MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021151	TCTTAA	2	12	22909	22920	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021151	TGTGGT	2	12	74564	74575	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021151	AAAGAA	2	12	75058	75069	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021151	CGGGTG	2	12	116472	116483	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021151	AATGCT	2	12	121098	121109	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021151	AAGAGG	2	12	128288	128299	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021151	GGATAA	2	12	133929	133940	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021151	CAATAT	2	12	229487	229498	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021151	TTTTGT	2	12	294382	294393	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021151	AAAGCA	2	12	324319	324330	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021151	CTTTTT	2	12	328396	328407	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021151	TGATTT	2	12	331875	331886	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021151	TAAATG	2	12	359113	359124	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021151	ATCTCG	2	12	359579	359590	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021151	AAAAAT	2	12	378628	378639	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021151	AAGAGA	2	12	384671	384682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021151	CGTTTA	2	12	390652	390663	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021151	TGAGTA	2	12	393074	393085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021151	TGTCAT	2	12	435024	435035	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021151	TAATTA	2	12	457791	457802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021151	AAAAAG	2	12	512997	513008	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021151	AAAAAC	2	12	540923	540934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021151	GGTTTA	2	12	554061	554072	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021151	GATTTT	2	12	575448	575459	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021151	AAGCGC	2	12	577075	577086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_021151	CGCTCG	2	12	661713	661724	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_021151	AGTCTT	2	12	676615	676626	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021151	CATCAC	2	12	868078	868089	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_021151	GATATT	2	12	869940	869951	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021151	CATTAA	2	12	884507	884518	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021151	TTCCCC	2	12	887421	887432	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_021151	AGTATA	2	12	908549	908560	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021151	TTTATG	2	12	934414	934425	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021151	TATTTA	2	12	938544	938555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021151	TTATTT	2	12	942062	942073	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021151	TTTTAT	2	12	967741	967752	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021151	TATAGT	2	12	1015147	1015158	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021151	TCTGCG	2	12	1027752	1027763	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021151	TTGGCT	2	12	1109791	1109802	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021151	TGTTAA	2	12	1114514	1114525	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021151	CTTTCA	2	12	1207216	1207227	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021151	CAGGTA	2	12	1219263	1219274	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021151	TAAAGC	2	12	1237566	1237577	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021151	GATTCG	2	12	1348764	1348775	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021151	AATCAG	2	12	1358805	1358816	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021151	CATATA	2	12	1358987	1358998	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021151	GTTATT	2	12	1401884	1401895	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021151	ATAACA	2	12	1438712	1438723	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021151	ACATAA	2	12	1438930	1438941	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021151	TGTTTA	2	12	1446916	1446927	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021151	TTTATC	2	12	1476924	1476935	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021151	CCTTCA	2	12	1580709	1580720	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_021151	CATTAA	2	12	1653147	1653158	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021151	AGAAAA	2	12	1689872	1689883	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021151	ATTTTT	2	12	1718161	1718172	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021151	GTAAGT	2	12	1729275	1729286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021151	TTTTCA	2	12	1738584	1738595	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021151	CAAGTG	2	12	1755589	1755600	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021151	GCTACA	2	12	1871135	1871146	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_021151	GCAAGG	9	54	1943598	1943651	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021151	TGCTTT	2	12	1981828	1981839	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_021151	ATCTTT	2	12	1999552	1999563	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021151	CGTCAT	2	12	2078714	2078725	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021151	ACGATG	2	12	2100335	2100346	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_021151	ATAAAA	2	12	2121848	2121859	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021151	TTTTCA	2	12	2147806	2147817	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021151	CGGCAT	2	12	2191302	2191313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021151	CTTCCA	2	12	2216292	2216303	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_021151	CACCGG	2	12	2216608	2216619	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021151	GTGCAG	2	12	2217139	2217150	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021151	GTTAAT	2	12	2238546	2238557	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021151	TTTTTG	2	12	2238598	2238609	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021151	TATTTT	2	12	2238790	2238801	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021151	ATTTGC	2	12	2403785	2403796	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_021151	ACGTTA	2	12	2423613	2423624	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_021151	ATTGCA	2	12	2456382	2456393	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021151	ATTGCA	2	12	2456397	2456408	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021151	TGGCGC	2	12	2501826	2501837	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_021151	CGCCTG	2	12	2507555	2507566	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021151	ATAGCA	2	12	2519686	2519697	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021151	TTAAAT	2	12	2549271	2549282	