MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_018722	TGT	2	6	25324	25329	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501926
502	NC_018722	GCT	2	6	25357	25362	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501926
503	NC_018722	T	9	9	25368	25376	0 %	100 %	0 %	0 %	408501926
504	NC_018722	AGA	2	6	25422	25427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501927
505	NC_018722	ACA	2	6	25630	25635	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501927
506	NC_018722	T	6	6	25663	25668	0 %	100 %	0 %	0 %	408501927
507	NC_018722	TTA	2	6	25684	25689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501927
508	NC_018722	AG	3	6	25790	25795	50 %	0 %	50 %	0 %	408501927
509	NC_018722	GGA	2	6	25800	25805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501927
510	NC_018722	GATT	2	8	25859	25866	25 %	50 %	25 %	0 %	408501927
511	NC_018722	CTT	2	6	25910	25915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501927
512	NC_018722	T	6	6	25914	25919	0 %	100 %	0 %	0 %	408501927
513	NC_018722	AGCG	2	8	25997	26004	25 %	0 %	50 %	25 %	408501927
514	NC_018722	TG	3	6	26026	26031	0 %	50 %	50 %	0 %	408501927
515	NC_018722	GTATC	2	10	26076	26085	20 %	40 %	20 %	20 %	408501927
516	NC_018722	TGG	2	6	26087	26092	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501927
517	NC_018722	GCA	2	6	26098	26103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501927
518	NC_018722	TGC	2	6	26112	26117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501927
519	NC_018722	T	6	6	26121	26126	0 %	100 %	0 %	0 %	408501927
520	NC_018722	CTT	2	6	26129	26134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501927
521	NC_018722	TGC	2	6	26156	26161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501927
522	NC_018722	T	6	6	26195	26200	0 %	100 %	0 %	0 %	408501927
523	NC_018722	GTT	2	6	26247	26252	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501927
524	NC_018722	GT	3	6	26253	26258	0 %	50 %	50 %	0 %	408501927
525	NC_018722	A	7	7	26446	26452	100 %	0 %	0 %	0 %	408501927
526	NC_018722	GC	3	6	26470	26475	0 %	0 %	50 %	50 %	408501927
527	NC_018722	TCT	2	6	26548	26553	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501927
528	NC_018722	T	7	7	26634	26640	0 %	100 %	0 %	0 %	408501927
529	NC_018722	T	6	6	26698	26703	0 %	100 %	0 %	0 %	408501927
530	NC_018722	TGT	2	6	26723	26728	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501927
531	NC_018722	CG	3	6	26739	26744	0 %	0 %	50 %	50 %	408501927
532	NC_018722	CCTT	2	8	26833	26840	0 %	50 %	0 %	50 %	408501927
533	NC_018722	GCAC	2	8	26939	26946	25 %	0 %	25 %	50 %	408501927
534	NC_018722	TGC	2	6	26949	26954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501927
535	NC_018722	GGTGG	2	10	26983	26992	0 %	20 %	80 %	0 %	408501927
536	NC_018722	CAA	2	6	27136	27141	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501927
537	NC_018722	GA	3	6	27241	27246	50 %	0 %	50 %	0 %	408501927
538	NC_018722	AGCG	2	8	27252	27259	25 %	0 %	50 %	25 %	408501927
539	NC_018722	T	6	6	27267	27272	0 %	100 %	0 %	0 %	408501927
540	NC_018722	TTGAGA	2	12	27320	27331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501927
541	NC_018722	CAGT	2	8	27343	27350	25 %	25 %	25 %	25 %	408501927
542	NC_018722	GT	4	8	27412	27419	0 %	50 %	50 %	0 %	408501927
543	NC_018722	GC	4	8	27454	27461	0 %	0 %	50 %	50 %	408501927
544	NC_018722	T	6	6	27491	27496	0 %	100 %	0 %	0 %	408501927
545	NC_018722	GTG	2	6	27610	27615	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
546	NC_018722	GTT	2	6	27657	27662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501928
547	NC_018722	TGG	2	6	27674	27679	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
548	NC_018722	TGG	2	6	27684	27689	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
549	NC_018722	TATTT	2	10	27709	27718	20 %	80 %	0 %	0 %	408501928
550	NC_018722	CTGCG	2	10	27775	27784	0 %	20 %	40 %	40 %	408501928
551	NC_018722	TGCG	2	8	27791	27798	0 %	25 %	50 %	25 %	408501928
552	NC_018722	GT	4	8	27806	27813	0 %	50 %	50 %	0 %	408501928
553	NC_018722	CATC	2	8	27820	27827	25 %	25 %	0 %	50 %	408501928
554	NC_018722	T	6	6	27831	27836	0 %	100 %	0 %	0 %	408501928
555	NC_018722	GGT	2	6	27857	27862	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
556	NC_018722	GTA	2	6	27931	27936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501928
557	NC_018722	GT	3	6	28047	28052	0 %	50 %	50 %	0 %	408501928
558	NC_018722	AGTG	2	8	28053	28060	25 %	25 %	50 %	0 %	408501928
559	NC_018722	ATG	2	6	28099	28104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501928
560	NC_018722	T	6	6	28109	28114	0 %	100 %	0 %	0 %	408501928
561	NC_018722	TTA	2	6	28130	28135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501928
562	NC_018722	AT	4	8	28140	28147	50 %	50 %	0 %	0 %	408501928
563	NC_018722	TCA	2	6	28201	28206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501928
564	NC_018722	T	6	6	28249	28254	0 %	100 %	0 %	0 %	408501928
565	NC_018722	G	6	6	28266	28271	0 %	0 %	100 %	0 %	408501928
566	NC_018722	T	6	6	28353	28358	0 %	100 %	0 %	0 %	408501928
567	NC_018722	CAG	2	6	28419	28424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501928
568	NC_018722	TTTG	2	8	28437	28444	0 %	75 %	25 %	0 %	408501928
569	NC_018722	TGA	2	6	28484	28489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501928
570	NC_018722	GT	3	6	28493	28498	0 %	50 %	50 %	0 %	408501928
571	NC_018722	TG	3	6	28508	28513	0 %	50 %	50 %	0 %	408501928
