MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_016842	TGC	2	6	267188	267193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972761
5502	NC_016842	TCT	2	6	267256	267261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972761
5503	NC_016842	GC	3	6	267315	267320	0 %	0 %	50 %	50 %	378972761
5504	NC_016842	GTG	2	6	267349	267354	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972761
5505	NC_016842	G	6	6	267429	267434	0 %	0 %	100 %	0 %	378972761
5506	NC_016842	CTT	2	6	267468	267473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972761
5507	NC_016842	GGA	2	6	267492	267497	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972761
5508	NC_016842	AGG	2	6	267498	267503	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972761
5509	NC_016842	GGAT	2	8	267548	267555	25 %	25 %	50 %	0 %	378972761
5510	NC_016842	GAG	2	6	267568	267573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972761
5511	NC_016842	TCG	2	6	267609	267614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972761
5512	NC_016842	GGA	2	6	267690	267695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972761
5513	NC_016842	AATC	2	8	267729	267736	50 %	25 %	0 %	25 %	378972761
5514	NC_016842	AAC	2	6	267793	267798	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972761
5515	NC_016842	TCC	2	6	267835	267840	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972761
5516	NC_016842	GT	3	6	267860	267865	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5517	NC_016842	GCGCG	2	10	267924	267933	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5518	NC_016842	GAG	2	6	267989	267994	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972762
5519	NC_016842	GGT	2	6	268000	268005	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972762
5520	NC_016842	GT	3	6	268004	268009	0 %	50 %	50 %	0 %	378972762
5521	NC_016842	T	6	6	268085	268090	0 %	100 %	0 %	0 %	378972762
5522	NC_016842	CAG	2	6	268116	268121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972762
5523	NC_016842	CTTT	2	8	268259	268266	0 %	75 %	0 %	25 %	378972763
5524	NC_016842	GTT	2	6	268291	268296	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972763
5525	NC_016842	CTG	2	6	268307	268312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972763
5526	NC_016842	GTG	2	6	268327	268332	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972763
5527	NC_016842	TGC	2	6	268346	268351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972763
5528	NC_016842	TTTTC	2	10	268353	268362	0 %	80 %	0 %	20 %	378972763
5529	NC_016842	TTA	2	6	268389	268394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972763
5530	NC_016842	CG	3	6	268395	268400	0 %	0 %	50 %	50 %	378972763
5531	NC_016842	TTTTTC	2	12	268508	268519	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378972763
5532	NC_016842	ATG	2	6	268546	268551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972763
5533	NC_016842	T	6	6	268643	268648	0 %	100 %	0 %	0 %	378972763
5534	NC_016842	CTT	2	6	268651	268656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972763
5535	NC_016842	TGGC	2	8	268682	268689	0 %	25 %	50 %	25 %	378972763
5536	NC_016842	TGCG	2	8	268709	268716	0 %	25 %	50 %	25 %	378972763
5537	NC_016842	GCC	2	6	268721	268726	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972763
5538	NC_016842	GTG	2	6	268735	268740	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972763
5539	NC_016842	CTT	2	6	268760	268765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972763
5540	NC_016842	T	8	8	268764	268771	0 %	100 %	0 %	0 %	378972763
5541	NC_016842	T	6	6	268785	268790	0 %	100 %	0 %	0 %	378972763
5542	NC_016842	GT	3	6	268807	268812	0 %	50 %	50 %	0 %	378972763
5543	NC_016842	GCG	2	6	268895	268900	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5544	NC_016842	CTA	2	6	268903	268908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5545	NC_016842	GAG	2	6	268943	268948	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5546	NC_016842	TG	3	6	268972	268977	0 %	50 %	50 %	0 %	378972764
5547	NC_016842	G	9	9	268985	268993	0 %	0 %	100 %	0 %	378972764
5548	NC_016842	GCA	2	6	269124	269129	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972764
5549	NC_016842	ATA	2	6	269186	269191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972764
5550	NC_016842	TGAC	2	8	269192	269199	25 %	25 %	25 %	25 %	378972764
5551	NC_016842	AGA	2	6	269265	269270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972764
5552	NC_016842	CTC	2	6	269278	269283	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972764
5553	NC_016842	CG	3	6	269306	269311	0 %	0 %	50 %	50 %	378972764
5554	NC_016842	TCA	3	9	269469	269477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972764
5555	NC_016842	GGAA	2	8	269478	269485	50 %	0 %	50 %	0 %	378972764
5556	NC_016842	A	6	6	269518	269523	100 %	0 %	0 %	0 %	378972764
5557	NC_016842	TACAAT	2	12	269704	269715	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378972764
