8	54318	54325	50 %	0 %	50 %	0 %	408501948
1081	NC_018722	CG	3	6	54351	54356	0 %	0 %	50 %	50 %	408501948
1082	NC_018722	TC	3	6	54366	54371	0 %	50 %	0 %	50 %	408501948
1083	NC_018722	AGC	2	6	54488	54493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501948
1084	NC_018722	AGA	2	6	54506	54511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1085	NC_018722	CAGG	2	8	54522	54529	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1086	NC_018722	GTAC	2	8	54535	54542	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1087	NC_018722	A	6	6	54635	54640	100 %	0 %	0 %	0 %	408501949
1088	NC_018722	CATC	2	8	54679	54686	25 %	25 %	0 %	50 %	408501949
1089	NC_018722	T	8	8	54688	54695	0 %	100 %	0 %	0 %	408501949
1090	NC_018722	TTTC	2	8	54768	54775	0 %	75 %	0 %	25 %	408501949
1091	NC_018722	CTTT	2	8	54898	54905	0 %	75 %	0 %	25 %	408501949
1092	NC_018722	T	6	6	54903	54908	0 %	100 %	0 %	0 %	408501949
1093	NC_018722	CAT	2	6	55010	55015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501949
1094	NC_018722	TTC	2	6	55145	55150	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501949
1095	NC_018722	ACG	2	6	55191	55196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501949
1096	NC_018722	AAT	2	6	55286	55291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501949
1097	NC_018722	TCG	2	6	55302	55307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501949
1098	NC_018722	ACT	2	6	55341	55346	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501949
1099	NC_018722	TCGT	2	8	55364	55371	0 %	50 %	25 %	25 %	408501949
1100	NC_018722	ATA	2	6	55424	55429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501949
1101	NC_018722	ATGCT	2	10	55485	55494	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
1102	NC_018722	A	6	6	55537	55542	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1103	NC_018722	AGG	2	6	55585	55590	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1104	NC_018722	GT	3	6	55628	55633	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1105	NC_018722	ACG	2	6	55639	55644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1106	NC_018722	CAG	2	6	55658	55663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1107	NC_018722	CAC	2	6	55699	55704	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1108	NC_018722	AC	3	6	55728	55733	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1109	NC_018722	GTG	2	6	55747	55752	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1110	NC_018722	CA	3	6	55783	55788	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1111	NC_018722	GT	3	6	55795	55800	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1112	NC_018722	ACA	2	6	55824	55829	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501950
1113	NC_018722	CAT	2	6	55851	55856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501950
1114	NC_018722	ATA	2	6	55871	55876	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501950
1115	NC_018722	T	7	7	55879	55885	0 %	100 %	0 %	0 %	408501950
1116	NC_018722	CTG	2	6	55918	55923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501950
1117	NC_018722	CAA	2	6	55933	55938	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501950
1118	NC_018722	GC	4	8	55943	55950	0 %	0 %	50 %	50 %	408501950
1119	NC_018722	GCA	2	6	55953	55958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501950
1120	NC_018722	CTA	2	6	55970	55975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501950
1121	NC_018722	CTT	2	6	55982	55987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501950
1122	NC_018722	CTAA	2	8	56044	56051	50 %	25 %	0 %	25 %	408501950
1123	NC_018722	CTT	2	6	56102	56107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501950
1124	NC_018722	GCA	2	6	56182	56187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501950
1125	NC_018722	TATG	2	8	56201	56208	25 %	50 %	25 %	0 %	408501950
1126	NC_018722	TCCT	2	8	56418	56425	0 %	50 %	0 %	50 %	408501950
1127	NC_018722	GCG	2	6	56438	56443	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501950
1128	NC_018722	TCC	2	6	56559	56564	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501951
1129	NC_018722	GTG	2	6	56718	56723	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501951
1130	NC_018722	GCG	2	6	56775	56780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501951
1131	NC_018722	T	6	6	56802	56807	0 %	100 %	0 %	0 %	408501951
1132	NC_018722	AT	3	6	56809	56814	50 %	50 %	0 %	0 %	408501951
1133	NC_018722	TTC	2	6	56864	56869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501951
