MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 177

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187147	AACC	2	8	1884	1891	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NT_187147	CGAT	2	8	1906	1913	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NT_187147	TCCC	2	8	7140	7147	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
4	NT_187147	TGCT	2	8	7437	7444	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NT_187147	CGTC	2	8	7489	7496	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NT_187147	CAAG	2	8	7636	7643	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NT_187147	ATAA	2	8	12097	12104	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NT_187147	GGGC	2	8	13481	13488	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NT_187147	CTTC	2	8	20135	20142	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NT_187147	TATC	2	8	21307	21314	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NT_187147	ACCC	2	8	21337	21344	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NT_187147	ATCT	2	8	21368	21375	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NT_187147	TTCG	2	8	23423	23430	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NT_187147	GCTG	2	8	24171	24178	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NT_187147	GTTT	2	8	24355	24362	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NT_187147	TCGG	2	8	24366	24373	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NT_187147	TTAA	2	8	27921	27928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NT_187147	CGCC	2	8	27962	27969	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
19	NT_187147	TGCG	2	8	28539	28546	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NT_187147	GAGC	2	8	31654	31661	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NT_187147	CTCC	2	8	38006	38013	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NT_187147	GCCT	2	8	38210	38217	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NT_187147	GAAC	2	8	38954	38961	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NT_187147	CTGA	2	8	44746	44753	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NT_187147	GTTT	2	8	45032	45039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NT_187147	GCAC	2	8	47003	47010	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NT_187147	CTGC	2	8	47036	47043	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NT_187147	GCCT	2	8	47122	47129	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NT_187147	CGGA	2	8	47141	47148	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NT_187147	TGGA	2	8	47273	47280	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NT_187147	GGAA	2	8	47361	47368	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NT_187147	CCGG	2	8	48175	48182	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NT_187147	CGCA	2	8	48584	48591	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NT_187147	TGAA	2	8	49437	49444	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NT_187147	CGTT	2	8	49467	49474	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NT_187147	CGCA	2	8	50005	50012	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NT_187147	TCTT	2	8	50367	50374	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NT_187147	GATC	2	8	51214	51221	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NT_187147	CGTT	2	8	52259	52266	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NT_187147	AGCG	2	8	52319	52326	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NT_187147	GCAC	2	8	52377	52384	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NT_187147	GACC	2	8	52525	52532	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NT_187147	GCCG	2	8	52668	52675	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NT_187147	TCGA	2	8	52920	52927	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NT_187147	CCCG	2	8	54631	54638	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
46	NT_187147	GTTC	2	8	54878	54885	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NT_187147	GCCT	2	8	56825	56832	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NT_187147	GCAC	2	8	56842	56849	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NT_187147	GCAC	2	8	60996	61003	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NT_187147	GCGA	2	8	61146	61153	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NT_187147	CGAA	2	8	61838	61845	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NT_187147	TGCT	2	8	62779	62786	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NT_187147	GGCT	2	8	62874	62881	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NT_187147	CTGG	2	8	63063	63070	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NT_187147	CGAT	2	8	63197	63204	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NT_187147	GCAC	2	8	63303	63310	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NT_187147	CCAT	2	8	63548	63555	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NT_187147	TAGC	2	8	73043	73050	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NT_187147	GCCA	2	8	83590	83597	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NT_187147	TCGA	2	8	83672	83679	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NT_187147	TCCT	2	8	87459	87466	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NT_187147	CCAG	2	8	89210	89217	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NT_187147	CCGG	2	8	91009	91016	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NT_187147	CAAA	2	8	96676	96683	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NT_187147	ATTG	2	8	97445	97452	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NT_187147	AACC	2	8	97875	97882	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NT_187147	GTCT	2	8	99084	99091	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NT_187147	CTTT	2	8	103538	103545	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NT_187147	CGGC	2	8	103870	103877	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NT_187147	AGCC	2	8	107121	107128	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NT_187147	GACA	2	8	107749	107756	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NT_187147	GCAG	2	8	110729	110736	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NT_187147	TTCC	2	8	112029	112036	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NT_187147	ATCC	2	8	116260	116267	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NT_187147	GGCA	2	8	116346	116353	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NT_187147	TGTT	2	8	116405	116412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NT_187147	CCCG	2	8	116832	116839	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
78	NT_187147	CTTC	2	8	117306	117313	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NT_187147	TCAA	2	8	117625	117632	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NT_187147	AACT	2	8	121397	121404	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NT_187147	GGGC	2	8	121525	121532	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
82	NT_187147	CGAA	2	8	121536	121543	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NT_187147	TGGC	2	8	121679	121686	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NT_187147	GATC	2	8	126839	126846	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NT_187147	GCCC	2	8	127816	127823	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