5558	NC_016842	GGT	2	6	269731	269736	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972764
5559	NC_016842	GGA	2	6	269780	269785	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972764
5560	NC_016842	GAAT	2	8	269796	269803	50 %	25 %	25 %	0 %	378972764
5561	NC_016842	GAAA	2	8	269889	269896	75 %	0 %	25 %	0 %	378972764
5562	NC_016842	CG	3	6	269910	269915	0 %	0 %	50 %	50 %	378972764
5563	NC_016842	GTG	2	6	269965	269970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972764
5564	NC_016842	CCCG	2	8	270013	270020	0 %	0 %	25 %	75 %	378972764
5565	NC_016842	GTTC	2	8	270085	270092	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5566	NC_016842	GCAC	2	8	270124	270131	25 %	0 %	25 %	50 %	378972765
5567	NC_016842	CG	3	6	270152	270157	0 %	0 %	50 %	50 %	378972765
5568	NC_016842	CG	4	8	270185	270192	0 %	0 %	50 %	50 %	378972765
5569	NC_016842	GC	3	6	270262	270267	0 %	0 %	50 %	50 %	378972765
5570	NC_016842	CGC	2	6	270279	270284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972765
5571	NC_016842	CGG	2	6	270323	270328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972765
5572	NC_016842	TTCTC	2	10	270346	270355	0 %	60 %	0 %	40 %	378972765
5573	NC_016842	CAT	2	6	270444	270449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972765
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5575	NC_016842	GC	3	6	270535	270540	0 %	0 %	50 %	50 %	378972765
5576	NC_016842	GT	3	6	270588	270593	0 %	50 %	50 %	0 %	378972765
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5580	NC_016842	CGG	2	6	270689	270694	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972765
5581	NC_016842	TG	3	6	270739	270744	0 %	50 %	50 %	0 %	378972765
5582	NC_016842	AG	3	6	270795	270800	50 %	0 %	50 %	0 %	378972765
5583	NC_016842	GCT	2	6	270804	270809	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5584	NC_016842	GT	3	6	270832	270837	0 %	50 %	50 %	0 %	378972766
5585	NC_016842	TG	3	6	270907	270912	0 %	50 %	50 %	0 %	378972766
5586	NC_016842	GGA	3	9	270953	270961	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972766
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5588	NC_016842	CGG	2	6	271045	271050	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972767
5589	NC_016842	GCC	2	6	271070	271075	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972767
5590	NC_016842	GGA	2	6	271079	271084	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972767
5591	NC_016842	GAA	2	6	271089	271094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972767
5592	NC_016842	GAG	2	6	271116	271121	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972767
5593	NC_016842	ATT	2	6	271251	271256	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972767
5594	NC_016842	TATC	2	8	271397	271404	25 %	50 %	0 %	25 %	378972767
5595	NC_016842	AGCT	2	8	271423	271430	25 %	25 %	25 %	25 %	378972767
5596	NC_016842	A	6	6	271453	271458	100 %	0 %	0 %	0 %	378972767
5597	NC_016842	GC	3	6	271502	271507	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5598	NC_016842	CA	3	6	271555	271560	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5599	NC_016842	GCTC	2	8	271563	271570	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5600	NC_016842	TCC	2	6	271572	271577	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5601	NC_016842	CTT	2	6	271620	271625	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972768
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5603	NC_016842	C	6	6	271741	271746	0 %	0 %	0 %	100 %	378972768
5604	NC_016842	GC	3	6	271782	271787	0 %	0 %	50 %	50 %	378972768
5605	NC_016842	CCCTGC	2	12	271873	271884	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378972768
5606	NC_016842	GC	5	10	271905	271914	0 %	0 %	50 %	50 %	378972768
5607	NC_016842	AT	3	6	271960	271965	50 %	50 %	0 %	0 %	378972768
5608	NC_016842	GCT	2	6	272025	272030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972768
5609	NC_016842	AG	3	6	272150	272155	50 %	0 %	50 %	0 %	378972768
5610	NC_016842	TGCG	2	8	272238	272245	0 %	25 %	50 %	25 %	378972768
5611	NC_016842	T	6	6	272251	272256	0 %	100 %	0 %	0 %	378972768
5612	NC_016842	T	6	6	272289	272294	0 %	100 %	0 %	0 %	378972768
5613	NC_016842	GCG	2	6	272305	272310	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972768
5614	NC_016842	GTA	2	6	272329	272334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972768
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5616	NC_016842	GGT	2	6	272464	272469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972768
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5618	NC_016842	CTTT	2	8	272697	272704	0 %	75 %	0 %	25 %	378972768
5619	NC_016842	TCT	2	6	272748	272753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972768
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5621	NC_016842	GGGA	2	8	272834	272841	25 %	0 %	75 %	0 %	378972768
5622	NC_016842	GGA	2	6	272847	272852	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972768
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