MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_016842	CG	4	8	50551	50558	0 %	0 %	50 %	50 %	378972540
1002	NC_016842	GA	3	6	50590	50595	50 %	0 %	50 %	0 %	378972540
1003	NC_016842	CGC	2	6	50647	50652	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972540
1004	NC_016842	GAA	2	6	50708	50713	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972540
1005	NC_016842	GCGCA	2	10	50736	50745	20 %	0 %	40 %	40 %	378972540
1006	NC_016842	CA	3	6	50781	50786	50 %	0 %	0 %	50 %	378972540
1007	NC_016842	GCAG	2	8	50846	50853	25 %	0 %	50 %	25 %	378972540
1008	NC_016842	GCA	2	6	50872	50877	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972540
1009	NC_016842	CTA	2	6	50926	50931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972540
1010	NC_016842	GTT	2	6	50945	50950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972540
1011	NC_016842	TGC	2	6	51001	51006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972540
1012	NC_016842	GA	3	6	51101	51106	50 %	0 %	50 %	0 %	378972540
1013	NC_016842	TTG	3	9	51113	51121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972540
1014	NC_016842	TC	3	6	51163	51168	0 %	50 %	0 %	50 %	378972540
1015	NC_016842	AGC	2	6	51181	51186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972540
1016	NC_016842	GCG	2	6	51314	51319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972540
1017	NC_016842	AAG	2	6	51347	51352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972540
1018	NC_016842	GGC	2	6	51396	51401	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972540
1019	NC_016842	TTCT	2	8	51460	51467	0 %	75 %	0 %	25 %	378972540
1020	NC_016842	TTG	2	6	51477	51482	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972540
1021	NC_016842	CAC	2	6	51489	51494	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972540
1022	NC_016842	GCA	2	6	51556	51561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972540
1023	NC_016842	CG	4	8	51625	51632	0 %	0 %	50 %	50 %	378972540
1024	NC_016842	AGA	2	6	51667	51672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972540
1025	NC_016842	GC	3	6	51677	51682	0 %	0 %	50 %	50 %	378972540
1026	NC_016842	TTC	2	6	51715	51720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972540
1027	NC_016842	TGC	2	6	51739	51744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972540
1028	NC_016842	CA	3	6	51945	51950	50 %	0 %	0 %	50 %	378972540
1029	NC_016842	GC	3	6	52013	52018	0 %	0 %	50 %	50 %	378972540
1030	NC_016842	GAG	2	6	52100	52105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972540
1031	NC_016842	CTG	2	6	52109	52114	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972540
1032	NC_016842	TC	3	6	52158	52163	0 %	50 %	0 %	50 %	378972540
1033	NC_016842	GGGC	2	8	52164	52171	0 %	0 %	75 %	25 %	378972540
1034	NC_016842	TGA	2	6	52191	52196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972540
1035	NC_016842	TCG	2	6	52303	52308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972540
1036	NC_016842	CG	3	6	52359	52364	0 %	0 %	50 %	50 %	378972540
1037	NC_016842	A	6	6	52376	52381	100 %	0 %	0 %	0 %	378972540
1038	NC_016842	GAT	2	6	52400	52405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972540
1039	NC_016842	GGA	2	6	52449	52454	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972540
1040	NC_016842	TAT	2	6	52490	52495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972540
1041	NC_016842	TGT	2	6	52513	52518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972540
1042	NC_016842	GT	3	6	52517	52522	0 %	50 %	50 %	0 %	378972540
1043	NC_016842	TCT	2	6	52575	52580	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1044	NC_016842	TCG	3	9	52626	52634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972541
1045	NC_016842	GTG	2	6	52635	52640	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972541
1046	NC_016842	GCG	2	6	52658	52663	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972541
1047	NC_016842	TCA	2	6	52698	52703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972541
1048	NC_016842	GGA	2	6	52751	52756	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972541
1049	NC_016842	CGG	2	6	52795	52800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972541
1050	NC_016842	ATGC	2	8	52821	52828	25 %	25 %	25 %	25 %	378972541
1051	NC_016842	CAA	2	6	52849	52854	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972541
1052	NC_016842	TGCAG	2	10	52867	52876	20 %	20 %	40 %	20 %	378972541
1053	NC_016842	GCA	2	6	52942	52947	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972541
1054	NC_016842	TG	3	6	52981	52986	0 %	50 %	50 %	0 %	378972541
1055	NC_016842	GGT	2	6	53074	53079	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972541
1056	NC_016842	GT	3	6	53109	53114	0 %	50 %	50 %	0 %	378972541
1057	NC_016842	A	6	6	53188	53193	100 %	0 %	0 %	0 %	378972541
1058	NC_016842	CG	4	8	53230	53237	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1059	NC_016842	TAC	2	6	53238	53243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972541
