MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 plasmid

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021819	TCC	2	6	883	888	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_021819	TTC	2	6	1049	1054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021819	CTG	2	6	1063	1068	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_021819	TCG	2	6	1109	1114	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021819	AAC	2	6	1165	1170	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021819	AGT	2	6	1651	1656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021819	TGC	2	6	1689	1694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021819	TTG	2	6	1745	1750	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021819	TTA	2	6	1994	1999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021819	GTT	2	6	2016	2021	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021819	TTG	2	6	2345	2350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021819	ATT	2	6	2365	2370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021819	TAA	2	6	2660	2665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021819	TCT	2	6	2691	2696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021819	GAT	2	6	2733	2738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021819	CAT	2	6	2870	2875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_021819	ATG	2	6	3276	3281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021819	AAG	2	6	3437	3442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021819	AGA	2	6	3483	3488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021819	ATG	2	6	3526	3531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021819	ACA	2	6	3549	3554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021819	TTA	2	6	3582	3587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021819	TTA	2	6	3622	3627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021819	AAT	2	6	4344	4349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021819	ACT	2	6	4363	4368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_021819	TAA	2	6	4480	4485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021819	GAC	2	6	4499	4504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_021819	TCA	2	6	4547	4552	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_021819	TTG	2	6	5086	5091	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021819	ATT	2	6	5143	5148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021819	AAT	2	6	5193	5198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021819	ATT	2	6	5265	5270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021819	TCA	2	6	6725	6730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021819	TTG	2	6	6747	6752	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021819	TAA	2	6	6753	6758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021819	ACT	2	6	6958	6963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021819	CTT	2	6	10695	10700	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021819	CAG	2	6	10770	10775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021819	TAA	2	6	11426	11431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021819	TGA	2	6	12572	12577	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021819	GCT	2	6	12655	12660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021819	TTG	2	6	12672	12677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021819	TCA	2	6	13334	13339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021819	ATG	2	6	13426	13431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021819	GAA	2	6	13461	13466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021819	TTG	2	6	14829	14834	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021819	CAA	2	6	15872	15877	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021819	ATA	2	6	15944	15949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021819	TTG	2	6	15960	15965	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021819	ATC	2	6	15971	15976	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021819	TCC	2	6	18247	18252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_021819	ATC	2	6	18291	18296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021819	CAG	2	6	18350	18355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_021819	CCG	2	6	20552	20557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_021819	GAT	2	6	23232	23237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021819	CAC	2	6	23246	23251	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_021819	TGA	2	6	24422	24427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021819	TCA	2	6	24514	24519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021819	TCA	2	6	24540	24545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_021819	AAT	2	6	24648	24653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021819	CGG	2	6	24698	24703	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021819	CAC	2	6	24718	24723	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_021819	CTG	2	6	24726	24731	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021819	GAA	2	6	25027	25032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021819	TTG	2	6	25104	25109	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021819	CGG	2	6	25216	25221	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021819	GCC	2	6	25254	25259	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_021819	CAA	2	6	25350	25355	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021819	GCC	2	6	26215	26220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_021819	ATC	2	6	26260	26265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021819	TGG	2	6	27302	27307	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021819	GAA	2	6	27397	27402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021819	CGA	2	6	27496	27501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021819	AAT	2	6	27515	27520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021819	CCG	2	6	27596	27601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_021819	GAA	2	6	27677	27682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021819	TGA	2	6	31242	31247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021819	CTG	2	6	31669	31674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_021819	TGT	2	6	33163	33168	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021819	GTA	2	6	33182	33187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021819	CCA	2	6	36497	36502	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_021819	CAT	2	6	37217	37222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021819	TCA	2	6	38928	38933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_021819	CGT	2	6	43659	43664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_021819	CAG	2	6	43718	43723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_021819	TGG	2	6	43743	43748	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021819	CAT	2	6	43858	43863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021819	TCC	2	6	43994	43999	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_021819	TTC	2	6	44004	44009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_021819	GAC	2	6	44052	44057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021819	GAT	2	6	44230	44235	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021819	TAA	2	6	44574	44579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021819	TTC	2	6	44685	44690	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_021819	TTC	2	6	44705	44710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_021819	CAT	2	6	47212	47217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_021819	CAC	2	6	47340	47345	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_021819	CCA	2	6	47346	47351	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_021819	CAT	2	6	47637	47642	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021819	TGA	2	6	47714	47719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021819	GTT	2	6	47742	47747	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021819	TCT	2	6	47750	47755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_021819	TGA	2	6	48729	48734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021819	AAC	2	6	48758	48763	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_021819	TCA	2	6	50448	50453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021819	TCA	2	6	50472	50477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021819	GAA	2	6	50494	50499	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021819	GCA	2	6	50544	50549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_021819	ACG	2	6	50558	50563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021819	GAC	2	6	50740	50745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_021819	TGA	2	6	50871	50876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021819	CTG	2	6	50915	50920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_021819	GGA	2	6	50964	50969	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021819	GCC	2	6	51006	51011	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_021819	AGT	2	6	52989	52994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021819	GCA	2	6	53112	53117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_021819	AAT	2	6	53153	53158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021819	ATC	2	6	53207	53212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_021819	TGT	2	6	53244	53249	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021819	GAG	2	6	53289	53294	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021819	AGC	2	6	53331	53336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_021819	TGG	2	6	53337	53342	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021819	TCA	3	9	54738	54746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021819	CTT	2	6	56101	56106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021819	ACA	2	6	56742	56747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_021819	AGT	2	6	56779	56784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021819	CAA	2	6	56849	56854	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_021819	GAC	2	6	57901	57906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_021819	TTA	2	6	57972	57977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021819	TCT	2	6	58013	58018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_021819	TTC	2	6	58046	58051	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_021819	ACA	2	6	58073	58078	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_021819	ATT	2	6	58701	58706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021819	GCA	2	6	58731	58736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_021819	TTA	2	6	58788	58793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021819	CTG	2	6	58859	58864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_021819	GAT	2	6	58973	58978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021819	TTA	2	6	59007	59012	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021819	CAG	2	6	60428	60433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_021819	GCG	2	6	60496	60501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_021819	ATC	2	6	60502	60507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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276	NC_021819	AAG	2	6	122548	122553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
277	NC_021819	GCA	2	6	122556	122561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
278	NC_021819	TTA	2	6	122578	122583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_021819	TTG	2	6	122592	122597	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
280	NC_021819	TTA	2	6	122821	122826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.