MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae SPN034183 draft genome

Total Repeats: 392

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021028	TGAAA	2	10	3159	3168	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021028	TCGTG	2	10	16410	16419	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021028	GTTAA	2	10	17131	17140	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021028	GGGAG	2	10	17649	17658	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021028	AGGGA	2	10	19860	19869	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021028	TTGAA	2	10	20064	20073	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021028	CTTTT	2	10	23618	23627	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021028	GAAGA	2	10	33279	33288	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021028	ATTTT	2	10	57712	57721	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021028	AGAGG	2	10	76567	76576	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021028	TTATT	2	10	97029	97038	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021028	ATTCA	2	10	102945	102954	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021028	TTAAA	2	10	105392	105401	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021028	TTATC	2	10	105466	105475	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_021028	TATCA	2	10	108666	108675	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021028	GAAAG	2	10	110477	110486	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021028	ATAAA	2	10	119202	119211	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021028	TAACC	2	10	119300	119309	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_021028	GGCTT	2	10	135350	135359	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021028	TCTTT	2	10	143340	143349	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021028	GCTTT	2	10	153284	153293	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021028	TATTG	2	10	153321	153330	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021028	TAAAA	2	10	159146	159155	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021028	TTCTA	2	10	159731	159740	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021028	ATTAA	2	10	162697	162706	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021028	GTTTG	2	10	169441	169450	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021028	ACATG	2	10	169574	169583	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021028	GAAAA	2	10	170166	170175	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021028	ATGTT	2	10	180542	180551	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021028	ACAAA	2	10	181057	181066	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021028	TTTTC	2	10	182469	182478	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021028	GAAAT	2	10	183279	183288	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021028	TGAAA	2	10	197246	197255	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021028	ATTTC	2	10	198772	198781	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021028	CCCTG	2	10	206022	206031	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_021028	ATGAT	2	10	221246	221255	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021028	AAGGA	2	10	233488	233497	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021028	GTTCA	2	10	235122	235131	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021028	AAAAT	2	10	238929	238938	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021028	ATCGA	2	10	239677	239686	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021028	TTTTA	2	10	244300	244309	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021028	ATTCT	2	10	249070	249079	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021028	CTATC	2	10	250292	250301	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021028	CTTTT	2	10	263162	263171	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021028	CTTAA	2	10	265519	265528	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021028	AAGCC	2	10	279186	279195	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021028	AATAG	2	10	280732	280741	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021028	TGATA	2	10	289865	289874	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021028	TTTAT	2	10	307794	307803	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021028	TAAAG	2	10	312767	312776	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021028	CTTTT	2	10	316449	316458	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021028	ATGGA	2	10	317833	317842	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021028	AAAAG	2	10	319719	319728	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021028	AAATA	2	10	331476	331485	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021028	TGCTT	2	10	344622	344631	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021028	ACTTC	2	10	346148	346157	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021028	ATACT	2	10	346897	346906	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021028	GTTTT	2	10	352276	352285	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021028	TTCTT	2	10	354699	354708	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021028	ATAAA	2	10	368717	368726	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021028	TTTTC	2	10	382771	382780	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021028	TTAAA	2	10	384446	384455	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021028	TTCTG	2	10	389103	389112	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_021028	TAAAA	2	10	401061	401070	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021028	AAAGA	2	10	414111	414120	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021028	AGCTT	2	10	414293	414302	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021028	CGTAT	2	10	420193	420202	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021028	GACTG	2	10	428016	428025	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021028	TGATT	2	10	430073	430082	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021028	CTGAC	2	10	435703	435712	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_021028	TCCAG	2	10	435728	435737	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_021028	ATATA	2	10	436836	436845	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021028	AAATA	2	10	439123	439132	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021028	AGAAA	2	10	439144	439153	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021028	GGAAT	2	10	444511	444520	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021028	TAGGA	2	10	449412	449421	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021028	AAGAG	2	10	449444	449453	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021028	CAGGG	2	10	452771	452780	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021028	TGAAA	2	10	458088	458097	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021028	CTATT	2	10	460158	460167	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021028	AATAA	2	10	465415	465424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021028	CTTTT	2	10	466683	466692	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021028	TAAAA	2	10	466696	466705	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021028	TGTTT	2	10	469562	469571	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021028	TAGTT	2	10	472733	472742	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021028	GCATA	2	10	473308	473317	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021028	ATAGA	2	10	473565	473574	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021028	CTTTC	2	10	475650	475659	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_021028	ATAAA	2	10	478030	478039	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021028	AGCGA	2	10	481166	481175	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021028	TTGCC	2	10	484905	484914	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_021028	ATTCA	2	10	485495	485504	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021028	TACTG	2	10	486268	486277	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021028	ATATA	2	10	486285	486294	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021028	TTCTT	2	10	488849	488858	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021028	GATAA	2	10	491523	491532	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021028	GTTTG	2	10	493746	493755	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021028	AAAAG	2	10	494114	494123	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021028	CAATA	2	10	496530	496539	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021028	TATAA	2	10	508099	508108	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021028	TTTTA	2	10	510823	510832	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021028	CTTTT	2	10	510914	510923	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021028	TTTTA	2	10	510995	511004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021028	TTTTA	2	10	519499	519508	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021028	TTTAT	2	10	523740	523749	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021028	CTTAG	2	10	523824	523833	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021028	AGGAA	2	10	527527	527536	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021028	TGTCT	2	10	536001	536010	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_021028	GCTAA	2	10	542726	542735	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_021028	ATATA	2	10	547481	547490	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021028	TAGTA	2	10	550711	550720	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021028	AGTAA	2	10	551422	551431	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021028	CATTT	2	10	552163	552172	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021028	AATGG	2	10	557226	557235	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021028	TAAAA	2	10	560535	560544	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021028	ATTAT	2	10	570694	570703	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021028	AAACA	2	10	590053	590062	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_021028	ATATA	2	10	592882	592891	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021028	GAAAA	2	10	630759	630768	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021028	GTTAT	2	10	630798	630807	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021028	GTTTG	2	10	646267	646276	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021028	ATTTT	2	10	668024	668033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021028	ACGAA	2	10	670021	670030	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_021028	AGGGG	2	10	671479	671488	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021028	CCCTG	2	10	671565	671574	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_021028	ATGGA	2	10	692995	693004	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021028	TTATT	2	10	695290	695299	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021028	ATAAA	2	10	702895	702904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021028	AAAAG	2	10	706176	706185	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021028	GGAAA	2	10	711837	711846	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021028	TAAAA	2	10	722616	722625	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021028	TAAAA	2	10	735505	735514	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021028	ATTTT	2	10	736757	736766	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021028	ATGCG	2	10	741688	741697	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_021028	CAAGA	2	10	742709	742718	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021028	CAAAT	2	10	744838	744847	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_021028	AAAAT	2	10	744883	744892	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021028	TCTGA	2	10	748411	748420	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_021028	TGATT	2	10	749049	749058	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021028	TTCTC	2	10	749247	749256	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_021028	CTGAA	2	10	751257	751266	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_021028	ATAAA	2	10	751427	751436	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021028	TTTGA	2	10	751455	751464	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021028	AAATA	2	10	759083	759092	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021028	TATTT	2	10	776028	776037	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021028	TCTTT	2	10	777613	777622	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_021028	TTGCC	2	10	796842	796851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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163	NC_021028	TTTTC	2	10	846467	846476	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_021028	TTGAA	2	10	956718	956727	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_021028	TAAAA	2	10	958113	958122	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.