MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4501	NC_018722	CAGA	2	8	219787	219794	50 %	0 %	25 %	25 %	408502111
4502	NC_018722	CAGG	2	8	219826	219833	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4503	NC_018722	GC	3	6	219892	219897	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4504	NC_018722	GCAG	2	8	219901	219908	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4505	NC_018722	ATT	2	6	219950	219955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502112
4506	NC_018722	G	8	8	220000	220007	0 %	0 %	100 %	0 %	408502112
4507	NC_018722	TGG	2	6	220075	220080	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502112
4508	NC_018722	CGT	2	6	220084	220089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502112
4509	NC_018722	CAGC	2	8	220094	220101	25 %	0 %	25 %	50 %	408502112
4510	NC_018722	A	6	6	220102	220107	100 %	0 %	0 %	0 %	408502112
4511	NC_018722	CTAT	2	8	220134	220141	25 %	50 %	0 %	25 %	408502112
4512	NC_018722	A	6	6	220192	220197	100 %	0 %	0 %	0 %	408502112
4513	NC_018722	GAC	2	6	220226	220231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502112
4514	NC_018722	A	6	6	220293	220298	100 %	0 %	0 %	0 %	408502112
4515	NC_018722	GAA	2	6	220300	220305	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502112
4516	NC_018722	ATT	2	6	220317	220322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502112
4517	NC_018722	TAT	2	6	220432	220437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502112
4518	NC_018722	CTG	2	6	220449	220454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502112
4519	NC_018722	AG	4	8	220488	220495	50 %	0 %	50 %	0 %	408502112
4520	NC_018722	ATT	2	6	220499	220504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502112
4521	NC_018722	G	8	8	220520	220527	0 %	0 %	100 %	0 %	408502112
4522	NC_018722	AAGTC	2	10	220572	220581	40 %	20 %	20 %	20 %	408502112
4523	NC_018722	G	6	6	220603	220608	0 %	0 %	100 %	0 %	408502112
4524	NC_018722	GA	3	6	220708	220713	50 %	0 %	50 %	0 %	408502112
4525	NC_018722	GCG	2	6	220715	220720	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502112
4526	NC_018722	TTC	2	6	220741	220746	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502112
4527	NC_018722	CT	4	8	220818	220825	0 %	50 %	0 %	50 %	408502112
4528	NC_018722	TGA	2	6	220849	220854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502112
4529	NC_018722	TGG	2	6	220942	220947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502112
4530	NC_018722	AAG	2	6	220998	221003	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502112
4531	NC_018722	AGG	2	6	221056	221061	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502112
4532	NC_018722	G	7	7	221069	221075	0 %	0 %	100 %	0 %	408502112
4533	NC_018722	ACC	2	6	221168	221173	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502112
4534	NC_018722	TGC	2	6	221241	221246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502112
4535	NC_018722	TAG	2	6	221298	221303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502112
4536	NC_018722	AGC	2	6	221409	221414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502112
4537	NC_018722	AGG	2	6	221574	221579	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502112
4538	NC_018722	CG	4	8	221606	221613	0 %	0 %	50 %	50 %	408502112
4539	NC_018722	CGA	2	6	221656	221661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502112
4540	NC_018722	GCA	2	6	221695	221700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502112
4541	NC_018722	GGA	2	6	221719	221724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502112
4542	NC_018722	AGC	3	9	221740	221748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502112
4543	NC_018722	AAG	2	6	221765	221770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502112
4544	NC_018722	GGT	2	6	221801	221806	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502112
4545	NC_018722	GGGA	2	8	221864	221871	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4546	NC_018722	TG	3	6	221891	221896	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4547	NC_018722	TG	4	8	222048	222055	0 %	50 %	50 %	0 %	408502113
4548	NC_018722	ATT	2	6	222108	222113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502113
4549	NC_018722	GAA	2	6	222149	222154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502113
4550	NC_018722	CGG	2	6	222170	222175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502113
4551	NC_018722	GGA	2	6	222223	222228	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502113
4552	NC_018722	AGG	2	6	222237	222242	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502113
4553	NC_018722	CGC	2	6	222428	222433	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502113
4554	NC_018722	ACG	2	6	222447	222452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502113
4555	NC_018722	GAA	2	6	222509	222514	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502113
4556	NC_018722	CGA	2	6	222553	222558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502113
4557	NC_018722	GTA	2	6	222645	222650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502113
4558	NC_018722	T	6	6	222655	222660	0 %	100 %	0 %	0 %	408502113
4559	NC_018722	GC	3	6	222680	222685	0 %	0 %	50 %	50 %	408502113
4560	NC_018722	TGG	2	6	222688	222693	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502113
4561	NC_018722	A	6	6	222759	222764	100 %	0 %	0 %	0 %	408502113
4562	NC_018722	AGA	2	6	222790	222795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502113
4563	NC_018722	GCG	2	6	222799	222804	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502113
4564	NC_018722	GTGTTT	2	12	222866	222877	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502113
4565	NC_018722	GC	3	6	222960	222965	0 %	0 %	50 %	50 %	408502113
4566	NC_018722	GCA	2	6	222997	223002	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502113
4567	NC_018722	CCGG	2	8	223013	223020	0 %	0 %	50 %	50 %	408502113
4568	NC_018722	GC	3	6	223070	223075	0 %	0 %	50 %	50 %	408502113
4569	NC_018722	CCG	2	6	223187	223192	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502113
