MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Treponema paraluiscuniculi Cuniculi A chromosome

Total Repeats: 831

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015714	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	338705983
2	NC_015714	CGAAG	2	10	4772	4781	40 %	0 %	40 %	20 %	338705987
3	NC_015714	ATCGG	2	10	7148	7157	20 %	20 %	40 %	20 %	338705989
4	NC_015714	AAGGA	2	10	9498	9507	60 %	0 %	40 %	0 %	338705990
5	NC_015714	GAAAG	2	10	11126	11135	60 %	0 %	40 %	0 %	338705992
6	NC_015714	CTGTG	2	10	11317	11326	0 %	40 %	40 %	20 %	338705992
7	NC_015714	AGGGA	2	10	12446	12455	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015714	CTGCG	2	10	15946	15955	0 %	20 %	40 %	40 %	338705995
9	NC_015714	GTTTT	2	10	18426	18435	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015714	TTGCG	2	10	19802	19811	0 %	40 %	40 %	20 %	338705997
11	NC_015714	GTTTT	2	10	20381	20390	0 %	80 %	20 %	0 %	338705997
12	NC_015714	TGCGA	2	10	22145	22154	20 %	20 %	40 %	20 %	338705998
13	NC_015714	TACCG	2	10	22285	22294	20 %	20 %	20 %	40 %	338705998
14	NC_015714	GCCAC	2	10	22380	22389	20 %	0 %	20 %	60 %	338705998
15	NC_015714	AAGGG	2	10	22982	22991	40 %	0 %	60 %	0 %	338705998
16	NC_015714	CGGTG	2	10	23549	23558	0 %	20 %	60 %	20 %	338705998
17	NC_015714	GTATC	2	10	26161	26170	20 %	40 %	20 %	20 %	338705999
18	NC_015714	GGTGG	2	10	27068	27077	0 %	20 %	80 %	0 %	338705999
19	NC_015714	TATTT	2	10	27794	27803	20 %	80 %	0 %	0 %	338706000
20	NC_015714	CTGCG	2	10	27860	27869	0 %	20 %	40 %	40 %	338706000
21	NC_015714	TGCGC	2	10	30048	30057	0 %	20 %	40 %	40 %	338706002
22	NC_015714	TCCAG	2	10	30874	30883	20 %	20 %	20 %	40 %	338706002
23	NC_015714	TGGGG	2	10	31432	31441	0 %	20 %	80 %	0 %	338706002
24	NC_015714	AAGAT	2	10	33738	33747	60 %	20 %	20 %	0 %	338706003
25	NC_015714	AAAGT	2	10	36292	36301	60 %	20 %	20 %	0 %	338706005
26	NC_015714	GTTGT	2	10	36392	36401	0 %	60 %	40 %	0 %	338706005
27	NC_015714	TGCAT	2	10	38096	38105	20 %	40 %	20 %	20 %	338706006
28	NC_015714	GGTCA	2	10	39283	39292	20 %	20 %	40 %	20 %	338706007
29	NC_015714	CGGGT	2	10	39393	39402	0 %	20 %	60 %	20 %	338706007
30	NC_015714	TTTTC	2	10	40419	40428	0 %	80 %	0 %	20 %	338706008
31	NC_015714	AGCGA	2	10	41636	41645	40 %	0 %	40 %	20 %	338706009
32	NC_015714	TGCTG	2	10	43366	43375	0 %	40 %	40 %	20 %	338706012
33	NC_015714	ACGTA	2	10	43567	43576	40 %	20 %	20 %	20 %	338706012
34	NC_015714	CGTCG	2	10	44259	44268	0 %	20 %	40 %	40 %	338706013
35	NC_015714	ACATA	2	10	45730	45739	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015714	TTTTG	2	10	46884	46893	0 %	80 %	20 %	0 %	338706016
37	NC_015714	TGTTT	2	10	47731	47740	0 %	80 %	20 %	0 %	338706017
38	NC_015714	AGTTG	2	10	49355	49364	20 %	40 %	40 %	0 %	338706017
39	NC_015714	GCGCA	2	10	50825	50834	20 %	0 %	40 %	40 %	338706020
40	NC_015714	TGCAG	2	10	52956	52965	20 %	20 %	40 %	20 %	338706021
41	NC_015714	CGCTG	2	10	53880	53889	0 %	20 %	40 %	40 %	338706021
42	NC_015714	TCGCT	2	10	54281	54290	0 %	40 %	20 %	40 %	338706021