1060	NC_016842	AAG	2	6	53277	53282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972541
1061	NC_016842	AATC	2	8	53323	53330	50 %	25 %	0 %	25 %	378972541
1062	NC_016842	ATTA	2	8	53351	53358	50 %	50 %	0 %	0 %	378972541
1063	NC_016842	GA	3	6	53366	53371	50 %	0 %	50 %	0 %	378972541
1064	NC_016842	TA	4	8	53541	53548	50 %	50 %	0 %	0 %	378972541
1065	NC_016842	CG	3	6	53618	53623	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1066	NC_016842	TTA	2	6	53625	53630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972541
1067	NC_016842	CAAA	2	8	53693	53700	75 %	0 %	0 %	25 %	378972541
1068	NC_016842	GAA	2	6	53753	53758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972541
1069	NC_016842	TAT	2	6	53773	53778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972541
1070	NC_016842	CGCTG	2	10	53791	53800	0 %	20 %	40 %	40 %	378972541
1071	NC_016842	CG	3	6	53803	53808	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1072	NC_016842	ATC	2	6	53832	53837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972541
1073	NC_016842	CGA	2	6	53854	53859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972541
1074	NC_016842	AT	3	6	53863	53868	50 %	50 %	0 %	0 %	378972541
1075	NC_016842	GAT	2	6	53882	53887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972541
1076	NC_016842	CG	3	6	53929	53934	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1077	NC_016842	AGA	2	6	54012	54017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972541
1078	NC_016842	CTG	2	6	54021	54026	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972541
1079	NC_016842	A	7	7	54039	54045	100 %	0 %	0 %	0 %	378972541
1080	NC_016842	CAA	2	6	54085	54090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972541
1081	NC_016842	GCTAC	2	10	54155	54164	20 %	20 %	20 %	40 %	378972541
1082	NC_016842	TCGCT	2	10	54192	54201	0 %	40 %	20 %	40 %	378972541
1083	NC_016842	GGAA	2	8	54316	54323	50 %	0 %	50 %	0 %	378972541
1084	NC_016842	CG	3	6	54349	54354	0 %	0 %	50 %	50 %	378972541
1085	NC_016842	TC	3	6	54364	54369	0 %	50 %	0 %	50 %	378972541
1086	NC_016842	AGC	2	6	54486	54491	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972541
1087	NC_016842	AGA	2	6	54504	54509	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1088	NC_016842	CAGG	2	8	54520	54527	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1089	NC_016842	GTAC	2	8	54533	54540	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1090	NC_016842	A	6	6	54633	54638	100 %	0 %	0 %	0 %	378972542
1091	NC_016842	CATC	2	8	54677	54684	25 %	25 %	0 %	50 %	378972542
1092	NC_016842	T	8	8	54686	54693	0 %	100 %	0 %	0 %	378972542
1093	NC_016842	TTTC	2	8	54766	54773	0 %	75 %	0 %	25 %	378972542
1094	NC_016842	CTTT	2	8	54896	54903	0 %	75 %	0 %	25 %	378972542
1095	NC_016842	T	6	6	54901	54906	0 %	100 %	0 %	0 %	378972542
1096	NC_016842	CAT	2	6	55008	55013	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972542
1097	NC_016842	TTC	2	6	55143	55148	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972542
1098	NC_016842	ACG	2	6	55189	55194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972542
1099	NC_016842	AAT	2	6	55284	55289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972542
1100	NC_016842	TCG	2	6	55300	55305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972542
1101	NC_016842	ACT	2	6	55339	55344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972542
1102	NC_016842	TCGT	2	8	55362	55369	0 %	50 %	25 %	25 %	378972542
1103	NC_016842	ATA	2	6	55422	55427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972542
1104	NC_016842	ATGCT	2	10	55483	55492	20 %	40 %	20 %	20 %	378972543
1105	NC_016842	A	6	6	55535	55540	100 %	0 %	0 %	0 %	378972543
1106	NC_016842	AGG	2	6	55583	55588	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972543
1107	NC_016842	GT	3	6	55626	55631	0 %	50 %	50 %	0 %	378972543
1108	NC_016842	ACG	2	6	55637	55642	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972543
1109	NC_016842	CAG	2	6	55656	55661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972543
1110	NC_016842	CAC	2	6	55697	55702	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972543
1111	NC_016842	AC	3	6	55726	55731	50 %	0 %	0 %	50 %	378972543
1112	NC_016842	GTG	2	6	55745	55750	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1113	NC_016842	CA	3	6	55781	55786	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1114	NC_016842	GT	3	6	55793	55798	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1115	NC_016842	ACA	2	6	55822	55827	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972544
1116	NC_016842	CAT	2	6	55849	55854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972544
1117	NC_016842	ATA	2	6	55869	55874	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972544
1118	NC_016842	T	7	7	55877	55883	0 %	100 %	0 %	0 %	378972544
1119	NC_016842	CTG	2	6	55916	55921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972544
