MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_016842	TGA	2	6	25300	25305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972519
502	NC_016842	TTAT	2	8	25316	25323	25 %	75 %	0 %	0 %	378972519
503	NC_016842	TGT	2	6	25327	25332	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972519
504	NC_016842	GCT	2	6	25360	25365	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972519
505	NC_016842	T	9	9	25371	25379	0 %	100 %	0 %	0 %	378972519
506	NC_016842	AGA	2	6	25425	25430	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
507	NC_016842	ACA	2	6	25633	25638	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972520
508	NC_016842	T	6	6	25666	25671	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
509	NC_016842	TTA	2	6	25687	25692	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972520
510	NC_016842	AG	3	6	25793	25798	50 %	0 %	50 %	0 %	378972520
511	NC_016842	GGA	2	6	25803	25808	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972520
512	NC_016842	GATT	2	8	25862	25869	25 %	50 %	25 %	0 %	378972520
513	NC_016842	CTT	2	6	25913	25918	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972520
514	NC_016842	T	6	6	25917	25922	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
515	NC_016842	AGCG	2	8	26000	26007	25 %	0 %	50 %	25 %	378972520
516	NC_016842	TG	3	6	26029	26034	0 %	50 %	50 %	0 %	378972520
517	NC_016842	GTATC	2	10	26079	26088	20 %	40 %	20 %	20 %	378972520
518	NC_016842	TGG	2	6	26090	26095	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972520
519	NC_016842	GCA	2	6	26101	26106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972520
520	NC_016842	TGC	2	6	26115	26120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972520
521	NC_016842	T	6	6	26124	26129	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
522	NC_016842	CTT	2	6	26132	26137	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972520
523	NC_016842	TGC	2	6	26159	26164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972520
524	NC_016842	T	6	6	26198	26203	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
525	NC_016842	GTT	2	6	26250	26255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972520
526	NC_016842	GT	3	6	26256	26261	0 %	50 %	50 %	0 %	378972520
527	NC_016842	A	7	7	26449	26455	100 %	0 %	0 %	0 %	378972520
528	NC_016842	GC	3	6	26473	26478	0 %	0 %	50 %	50 %	378972520
529	NC_016842	TCT	2	6	26551	26556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972520
530	NC_016842	T	7	7	26637	26643	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
531	NC_016842	T	6	6	26701	26706	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
532	NC_016842	TGT	2	6	26726	26731	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972520
533	NC_016842	CG	3	6	26742	26747	0 %	0 %	50 %	50 %	378972520
534	NC_016842	CCTT	2	8	26836	26843	0 %	50 %	0 %	50 %	378972520
535	NC_016842	GCAC	2	8	26942	26949	25 %	0 %	25 %	50 %	378972520
536	NC_016842	TGC	2	6	26952	26957	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972520
537	NC_016842	GGTGG	2	10	26986	26995	0 %	20 %	80 %	0 %	378972520
538	NC_016842	CAA	2	6	27139	27144	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972520
539	NC_016842	GA	3	6	27244	27249	50 %	0 %	50 %	0 %	378972520
540	NC_016842	AGCG	2	8	27255	27262	25 %	0 %	50 %	25 %	378972520
541	NC_016842	T	6	6	27270	27275	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
542	NC_016842	TTGAGA	2	12	27323	27334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972520
543	NC_016842	CAGT	2	8	27346	27353	25 %	25 %	25 %	25 %	378972520
544	NC_016842	GT	4	8	27415	27422	0 %	50 %	50 %	0 %	378972520
545	NC_016842	GC	4	8	27457	27464	0 %	0 %	50 %	50 %	378972520
546	NC_016842	T	6	6	27494	27499	0 %	100 %	0 %	0 %	378972520
547	NC_016842	GTG	2	6	27613	27618	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
548	NC_016842	GTT	2	6	27660	27665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972521
549	NC_016842	TGG	2	6	27677	27682	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
550	NC_016842	TGG	2	6	27687	27692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
551	NC_016842	TATTT	2	10	27712	27721	20 %	80 %	0 %	0 %	378972521
552	NC_016842	CTGCG	2	10	27778	27787	0 %	20 %	40 %	40 %	378972521
553	NC_016842	TGCG	2	8	27794	27801	0 %	25 %	50 %	25 %	378972521
554	NC_016842	GT	4	8	27809	27816	0 %	50 %	50 %	0 %	378972521
555	NC_016842	CATC	2	8	27823	27830	25 %	25 %	0 %	50 %	378972521
556	NC_016842	T	6	6	27834	27839	0 %	100 %	0 %	0 %	378972521
557	NC_016842	GGT	2	6	27860	27865	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
558	NC_016842	GTA	2	6	27934	27939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972521
559	NC_016842	GT	3	6	28050	28055	0 %	50 %	50 %	0 %	378972521
560	NC_016842	AGTG	2	8	28056	28063	25 %	25 %	50 %	0 %	378972521
561	NC_016842	ATG	2	6	28102	28107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972521
562	NC_016842	T	6	6	28112	28117	0 %	100 %	0 %	0 %	378972521
563	NC_016842	TTA	2	6	28133	28138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972521
564	NC_016842	AT	4	8	28143	28150	50 %	50 %	0 %	0 %	378972521
565	NC_016842	TCA	2	6	28204	28209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972521
566	NC_016842	T	6	6	28252	28257	0 %	100 %	0 %	0 %	378972521
567	NC_016842	G	6	6	28269	28274	0 %	0 %	100 %	0 %	378972521