43	NC_015714	ATGCT	2	10	55572	55581	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015714	CTGCA	2	10	56975	56984	20 %	20 %	20 %	40 %	338706024
45	NC_015714	ACCCA	2	10	58776	58785	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_015714	GCAGG	2	10	58949	58958	20 %	0 %	60 %	20 %	338706027
47	NC_015714	TCGTG	2	10	59600	59609	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015714	CTGCA	2	10	59930	59939	20 %	20 %	20 %	40 %	338706028
49	NC_015714	TCAAA	2	10	60453	60462	60 %	20 %	0 %	20 %	338706028
50	NC_015714	CCGCG	2	10	61797	61806	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_015714	GCCAC	2	10	63899	63908	20 %	0 %	20 %	60 %	338706031
52	NC_015714	TGCCT	2	10	65672	65681	0 %	40 %	20 %	40 %	338706034
53	NC_015714	TGAAG	2	10	66149	66158	40 %	20 %	40 %	0 %	338706034
54	NC_015714	TGGGG	2	10	66751	66760	0 %	20 %	80 %	0 %	338706035
55	NC_015714	CGTTG	2	10	67806	67815	0 %	40 %	40 %	20 %	338706036
56	NC_015714	TGAGT	2	10	67827	67836	20 %	40 %	40 %	0 %	338706036
57	NC_015714	CACGG	2	10	68125	68134	20 %	0 %	40 %	40 %	338706036
58	NC_015714	CAGAG	2	10	68944	68953	40 %	0 %	40 %	20 %	338706036
59	NC_015714	CGCTT	2	10	69289	69298	0 %	40 %	20 %	40 %	338706037
60	NC_015714	TAGCG	2	10	71174	71183	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015714	AGTGT	2	10	72800	72809	20 %	40 %	40 %	0 %	338706044
62	NC_015714	GAAAA	2	10	76761	76770	80 %	0 %	20 %	0 %	338706048
63	NC_015714	AATAA	2	10	77815	77824	80 %	20 %	0 %	0 %	338706048
64	NC_015714	GCGCC	2	10	79450	79459	0 %	0 %	40 %	60 %	338706050
65	NC_015714	TGGTG	2	10	80964	80973	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015714	CGTGT	2	10	81106	81115	0 %	40 %	40 %	20 %	338706052
67	NC_015714	CGCGT	2	10	81413	81422	0 %	20 %	40 %	40 %	338706052
68	NC_015714	ATGCA	2	10	83770	83779	40 %	20 %	20 %	20 %	338706054
69	NC_015714	GCACC	2	10	86710	86719	20 %	0 %	20 %	60 %	338706056
70	NC_015714	CGCAC	2	10	87171	87180	20 %	0 %	20 %	60 %	338706056
71	NC_015714	GTACC	2	10	89047	89056	20 %	20 %	20 %	40 %	338706057
72	NC_015714	TTTGC	2	10	90749	90758	0 %	60 %	20 %	20 %	338706060
73	NC_015714	TGGTG	2	10	92119	92128	0 %	40 %	60 %	0 %	338706060
74	NC_015714	CGTGT	2	10	92375	92384	0 %	40 %	40 %	20 %	338706061
75	NC_015714	GGTAT	2	10	92389	92398	20 %	40 %	40 %	0 %	338706061
76	NC_015714	TCGCT	2	10	93225	93234	0 %	40 %	20 %	40 %	338706062
77	NC_015714	GCACA	2	10	94862	94871	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_015714	CGTAT	2	10	96201	96210	20 %	40 %	20 %	20 %	338706065
79	NC_015714	CCCGT	2	10	96659	96668	0 %	20 %	20 %	60 %	338706066
80	NC_015714	AAGGA	2	10	98444	98453	60 %	0 %	40 %	0 %	338706068
81	NC_015714	ACTGC	2	10	100419	100428	20 %	20 %	20 %	40 %	338706070
82	NC_015714	TCCTC	2	10	102452	102461	0 %	40 %	0 %	60 %	338706072
83	NC_015714	CTGCT	2	10	103548	103557	0 %	40 %	20 %	40 %	338706073
84	NC_015714	CTACT	2	10	103611	103620	20 %	40 %	0 %	40 %	338706073
85	NC_015714	GCGGT	2	10	104119	104128	0 %	20 %	60 %	20 %	338706074
86	NC_015714	GTGCT	2	10	105801	105810	0 %	40 %	40 %	20 %	338706074
87	NC_015714	GCGTC	2	10	107209	107218	0 %	20 %	40 %	40 %	338706077
