MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4501	NC_016842	CAGG	2	8	219395	219402	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4502	NC_016842	GC	3	6	219461	219466	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4503	NC_016842	GCAG	2	8	219470	219477	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4504	NC_016842	ATT	2	6	219519	219524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972722
4505	NC_016842	GT	3	6	219551	219556	0 %	50 %	50 %	0 %	378972722
4506	NC_016842	G	8	8	219569	219576	0 %	0 %	100 %	0 %	378972722
4507	NC_016842	TGG	2	6	219644	219649	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972722
4508	NC_016842	CGT	2	6	219653	219658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972722
4509	NC_016842	CAGC	2	8	219663	219670	25 %	0 %	25 %	50 %	378972722
4510	NC_016842	A	6	6	219671	219676	100 %	0 %	0 %	0 %	378972722
4511	NC_016842	CTAT	2	8	219703	219710	25 %	50 %	0 %	25 %	378972722
4512	NC_016842	A	6	6	219761	219766	100 %	0 %	0 %	0 %	378972722
4513	NC_016842	GAC	2	6	219795	219800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972722
4514	NC_016842	A	6	6	219862	219867	100 %	0 %	0 %	0 %	378972722
4515	NC_016842	GAA	2	6	219869	219874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972722
4516	NC_016842	ATT	2	6	219886	219891	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972722
4517	NC_016842	TAT	2	6	220001	220006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972722
4518	NC_016842	CTG	2	6	220018	220023	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972722
4519	NC_016842	AG	4	8	220057	220064	50 %	0 %	50 %	0 %	378972722
4520	NC_016842	ATT	2	6	220068	220073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972722
4521	NC_016842	G	8	8	220089	220096	0 %	0 %	100 %	0 %	378972722
4522	NC_016842	AAGTC	2	10	220141	220150	40 %	20 %	20 %	20 %	378972722
4523	NC_016842	G	6	6	220172	220177	0 %	0 %	100 %	0 %	378972722
4524	NC_016842	GA	3	6	220277	220282	50 %	0 %	50 %	0 %	378972722
4525	NC_016842	GCG	2	6	220284	220289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972722
4526	NC_016842	TTC	2	6	220310	220315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972722
4527	NC_016842	CT	4	8	220387	220394	0 %	50 %	0 %	50 %	378972722
4528	NC_016842	TGA	2	6	220418	220423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972722
4529	NC_016842	TGG	2	6	220511	220516	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972722
4530	NC_016842	AAG	2	6	220567	220572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972722
4531	NC_016842	AGG	2	6	220625	220630	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972722
4532	NC_016842	G	7	7	220638	220644	0 %	0 %	100 %	0 %	378972722
4533	NC_016842	ACC	2	6	220737	220742	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972722
4534	NC_016842	TGC	2	6	220810	220815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972722
4535	NC_016842	TAG	2	6	220867	220872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972722
4536	NC_016842	AGC	2	6	220978	220983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972722
4537	NC_016842	AGG	2	6	221143	221148	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972722
4538	NC_016842	CG	4	8	221175	221182	0 %	0 %	50 %	50 %	378972722
4539	NC_016842	CGA	2	6	221225	221230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972722
4540	NC_016842	GCA	2	6	221264	221269	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972722
4541	NC_016842	GGA	2	6	221288	221293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972722
4542	NC_016842	AGC	3	9	221309	221317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972722
4543	NC_016842	AAG	2	6	221334	221339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972722
4544	NC_016842	GGT	2	6	221370	221375	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972722
4545	NC_016842	GGGA	2	8	221433	221440	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4546	NC_016842	TG	3	6	221460	221465	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4547	NC_016842	TG	4	8	221617	221624	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4548	NC_016842	ATT	2	6	221677	221682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972723
4549	NC_016842	GAA	2	6	221718	221723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972723
4550	NC_016842	CGG	2	6	221739	221744	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972723
4551	NC_016842	GGA	2	6	221792	221797	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972723
4552	NC_016842	AGG	2	6	221806	221811	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972723
4553	NC_016842	CGC	2	6	221997	222002	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972723
4554	NC_016842	ACG	2	6	222016	222021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972723
4555	NC_016842	GAA	2	6	222078	222083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972723
4556	NC_016842	CGA	2	6	222122	222127	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972723
4557	NC_016842	GTA	2	6	222214	222219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972723
4558	NC_016842	T	6	6	222224	222229	0 %	100 %	0 %	0 %	378972723
4559	NC_016842	GC	3	6	222249	222254	0 %	0 %	50 %	50 %	378972723
4560	NC_016842	TGG	2	6	222257	222262	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972723
4561	NC_016842	A	6	6	222328	222333	100 %	0 %	0 %	0 %	378972723
4562	NC_016842	AGA	2	6	222359	222364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972723
4563	NC_016842	GCG	2	6	222368	222373	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972723
4564	NC_016842	GTGTTT	2	12	222435	222446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972723
4565	NC_016842	GC	3	6	222529	222534	0 %	0 %	50 %	50 %	378972723
4566	NC_016842	GCA	2	6	222566	222571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972723
