MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae SPN994039 draft genome

Total Repeats: 381

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021005	TGAAA	2	10	3159	3168	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021005	TCGTG	2	10	16410	16419	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021005	GTTAA	2	10	17131	17140	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021005	GGGAG	2	10	17649	17658	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021005	AGGGA	2	10	19860	19869	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021005	TTGAA	2	10	20064	20073	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021005	CTTTT	2	10	23618	23627	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021005	GAAGA	2	10	33279	33288	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021005	ATTTT	2	10	57712	57721	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021005	AGAGG	2	10	76613	76622	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021005	TTATT	2	10	97075	97084	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021005	ATTCA	2	10	102991	103000	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021005	TTAAA	2	10	105438	105447	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021005	TTATC	2	10	105512	105521	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_021005	TATCA	2	10	108712	108721	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021005	GAAAG	2	10	110523	110532	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021005	ATAAA	2	10	119248	119257	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021005	TAACC	2	10	119346	119355	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_021005	GGCTT	2	10	135396	135405	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021005	GCTTT	2	10	142999	143008	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021005	TATTG	2	10	143036	143045	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021005	TAAAA	2	10	148861	148870	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021005	TTCTA	2	10	149446	149455	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021005	ATTAA	2	10	152274	152283	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021005	GTTTG	2	10	159018	159027	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021005	ACATG	2	10	159151	159160	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021005	GAAAA	2	10	159743	159752	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021005	ATGTT	2	10	170119	170128	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021005	ACAAA	2	10	170634	170643	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021005	TTTTC	2	10	172046	172055	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021005	GAAAT	2	10	172856	172865	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021005	TGAAA	2	10	186823	186832	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021005	ATTTC	2	10	188349	188358	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021005	CCCTG	2	10	195599	195608	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_021005	ATGAT	2	10	210823	210832	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021005	AAGGA	2	10	223065	223074	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021005	GTTCA	2	10	224699	224708	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021005	AAAAT	2	10	228506	228515	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021005	ATCGA	2	10	229254	229263	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021005	TTTTA	2	10	233878	233887	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021005	ATTCT	2	10	238648	238657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021005	CTATC	2	10	239870	239879	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_021005	CTTTT	2	10	252740	252749	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021005	CTTAA	2	10	255097	255106	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021005	AAGCC	2	10	268764	268773	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021005	AATAG	2	10	270310	270319	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021005	TGATA	2	10	279442	279451	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021005	TTTAT	2	10	297371	297380	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021005	TAAAG	2	10	302344	302353	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021005	CTTTT	2	10	306026	306035	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021005	ATGGA	2	10	307410	307419	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021005	AAAAG	2	10	309296	309305	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021005	AAATA	2	10	321053	321062	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021005	TGCTT	2	10	334199	334208	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021005	ACTTC	2	10	335725	335734	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021005	ATACT	2	10	336474	336483	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021005	GTTTT	2	10	341853	341862	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021005	TTCTT	2	10	344276	344285	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021005	ATAAA	2	10	358294	358303	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021005	TTTTC	2	10	372348	372357	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021005	TTAAA	2	10	374023	374032	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021005	TTCTG	2	10	378680	378689	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_021005	TAAAA	2	10	390638	390647	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021005	AAAGA	2	10	403688	403697	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021005	AGCTT	2	10	403870	403879	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021005	GACTG	2	10	417594	417603	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021005	TGATT	2	10	419651	419660	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021005	CTGAC	2	10	425281	425290	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021005	TCCAG	2	10	425306	425315	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021005	ATATA	2	10	426414	426423	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021005	AAATA	2	10	428701	428710	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021005	AGAAA	2	10	428722	428731	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021005	GGAAT	2	10	434089	434098	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021005	TAGGA	2	10	438990	438999	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021005	AAGAG	2	10	439022	439031	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021005	CAGGG	2	10	442350	442359	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_021005	TGAAA	2	10	447667	447676	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021005	CTATT	2	10	449737	449746	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021005	AATAA	2	10	454994	455003	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021005	CTTTT	2	10	456262	456271	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021005	TAAAA	2	10	456275	456284	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021005	TGTTT	2	10	459141	459150	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021005	TAGTT	2	10	462312	462321	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021005	GCATA	2	10	462887	462896	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021005	ATAGA	2	10	463144	463153	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021005	CTTTC	2	10	465229	465238	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021005	ATAAA	2	10	467609	467618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021005	AGCGA	2	10	470745	470754	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021005	TTGCC	2	10	474484	474493	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_021005	ATTCA	2	10	475074	475083	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021005	TACTG	2	10	475847	475856	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021005	ATATA	2	10	475864	475873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021005	TTCTT	2	10	478428	478437	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021005	GATAA	2	10	481102	481111	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021005	GTTTG	2	10	483325	483334	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021005	AAAAG	2	10	483693	