MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 13122

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017268	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421555
2	NC_017268	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421555
3	NC_017268	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421555
4	NC_017268	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
5	NC_017268	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421555
6	NC_017268	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421555
7	NC_017268	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
8	NC_017268	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
9	NC_017268	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
10	NC_017268	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421555
11	NC_017268	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421555
12	NC_017268	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421555
13	NC_017268	GTG	2	6	1428	1433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017268	TTC	2	6	1506	1511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017268	TAT	2	6	1582	1587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017268	TAA	2	6	1621	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017268	GGA	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017268	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
19	NC_017268	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421556
20	NC_017268	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
21	NC_017268	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421556
22	NC_017268	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
23	NC_017268	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421556
24	NC_017268	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
25	NC_017268	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421556
26	NC_017268	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421556
27	NC_017268	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421556
28	NC_017268	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421556
29	NC_017268	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
30	NC_017268	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421556
31	NC_017268	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421556
32	NC_017268	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
33	NC_017268	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
34	NC_017268	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
35	NC_017268	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421556
36	NC_017268	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421556
37	NC_017268	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421557
38	NC_017268	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421557
39	NC_017268	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421557
40	NC_017268	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421557
41	NC_017268	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421557
42	NC_017268	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421557
43	NC_017268	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421557
44	NC_017268	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421557
45	NC_017268	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384421557
46	NC_017268	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421558
47	NC_017268	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421558
48	NC_017268	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421558
49	NC_017268	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
50	NC_017268	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
51	NC_017268	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
52	NC_017268	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
53	NC_017268	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421559
54	NC_017268	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
55	NC_017268	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
56	NC_017268	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421559
57	NC_017268	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
58	NC_017268	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
59	NC_017268	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
60	NC_017268	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
61	NC_017268	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421559
62	NC_017268	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
63	NC_017268	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
64	NC_017268	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
65	NC_017268	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421559
66	NC_017268	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
67	NC_017268	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384421559
68	NC_017268	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
69	NC_017268	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
70	NC_017268	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
71	NC_017268	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421559
72	NC_017268	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
73	NC_017268	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421559
74	NC_017268	TAG	3	9	6798	6806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
75	NC_017268	TGT	2	6	6873	6878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421560
76	NC_017268	GAG	2	6	6936	6941	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421560
77	NC_017268	GGA	2	6	6966	6971	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421560
78	NC_017268	GGA	2	6	7135	7140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421561
79	NC_017268	CTT	2	6	7141	7146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421561
80	NC_017268	GAT	2	6	7188	7193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421561
81	NC_017268	TGC	2	6	7462	7467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421561
82	NC_017268	ACT	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421561
83	NC_017268	TGA	2	6	7618	7623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421561
84	NC_017268	GCA	2	6	7626	7631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421561
85	NC_017268	TCA	2	6	7801	7806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421561
86	NC_017268	TTG	2	6	7812	7817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421561
87	NC_017268	GAT	2	6	8049	8054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421561
88	NC_017268	TCT	2	6	8402	8407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421562
89	NC_017268	AAG	2	6	8746	8751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421562
90	NC_017268	GCA	2	6	8771	8776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
91	NC_017268	CTG	2	6	8785	8790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421562
92	NC_017268	ACG	2	6	8810	8815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
93	NC_017268	ATC	2	6	8917	8922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421562
94	NC_017268	GCA	2	6	8951	8956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
95	NC_017268	CGC	2	6	9010	9015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421562
96	NC_017268	CCT	2	6	9035	9040	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421562
97	NC_017268	ACG	2	6	9118	9123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
98	NC_017268	TCT	2	6	9147	9152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421562
99	NC_017268	CGA	2	6	9174	9179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
100	NC_017268	TGT	2	6	9312	9317	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421562
101	NC_017268	CCT	2	6	9357	9362	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421562
102	NC_017268	CTT	2	6	9403	9408	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421563
103	NC_017268	TCT	2	6	9540	9545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421563
104	NC_017268	GTG	2	6	9618	9623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421563
105	NC_017268	GCT	2	6	9830	9835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017268	GAT	2	6	9931	9936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421564
107	NC_017268	AGT	2	6	10142	10147	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017268	CAC	2	6	10160	10165	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_017268	GAA	2	6	10246	10251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421565
110	NC_017268	GTG	2	6	10290	10295	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421565
111	NC_017268	AGT	2	6	10324	10329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421565
112	NC_017268	TCC	2	6	10496	10501	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421566
113	NC_017268	CTG	2	6	10518	10523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
114	NC_017268	GTC	2	6	10538	10543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
115	NC_017268	AGC	2	6	10610	10615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421566
116	NC_017268	TTG	2	6	10634	10639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421566
117	NC_017268	GAC	2	6	10765	10770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421566
118	NC_017268	GAA	2	6	10794	10799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421566
119	NC_017268	TAC	2	6	10906	10911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421566
120	NC_017268	TGG	2	6	10951	10956	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421566
121	NC_017268	TCG	2	6	11033	11038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
122	NC_017268	GCA	2	6	11198	11203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421566
123	NC_017268	CAT	2	6	11252	11257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421566
124	NC_017268	AAG	2	6	11360	11365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421566
125	NC_017268	TTG	2	6	11457	11462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421566
126	NC_017268	CTG	2	6	11463	11468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
127	NC_017268	CGC	2	6	11488	11493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421566
128	NC_017268	CAC	2	6	11511	11516	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384421566
129	NC_017268	CCT	2	6	11558	11563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421566
130	NC_017268	CGT	2	6	11584	11589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
131	NC_017268	GGT	2	6	11678	11683	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421566
132	NC_017268	AGT	2	6	11801	11806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421566
133	NC_017268	AAG	2	6	11975	11980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421566
134	NC_017268	TCC	2	6	11998	12003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421566
135	NC_017268	TGT	2	6	12043	12048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421566
136	NC_017268	TGC	2	6	12082	12087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
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138	NC_017268	TAT	2	6	12218	12223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421566
139	NC_017268	CGT	2	6	12296	12301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
140	NC_017268	GAT	2	6	12430	12435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017268	GGT	2	6	12575	12580	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421567
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159	NC_017268	GTG	2	6	13907	13912	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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243	NC_017268	TAA	2	6	21460	21465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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246	NC_017268	TGT	2	6	21809	21814	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
247	NC_017268	TAT	2	6	21923	21928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
248	NC_017268	AAC	2	6	21979	21984	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_017268	CTG	2	6	22036	22041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
250	NC_017268	TGC	2	6	22111	22116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
251	NC_017268	ATT	2	6	22283	22288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_017268	TTG	2	6	22473	22478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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256	NC_017268	GAT	2	6	22679	22684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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258	NC_017268	GGA	2	6	22813	22818	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
259	NC_017268	GTT	2	6	22835	22840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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