MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae SPN994039 draft genome

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021005	TAAGGA	2	12	16883	16894	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021005	GAAGTG	2	12	19971	19982	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021005	ACTAAT	2	12	20001	20012	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021005	TCTTGT	2	12	20657	20668	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021005	CATCTC	2	12	21202	21213	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_021005	AGTTGA	2	12	21321	21332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021005	TTGTTT	2	12	61807	61818	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021005	TAAAAA	2	12	73487	73498	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021005	AAAAAT	2	12	89636	89647	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021005	TTCTAT	2	12	97213	97224	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021005	TCCCAT	2	12	103062	103073	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021005	TAAAAA	2	12	121370	121381	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021005	TTTGCT	2	12	158850	158861	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021005	ATAAAA	2	12	159229	159240	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021005	TGAAAG	2	12	162324	162335	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021005	ATAAAT	2	12	164152	164163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021005	GAAGCA	2	12	170142	170153	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021005	GTTTTA	2	12	172618	172629	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021005	TTTTAC	2	12	209082	209093	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021005	CATAAT	2	12	237531	237542	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021005	TCTTAA	2	12	253105	253116	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021005	GGTTGC	2	12	269980	269991	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021005	TCTTTT	2	12	289379	289390	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021005	TCTTGT	2	12	294890	294901	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021005	TAGATA	2	12	302536	302547	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021005	GATAAA	2	12	307884	307895	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021005	GAAAAA	2	12	327648	327659	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021005	GAAAAG	2	12	341739	341750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021005	GCAGTT	2	12	360459	360470	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021005	TCAACT	2	12	402966	402977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_021005	AGAAAT	2	12	408720	408731	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021005	ATGAAG	2	12	419377	419388	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021005	GCTTGC	2	12	442308	442319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021005	GTTCCT	2	12	462230	462241	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_021005	TTTTAT	2	12	462690	462701	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021005	GTTTTT	2	12	462806	462817	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021005	TTTTTC	2	12	463612	463623	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_021005	CTTGAA	2	12	483253	483264	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021005	AGGATA	2	12	483447	483458	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021005	TGCTTT	2	12	490446	490457	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021005	AAAATG	2	12	508929	508940	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021005	TCTTTT	2	12	521709	521720	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021005	CTGTAA	2	12	567646	567657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021005	AAAGTT	2	12	572629	572640	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021005	ACTTCT	2	12	589307	589318	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_021005	AGAGGA	2	12	659904	659915	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021005	AGATTG	2	12	672255	672266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021005	TTTTCA	2	12	714642	714653	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021005	GATAGA	2	12	727007	727018	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021005	GAAGTT	2	12	740009	740020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021005	TTCGGG	2	12	765390	765401	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021005	CATCTC	2	12	767762	767773	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_021005	AGTTGA	2	12	767881	767892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021005	CATATG	2	12	799166	799177	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021005	ATCATG	2	12	799469	799480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021005	TTAAAA	2	12	800988	800999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021005	TATAAA	2	12	804492	804503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021005	GCAATC	2	12	810636	810647	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021005	AAAAAG	2	12	855229	855240	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021005	ACCAAG	2	12	856092	856103	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_021005	ACAAAC	2	12	862616	862627	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021005	TTTTTA	2	12	875166	875177	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021005	CTATTT	2	12	886644	886655	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021005	AAAAAG	2	12	886693	886704	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021005	GATAGA	2	12	894060	894071	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021005	TTTTCT	2	12	896978	896989	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021005	TCACTA	2	12	906636	906647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021005	TAAAAA	2	12	926887	926898	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021005	TGTCAA	2	12	932505	932516	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_021005	AAGAAA	2	12	933810	933821	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021005	AATGGA	2	12	944445	944456	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021005	CAAAAG	2	12	946479	946490	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021005	GATTAT	2	12	966812	966823	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021005	TGTAAG	2	12	967275	967286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021005	TATGAT	2	12	969412	969423	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021005	AGTTGA	2	12	1005942	1005953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021005	AGGAGC	2	12	1031697	1031708	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021005	ACAAGA	2	12	1034500	1034511	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_021005	TCTATC	2	12	1035128	1035139	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_021005	AATTTT	2	12	1067600	1067611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021005	TTTTTG	2	12	1077418	1077429	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021005	GTTTGT	2	12	1086594	1086605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021005	TGAAAA	2	12	1102169	1102180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021005	GTTGAA	2	12	1107715	1107726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021005	CTGGTG	2	12	1140457	1140468	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021005	TAAAAA	2	12	1179643	1179654	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021005	ATTATC	2	12	1191334	1191345	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021005	TAGGTA	2	12	1212468	1212479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021005	AGCAAG	2	12	1223687	1223698	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021005	TTTCAC	2	12	1224047	1224058	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021005	CCCAAG	2	12	1237159	1237170	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_021005	AGCAAC	2	12	1237231	1237242	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021005	GATGGT	2	12	1252199	1252210	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021005	TTTTAT	2	12	1263700	1263711	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021005	TGTATT	2	12	1319187	1319198	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021005	TGCTTC	2	12	1319630	1319641	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_021005	ACTAAA	2	12	1320953	1320964	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021005	AAATTT	2	12	1335713	1335724	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021005	TCAAGT	2	12	1335784	1335795	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_021005	CTTTTC	2	12	1336312	1336323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_021005	CTTTCT	2	12	1432438	1432449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_021005	ACTGGC	2	12	1446259	1446270	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_021005	ATGGTC	2	12	1459381	1459392	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021005	CACTTC	2	12	1461141	1461152	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021005	TTAAAA	2	12	1493794	1493805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021005	CCTAAG	2	12	1529094	1529105	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_021005	AACTTG	2	12	1529217	1529228	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_021005	ATTTGA	2	12	1552123	1552134	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021005	TAATCA	2	12	1560094	1560105	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_021005	CACTTC	2	12	1573685	1573696	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_021005	TTACAT	2	12	1578672	1578683	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021005	AAAAAT	2	12	1591362	1591373	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021005	TCTATT	2	12	1596782	1596793	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021005	GAACAT	2	12	1613487	1613498	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_021005	TCATTA	2	12	1643926	1643937	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021005	TCAACT	2	12	1668507	1668518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_021005	GAGATG	2	12	1668626	1668637	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021005	TATTAG	2	12	1688746	1688757	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021005	CACTTC	2	12	1688777	1688788	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_021005	TCCTTA	2	12	1691865	1691876	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_021005	CCAGAA	2	12	1720330	1720341	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_021005	AGGACA	2	12	1764411	1764422	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_021005	AAAAAT	2	12	1767915	1767926	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021005	TATTAG	2	12	1780136	1780147	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021005	CACTTC	2	12	1780167	1780178	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_021005	TCCTTA	2	12	1783255	1783266	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_021005	ACAAGA	2	12	1792258	1792269	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_021005	TCTATC	2	12	1792905	1792916	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_021005	ATGATT	2	12	1796250	1796261	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021005	CCCGAA	2	12	1841169	1841180	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021005	TATTAG	2	12	1842043	1842054	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021005	CACTTC	2	12	1842074	1842085	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_021005	TCCTTA	2	12	1845162	1845173	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_021005	TAAATT	2	12	1921506	1921517	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021005	TCCAAC	2	12	1926926	1926937	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_021005	GATAAA	2	12	1964743	1964754	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021005	AAAATC	2	12	1976698	1976709	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_021005	ACCTTG	2	12	1984154	1984165	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.