1120	NC_016842	CAA	2	6	55931	55936	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972544
1121	NC_016842	GC	4	8	55941	55948	0 %	0 %	50 %	50 %	378972544
1122	NC_016842	GCA	2	6	55951	55956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972544
1123	NC_016842	CTA	2	6	55968	55973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972544
1124	NC_016842	CTT	2	6	55980	55985	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972544
1125	NC_016842	CTAA	2	8	56042	56049	50 %	25 %	0 %	25 %	378972544
1126	NC_016842	CTT	2	6	56100	56105	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972544
1127	NC_016842	GCA	2	6	56180	56185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972544
1128	NC_016842	TATG	2	8	56199	56206	25 %	50 %	25 %	0 %	378972544
1129	NC_016842	TCCT	2	8	56416	56423	0 %	50 %	0 %	50 %	378972544
1130	NC_016842	GCG	2	6	56436	56441	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972544
1131	NC_016842	TCC	2	6	56557	56562	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972545
1132	NC_016842	GTG	2	6	56716	56721	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972545
1133	NC_016842	GCG	2	6	56773	56778	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972545
1134	NC_016842	T	6	6	56800	56805	0 %	100 %	0 %	0 %	378972545
1135	NC_016842	AT	3	6	56807	56812	50 %	50 %	0 %	0 %	378972545
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1142	NC_016842	CT	3	6	56978	56983	0 %	50 %	0 %	50 %	378972545
1143	NC_016842	AGG	2	6	56985	56990	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972545
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1152	NC_016842	ACA	2	6	57408	57413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972546
1153	NC_016842	GAT	2	6	57623	57628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972547
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1162	NC_016842	CTT	2	6	58252	58257	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972547
1163	NC_016842	CCG	2	6	58306	58311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972547
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1169	NC_016842	ACGA	2	8	58547	58554	50 %	0 %	25 %	25 %	378972547
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1187	NC_016842	CAT	2	6	59487	59492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1189	NC_016842	TTG	2	6	59535	59540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1224	NC_016842	CG	3	6	61187	61192	0 %	0 %	50 %	50 %	378972550
1225	NC_016842	CG	3	6	61219	61224	0 %	0 %	50 %	50 %	378972550
1226	NC_016842	ATG	2	6	61321	61326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972550
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1231	NC_016842	GCA	2	6	61545	61550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972550
1232	NC_016842	TC	3	6	61580	61585	0 %	50 %	0 %	50 %	378972550
1233	NC_016842	CCGCG	2	10	61705	61714	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
1234	NC_016842	ATC	2	6	61750	61755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972551
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1238	NC_016842	AAT	2	6	62092	62097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972551
1239	NC_016842	GT	4	8	62116	62123	0 %	50 %	50 %	0 %	378972551
1240	NC_016842	TTA	2	6	62174	62179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972551
1241	NC_016842	AGA	2	6	62193	62198	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972551
1242	NC_016842	AAAT	2	8	62216	62223	75 %	25 %	0 %	0 %	378972551
1243	NC_016842	CAG	2	6	62257	62262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972551
1244	NC_016842	GC	3	6	62320	62325	0 %	0 %	50 %	50 %	378972551
1245	NC_016842	TCG	2	6	62336	62341	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972551
1246	NC_016842	TTC	2	6	62371	62376	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972551
1247	NC_016842	TGTAAC	2	12	62400	62411	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378972551
1248	NC_016842	AAGG	2	8	62530	62537	50 %	0 %	50 %	0 %	378972551
1249	NC_016842	TTC	2	6	62614	62619	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972551
1250	NC_016842	GTT	2	6	62632	62637	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972551
1251	NC_016842	TGCC	2	8	62641	62648	0 %	25 %	25 %	50 %	378972551
1252	NC_016842	C	6	6	62710	62715	0 %	0 %	0 %	100 %	378972551
1253	NC_016842	GC	3	6	62763	62768	0 %	0 %	50 %	50 %	378972551
1254	NC_016842	CAT	2	6	62794	62799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972551
1255	NC_016842	CCT	3	9	62807	62815	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1256	NC_016842	GTA	2	6	62831	62836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1257	NC_016842	GCG	2	6	62864	62869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1258	NC_016842	TGTC	2	8	62880	62887	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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