MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 13157

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016844	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974634
2	NC_016844	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974634
3	NC_016844	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974634
4	NC_016844	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974634
5	NC_016844	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974634
6	NC_016844	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974634
7	NC_016844	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974634
8	NC_016844	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974634
9	NC_016844	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974634
10	NC_016844	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974634
11	NC_016844	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974634
12	NC_016844	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974634
13	NC_016844	GTG	2	6	1428	1433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016844	TTC	2	6	1506	1511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974635
15	NC_016844	TAT	2	6	1582	1587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974635
16	NC_016844	TAA	2	6	1621	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378974635
17	NC_016844	GGA	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974635
18	NC_016844	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974635
19	NC_016844	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974636
20	NC_016844	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974636
21	NC_016844	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974636
22	NC_016844	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974636
23	NC_016844	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974636
24	NC_016844	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974636
25	NC_016844	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974636
26	NC_016844	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974636
27	NC_016844	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974636
28	NC_016844	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974636
29	NC_016844	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974636
30	NC_016844	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974636
31	NC_016844	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974636
32	NC_016844	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974636
33	NC_016844	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974636
34	NC_016844	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974636
35	NC_016844	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974636
36	NC_016844	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974636
37	NC_016844	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974637
38	NC_016844	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974637
39	NC_016844	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974637
40	NC_016844	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974637
41	NC_016844	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974637
42	NC_016844	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974637
43	NC_016844	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974637
44	NC_016844	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974637
45	NC_016844	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378974637
46	NC_016844	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974638
47	NC_016844	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974638
48	NC_016844	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974638
49	NC_016844	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974639
50	NC_016844	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974639
51	NC_016844	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974639
52	NC_016844	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974639
53	NC_016844	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974639
54	NC_016844	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974639
55	NC_016844	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974639
56	NC_016844	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974639
57	NC_016844	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974639
58	NC_016844	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974639
59	NC_016844	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974639
60	NC_016844	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974639
61	NC_016844	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974639
62	NC_016844	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974639
63	NC_016844	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974639
64	NC_016844	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974639
65	NC_016844	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974639
66	NC_016844	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974639
67	NC_016844	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378974639
68	NC_016844	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974639
69	NC_016844	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974639
70	NC_016844	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974639
71	NC_016844	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974639
72	NC_016844	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974639
73	NC_016844	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974639
74	NC_016844	TAG	3	9	6798	6806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974639
75	NC_016844	TGT	2	6	6873	6878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974640
76	NC_016844	GAG	2	6	6936	6941	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974640
77	NC_016844	GGA	2	6	6966	6971	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974640
78	NC_016844	GGA	2	6	7135	7140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974641
79	NC_016844	CTT	2	6	7141	7146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974641
80	NC_016844	GAT	2	6	7188	7193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974641
81	NC_016844	TGC	2	6	7462	7467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974641
82	NC_016844	ACT	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974641
83	NC_016844	TGA	2	6	7618	7623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974641
84	NC_016844	GCA	2	6	7626	7631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974641
85	NC_016844	TCA	2	6	7801	7806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974641
86	NC_016844	TTG	2	6	7812	7817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974641
87	NC_016844	GAT	2	6	8049	8054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974641
88	NC_016844	TCT	2	6	8402	8407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016844	AAG	2	6	8746	8751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016844	GCA	2	6	8771	8776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_016844	CTG	2	6	8785	8790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_016844	ACG	2	6	8810	8815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_016844	ATC	2	6	8917	8922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_016844	GCA	2	6	8951	8956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016844	CGC	2	6	9010	9015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_016844	CCT	2	6	9035	9040	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_016844	ACG	2	6	9118	9123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_016844	TCT	2	6	9147	9152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_016844	CGA	2	6	9174	9179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016844	TGT	2	6	9312	9317	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016844	CCT	2	6	9357	9362	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_016844	CTT	2	6	9403	9408	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016844	TCT	2	6	9540	9545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016844	GTG	2	6	9618	9623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016844	GCT	2	6	9830	9835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_016844	GAT	2	6	9931	9936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016844	AGT	2	6	10142	10147	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016844	CAC	2	6	10160	10165	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_016844	GAA	2	6	10246	10251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016844	GTG	2	6	10290	10295	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016844	AGT	2	6	10324	10329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016844	TCC	2	6	10496	10501	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974642
113	NC_016844	CTG	2	6	10518	10523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974642
114	NC_016844	GTC	2	6	10538	10543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974642
115	NC_016844	AGC	2	6	10610	10615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974642
116	NC_016844	TTG	2	6	10634	10639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974642
117	NC_016844	GAC	2	6	10765	10770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974642
118	NC_016844	GAA	2	6	10794	10799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974642
119	NC_016844	TAC	2	6	10906	10911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974642
120	NC_016844	TGG	2	6	10951	10956	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974642
121	NC_016844	TCG	2	6	11033	11038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974642
122	NC_016844	GCA	2	6	11198	11203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974642
123	NC_016844	CAT	2	6	11252	11257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974642
124	NC_016844	AAG	2	6	11360	11365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974642
125	NC_016844	TTG	2	6	11457	11462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974642
126	NC_016844	CTG	2	6	11463	11468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974642
127	NC_016844	CGC	2	6	11488	11493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378974642
128	NC_016844	CAC	2	6	11511	11516	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378974642
129	NC_016844	CCT	2	6	11558	11563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974642
130	NC_016844	CGT	2	6	11584	11589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974642
131	NC_016844	GGT	2	6	11678	11683	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974642
132	NC_016844	AGT	2	6	11801	11806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974642
133	NC_016844	AAG	2	6	11975	11980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974642
134	NC_016844	TCC	2	6	11998	12003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974642
135	NC_016844	TGT	2	6	12043	12048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974642
136	NC_016844	TGC	2	6	12082	12087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974642
137	NC_016844	GGT	2	6	12161	12166	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974642
138	NC_016844	TAT	2	6	12218	12223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974642
139	NC_016844	CGT	2	6	12296	12301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974642
140	NC_016844	GAT	2	6	12430	12435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016844	GGT	2	6	12574	12579	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974643
142	NC_016844	TGT	2	6	12594	12599	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974643
143	NC_016844	GGA	2	6	12652	12657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974643
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159	NC_016844	GTG	2	6	13906	13911	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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257	NC_016844	GCG	2	6	22772	22777	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974648
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260	NC_016844	GGA	2	6	22953	22958	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974648
261	NC_016844	TTG	2	6	23119	23124	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974648
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271	NC_016844	GGC	2	6	24330	24335	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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282	NC_016844	ACA	2	6	25630	25635	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974650
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299	NC_016844	TGG	2	6	27684	27689	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974651
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310	NC_016844	TGA	2	6	28896	28901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
311	NC_016844	CTC	2	6	29026	29031	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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