88	NC_015714	ACCTG	2	10	107824	107833	20 %	20 %	20 %	40 %	338706078
89	NC_015714	GAACG	2	10	108140	108149	40 %	0 %	40 %	20 %	338706078
90	NC_015714	GTTCC	2	10	108469	108478	0 %	40 %	20 %	40 %	338706079
91	NC_015714	CCTCG	2	10	110615	110624	0 %	20 %	20 %	60 %	338706081
92	NC_015714	CTGCG	2	10	112689	112698	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_015714	TTCGT	2	10	112771	112780	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015714	GGACG	2	10	113287	113296	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015714	GATGT	2	10	113468	113477	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015714	GATTT	2	10	114299	114308	20 %	60 %	20 %	0 %	338706082
97	NC_015714	GCAGA	2	10	118372	118381	40 %	0 %	40 %	20 %	338706083
98	NC_015714	ACAGA	2	10	119727	119736	60 %	0 %	20 %	20 %	338706084
99	NC_015714	GGGAG	2	10	119933	119942	20 %	0 %	80 %	0 %	338706084
100	NC_015714	GTGCG	2	10	120064	120073	0 %	20 %	60 %	20 %	338706084
101	NC_015714	AGGAA	2	10	120221	120230	60 %	0 %	40 %	0 %	338706084
102	NC_015714	TACTG	2	10	120758	120767	20 %	40 %	20 %	20 %	338706085
103	NC_015714	CGTCA	2	10	121671	121680	20 %	20 %	20 %	40 %	338706085
104	NC_015714	TCTTT	2	10	122527	122536	0 %	80 %	0 %	20 %	338706086
105	NC_015714	CTGCG	2	10	124128	124137	0 %	20 %	40 %	40 %	338706087
106	NC_015714	CGCAG	2	10	124331	124340	20 %	0 %	40 %	40 %	338706087
107	NC_015714	AGCAC	2	10	124367	124376	40 %	0 %	20 %	40 %	338706087
108	NC_015714	CATTG	2	10	126661	126670	20 %	40 %	20 %	20 %	338706089
109	NC_015714	CCGTG	2	10	127022	127031	0 %	20 %	40 %	40 %	338706090
110	NC_015714	AACCA	2	10	128746	128755	60 %	0 %	0 %	40 %	338706091
111	NC_015714	AAAAG	2	10	129397	129406	80 %	0 %	20 %	0 %	338706091
112	NC_015714	TTATC	2	10	130012	130021	20 %	60 %	0 %	20 %	338706093
113	NC_015714	CGCGC	2	10	132147	132156	0 %	0 %	40 %	60 %	338706095
114	NC_015714	TATCG	2	10	133435	133444	20 %	40 %	20 %	20 %	338706096
115	NC_015714	GCGAT	2	10	134471	134480	20 %	20 %	40 %	20 %	338706096
116	NC_015714	TGTTT	2	10	135887	135896	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015714	GTCTT	2	10	137075	137084	0 %	60 %	20 %	20 %	338706097
118	NC_015714	GGTGC	2	10	139612	139621	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015714	ACCAA	2	10	142200	142209	60 %	0 %	0 %	40 %	338706101
120	NC_015714	AGCCA	2	10	142672	142681	40 %	0 %	20 %	40 %	338706101
121	NC_015714	GCAGC	2	10	145386	145395	20 %	0 %	40 %	40 %	338706102
122	NC_015714	TCCGT	2	10	146629	146638	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015714	GGATC	2	10	147447	147456	20 %	20 %	40 %	20 %	338706104
124	NC_015714	CTTGC	2	10	148837	148846	0 %	40 %	20 %	40 %	338706107
125	NC_015714	TGTTT	2	10	151841	151850	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015714	GGTCT	2	10	152917	152926	0 %	40 %	40 %	20 %	338706112
127	NC_015714	TTTTC	2	10	153313	153322	0 %	80 %	0 %	20 %	338706112
128	NC_015714	CGGGG	2	10	154458	154467	0 %	0 %	80 %	20 %	338706114
129	NC_015714	GAAAA	2	10	156191	156200	80 %	0 %	20 %	0 %	338706115