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1150	NC_018722	GAT	2	6	57625	57630	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1151	NC_018722	TGC	2	6	57647	57652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1155	NC_018722	GGC	2	6	57997	58002	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1169	NC_018722	GGA	2	6	58808	58813	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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1172	NC_018722	GCAGG	2	10	58862	58871	20 %	0 %	60 %	20 %	408501954
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1184	NC_018722	CAT	2	6	59489	59494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1185	NC_018722	TCGTG	2	10	59513	59522	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
1186	NC_018722	TTG	2	6	59537	59542	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1223	NC_018722	ATG	2	6	61323	61328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501956
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1228	NC_018722	GCA	2	6	61547	61552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501956
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1230	NC_018722	CCGCG	2	10	61707	61716	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
1231	NC_018722	ATC	2	6	61752	61757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501957
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1233	NC_018722	CCA	2	6	61943	61948	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501957
1234	NC_018722	C	6	6	61991	61996	0 %	0 %	0 %	100 %	408501957
1235	NC_018722	AAT	2	6	62094	62099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501957
1236	NC_018722	GT	4	8	62118	62125	0 %	50 %	50 %	0 %	408501957
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1238	NC_018722	AGA	2	6	62195	62200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501957
1239	NC_018722	AAAT	2	8	62218	62225	75 %	25 %	0 %	0 %	408501957
1240	NC_018722	CAG	2	6	62259	62264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501957
1241	NC_018722	GC	3	6	62322	62327	0 %	0 %	50 %	50 %	408501957
1242	NC_018722	TCG	2	6	62338	62343	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501957
1243	NC_018722	TTC	2	6	62373	62378	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501957
1244	NC_018722	TGTAAC	2	12	62402	62413	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	408501957
1245	NC_018722	AAGG	2	8	62532	62539	50 %	0 %	50 %	0 %	408501957
1246	NC_018722	TTC	2	6	62616	62621	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501957
1247	NC_018722	GTT	2	6	62634	62639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501957
1248	NC_018722	TGCC	2	8	62643	62650	0 %	25 %	25 %	50 %	408501957
1249	NC_018722	C	6	6	62712	62717	0 %	0 %	0 %	100 %	408501957
1250	NC_018722	GC	3	6	62765	62770	0 %	0 %	50 %	50 %	408501957
1251	NC_018722	CAT	2	6	62796	62801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501957
1252	NC_018722	CCT	3	9	62809	62817	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1253	NC_018722	GTA	2	6	62833	62838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1254	NC_018722	GCG	2	6	62866	62871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1255	NC_018722	TGTC	2	8	62882	62889	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1256	NC_018722	TG	3	6	62907	62912	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1257	NC_018722	CCT	2	6	63023	63028	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501958
1258	NC_018722	GCG	2	6	63031	63036	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501958
1259	NC_018722	CT	3	6	63043	63048	0 %	50 %	0 %	50 %	408501958
1260	NC_018722	GCA	2	6	63084	63089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501958
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1262	NC_018722	TGCG	2	8	63129	63136	0 %	25 %	50 %	25 %	408501958
1263	NC_018722	TG	3	6	63153	63158	0 %	50 %	50 %	0 %	408501958
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1281	NC_018722	TGT	2	6	64038	64043	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1282	NC_018722	T	10	10	64082	64091	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1382	NC_018722	CCT	2	6	69663	69668	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1383	NC_018722	AAC	2	6	69736	69741	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1384	NC_018722	CGA	2	6	69890	69895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501965
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1386	NC_018722	CT	3	6	69989	69994	0 %	50 %	0 %	50 %	408501965
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1388	NC_018722	GAT	2	6	70041	70046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501965
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