MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 850

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017268	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	384421555
2	NC_017268	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	384421556
3	NC_017268	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	384421559
4	NC_017268	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	384421561
5	NC_017268	AAGGA	2	10	9495	9504	60 %	0 %	40 %	0 %	384421563
6	NC_017268	GAAAG	2	10	11080	11089	60 %	0 %	40 %	0 %	384421566
7	NC_017268	CTGTG	2	10	11271	11280	0 %	40 %	40 %	20 %	384421566
8	NC_017268	AGGGA	2	10	12400	12409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017268	CTGCG	2	10	15901	15910	0 %	20 %	40 %	40 %	384421569
10	NC_017268	GTTTT	2	10	18344	18353	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017268	TTGCG	2	10	19720	19729	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017268	GTTTT	2	10	20299	20308	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017268	TGCGA	2	10	22063	22072	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017268	TACCG	2	10	22203	22212	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017268	GCCAC	2	10	22298	22307	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_017268	AAGGG	2	10	22900	22909	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017268	CGGTG	2	10	23467	23476	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017268	GTATC	2	10	26077	26086	20 %	40 %	20 %	20 %	384421571
19	NC_017268	GGTGG	2	10	26984	26993	0 %	20 %	80 %	0 %	384421571
20	NC_017268	TATTT	2	10	27710	27719	20 %	80 %	0 %	0 %	384421572
21	NC_017268	CTGCG	2	10	27776	27785	0 %	20 %	40 %	40 %	384421572
22	NC_017268	TGCGC	2	10	29964	29973	0 %	20 %	40 %	40 %	384421574
23	NC_017268	TCCAG	2	10	30790	30799	20 %	20 %	20 %	40 %	384421574
24	NC_017268	TGGGG	2	10	31348	31357	0 %	20 %	80 %	0 %	384421574
25	NC_017268	AAGAT	2	10	33654	33663	60 %	20 %	20 %	0 %	384421575
26	NC_017268	AAAGT	2	10	36214	36223	60 %	20 %	20 %	0 %	384421577
27	NC_017268	GTTGT	2	10	36314	36323	0 %	60 %	40 %	0 %	384421577
28	NC_017268	GATGT	2	10	37377	37386	20 %	40 %	40 %	0 %	384421578
29	NC_017268	TGCAT	2	10	38017	38026	20 %	40 %	20 %	20 %	384421578
30	NC_017268	GGTCA	2	10	39204	39213	20 %	20 %	40 %	20 %	384421579
31	NC_017268	CGGGT	2	10	39314	39323	0 %	20 %	60 %	20 %	384421579
32	NC_017268	TTTTC	2	10	40340	40349	0 %	80 %	0 %	20 %	384421581
33	NC_017268	TGCTG	2	10	43281	43290	0 %	40 %	40 %	20 %	384421584
34	NC_017268	ACGTA	2	10	43482	43491	40 %	20 %	20 %	20 %	384421584
35	NC_017268	CGTCG	2	10	44174	44183	0 %	20 %	40 %	40 %	384421585
36	NC_017268	ACATA	2	10	45645	45654	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017268	TTTTG	2	10	46799	46808	0 %	80 %	20 %	0 %	384421588
38	NC_017268	TGTTT	2	10	47646	47655	0 %	80 %	20 %	0 %	384421589
39	NC_017268	AGTTG	2	10	49270	49279	20 %	40 %	40 %	0 %	384421589
40	NC_017268	GCGCA	2	10	49580	49589	20 %	0 %	40 %	40 %	384421591
41	NC_017268	GCGCA	2	10	50740	50749	20 %	0 %	40 %	40 %	384421593
