MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae SPN034183 draft genome

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021028	TAAGGA	2	12	16883	16894	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021028	GAAGTG	2	12	19971	19982	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021028	ACTAAT	2	12	20001	20012	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021028	TCTTGT	2	12	20657	20668	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021028	CATCTC	2	12	21202	21213	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_021028	AGTTGA	2	12	21321	21332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021028	TTGTTT	2	12	61807	61818	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021028	TTCCTT	2	12	69176	69187	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_021028	TAAAAA	2	12	73441	73452	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021028	AAAAAT	2	12	89590	89601	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021028	TTCTAT	2	12	97167	97178	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021028	TCCCAT	2	12	103016	103027	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_021028	TAAAAA	2	12	121324	121335	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021028	AGACTT	2	12	142572	142583	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021028	CATCTC	2	12	143970	143981	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021028	AGTTGA	2	12	144089	144100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021028	TTTGCT	2	12	169273	169284	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021028	ATAAAA	2	12	169652	169663	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021028	TGAAAG	2	12	172747	172758	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021028	ATAAAT	2	12	174575	174586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021028	GAAGCA	2	12	180565	180576	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021028	GTTTTA	2	12	183041	183052	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021028	TTTTAC	2	12	219505	219516	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021028	CATAAT	2	12	247953	247964	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021028	TCTTAA	2	12	263527	263538	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021028	GGTTGC	2	12	280402	280413	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_021028	TCTTTT	2	12	299802	299813	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021028	TCTTGT	2	12	305313	305324	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021028	TAGATA	2	12	312959	312970	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021028	GATAAA	2	12	318307	318318	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021028	GAAAAA	2	12	338071	338082	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021028	GAAAAG	2	12	352162	352173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021028	GCAGTT	2	12	370882	370893	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021028	TCAACT	2	12	413389	413400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_021028	AGAAAT	2	12	419143	419154	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021028	TTTGAA	2	12	420393	420404	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021028	ATGAAG	2	12	429799	429810	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021028	GCTTGC	2	12	452729	452740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021028	GTTCCT	2	12	472651	472662	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021028	TTTTAT	2	12	473111	473122	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021028	GTTTTT	2	12	473227	473238	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021028	TTTTTC	2	12	474033	474044	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021028	CTTGAA	2	12	493674	493685	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021028	AGGATA	2	12	493868	493879	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021028	TGCTTT	2	12	500867	500878	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021028	AAAATG	2	12	519350	519361	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021028	TCTTTT	2	12	532130	532141	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021028	CTGTAA	2	12	578084	578095	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021028	AAAGTT	2	12	583067	583078	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021028	ACTTCT	2	12	599790	599801	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021028	AGAGGA	2	12	670387	670398	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021028	AGATTG	2	12	682738	682749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021028	TTTTCA	2	12	725123	725134	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021028	GATAGA	2	12	737488	737499	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021028	GAAGTT	2	12	750490	750501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021028	TTCGGG	2	12	775871	775882	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_021028	CATCTC	2	12	778242	778253	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_021028	AGTTGA	2	12	778361	778372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021028	CATATG	2	12	809646	809657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021028	ATCATG	2	12	809949	809960	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021028	TTAAAA	2	12	811468	811479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021028	TATAAA	2	12	814972	814983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021028	GCAATC	2	12	821116	821127	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021028	AAAAAG	2	12	865750	865761	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021028	ACCAAG	2	12	866613	866624	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_021028	ACAAAC	2	12	873137	873148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021028	TTTTTA	2	12	885687	885698	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021028	CTATTT	2	12	897165	897176	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_021028	AAAAAG	2	12	897214	897225	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021028	GATAGA	2	12	904581	904592	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021028	TTTTCT	2	12	907499	907510	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021028	TCACTA	2	12	917157	917168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021028	TAAAAA	2	12	937408	937419	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021028	