MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Thiomonas sp. str. 3As plasmid pTHI

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014144	CCCG	2	8	366	373	0 %	0 %	25 %	75 %	296112159
2	NC_014144	CTGG	2	8	675	682	0 %	25 %	50 %	25 %	296112159
3	NC_014144	GCGG	2	8	1087	1094	0 %	0 %	75 %	25 %	296112160
4	NC_014144	GGGC	2	8	2343	2350	0 %	0 %	75 %	25 %	296112162
5	NC_014144	CCGA	2	8	2596	2603	25 %	0 %	25 %	50 %	296112163
6	NC_014144	TCAA	2	8	2959	2966	50 %	25 %	0 %	25 %	296112163
7	NC_014144	TGGC	2	8	2985	2992	0 %	25 %	50 %	25 %	296112163
8	NC_014144	GCGA	2	8	3448	3455	25 %	0 %	50 %	25 %	296112163
9	NC_014144	ATTC	2	8	3705	3712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_014144	AAAG	2	8	3934	3941	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014144	GTTC	2	8	4316	4323	0 %	50 %	25 %	25 %	296112165
12	NC_014144	CCAG	2	8	4510	4517	25 %	0 %	25 %	50 %	296112165
13	NC_014144	TGCC	2	8	5909	5916	0 %	25 %	25 %	50 %	296112169
14	NC_014144	GTTC	2	8	5986	5993	0 %	50 %	25 %	25 %	296112169
15	NC_014144	ATGG	2	8	6441	6448	25 %	25 %	50 %	0 %	296112170
16	NC_014144	GAGC	2	8	6555	6562	25 %	0 %	50 %	25 %	296112170
17	NC_014144	AGCG	2	8	7525	7532	25 %	0 %	50 %	25 %	296112170
18	NC_014144	GAGC	2	8	8064	8071	25 %	0 %	50 %	25 %	296112170
19	NC_014144	CTTC	2	8	8090	8097	0 %	50 %	0 %	50 %	296112170
20	NC_014144	CCAG	2	8	8396	8403	25 %	0 %	25 %	50 %	296112170
21	NC_014144	GACC	2	8	8567	8574	25 %	0 %	25 %	50 %	296112170
22	NC_014144	AGCC	2	8	8575	8582	25 %	0 %	25 %	50 %	296112170
23	NC_014144	CGGT	2	8	8611	8618	0 %	25 %	50 %	25 %	296112170
24	NC_014144	GCTC	2	8	8732	8739	0 %	25 %	25 %	50 %	296112170
25	NC_014144	GGTC	2	8	9490	9497	0 %	25 %	50 %	25 %	296112172
26	NC_014144	CTCG	2	8	10227	10234	0 %	25 %	25 %	50 %	296112173
27	NC_014144	CTAC	2	8	10443	10450	25 %	25 %	0 %	50 %	296112173
28	NC_014144	GCCA	2	8	10496	10503	25 %	0 %	25 %	50 %	296112173
29	NC_014144	ATGG	2	8	10795	10802	25 %	25 %	50 %	0 %	296112173
30	NC_014144	TGGC	2	8	11087	11094	0 %	25 %	50 %	25 %	296112174
31	NC_014144	GGGC	2	8	11348	11355	0 %	0 %	75 %	25 %	296112174
32	NC_014144	TGAT	2	8	12219	12226	25 %	50 %	25 %	0 %	296112176
33	NC_014144	GCTG	2	8	12268	12275	0 %	25 %	50 %	25 %	296112177
34	NC_014144	TGGC	2	8	12780	12787	0 %	25 %	50 %	25 %	296112178
35	NC_014144	GAGT	2	8	13178	13185	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014144	CGGG	2	8	13457	13464	0 %	0 %	75 %	25 %	296112180
37	NC_014144	GGGC	2	8	13785	13792	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
38	NC_014144	GCCC	2	8	13961	13968	0 %	0 %	25 %	75 %	296112181
39	NC_014144	CCCA	2	8	14088	14095	25 %	0 %	0 %	75 %	296112181
40	NC_014144	GGCA	2	8	14487	14494	25 %	0 %	50 %	25 %	296112181