42	NC_017268	TGCAG	2	10	52871	52880	20 %	20 %	40 %	20 %	384421594
43	NC_017268	CGCTG	2	10	53795	53804	0 %	20 %	40 %	40 %	384421594
44	NC_017268	GCTAC	2	10	54159	54168	20 %	20 %	20 %	40 %	384421594
45	NC_017268	TCGCT	2	10	54196	54205	0 %	40 %	20 %	40 %	384421594
46	NC_017268	ATGCT	2	10	55487	55496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017268	CTGCA	2	10	56890	56899	20 %	20 %	20 %	40 %	384421597
48	NC_017268	ACCCA	2	10	58691	58700	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_017268	GCAGG	2	10	58864	58873	20 %	0 %	60 %	20 %	384421599
50	NC_017268	TCGTG	2	10	59515	59524	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017268	CTGCA	2	10	59844	59853	20 %	20 %	20 %	40 %	384421600
52	NC_017268	TCAAA	2	10	60367	60376	60 %	20 %	0 %	20 %	384421600
53	NC_017268	CCGCG	2	10	61709	61718	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_017268	GCCAC	2	10	63811	63820	20 %	0 %	20 %	60 %	384421603
55	NC_017268	TGCCT	2	10	65584	65593	0 %	40 %	20 %	40 %	384421606
56	NC_017268	TGAAG	2	10	66061	66070	40 %	20 %	40 %	0 %	384421606
57	NC_017268	TGGGG	2	10	66663	66672	0 %	20 %	80 %	0 %	384421607
58	NC_017268	CGTTG	2	10	67718	67727	0 %	40 %	40 %	20 %	384421608
59	NC_017268	TGAGT	2	10	67739	67748	20 %	40 %	40 %	0 %	384421608
60	NC_017268	CACGG	2	10	68037	68046	20 %	0 %	40 %	40 %	384421608
61	NC_017268	CAGAG	2	10	68856	68865	40 %	0 %	40 %	20 %	384421608
62	NC_017268	CGCTT	2	10	69201	69210	0 %	40 %	20 %	40 %	384421609
63	NC_017268	AGCGT	2	10	71087	71096	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017268	AGTGT	2	10	72712	72721	20 %	40 %	40 %	0 %	384421617
65	NC_017268	GAAAA	2	10	76673	76682	80 %	0 %	20 %	0 %	384421621
66	NC_017268	AATAA	2	10	77727	77736	80 %	20 %	0 %	0 %	384421621
67	NC_017268	GCGCC	2	10	79362	79371	0 %	0 %	40 %	60 %	384421624
68	NC_017268	TGGTG	2	10	80876	80885	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017268	CGTGT	2	10	81018	81027	0 %	40 %	40 %	20 %	384421626
70	NC_017268	ATGCA	2	10	83683	83692	40 %	20 %	20 %	20 %	384421629
71	NC_017268	GCACC	2	10	86623	86632	20 %	0 %	20 %	60 %	384421631
72	NC_017268	CGCAC	2	10	87084	87093	20 %	0 %	20 %	60 %	384421631
73	NC_017268	GTACC	2	10	88960	88969	20 %	20 %	20 %	40 %	384421632
74	NC_017268	TTTGC	2	10	90662	90671	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017268	TGGTG	2	10	92032	92041	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017268	CGTGT	2	10	92288	92297	0 %	40 %	40 %	20 %	384421635
77	NC_017268	GGTAT	2	10	92302	92311	20 %	40 %	40 %	0 %	384421635
78	NC_017268	TCGCT	2	10	93138	93147	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_017268	GCACA	2	10	94777	94786	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017268	CGTAT	2	10	96116	96125	20 %	40 %	20 %	20 %	384421638
81	NC_017268	CGTAC	2	10	96407	96416	20 %	20 %	20 %	40 %	384421639
82	NC_017268	CCCGT	2	10	96574	96583	0 %	20 %	20 %	60 %	384421639
83	NC_017268	AAGGA	2	10	98359	98368	60 %	0 %	40 %	0 %	384421641
84	NC_017268	ACTGC	2	10	100334	100343	20 %	20 %	20 %	40 %	384421643