483702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021005	CAATA	2	10	486109	486118	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_021005	TATAA	2	10	497678	497687	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021005	TTTTA	2	10	500402	500411	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021005	CTTTT	2	10	500493	500502	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021005	TTTTA	2	10	500574	500583	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021005	TTTTA	2	10	509078	509087	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021005	TTTAT	2	10	513319	513328	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021005	CTTAG	2	10	513403	513412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021005	AGGAA	2	10	517106	517115	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021005	TGTCT	2	10	525580	525589	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021005	GCTAA	2	10	532305	532314	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021005	ATATA	2	10	537060	537069	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021005	TAGTA	2	10	540290	540299	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021005	AGTAA	2	10	541001	541010	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021005	CATTT	2	10	541742	541751	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_021005	TAAAA	2	10	550115	550124	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021005	ATTAT	2	10	560275	560284	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021005	AAACA	2	10	579615	579624	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_021005	ATATA	2	10	582399	582408	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021005	GAAAA	2	10	620276	620285	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021005	GTTAT	2	10	620315	620324	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021005	GTTTG	2	10	635784	635793	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021005	ATTTT	2	10	657541	657550	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021005	ACGAA	2	10	659538	659547	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_021005	AGGGG	2	10	660996	661005	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021005	CCCTG	2	10	661082	661091	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
123	NC_021005	ATGGA	2	10	682514	682523	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021005	TTATT	2	10	684809	684818	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021005	ATAAA	2	10	692414	692423	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021005	AAAAG	2	10	695695	695704	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021005	GGAAA	2	10	701356	701365	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021005	TAAAA	2	10	712135	712144	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021005	TAAAA	2	10	725024	725033	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021005	ATTTT	2	10	726276	726285	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021005	ATGCG	2	10	731207	731216	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_021005	CAAGA	2	10	732228	732237	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_021005	CAAAT	2	10	734357	734366	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_021005	AAAAT	2	10	734402	734411	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021005	TCTGA	2	10	737930	737939	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021005	TGATT	2	10	738568	738577	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021005	TTCTC	2	10	738766	738775	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_021005	CTGAA	2	10	740776	740785	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_021005	ATAAA	2	10	740946	740955	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021005	TTTGA	2	10	740974	740983	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021005	AAATA	2	10	748602	748611	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021005	TATTT	2	10	765547	765556	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021005	TCTTT	2	10	767132	767141	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_021005	TTGCC	2	10	786362	786371	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_021005	TTTTG	2	10	792268	792277	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021005	TTGAA	2	10	797661	797670	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021005	ATTTG	2	10	800158	800167	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021005	TATAT	2	10	804456	804465	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021005	ATCTA	2	10	810948	810957	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_021005	TATGA	2	10	813014	813023	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021005	TTTTC	2	10	816525	816534	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_021005	CTGTT	2	10	820217	820226	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_021005	AAATC	2	10	820622	820631	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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156	NC_021005	AGAAC	2	10	825519	825528	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_021005	ATATA	2	10	828448	828457	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_021005	CTTTT	2	10	833850	833859	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_021005	TAATA	2	10	834862	834871	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_021005	TTTTC	2	10	835946	835955	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_021005	ATAGA	2	10	843737	843746	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021005	TAAAA	2	10	848929	848938	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_021005	CTTTT	2	10	855534	855543	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_021005	CATCT	2	10	855903	855912	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
165	NC_021005	GAAGA	2	10	856389	856398	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
166	NC_021005	ACCAA	2	10	862603	862612	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
167	NC_021005	TCTTT	2	10	864653	864662	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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169	NC_021005	AGGCT	2	10	884672	884681	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
170	NC_021005	ATAGT	2	10	891259	891268	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_021005	AGAGG	2	10	891288	891297	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021005	AGCTC	2	10	894663	894672	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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174	NC_021005	TCCTT	2	10	905792	905801	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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182	NC_021005	TAAAA	2	10	947592	947601	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_021005	TATAT	2	10	947649	947658	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_021005	AAAAT	2	10	948715	948724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_021005	ATTAA	2	10	961021	961030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_021005	ATATT	2	10	965253	965262	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_021005	GCATT	2	10	966059	966068	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_021005	ATACA	2	10	971955	971964	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_021005	AGTAA	2	10	992535	992544	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
196	NC_021005	AAGCT	2	10	1005324	1005333	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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199	NC_021005	ATTTT	2	10	1034281	1034290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_021005	ATACT	2	10	1436932	1436941	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
282	NC_021005	GAAAA	2	10	1438732	1438741	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
283	NC_021005	ACAAA	2	10	1444742	1444751	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
284	NC_021005	GCCTT	2	10	1459805	1459814	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
285	NC_021005	AGAGC	2	10	1460013	1460022	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
286	NC_021005	CAAGA	2	10	1460254	1460263	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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381	NC_021005	TCTCA	2	10	2019071	2019080	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.