MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI6T6 complete sequence

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020567	CTA	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020567	GTG	2	6	95	100	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020567	TCA	2	6	108	113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020567	GAA	2	6	168	173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020567	TTA	2	6	189	194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020567	TGA	2	6	207	212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020567	CAT	2	6	639	644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020567	GCT	2	6	762	767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_020567	TTC	2	6	828	833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_020567	CTT	2	6	3085	3090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_020567	ATC	2	6	3108	3113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020567	TCA	2	6	3132	3137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020567	CTT	2	6	3163	3168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020567	ACC	2	6	3180	3185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_020567	ATG	2	6	3209	3214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020567	TTC	2	6	3392	3397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020567	ATC	2	6	3440	3445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020567	TAT	2	6	3475	3480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020567	TCA	2	6	3494	3499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020567	ATA	2	6	3597	3602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020567	AAT	2	6	3618	3623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020567	ATT	2	6	3722	3727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020567	TGA	2	6	3787	3792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020567	TAT	2	6	3817	3822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020567	ATA	2	6	3889	3894	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020567	ATA	2	6	3938	3943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020567	ATA	2	6	3950	3955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020567	AAG	2	6	6810	6815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020567	TCA	2	6	6905	6910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020567	AGA	2	6	6919	6924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020567	TAA	2	6	6958	6963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020567	GAA	2	6	7013	7018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020567	GAA	2	6	7037	7042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020567	ATA	2	6	7098	7103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020567	TTA	2	6	7127	7132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020567	TAA	2	6	7145	7150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020567	TTG	2	6	7982	7987	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020567	ATT	2	6	8712	8717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020567	TAA	2	6	8730	8735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020567	TAA	2	6	8791	8796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020567	TAT	3	9	8917	8925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020567	ACA	2	6	8998	9003	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020567	ATT	2	6	9416	9421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020567	GTA	3	9	9478	9486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020567	ATA	2	6	9525	9530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020567	AAT	2	6	10181	10186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020567	ATT	2	6	10305	10310	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020567	ACT	2	6	10326	10331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_020567	ATT	2	6	11949	11954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020567	TAA	2	6	11986	11991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020567	TAA	2	6	12009	12014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020567	TTA	2	6	12016	12021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020567	TAA	2	6	12026	12031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020567	GAT	2	6	12042	12047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020567	GAT	2	6	12756	12761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020567	TTC	2	6	12817	12822	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_020567	TGA	2	6	12857	12862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020567	TAC	2	6	13782	13787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_020567	ACT	2	6	13795	13800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_020567	GTG	2	6	13855	13860	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020567	TAA	2	6	13994	13999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020567	TAT	2	6	14042	14047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020567	TTA	2	6	14104	14109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020567	ATC	2	6	15137	15142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_020567	TGA	2	6	15155	15160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020567	CGA	2	6	15161	15166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020567	TGG	2	6	15229	15234	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020567	TGA	2	6	15304	15309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020567	GAA	3	9	15326	15334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020567	ATT	3	9	15378	15386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020567	TAG	2	6	15517	15522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020567	ATT	2	6	17388	17393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020567	AAT	2	6	17398	17403	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020567	TGA	2	6	17424	17429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020567	TTG	2	6	17549	17554	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020567	GTT	2	6	18135	18140	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020567	AAT	2	6	18162	18167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020567	TCT	2	6	18199	18204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_020567	GTT	2	6	18236	18241	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020567	GAT	3	9	18266	18274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020567	GAA	2	6	18287	18292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020567	GAC	2	6	18323	18328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020567	GAA	2	6	18361	18366	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020567	ATT	2	6	18496	18501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020567	CTG	2	6	18573	18578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_020567	TTA	2	6	18608	18613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020567	TTA	2	6	18620	18625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020567	TAT	2	6	18694	18699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020567	ATA	2	6	18920	18925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020567	TCT	2	6	19007	19012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_020567	TTG	2	6	19061	19066	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020567	TAT	2	6	19092	19097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020567	TTA	3	9	19118	19126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020567	AGA	2	6	19260	19265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020567	TGA	2	6	19308	19313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020567	GAA	2	6	19314	19319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020567	AGA	2	6	19347	19352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020567	CAT	2	6	19411	19416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_020567	ATT	2	6	19475	19480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020567	TTA	2	6	19481	19486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020567	TCT	2	6	19554	19559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_020567	ATA	2	6	19734	19739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020567	CTA	2	6	19740	19745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_020567	ATA	2	6	19767	19772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020567	AAC	2	6	19803	19808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_020567	ATG	2	6	19915	19920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020567	TTC	2	6	20131	20136	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020567	CGT	2	6	20168	20173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_020567	AAT	2	6	20306	20311	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020567	TCT	2	6	20447	20452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_020567	ATA	2	6	20719	20724	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020567	TCA	2	6	20879	20884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_020567	CAA	2	6	21810	21815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_020567	TAT	2	6	22515	22520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020567	TAT	2	6	22603	22608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020567	GAA	3	9	22657	22665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020567	ACC	2	6	22699	22704	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_020567	GTT	2	6	22771	22776	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020567	TGA	2	6	22778	22783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020567	TTA	2	6	22843	22848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020567	GAC	2	6	23110	23115	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_020567	ATG	2	6	23324	23329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020567	CAC	2	6	23474	23479	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_020567	GTG	2	6	23505	23510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020567	TAA	3	9	24124	24132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020567	GGA	2	6	24154	24159	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020567	AGT	2	6	24852	24857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020567	TGA	2	6	24879	24884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020567	TAA	2	6	24906	24911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020567	TGA	2	6	25084	25089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020567	TCT	2	6	25104	25109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_020567	GAC	2	6	25150	25155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_020567	TAA	2	6	25195	25200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020567	TCA	2	6	25290	25295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_020567	TTG	2	6	25305	25310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020567	TAG	2	6	25452	25457	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020567	ATT	2	6	25504	25509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020567	TCT	2	6	25580	25585	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_020567	TTA	2	6	26951	26956	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020567	CAT	2	6	27047	27052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_020567	TCC	2	6	27750	27755	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_020567	CCT	2	6	27787	27792	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_020567	TTC	2	6	29621	29626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_020567	AAC	2	6	29627	29632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_020567	TGC	2	6	29668	29673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_020567	ACC	2	6	29688	29693	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_020567	CAA	2	6	29745	29750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_020567	CAA	2	6	29768	29773	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_020567	AAT	2	6	29798	29803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020567	CAC	2	6	29866	29871	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_020567	AAT	2	6	31207	31212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_020567	TAA	2	6	31428	31433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_020567	AAT	2	6	31661	31666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_020567	TTC	2	6	31772	31777	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_020567	TCT	2	6	32675	32680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.