TGTCAA	2	12	943026	943037	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_021028	AAGAAA	2	12	944331	944342	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021028	AATGGA	2	12	954966	954977	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021028	CAAAAG	2	12	957000	957011	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021028	GATTAT	2	12	977347	977358	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021028	TGTAAG	2	12	977810	977821	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021028	TATGAT	2	12	979947	979958	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021028	AGTTGA	2	12	1016477	1016488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021028	AGGAGC	2	12	1042231	1042242	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021028	ACAAGA	2	12	1045034	1045045	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021028	TCTATC	2	12	1045662	1045673	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_021028	AATTTT	2	12	1078134	1078145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021028	TTTTTG	2	12	1087952	1087963	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021028	GTTTGT	2	12	1097128	1097139	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021028	TGAAAA	2	12	1112703	1112714	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021028	GTTGAA	2	12	1118249	1118260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021028	CTGGTG	2	12	1150991	1151002	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021028	TAAAAA	2	12	1190176	1190187	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021028	ATTATC	2	12	1201867	1201878	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_021028	TAGGTA	2	12	1223001	1223012	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021028	AGCAAG	2	12	1234220	1234231	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021028	TTTCAC	2	12	1234580	1234591	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_021028	CCCAAG	2	12	1247692	1247703	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_021028	AGCAAC	2	12	1247764	1247775	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_021028	GATGGT	2	12	1262732	1262743	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021028	TTTTAT	2	12	1274130	1274141	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021028	TGTATT	2	12	1329617	1329628	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021028	TGCTTC	2	12	1330060	1330071	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_021028	ACTAAA	2	12	1331383	1331394	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021028	AAATTT	2	12	1346143	1346154	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021028	TCAAGT	2	12	1346214	1346225	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_021028	CTTTTC	2	12	1346742	1346753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021028	CTTTCT	2	12	1442802	1442813	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_021028	ACTGGC	2	12	1456623	1456634	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_021028	ATGGTC	2	12	1469743	1469754	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_021028	CACTTC	2	12	1471503	1471514	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021028	TTAAAA	2	12	1504156	1504167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021028	GCTACT	2	12	1507659	1507670	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_021028	AATCAA	2	12	1507691	1507702	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_021028	CCTAAG	2	12	1539455	1539466	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_021028	AACTTG	2	12	1539578	1539589	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_021028	ATTTGA	2	12	1562484	1562495	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021028	TAATCA	2	12	1570454	1570465	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021028	CACTTC	2	12	1584047	1584058	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021028	TTACAT	2	12	1589034	1589045	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_021028	AAAAAT	2	12	1601730	1601741	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021028	TCTATT	2	12	1607150	1607161	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021028	GAACAT	2	12	1623810	1623821	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_021028	TCATTA	2	12	1654248	1654259	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_021028	TCAACT	2	12	1678831	1678842	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021028	GAGATG	2	12	1678950	1678961	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021028	TATTAG	2	12	1699069	1699080	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021028	CACTTC	2	12	1699100	1699111	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_021028	TCCTTA	2	12	1702188	1702199	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_021028	CCAGAA	2	12	1730653	1730664	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_021028	TGCAAC	2	12	1760306	1760317	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_021028	AGGACA	2	12	1774733	1774744	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_021028	AAAAAT	2	12	1778237	1778248	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021028	TATTAG	2	12	1790458	1790469	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021028	CACTTC	2	12	1790489	1790500	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_021028	TCCTTA	2	12	1793577	1793588	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_021028	ACAAGA	2	12	1802580	1802591	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_021028	TCTATC	2	12	1803227	1803238	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_021028	ATGATT	2	12	1806572	1806583	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021028	CCCGAA	2	12	1851491	1851502	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
139	NC_021028	TATTAG	2	12	1852365	1852376	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021028	CACTTC	2	12	1852396	1852407	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_021028	TCCTTA	2	12	1855484	1855495	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_021028	TAAATT	2	12	1931826	1931837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021028	TCCAAC	2	12	1937246	1937257	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_021028	GATAAA	2	12	1975063	1975074	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021028	AAAATC	2	12	1987018	1987029	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.