MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 23978

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_017268	A	7	7	194719	194725	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4002	NC_017268	AC	3	6	194749	194754	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4003	NC_017268	T	6	6	194808	194813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4004	NC_017268	A	6	6	195031	195036	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4005	NC_017268	A	7	7	195064	195070	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4006	NC_017268	GAT	2	6	195079	195084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4007	NC_017268	GAA	2	6	195138	195143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4008	NC_017268	ATA	2	6	195164	195169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4009	NC_017268	GCA	2	6	195232	195237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4010	NC_017268	A	6	6	195294	195299	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4011	NC_017268	GCAG	2	8	195317	195324	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4012	NC_017268	TTCT	2	8	195327	195334	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4013	NC_017268	GAGTG	2	10	195359	195368	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
4014	NC_017268	AAG	2	6	195383	195388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4015	NC_017268	TG	4	8	195403	195410	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4016	NC_017268	T	8	8	195500	195507	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4017	NC_017268	T	6	6	195598	195603	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4018	NC_017268	AGT	2	6	195719	195724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4019	NC_017268	CGG	2	6	195759	195764	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4020	NC_017268	GTAC	2	8	195832	195839	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4021	NC_017268	GGT	2	6	195847	195852	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4022	NC_017268	GAAG	2	8	196002	196009	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4023	NC_017268	CGTG	2	8	196018	196025	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4024	NC_017268	AAAT	2	8	196063	196070	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4025	NC_017268	AGAA	2	8	196165	196172	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4026	NC_017268	AC	3	6	196223	196228	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4027	NC_017268	GGA	2	6	196231	196236	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4028	NC_017268	ACA	2	6	196256	196261	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4029	NC_017268	CCGT	2	8	196309	196316	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4030	NC_017268	GAG	2	6	196369	196374	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4031	NC_017268	CA	4	8	196431	196438	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4032	NC_017268	A	6	6	196482	196487	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4033	NC_017268	GC	3	6	196603	196608	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4034	NC_017268	ATTA	2	8	196674	196681	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4035	NC_017268	AGAA	2	8	196682	196689	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4036	NC_017268	TTA	2	6	196838	196843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4037	NC_017268	GCG	2	6	196851	196856	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4038	NC_017268	CTT	2	6	196894	196899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4039	NC_017268	GGA	2	6	196960	196965	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421720
4040	NC_017268	CGTC	2	8	196966	196973	0 %	25 %	25 %	50 %	384421720
4041	NC_017268	GC	3	6	196975	196980	0 %	0 %	50 %	50 %	384421720
4042	NC_017268	AGT	2	6	196982	196987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421720
4043	NC_017268	TGA	2	6	196999	197004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421720
4044	NC_017268	GAA	2	6	197091	197096	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421720
4045	NC_017268	CAG	2	6	197184	197189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421720
4046	NC_017268	GAA	2	6	197215	197220	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421720
4047	NC_017268	CGG	2	6	197221	197226	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421720
4048	NC_017268	G	6	6	197225	197230	0 %	0 %	100 %	0 %	384421720
4049	NC_017268	AGC	2	6	197305	197310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421720
4050	NC_017268	GC	3	6	197369	197374	0 %	0 %	50 %	50 %	384421720
4051	NC_017268	ACGC	2	8	197396	197403	25 %	0 %	25 %	50 %	384421720
4052	NC_017268	CTC	2	6	197405	197410	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421720
4053	NC_017268	CCTG	2	8	197584	197591	0 %	25 %	25 %	50 %	384421720
4054	NC_017268	GTC	2	6	197598	197603	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421720
4055	NC_017268	GCAG	2	8	197613	197620	25 %	0 %	50 %	25 %	384421720
4056	NC_017268	AGG	2	6	197631	197636	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421720
4057	NC_017268	GTG	3	9	197664	197672	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421720
4058	NC_017268	GAGAAA	2	12	197717	197728	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421720
4059	NC_017268	CG	3	6	197732	197737	0 %	0 %	50 %	50 %	384421720
4060	NC_017268	GA	3	6	197747	197752	50 %	0 %	50 %	0 %	384421720
4061	NC_017268	GTA	2	6	197786	197791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421720
4062	NC_017268	GC	4	8	197829	197836	0 %	0 %	50 %	50 %	384421720