4567	NC_016842	CCGG	2	8	222582	222589	0 %	0 %	50 %	50 %	378972723
4568	NC_016842	GC	3	6	222639	222644	0 %	0 %	50 %	50 %	378972723
4569	NC_016842	CCG	2	6	222756	222761	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972723
4570	NC_016842	ATT	2	6	222819	222824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972724
4571	NC_016842	CGTG	2	8	222829	222836	0 %	25 %	50 %	25 %	378972724
4572	NC_016842	TTTC	2	8	222840	222847	0 %	75 %	0 %	25 %	378972724
4573	NC_016842	GT	3	6	222850	222855	0 %	50 %	50 %	0 %	378972724
4574	NC_016842	TTC	2	6	222905	222910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972724
4575	NC_016842	AGC	2	6	222940	222945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4576	NC_016842	T	9	9	223020	223028	0 %	100 %	0 %	0 %	378972725
4577	NC_016842	TCGTT	2	10	223072	223081	0 %	60 %	20 %	20 %	378972725
4578	NC_016842	GC	3	6	223085	223090	0 %	0 %	50 %	50 %	378972725
4579	NC_016842	TTC	2	6	223135	223140	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972725
4580	NC_016842	TGCGCT	2	12	223183	223194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972725
4581	NC_016842	TTG	2	6	223233	223238	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972725
4582	NC_016842	CTG	2	6	223283	223288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972725
4583	NC_016842	AAC	2	6	223308	223313	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972725
4584	NC_016842	TTG	2	6	223314	223319	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972725
4585	NC_016842	AGG	2	6	223329	223334	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972725
4586	NC_016842	ACA	2	6	223398	223403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972725
4587	NC_016842	TGC	2	6	223405	223410	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972725
4588	NC_016842	AC	3	6	223425	223430	50 %	0 %	0 %	50 %	378972725
4589	NC_016842	TA	3	6	223492	223497	50 %	50 %	0 %	0 %	378972725
4590	NC_016842	T	7	7	223498	223504	0 %	100 %	0 %	0 %	378972725
4591	NC_016842	GAT	3	9	223505	223513	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972725
4592	NC_016842	TGT	3	9	223683	223691	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972725
4593	NC_016842	ATG	2	6	223718	223723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972725
4594	NC_016842	GC	3	6	223735	223740	0 %	0 %	50 %	50 %	378972725
4595	NC_016842	ATT	2	6	223821	223826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972725
4596	NC_016842	ACG	2	6	223827	223832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972725
4597	NC_016842	TGA	2	6	223843	223848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972725
4598	NC_016842	CGT	2	6	223899	223904	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972725
4599	NC_016842	ATC	2	6	224133	224138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972725
4600	NC_016842	AGT	2	6	224251	224256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972725
4601	NC_016842	GAC	2	6	224396	224401	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972725
4602	NC_016842	AGGT	2	8	224429	224436	25 %	25 %	50 %	0 %	378972725
4603	NC_016842	T	7	7	224450	224456	0 %	100 %	0 %	0 %	378972726
4604	NC_016842	GC	3	6	224515	224520	0 %	0 %	50 %	50 %	378972726
4605	NC_016842	CTG	2	6	224528	224533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972726
4606	NC_016842	T	6	6	224566	224571	0 %	100 %	0 %	0 %	378972726
4607	NC_016842	TTTA	2	8	224626	224633	25 %	75 %	0 %	0 %	378972726
4608	NC_016842	T	6	6	224648	224653	0 %	100 %	0 %	0 %	378972726
4609	NC_016842	A	8	8	224705	224712	100 %	0 %	0 %	0 %	378972726
4610	NC_016842	ACG	2	6	224735	224740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972726
4611	NC_016842	TTTG	2	8	224746	224753	0 %	75 %	25 %	0 %	378972726
4612	NC_016842	ATT	2	6	224826	224831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972726
4613	NC_016842	TCT	2	6	224837	224842	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972726
4614	NC_016842	T	8	8	224871	224878	0 %	100 %	0 %	0 %	378972726
4615	NC_016842	A	6	6	224915	224920	100 %	0 %	0 %	0 %	378972726
4616	NC_016842	ATG	2	6	224927	224932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972726
4617	NC_016842	CAA	2	6	224951	224956	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972726
4618	NC_016842	TTA	2	6	225003	225008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972726
4619	NC_016842	TCTTGT	2	12	225009	225020	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378972726
4620	NC_016842	GTGTTT	2	12	225038	225049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972726
4621	NC_016842	T	6	6	225047	225052	0 %	100 %	0 %	0 %	378972726
4622	NC_016842	AGG	2	6	225058	225063	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972726
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4751	NC_016842	TCA	2	6	232070	232075	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4753	NC_016842	AC	3	6	232265	232270	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4754	NC_016842	AGGG	2	8	232325	232332	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4755	NC_016842	AGG	2	6	232356	232361	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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4879	NC_016842	AG	4	8	238234	238241	50 %	0 %	50 %	0 %	378972736
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4883	NC_016842	CGTG	2	8	238465	238472	0 %	25 %	50 %	25 %	378972736
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4997	NC_016842	GTC	2	6	242932	242937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4998	NC_016842	TCCT	2	8	243042	243049	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4999	NC_016842	AGG	2	6	243123	243128	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972741
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