41	NC_014144	CGGG	2	8	14605	14612	0 %	0 %	75 %	25 %	296112181
42	NC_014144	CTGA	2	8	14629	14636	25 %	25 %	25 %	25 %	296112181
43	NC_014144	GCGG	2	8	15070	15077	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
44	NC_014144	GGCG	2	8	15094	15101	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
45	NC_014144	TGCC	2	8	15352	15359	0 %	25 %	25 %	50 %	296112182
46	NC_014144	GGCG	2	8	15381	15388	0 %	0 %	75 %	25 %	296112182
47	NC_014144	GCCC	2	8	16077	16084	0 %	0 %	25 %	75 %	296112182
48	NC_014144	CGTG	2	8	16238	16245	0 %	25 %	50 %	25 %	296112183
49	NC_014144	CGAG	2	8	16267	16274	25 %	0 %	50 %	25 %	296112183
50	NC_014144	CGGG	2	8	16435	16442	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_014144	GGGC	2	8	17257	17264	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
52	NC_014144	GCCC	2	8	17433	17440	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
53	NC_014144	CCCA	2	8	17560	17567	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
54	NC_014144	CGAG	2	8	17692	17699	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_014144	GGAC	2	8	17907	17914	25 %	0 %	50 %	25 %	296112185
56	NC_014144	TGCC	2	8	17943	17950	0 %	25 %	25 %	50 %	296112185
57	NC_014144	TTGA	2	8	18827	18834	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014144	ATTT	2	8	18858	18865	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014144	CGGG	2	8	19278	19285	0 %	0 %	75 %	25 %	296112186
60	NC_014144	GTCG	2	8	19298	19305	0 %	25 %	50 %	25 %	296112186
61	NC_014144	TGGG	2	8	19650	19657	0 %	25 %	75 %	0 %	296112187
62	NC_014144	GTTT	2	8	19710	19717	0 %	75 %	25 %	0 %	296112187
63	NC_014144	GCTG	2	8	19741	19748	0 %	25 %	50 %	25 %	296112187
64	NC_014144	GCTG	2	8	19969	19976	0 %	25 %	50 %	25 %	296112188
65	NC_014144	ACAA	2	8	20346	20353	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_014144	AAGG	2	8	20996	21003	50 %	0 %	50 %	0 %	296112189
67	NC_014144	CCGC	2	8	21110	21117	0 %	0 %	25 %	75 %	296112189
68	NC_014144	ACGC	2	8	21129	21136	25 %	0 %	25 %	50 %	296112189
69	NC_014144	TGGA	2	8	21985	21992	25 %	25 %	50 %	0 %	296112192
70	NC_014144	AAGA	3	12	22542	22553	75 %	0 %	25 %	0 %	296112194
71	NC_014144	CTGT	2	8	22763	22770	0 %	50 %	25 %	25 %	296112194
72	NC_014144	GATT	2	8	22951	22958	25 %	50 %	25 %	0 %	296112195
73	NC_014144	TGCA	2	8	23233	23240	25 %	25 %	25 %	25 %	296112195
74	NC_014144	TGGC	2	8	24176	24183	0 %	25 %	50 %	25 %	296112196
75	NC_014144	GCGA	2	8	24224	24231	25 %	0 %	50 %	25 %	296112196
76	NC_014144	CGCA	2	8	24320	24327	25 %	0 %	25 %	50 %	296112196
77	NC_014144	CAGC	2	8	24736	24743	25 %	0 %	25 %	50 %	296112197
78	NC_014144	CACG	2	8	25306	25313	25 %	0 %	25 %	50 %	296112197