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021151	TATCAC	2	12	2569943	2569954	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021151	CACAGC	2	12	2601604	2601615	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021151	AATGAG	2	12	2669513	2669524	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021151	TGGGTT	2	12	2711574	2711585	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021151	TGAGAA	2	12	2730163	2730174	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021151	TTCATC	2	12	2738211	2738222	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021151	AAAGGC	2	12	2883759	2883770	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021151	ATTAAA	2	12	2886219	2886230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021151	CTTAGG	2	12	2924447	2924458	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021151	ATCTTA	2	12	2927368	2927379	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021151	CAATAA	2	12	2940904	2940915	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_021151	ATTAAA	2	12	3043748	3043759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021151	CTCGGT	4	24	3075372	3075395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_021151	GATTAT	2	12	3091854	3091865	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021151	CCTGTT	2	12	3093017	3093028	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_021151	GGCGTC	2	12	3112451	3112462	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_021151	GCGATC	2	12	3138513	3138524	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021151	CCACCG	2	12	3182812	3182823	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_021151	TTTTAT	2	12	3184246	3184257	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021151	TCGATA	2	12	3198765	3198776	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021151	TTCAGT	2	12	3250670	3250681	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021151	AGTTGT	2	12	3371934	3371945	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021151	AATGAT	2	12	3377602	3377613	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021151	TAACCA	2	12	3416236	3416247	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021151	ATTCAA	2	12	3417983	3417994	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021151	TTATTT	2	12	3420182	3420193	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021151	AACCCT	2	12	3449092	3449103	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021151	TGTTAT	2	12	3512298	3512309	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021151	CTTCCA	2	12	3517998	3518009	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_021151	CACCGG	2	12	3518314	3518325	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_021151	GTGCAG	2	12	3518845	3518856	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_021151	TGTCGC	2	12	3594485	3594496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_021151	AATATT	2	12	3711158	3711169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021151	CTTAAT	2	12	3773817	3773828	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021151	GCGATA	2	12	3805722	3805733	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021151	TAAAAA	2	12	3827673	3827684	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021151	GCGATC	2	12	3842846	3842857	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_021151	ATTATA	2	12	3875192	3875203	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021151	CAATGG	2	12	3876575	3876586	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021151	GGTATT	2	12	3879400	3879411	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021151	TGGCTC	2	12	3879873	3879884	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021151	GCGATG	2	12	3880303	3880314	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_021151	ATCAAC	2	12	3886267	3886278	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_021151	GCATTA	2	12	3948431	3948442	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_021151	TAAATA	2	12	3954374	3954385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021151	ACATGA	2	12	3960183	3960194	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_021151	GTTGAA	2	12	4181344	4181355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021151	GCTTTG	2	12	4239852	4239863	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_021151	CCATGC	2	12	4240391	4240402	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021151	TTTGTT	2	12	4241003	4241014	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021151	TATCAA	2	12	4245155	4245166	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_021151	TAAATA	2	12	4257236	4257247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021151	TTTTAA	2	12	4257433	4257444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021151	TTTTAC	2	12	4301761	4301772	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_021151	AGCGTT	2	12	4328178	4328189	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_021151	TTTTGT	2	12	4351406	4351417	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021151	TTTTGA	2	12	4396804	4396815	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021151	TAACCA	2	12	4437388	4437399	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_021151	GCGCTT	2	12	4464016	4464027	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_021151	GTCTTT	2	12	4499789	4499800	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_021151	TGTAAG	2	12	4499892	4499903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021151	TGAACT	2	12	4508427	4508438	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_021151	CGCGTT	2	12	4508563	4508574	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_021151	TTATGA	2	12	4559558	4559569	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021151	GAAAAA	2	12	4559607	4559618	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021151	CCCCAT	2	12	4569559	4569570	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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149	NC_021151	ATTCTG	2	12	4591089	4591100	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_021151	TTTTTA	2	12	4592077	4592088	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021151	GAGATA	2	12	4609316	4609327	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021151	TGGCGC	2	12	4631148	4631159	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_021151	TCAGAT	2	12	4653269	4653280	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_021151	TTTTCC	2	12	4694411	4694422	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_021151	TGATAT	2	12	4758237	4758248	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
156	NC_021151	AATGAT	2	12	4803830	4803841	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
157	NC_021151	TTATCA	2	12	4805211	4805222	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_021151	TTTAAT	2	12	4824489	4824500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_021151	AGCGCC	2	12	4829111	4829122	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
160	NC_021151	AAGCGC	2	12	4832009	4832020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_021151	GTAAAA	2	12	4846948	4846959	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.