4063	NC_017268	CTC	2	6	197911	197916	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4064	NC_017268	TCT	2	6	197919	197924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4065	NC_017268	AGC	2	6	197942	197947	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4066	NC_017268	TCG	2	6	197978	197983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4067	NC_017268	GGC	2	6	198103	198108	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4068	NC_017268	TCG	3	9	198212	198220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4069	NC_017268	GCT	2	6	198243	198248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4070	NC_017268	GGA	2	6	198274	198279	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4071	NC_017268	TGT	2	6	198413	198418	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4072	NC_017268	CG	3	6	198438	198443	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4073	NC_017268	GTC	2	6	198454	198459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4074	NC_017268	CTC	2	6	198460	198465	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4075	NC_017268	CAC	2	6	198525	198530	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4076	NC_017268	TGA	2	6	198582	198587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4077	NC_017268	TCGTC	2	10	198621	198630	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4078	NC_017268	ATC	2	6	198634	198639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4079	NC_017268	TTCC	2	8	198672	198679	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4080	NC_017268	CTG	2	6	198770	198775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4081	NC_017268	GAA	2	6	198926	198931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4082	NC_017268	CGT	2	6	198984	198989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4083	NC_017268	GTC	2	6	199009	199014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4084	NC_017268	GTG	2	6	199022	199027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4085	NC_017268	TGC	2	6	199053	199058	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4086	NC_017268	CG	3	6	199062	199067	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4087	NC_017268	GGC	2	6	199073	199078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4088	NC_017268	GTC	2	6	199123	199128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4089	NC_017268	TCG	2	6	199157	199162	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4090	NC_017268	ACG	2	6	199164	199169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4091	NC_017268	GCC	2	6	199208	199213	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4092	NC_017268	GGA	3	9	199219	199227	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4093	NC_017268	CGAG	2	8	199256	199263	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4094	NC_017268	TCC	2	6	199271	199276	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4095	NC_017268	CAA	2	6	199287	199292	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4096	NC_017268	CCGCA	2	10	199348	199357	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
4097	NC_017268	CG	3	6	199362	199367	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4098	NC_017268	CGG	2	6	199444	199449	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4099	NC_017268	CTG	2	6	199536	199541	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4100	NC_017268	CA	3	6	199584	199589	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4101	NC_017268	T	6	6	199641	199646	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4102	NC_017268	CAA	2	6	199647	199652	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4103	NC_017268	CG	3	6	199694	199699	0 %	0 %	50 %	50 %	384421721
4104	NC_017268	CCT	2	6	199734	199739	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421721
4105	NC_017268	G	9	9	199743	199751	0 %	0 %	100 %	0 %	384421721
4106	NC_017268	GTA	2	6	199842	199847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421722
4107	NC_017268	G	6	6	199906	199911	0 %	0 %	100 %	0 %	384421722
4108	NC_017268	TG	3	6	199912	199917	0 %	50 %	50 %	0 %	384421722
4109	NC_017268	GGT	2	6	200000	200005	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421722
4110	NC_017268	CG	3	6	200067	200072	0 %	0 %	50 %	50 %	384421722
4111	NC_017268	TTG	2	6	200149	200154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421722
4112	NC_017268	CTT	2	6	200207	200212	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421722
4113	NC_017268	GTC	2	6	200214	200219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421722
4114	NC_017268	GCT	2	6	200228	200233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421722
4115	NC_017268	GC	3	6	200242	200247	0 %	0 %	50 %	50 %	384421722
4116	NC_017268	GCT	2	6	200284	200289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421723
4117	NC_017268	GA	3	6	200427	200432	50 %	0 %	50 %	0 %	384421723
4118	NC_017268	TGGCC	2	10	200521	200530	0 %	20 %	40 %	40 %	384421723
4119	NC_017268	TGC	2	6	200543	200548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421723
4120	NC_017268	CTG	2	6	200585	200590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421723
4121	NC_017268	GCC	2	6	200664	200669	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421723
4122	NC_017268	GCG	2	6	200806	200811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421723
4123	NC_017268	TCCC	2	8	200851	200858	0 %	25 %	0 %	75 %	384421723
4124	NC_017268	CTC	2	6	200904	200909	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421724
4125	NC_017268	GTT	2	6	200988	200993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421724
4126	NC_017268	CCT	2	6	201032	201037	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421724
4127	NC_017268	CTGTG	2	10	201218	201227	0 %	40 %	40 %	20 %	384421724
4128	NC_017268	TTC	2	6	201264	201269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421724
4129	NC_017268	GC	3	6	201274	201279	0 %	0 %	50 %	50 %	384421724
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4131	NC_017268	GC	3	6	201375	201380	0 %	0 %	50 %	50 %	384421724
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4377	NC_017268	TAAGGG	2	12	213331	213342	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384421744
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