79	NC_014144	CTGG	2	8	26933	26940	0 %	25 %	50 %	25 %	296112200
80	NC_014144	TTCG	2	8	27297	27304	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_014144	CAGC	2	8	27471	27478	25 %	0 %	25 %	50 %	296112202
82	NC_014144	CATC	2	8	27648	27655	25 %	25 %	0 %	50 %	296112202
83	NC_014144	CTTT	2	8	28030	28037	0 %	75 %	0 %	25 %	296112202
84	NC_014144	TGCT	2	8	28756	28763	0 %	50 %	25 %	25 %	296112202
85	NC_014144	GCGG	2	8	28943	28950	0 %	0 %	75 %	25 %	296112202
86	NC_014144	GTGC	2	8	29932	29939	0 %	25 %	50 %	25 %	296112203
87	NC_014144	AGCG	2	8	30405	30412	25 %	0 %	50 %	25 %	296112203
88	NC_014144	GGCC	2	8	30964	30971	0 %	0 %	50 %	50 %	296112203
89	NC_014144	GCAG	2	8	31643	31650	25 %	0 %	50 %	25 %	296112204
90	NC_014144	TCAA	2	8	31795	31802	50 %	25 %	0 %	25 %	296112204
91	NC_014144	TTGA	2	8	32247	32254	25 %	50 %	25 %	0 %	296112204
92	NC_014144	TGAT	2	8	32453	32460	25 %	50 %	25 %	0 %	296112205
93	NC_014144	AAGT	2	8	33969	33976	50 %	25 %	25 %	0 %	296112206
94	NC_014144	AGGA	2	8	34191	34198	50 %	0 %	50 %	0 %	296112206
95	NC_014144	GCTT	2	8	36057	36064	0 %	50 %	25 %	25 %	296112208
96	NC_014144	AAAG	2	8	36128	36135	75 %	0 %	25 %	0 %	296112208
97	NC_014144	TCTT	2	8	37010	37017	0 %	75 %	0 %	25 %	296112210
98	NC_014144	GTCG	2	8	38356	38363	0 %	25 %	50 %	25 %	296112211
99	NC_014144	CGCC	2	8	38591	38598	0 %	0 %	25 %	75 %	296112211
100	NC_014144	CCAT	2	8	39904	39911	25 %	25 %	0 %	50 %	296112211
101	NC_014144	GGCG	2	8	39997	40004	0 %	0 %	75 %	25 %	296112211
102	NC_014144	TGCG	2	8	40010	40017	0 %	25 %	50 %	25 %	296112211
103	NC_014144	GACC	2	8	40589	40596	25 %	0 %	25 %	50 %	296112213
104	NC_014144	CGCC	2	8	40766	40773	0 %	0 %	25 %	75 %	296112213
105	NC_014144	AGCG	2	8	40797	40804	25 %	0 %	50 %	25 %	296112213
106	NC_014144	CGCC	2	8	41077	41084	0 %	0 %	25 %	75 %	296112214
107	NC_014144	GTTT	2	8	41691	41698	0 %	75 %	25 %	0 %	296112216
108	NC_014144	ATTG	2	8	41752	41759	25 %	50 %	25 %	0 %	296112216
109	NC_014144	TTGC	2	8	42221	42228	0 %	50 %	25 %	25 %	296112217
110	NC_014144	CATC	2	8	42327	42334	25 %	25 %	0 %	50 %	296112217
111	NC_014144	CGCC	2	8	42643	42650	0 %	0 %	25 %	75 %	296112218
112	NC_014144	CGGG	2	8	42893	42900	0 %	0 %	75 %	25 %	296112218
113	NC_014144	GCCC	2	8	43819	43826	0 %	0 %	25 %	75 %	296112220
114	NC_014144	CCCA	2	8	43946	43953	25 %	0 %	0 %	75 %	296112220
115	NC_014144	ACGG	2	8	44139	44146	25 %	0 %	50 %	25 %	296112220
116	NC_014144	GGCG	2	8	44216	44223	0 %	0 %	75 %	25 %	296112220
117	NC_014144	GGCG	2	8	45137	45144	0 %	0 %	75 %	25 %	296112222
118	NC_014144	ATCT	2	8	45326	45333	25 %	50 %	0 %	25 %	296112223
119	NC_014144	GAAA	2	8	45868	45875	75 %	0 %	25 %	0 %	296112224

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.