130	NC_015714	AGACC	2	10	156587	156596	40 %	0 %	20 %	40 %	338706115
131	NC_015714	TTTTC	2	10	156690	156699	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015714	GCAAG	2	10	157003	157012	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015714	TGCCT	2	10	161528	161537	0 %	40 %	20 %	40 %	338706121
134	NC_015714	AGCAC	2	10	162126	162135	40 %	0 %	20 %	40 %	338706122
135	NC_015714	GCGTG	2	10	162820	162829	0 %	20 %	60 %	20 %	338706122
136	NC_015714	AGAGG	2	10	163616	163625	40 %	0 %	60 %	0 %	338706123
137	NC_015714	GCAGC	2	10	164320	164329	20 %	0 %	40 %	40 %	338706123
138	NC_015714	TGAAG	2	10	165816	165825	40 %	20 %	40 %	0 %	338706124
139	NC_015714	CGGTA	2	10	169164	169173	20 %	20 %	40 %	20 %	338706125
140	NC_015714	ATTCC	2	10	169267	169276	20 %	40 %	0 %	40 %	338706125
141	NC_015714	ATAAG	2	10	169485	169494	60 %	20 %	20 %	0 %	338706125
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150	NC_015714	CAGTG	2	10	176571	176580	20 %	20 %	40 %	20 %	338706133
151	NC_015714	TGTGG	2	10	178380	178389	0 %	40 %	60 %	0 %	338706136
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154	NC_015714	GTTTT	2	10	182881	182890	0 %	80 %	20 %	0 %	338706139
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157	NC_015714	TTGGG	2	10	186206	186215	0 %	40 %	60 %	0 %	338706144
158	NC_015714	CATTG	2	10	186537	186546	20 %	40 %	20 %	20 %	338706144
159	NC_015714	AGAGG	2	10	187561	187570	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
160	NC_015714	TGCAG	2	10	188926	188935	20 %	20 %	40 %	20 %	338706147
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179	NC_015714	TACGC	2	10	209645	209654	20 %	20 %	20 %	40 %	338706176
180	NC_015714	GTTAG	2	10	211825	211834	20 %	40 %	40 %	0 %	338706181
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187	NC_015714	CCCTT	2	10	230321	230330	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
188	NC_015714	TTTGT	2	10	230432	230441	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
189	NC_015714	GGGTG	2	10	230486	230495	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
190	NC_015714	TGAAC	2	10	230712	230721	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
191	NC_015714	AGGTT	2	10	232171	232180	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
192	NC_015714	AGAGG	2	10	232420	232429	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
193	NC_015714	TTGAA	2	10	232449	232458	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
194	NC_015714	AGAAA	2	10	234103	234112	80 %	0 %	20 %	0 %	338706202
195	NC_015714	AAACG	2	10	235034	235043	60 %	0 %	20 %	20 %	338706203
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200	NC_015714	GTATT	2	10	239966	239975	20 %	60 %	20 %	0 %	338706208
201	NC_015714	TCGGT	2	10	244135	244144	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
202	NC_015714	TGTAT	2	10	245167	245176	20 %	60 %	20 %	0 %	338706217
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213	NC_015714	TTGCG	2	10	258855	258864	0 %	40 %	40 %	20 %	338706223
214	NC_015714	TGCGG	2	10	261761	261770	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