572	NC_018722	GTG	2	6	28690	28695	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
573	NC_018722	TGA	2	6	28733	28738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501928
574	NC_018722	GGT	2	6	28882	28887	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
575	NC_018722	TGA	2	6	28896	28901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
576	NC_018722	AT	3	6	28935	28940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
577	NC_018722	CTC	2	6	29026	29031	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
578	NC_018722	AGG	2	6	29053	29058	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
579	NC_018722	G	6	6	29057	29062	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
580	NC_018722	GCT	2	6	29129	29134	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501929
581	NC_018722	TCC	2	6	29155	29160	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501929
582	NC_018722	GC	3	6	29213	29218	0 %	0 %	50 %	50 %	408501929
583	NC_018722	GAT	2	6	29252	29257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501929
584	NC_018722	ATC	2	6	29306	29311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501929
585	NC_018722	AAC	2	6	29321	29326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501929
586	NC_018722	A	7	7	29333	29339	100 %	0 %	0 %	0 %	408501929
587	NC_018722	A	6	6	29445	29450	100 %	0 %	0 %	0 %	408501929
588	NC_018722	TCT	2	6	29474	29479	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501929
589	NC_018722	GAA	2	6	29548	29553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501929
590	NC_018722	TC	3	6	29584	29589	0 %	50 %	0 %	50 %	408501929
591	NC_018722	AG	3	6	29864	29869	50 %	0 %	50 %	0 %	408501930
592	NC_018722	ACC	2	6	29941	29946	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501930
593	NC_018722	TGCGC	2	10	29963	29972	0 %	20 %	40 %	40 %	408501930
594	NC_018722	AGT	2	6	29977	29982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501930
595	NC_018722	CCG	2	6	30119	30124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501930
596	NC_018722	TCT	2	6	30158	30163	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
597	NC_018722	CAC	2	6	30317	30322	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501930
598	NC_018722	T	6	6	30335	30340	0 %	100 %	0 %	0 %	408501930
599	NC_018722	TC	3	6	30393	30398	0 %	50 %	0 %	50 %	408501930
600	NC_018722	AGC	2	6	30460	30465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501930
601	NC_018722	TGC	2	6	30490	30495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
602	NC_018722	TGT	2	6	30535	30540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501930
603	NC_018722	GTG	2	6	30564	30569	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501930
604	NC_018722	TG	3	6	30633	30638	0 %	50 %	50 %	0 %	408501930
605	NC_018722	TCCAG	2	10	30789	30798	20 %	20 %	20 %	40 %	408501930
606	NC_018722	TTC	2	6	30801	30806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
607	NC_018722	TGC	2	6	30816	30821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
608	NC_018722	CGT	2	6	30922	30927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
609	NC_018722	AAAG	2	8	30937	30944	75 %	0 %	25 %	0 %	408501930
610	NC_018722	CA	3	6	30959	30964	50 %	0 %	0 %	50 %	408501930
611	NC_018722	GT	3	6	31052	31057	0 %	50 %	50 %	0 %	408501930
612	NC_018722	CTA	2	6	31103	31108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501930
613	NC_018722	GCGG	2	8	31113	31120	0 %	0 %	75 %	25 %	408501930
614	NC_018722	ATG	2	6	31167	31172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501930
615	NC_018722	CTT	2	6	31226	31231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
616	NC_018722	CTG	2	6	31247	31252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
617	NC_018722	TCGT	2	8	31279	31286	0 %	50 %	25 %	25 %	408501930
618	NC_018722	GAACAG	2	12	31304	31315	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	408501930
619	NC_018722	A	6	6	31320	31325	100 %	0 %	0 %	0 %	408501930
620	NC_018722	TGGGG	2	10	31347	31356	0 %	20 %	80 %	0 %	408501930
621	NC_018722	GTT	2	6	31364	31369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501930
622	NC_018722	TCC	2	6	31402	31407	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501930
623	NC_018722	TGTC	2	8	31419	31426	0 %	50 %	25 %	25 %	408501930
624	NC_018722	GC	3	6	31458	31463	0 %	0 %	50 %	50 %	408501930
625	NC_018722	GCT	2	6	31465	31470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
626	NC_018722	TCA	2	6	31519	31524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501930
627	NC_018722	T	7	7	31527	31533	0 %	100 %	0 %	0 %	408501930
628	NC_018722	GTCTGG	2	12	31539	31550	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	408501930
629	NC_018722	GCA	2	6	31583	31588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501930
630	NC_018722	TGG	2	6	31624	31629	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501930
631	NC_018722	GA	3	6	31731	31736	50 %	0 %	50 %	0 %	408501930
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640	NC_018722	G	6	6	32173	32178	0 %	0 %	100 %	0 %	408501930
641	NC_018722	G	6	6	32181	32186	0 %	0 %	100 %	0 %	408501930
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763	NC_018722	T	6	6	37936	37941	0 %	100 %	0 %	0 %	408501934
764	NC_018722	ATC	2	6	37972	37977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501934
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