85	NC_017268	TCCTC	2	10	102367	102376	0 %	40 %	0 %	60 %	384421645
86	NC_017268	CTGCT	2	10	103463	103472	0 %	40 %	20 %	40 %	384421647
87	NC_017268	CTACT	2	10	103526	103535	20 %	40 %	0 %	40 %	384421647
88	NC_017268	GCGGT	2	10	104034	104043	0 %	20 %	60 %	20 %	384421648
89	NC_017268	GTGCT	2	10	105716	105725	0 %	40 %	40 %	20 %	384421648
90	NC_017268	GCGTC	2	10	107124	107133	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017268	ACCTG	2	10	107739	107748	20 %	20 %	20 %	40 %	384421651
92	NC_017268	GAACG	2	10	108055	108064	40 %	0 %	40 %	20 %	384421651
93	NC_017268	GTTCC	2	10	108384	108393	0 %	40 %	20 %	40 %	384421652
94	NC_017268	CCTCG	2	10	110530	110539	0 %	20 %	20 %	60 %	384421654
95	NC_017268	CTGCG	2	10	112604	112613	0 %	20 %	40 %	40 %	384421655
96	NC_017268	TTCGT	2	10	112686	112695	0 %	60 %	20 %	20 %	384421655
97	NC_017268	GGACG	2	10	113203	113212	20 %	0 %	60 %	20 %	384421655
98	NC_017268	GATGT	2	10	113384	113393	20 %	40 %	40 %	0 %	384421655
99	NC_017268	GATTT	2	10	114215	114224	20 %	60 %	20 %	0 %	384421656
100	NC_017268	TCAGA	2	10	117442	117451	40 %	20 %	20 %	20 %	384421657
101	NC_017268	GCAGA	2	10	118442	118451	40 %	0 %	40 %	20 %	384421657
102	NC_017268	ACAGA	2	10	119797	119806	60 %	0 %	20 %	20 %	384421658
103	NC_017268	GGGAG	2	10	120003	120012	20 %	0 %	80 %	0 %	384421658
104	NC_017268	GTGCG	2	10	120134	120143	0 %	20 %	60 %	20 %	384421658
105	NC_017268	AGGAA	2	10	120291	120300	60 %	0 %	40 %	0 %	384421658
106	NC_017268	TACTG	2	10	120828	120837	20 %	40 %	20 %	20 %	384421659
107	NC_017268	CGTCA	2	10	121741	121750	20 %	20 %	20 %	40 %	384421659
108	NC_017268	TCTTT	2	10	122597	122606	0 %	80 %	0 %	20 %	384421660
109	NC_017268	CGCAG	2	10	124401	124410	20 %	0 %	40 %	40 %	384421661
110	NC_017268	AGCAC	2	10	124437	124446	40 %	0 %	20 %	40 %	384421661
111	NC_017268	CATTG	2	10	126731	126740	20 %	40 %	20 %	20 %	384421662
112	NC_017268	CCGTG	2	10	127092	127101	0 %	20 %	40 %	40 %	384421663
113	NC_017268	AACCA	2	10	128816	128825	60 %	0 %	0 %	40 %	384421664
114	NC_017268	AAAAG	2	10	129467	129476	80 %	0 %	20 %	0 %	384421664
115	NC_017268	TTATC	2	10	130082	130091	20 %	60 %	0 %	20 %	384421666
116	NC_017268	CGCGC	2	10	132217	132226	0 %	0 %	40 %	60 %	384421668
117	NC_017268	TATCG	2	10	133504	133513	20 %	40 %	20 %	20 %	384421669
118	NC_017268	GCGAT	2	10	134540	134549	20 %	20 %	40 %	20 %	384421669
119	NC_017268	TGTTT	2	10	135962	135971	0 %	80 %	20 %	0 %	384421670
120	NC_017268	GTCTT	2	10	137150	137159	0 %	60 %	20 %	20 %	384421671
121	NC_017268	GGTGC	2	10	139687	139696	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017268	ACCAA	2	10	142275	142284	60 %	0 %	0 %	40 %	384421675
123	NC_017268	AGCCA	2	10	142747	142756	40 %	0 %	20 %	40 %	384421675
124	NC_017268	GCAGC	2	10	145461	145470	20 %	0 %	40 %	40 %	384421676
125	NC_017268	TCCGT	2	10	146704	146713	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017268	GGATC	2	10	147522	147531	20 %	20 %	40 %	20 %	384421678
127	NC_017268	CTTGC	2	10	148909	148918	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017268	GTTTG	2	10	150922	150931	0 %	60 %	40 %	0 %	384421681