215	NC_015714	GGGAA	2	10	263764	263773	40 %	0 %	60 %	0 %	338706227
216	NC_015714	GCGCG	2	10	265714	265723	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
217	NC_015714	TTTTC	2	10	266143	266152	0 %	80 %	0 %	20 %	338706230
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219	NC_015714	AGATG	2	10	274760	274769	40 %	20 %	40 %	0 %	338706239
220	NC_015714	GCATG	2	10	278632	278641	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
221	NC_015714	CCCTT	2	10	278708	278717	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
222	NC_015714	TTTGT	2	10	278829	278838	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
223	NC_015714	GGGTG	2	10	278883	278892	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
224	NC_015714	TGAAC	2	10	279109	279118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
225	NC_015714	AGGTT	2	10	280568	280577	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
226	NC_015714	AGAGG	2	10	280817	280826	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
227	NC_015714	TTGAA	2	10	280846	280855	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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233	NC_015714	GTACG	2	10	290310	290319	20 %	20 %	40 %	20 %	338706250
234	NC_015714	TCTGC	2	10	291389	291398	0 %	40 %	20 %	40 %	338706251
235	NC_015714	TTTCC	2	10	292636	292645	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
236	NC_015714	CGTTG	2	10	292831	292840	0 %	40 %	40 %	20 %	338706252
237	NC_015714	AAGTT	2	10	293948	293957	40 %	40 %	20 %	0 %	338706252
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239	NC_015714	GTGCG	2	10	296376	296385	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
240	NC_015714	TTGAT	2	10	296682	296691	20 %	60 %	20 %	0 %	338706255
241	NC_015714	CGTGC	2	10	297243	297252	0 %	20 %	40 %	40 %	338706256
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243	NC_015714	AGGTT	2	10	302366	302375	20 %	40 %	40 %	0 %	338706259
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249	NC_015714	CAGGA	2	10	309108	309117	40 %	0 %	40 %	20 %	338706266
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251	NC_015714	CGCTG	2	10	310516	310525	0 %	20 %	40 %	40 %	338706267
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256	NC_015714	ACAGC	2	10	320089	320098	40 %	0 %	20 %	40 %	338706273
257	NC_015714	AAAAG	2	10	321570	321579	80 %	0 %	20 %	0 %	338706274
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259	NC_015714	TGCGT	2	10	323963	323972	0 %	40 %	40 %	20 %	338706276
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261	NC_015714	GCGGA	2	10	332500	332509	20 %	0 %	60 %	20 %	338706285
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263	NC_015714	TGGCA	2	10	335866	335875	20 %	20 %	40 %	20 %	338706289
264	NC_015714	GATCA	2	10	335930	335939	40 %	20 %	20 %	20 %	338706289
265	NC_015714	TGGCT	2	10	336840	336849	0 %	40 %	40 %	20 %	338706290
266	NC_015714	TGGCG	2	10	338789	338798	0 %	20 %	60 %	20 %	338706290
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