86	NT_187147	CAAA	3	12	129287	129298	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NT_187147	GAAG	2	8	129403	129410	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NT_187147	GAGC	2	8	130506	130513	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NT_187147	CAGA	2	8	131684	131691	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NT_187147	GCTG	2	8	131824	131831	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NT_187147	GAGC	2	8	133722	133729	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NT_187147	CGAC	2	8	134428	134435	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NT_187147	TTGT	2	8	134684	134691	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NT_187147	CAGC	2	8	136255	136262	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NT_187147	CGGG	2	8	137837	137844	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
96	NT_187147	CTTT	2	8	139271	139278	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NT_187147	GTTT	2	8	142320	142327	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NT_187147	GATT	2	8	143779	143786	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NT_187147	TCGC	2	8	143969	143976	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NT_187147	ATTG	2	8	144042	144049	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NT_187147	CCAT	2	8	144472	144479	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NT_187147	TTGT	2	8	144887	144894	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NT_187147	GGAG	2	8	145252	145259	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NT_187147	CCCG	2	8	148515	148522	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
105	NT_187147	AAGG	2	8	152468	152475	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NT_187147	GATC	2	8	152752	152759	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NT_187147	CGGC	2	8	156670	156677	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NT_187147	CTTT	2	8	160972	160979	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NT_187147	TGTC	2	8	161272	161279	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NT_187147	CTGT	2	8	168968	168975	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NT_187147	TGAA	2	8	174545	174552	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NT_187147	GGAT	2	8	174576	174583	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NT_187147	ATTG	2	8	174631	174638	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NT_187147	CCGA	2	8	178238	178245	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NT_187147	TCCC	2	8	179889	179896	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NT_187147	CAAA	2	8	182424	182431	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NT_187147	CGTT	2	8	187622	187629	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NT_187147	TGGC	2	8	187749	187756	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NT_187147	GCTC	2	8	188038	188045	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NT_187147	GGCC	2	8	188210	188217	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
121	NT_187147	CACG	2	8	188333	188340	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NT_187147	CAAA	2	8	192225	192232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NT_187147	CGGG	2	8	193802	193809	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
124	NT_187147	CCGG	2	8	194008	194015	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NT_187147	TCAA	2	8	194596	194603	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NT_187147	TGGA	2	8	200044	200051	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NT_187147	CGCA	2	8	200078	200085	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NT_187147	TTGT	2	8	200793	200800	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NT_187147	GGTT	2	8	210547	210554	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NT_187147	ACTG	2	8	211447	211454	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NT_187147	ACGA	2	8	216099	216106	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NT_187147	TCCG	2	8	218886	218893	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NT_187147	AGAC	2	8	219228	219235	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NT_187147	GCTT	2	8	219642	219649	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NT_187147	GTCC	2	8	222035	222042	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NT_187147	CGGC	2	8	222318	222325	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NT_187147	CAAA	2	8	226225	226232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NT_187147	TCCA	2	8	226287	226294	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NT_187147	CCCG	2	8	226336	226343	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
140	NT_187147	GTTC	2	8	226583	226590	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NT_187147	CCTT	2	8	228824	228831	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NT_187147	ACCG	2	8	229182	229189	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NT_187147	ACCA	2	8	229426	229433	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NT_187147	CGGG	2	8	233144	233151	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
145	NT_187147	CAGG	2	8	234390	234397	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NT_187147	TGAG	2	8	236692	236699	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NT_187147	ATTG	2	8	236984	236991	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NT_187147	GCTC	2	8	238351	238358	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NT_187147	GGCC	2	8	238597	238604	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
150	NT_187147	GCCG	2	8	238682	238689	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NT_187147	CTGG	2	8	243500	243507	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NT_187147	GCAC	2	8	243610	243617	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
153	NT_187147	TGGC	2	8	244984	244991	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NT_187147	GTCG	2	8	245193	245200	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
155	NT_187147	CGGG	2	8	246828	246835	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
156	NT_187147	TCAA	2	8	248107	248114	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
157	NT_187147	CGGT	2	8	251392	251399	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
158	NT_187147	TTCG	2	8	251456	251463	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
159	NT_187147	GCGG	2	8	252025	252032	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
160	NT_187147	GCGA	2	8	252332	252339	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
161	NT_187147	GCCT	2	8	252425	252432	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
162	NT_187147	ATTG	2	8	253234	253241	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
163	NT_187147	TGAC	2	8	257427	257434	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
164	NT_187147	CCGT	2	8	258766	258773	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
165	NT_187147	GTTG	2	8	260118	260125	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NT_187147	AGTG	2	8	260139	260146	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
167	NT_187147	ATTG	2	8	260254	260261	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
168	NT_187147	GCCA	2	8	260365	260372	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
169	NT_187147	CGGG	2	8	262692	262699	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
170	NT_187147	GATG	2	8	264607	264614	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NT_187147	TTGC	2	8	265580	265587	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
172	NT_187147	ATTT	2	8	266029	266036	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NT_187147	ATGG	2	8	268680	268687	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
174	NT_187147	ATCG	2	8	273242	273249	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
175	NT_187147	GGCC	2	8	273364	273371	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
176	NT_187147	TGTT	2	8	274345	274352	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
177	NT_187147	TCGA	2	8	275378	275385	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.