568	NC_016842	T	6	6	28356	28361	0 %	100 %	0 %	0 %	378972521
569	NC_016842	CAG	2	6	28422	28427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972521
570	NC_016842	TTTG	2	8	28440	28447	0 %	75 %	25 %	0 %	378972521
571	NC_016842	TGA	2	6	28487	28492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972521
572	NC_016842	GT	3	6	28496	28501	0 %	50 %	50 %	0 %	378972521
573	NC_016842	TG	3	6	28511	28516	0 %	50 %	50 %	0 %	378972521
574	NC_016842	GTG	2	6	28693	28698	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
575	NC_016842	TGA	2	6	28736	28741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972521
576	NC_016842	GGT	2	6	28885	28890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972521
577	NC_016842	TGA	2	6	28899	28904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
578	NC_016842	AT	3	6	28938	28943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
579	NC_016842	CTC	2	6	29029	29034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
580	NC_016842	AGG	2	6	29056	29061	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
581	NC_016842	G	6	6	29060	29065	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
582	NC_016842	GCT	2	6	29132	29137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972522
583	NC_016842	TCC	2	6	29158	29163	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972522
584	NC_016842	GC	3	6	29216	29221	0 %	0 %	50 %	50 %	378972522
585	NC_016842	GAT	2	6	29255	29260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972522
586	NC_016842	ATC	2	6	29309	29314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972522
587	NC_016842	AAC	2	6	29324	29329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972522
588	NC_016842	A	7	7	29336	29342	100 %	0 %	0 %	0 %	378972522
589	NC_016842	A	6	6	29448	29453	100 %	0 %	0 %	0 %	378972522
590	NC_016842	TCT	2	6	29477	29482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972522
591	NC_016842	GAA	2	6	29551	29556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972522
592	NC_016842	TC	3	6	29587	29592	0 %	50 %	0 %	50 %	378972522
593	NC_016842	AG	3	6	29867	29872	50 %	0 %	50 %	0 %	378972523
594	NC_016842	ACC	2	6	29944	29949	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972523
595	NC_016842	TGCGC	2	10	29966	29975	0 %	20 %	40 %	40 %	378972523
596	NC_016842	AGT	2	6	29980	29985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972523
597	NC_016842	CCG	2	6	30122	30127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972523
598	NC_016842	TCT	2	6	30161	30166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972523
599	NC_016842	CAC	2	6	30320	30325	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972523
600	NC_016842	T	6	6	30338	30343	0 %	100 %	0 %	0 %	378972523
601	NC_016842	TC	3	6	30396	30401	0 %	50 %	0 %	50 %	378972523
602	NC_016842	AGC	2	6	30463	30468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972523
603	NC_016842	TGC	2	6	30493	30498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
604	NC_016842	TGT	2	6	30538	30543	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972523
605	NC_016842	GTG	2	6	30567	30572	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972523
606	NC_016842	TG	3	6	30636	30641	0 %	50 %	50 %	0 %	378972523
607	NC_016842	TCCAG	2	10	30792	30801	20 %	20 %	20 %	40 %	378972523
608	NC_016842	TTC	2	6	30804	30809	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972523
609	NC_016842	TGC	2	6	30819	30824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
610	NC_016842	CGT	2	6	30925	30930	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
611	NC_016842	AAAG	2	8	30940	30947	75 %	0 %	25 %	0 %	378972523
612	NC_016842	CA	3	6	30962	30967	50 %	0 %	0 %	50 %	378972523
613	NC_016842	GT	3	6	31055	31060	0 %	50 %	50 %	0 %	378972523
614	NC_016842	CTA	2	6	31106	31111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972523
615	NC_016842	GCGG	2	8	31116	31123	0 %	0 %	75 %	25 %	378972523
616	NC_016842	ATG	2	6	31170	31175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972523
617	NC_016842	CTT	2	6	31229	31234	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972523
618	NC_016842	CTG	2	6	31250	31255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
619	NC_016842	TCGT	2	8	31282	31289	0 %	50 %	25 %	25 %	378972523
620	NC_016842	GAACAG	2	12	31307	31318	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378972523
621	NC_016842	A	6	6	31323	31328	100 %	0 %	0 %	0 %	378972523
622	NC_016842	TGGGG	2	10	31350	31359	0 %	20 %	80 %	0 %	378972523
623	NC_016842	GTT	2	6	31367	31372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972523
624	NC_016842	TCC	2	6	31405	31410	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972523
625	NC_016842	TGTC	2	8	31422	31429	0 %	50 %	25 %	25 %	378972523
626	NC_016842	GC	3	6	31461	31466	0 %	0 %	50 %	50 %	378972523
627	NC_016842	GCT	2	6	31468	31473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972523
628	NC_016842	TCA	2	6	31522	31527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972523
629	NC_016842	T	7	7	31530	31536	0 %	100 %	0 %	0 %	378972523
630	NC_016842	GTCTGG	2	12	31542	31553	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378972523
631	NC_016842	GCA	2	6	31586	31591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972523
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