129	NC_017268	TGTTT	2	10	153364	153373	0 %	80 %	20 %	0 %	384421682
130	NC_017268	GGTCT	2	10	154439	154448	0 %	40 %	40 %	20 %	384421683
131	NC_017268	GGTCT	2	10	155668	155677	0 %	40 %	40 %	20 %	384421684
132	NC_017268	CGGGG	2	10	157042	157051	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017268	GCAAG	2	10	159656	159665	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017268	TGCCT	2	10	164182	164191	0 %	40 %	20 %	40 %	384421691
135	NC_017268	AGAGG	2	10	166270	166279	40 %	0 %	60 %	0 %	384421694
136	NC_017268	GCAGC	2	10	166974	166983	20 %	0 %	40 %	40 %	384421694
137	NC_017268	TGAAG	2	10	168470	168479	40 %	20 %	40 %	0 %	384421695
138	NC_017268	CGGTA	2	10	171820	171829	20 %	20 %	40 %	20 %	384421696
139	NC_017268	ATTCC	2	10	171923	171932	20 %	40 %	0 %	40 %	384421696
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159	NC_017268	TGCAG	2	10	191581	191590	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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189	NC_017268	TTTGT	2	10	233075	233084	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017268	GGGTG	2	10	233129	233138	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_017268	AGAGG	2	10	235063	235072	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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237	NC_017268	TCTGC	2	10	294083	294092	0 %	40 %	20 %	40 %	384421813
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253	NC_017268	CGCTG	2	10	313198	313207	0 %	20 %	40 %	40 %	384421832
254	NC_017268	TTTTC	2	10	314070	314079	0 %	80 %	0 %	20 %	384421833
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261	NC_017268	AGGGG	2	10	327783	327792	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
262	NC_017268	GTGTG	2	10	328498	328507	0 %	40 %	60 %	0 %	384421842
263	NC_017268	ACACT	2	10	329587	329596	40 %	20 %	0 %	40 %	384421843
264	NC_017268	AAACG	2	10	331626	331635	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
265	NC_017268	TGTTT	2	10	332809	332818	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
266	NC_017268	AGTGT	2	10	335500	335509	20 %	40 %	40 %	0 %	384421844
267	NC_017268	GCGGA	2	10	336902	336911	20 %	0 %	60 %	20 %	384421845
268	NC_017268	GGTGC	2	10	338236	338245	0 %	20 %	60 %	20 %	384421847
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270	NC_017268	TGGCA	2	10	340268	340277	20 %	20 %	40 %	20 %	384421849
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391	NC_017268	CGGGG	2	10	497997	498006	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
392	NC_017268	TGCTG	2	10	499294	499303	0 %	40 %	40 %	20 %	384421987
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398	NC_017268	GTATG	2	10	502058	502067	20 %	40 %	40 %	0 %	384421989
399	NC_017268	AAGAA	2	10	502548	502557	80 %	0 %	20 %	0 %	384421989
400	NC_017268	AGGGA	2	10	502575	502584	40 %	0 %	60 %	0 %	384421989
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500	NC_017268	CCGCC	2	10	655379	655388	0 %	0 %	20 %	80 %	384422107

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