4570	NC_018722	ATT	2	6	223250	223255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4571	NC_018722	CGTG	2	8	223260	223267	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4572	NC_018722	TTTC	2	8	223271	223278	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4573	NC_018722	GT	3	6	223281	223286	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4574	NC_018722	TTC	2	6	223336	223341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4575	NC_018722	AGC	2	6	223371	223376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4576	NC_018722	T	9	9	223451	223459	0 %	100 %	0 %	0 %	408502114
4577	NC_018722	TCGTT	2	10	223503	223512	0 %	60 %	20 %	20 %	408502114
4578	NC_018722	GC	3	6	223516	223521	0 %	0 %	50 %	50 %	408502114
4579	NC_018722	TTC	2	6	223566	223571	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502114
4580	NC_018722	TGCGCT	2	12	223614	223625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502114
4581	NC_018722	TTG	2	6	223664	223669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502114
4582	NC_018722	CTG	2	6	223714	223719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502114
4583	NC_018722	AAC	2	6	223739	223744	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502114
4584	NC_018722	TTG	2	6	223745	223750	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502114
4585	NC_018722	AGG	2	6	223760	223765	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502114
4586	NC_018722	ACA	2	6	223829	223834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502114
4587	NC_018722	TGC	2	6	223836	223841	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502114
4588	NC_018722	AC	3	6	223856	223861	50 %	0 %	0 %	50 %	408502114
4589	NC_018722	TA	3	6	223923	223928	50 %	50 %	0 %	0 %	408502114
4590	NC_018722	T	7	7	223929	223935	0 %	100 %	0 %	0 %	408502114
4591	NC_018722	GAT	3	9	223936	223944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502114
4592	NC_018722	TGT	3	9	224114	224122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502114
4593	NC_018722	ATG	2	6	224149	224154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502114
4594	NC_018722	GC	3	6	224166	224171	0 %	0 %	50 %	50 %	408502114
4595	NC_018722	ATT	2	6	224252	224257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502114
4596	NC_018722	ACG	2	6	224258	224263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502114
4597	NC_018722	TGA	2	6	224274	224279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502114
4598	NC_018722	CGT	2	6	224330	224335	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502114
4599	NC_018722	ATC	2	6	224564	224569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502114
4600	NC_018722	AGT	2	6	224682	224687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502114
4601	NC_018722	GAC	2	6	224827	224832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502114
4602	NC_018722	AGGT	2	8	224860	224867	25 %	25 %	50 %	0 %	408502114
4603	NC_018722	T	7	7	224881	224887	0 %	100 %	0 %	0 %	408502115
4604	NC_018722	GC	3	6	224946	224951	0 %	0 %	50 %	50 %	408502115
4605	NC_018722	CTG	2	6	224959	224964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502115
4606	NC_018722	T	6	6	224997	225002	0 %	100 %	0 %	0 %	408502115
4607	NC_018722	TTTA	2	8	225057	225064	25 %	75 %	0 %	0 %	408502115
4608	NC_018722	T	6	6	225079	225084	0 %	100 %	0 %	0 %	408502115
4609	NC_018722	A	8	8	225136	225143	100 %	0 %	0 %	0 %	408502115
4610	NC_018722	ACG	2	6	225166	225171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502115
4611	NC_018722	TTTG	2	8	225177	225184	0 %	75 %	25 %	0 %	408502115
4612	NC_018722	ATT	2	6	225257	225262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502115
4613	NC_018722	TCT	2	6	225268	225273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502115
4614	NC_018722	T	8	8	225302	225309	0 %	100 %	0 %	0 %	408502115
4615	NC_018722	A	6	6	225346	225351	100 %	0 %	0 %	0 %	408502115
4616	NC_018722	ATG	2	6	225358	225363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502115
4617	NC_018722	CAA	2	6	225382	225387	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502115
4618	NC_018722	TTA	2	6	225434	225439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502115
4619	NC_018722	TCTTGT	2	12	225440	225451	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	408502115
4620	NC_018722	GTGTTT	2	12	225469	225480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502115
4621	NC_018722	T	6	6	225478	225483	0 %	100 %	0 %	0 %	408502115
4622	NC_018722	AGG	2	6	225489	225494	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502115
4623	NC_018722	GTG	2	6	225559	225564	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502115
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4625	NC_018722	T	7	7	225678	225684	0 %	100 %	0 %	0 %	408502115
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4884	NC_018722	GCAGAC	2	12	238960	238971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502124
4885	NC_018722	TCG	2	6	238976	238981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502124
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4982	NC_018722	T	6	6	242757	242762	0 %	100 %	0 %	0 %	408502127
4983	NC_018722	AAG	2	6	242868	242873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502127
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4991	NC_018722	GAG	2	6	243186	243191	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4992	NC_018722	GGT	2	6	243193	243198	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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4997	NC_018722	GTC	2	6	243373	243378	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4998	NC_018722	TCCT	2	8	243483	243490	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4999	NC_018722	AGG	2	6	243564	243569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502129
5000	NC_018722	GTG	2	6	243570	243575	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502129

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