MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI3T3 complete sequence

Total Repeats: 164

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020565	CTA	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020565	GTG	2	6	95	100	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020565	TCA	2	6	108	113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020565	GAA	2	6	168	173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020565	TTA	2	6	189	194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020565	TGA	2	6	206	211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020565	CAT	2	6	638	643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020565	GCT	2	6	761	766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_020565	TTC	2	6	827	832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_020565	CTT	2	6	3084	3089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_020565	ATC	2	6	3107	3112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020565	TCA	2	6	3131	3136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020565	CTT	2	6	3162	3167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020565	ACC	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_020565	ATG	2	6	3208	3213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020565	TTC	2	6	3391	3396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020565	ATC	2	6	3439	3444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020565	TAT	2	6	3474	3479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020565	TCA	2	6	3493	3498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020565	ATA	2	6	3596	3601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020565	AAT	2	6	3617	3622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020565	ATT	2	6	3721	3726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020565	TGA	2	6	3786	3791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020565	TAT	2	6	3816	3821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020565	ATA	2	6	3888	3893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020565	ATA	2	6	3937	3942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020565	ATA	2	6	3949	3954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020565	AAG	2	6	6809	6814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020565	TCA	2	6	6904	6909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020565	AGA	2	6	6918	6923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020565	TAA	2	6	6957	6962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020565	GAA	2	6	7012	7017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020565	GAA	2	6	7036	7041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020565	ATA	2	6	7097	7102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020565	TTA	2	6	7126	7131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020565	TAA	2	6	7144	7149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020565	TTG	2	6	7981	7986	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020565	ATT	2	6	8711	8716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020565	TAA	2	6	8729	8734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020565	TAA	2	6	8790	8795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020565	TAT	3	9	8916	8924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020565	ACA	2	6	8997	9002	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020565	ATT	2	6	9415	9420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020565	GTA	3	9	9477	9485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020565	ATA	2	6	9524	9529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020565	AAT	2	6	10180	10185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020565	ATT	2	6	10304	10309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020565	ACT	2	6	10325	10330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_020565	ATT	2	6	11948	11953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020565	TAA	2	6	11980	11985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020565	AGG	2	6	12068	12073	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020565	TTA	2	6	13312	13317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020565	ATA	2	6	13318	13323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020565	TAA	2	6	13339	13344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020565	TTA	2	6	13346	13351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020565	TAA	2	6	13356	13361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020565	GAT	2	6	13372	13377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020565	GAT	2	6	14086	14091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020565	TTC	2	6	14147	14152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_020565	TGA	2	6	14187	14192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020565	TAC	2	6	15112	15117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020565	ACT	2	6	15125	15130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_020565	GTG	2	6	15185	15190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020565	TAA	2	6	15324	15329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020565	TAT	2	6	15372	15377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020565	TTA	2	6	15434	15439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020565	ATC	2	6	16467	16472	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_020565	TGA	2	6	16485	16490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020565	CGA	2	6	16491	16496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_020565	TGG	2	6	16559	16564	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020565	TGA	2	6	16634	16639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020565	GAA	3	9	16656	16664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020565	ATT	3	9	16708	16716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020565	AAT	2	6	16795	16800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020565	TTA	2	6	16802	16807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020565	ATT	2	6	16872	16877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020565	AAT	2	6	16882	16887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020565	TGA	2	6	16908	16913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020565	TTG	2	6	17033	17038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020565	GTT	2	6	17619	17624	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020565	AAT	2	6	17646	17651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020565	TCT	2	6	17683	17688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020565	GTT	2	6	17720	17725	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020565	GAT	3	9	17750	17758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020565	GAA	2	6	17771	17776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020565	GAC	2	6	17807	17812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020565	GAA	2	6	17845	17850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020565	ATT	2	6	17980	17985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020565	CTG	2	6	18057	18062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_020565	TTA	2	6	18092	18097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020565	TTA	2	6	18104	18109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020565	TAT	2	6	18178	18183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020565	ATA	2	6	18404	18409	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020565	TCT	2	6	18491	18496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_020565	TTG	2	6	18545	18550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020565	TAT	2	6	18576	18581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020565	TTA	3	9	18602	18610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020565	AGA	2	6	18744	18749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020565	TGA	2	6	18792	18797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020565	GAA	2	6	18798	18803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020565	AGA	2	6	18831	18836	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020565	CAT	2	6	18895	18900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_020565	ATT	2	6	18959	18964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020565	TTA	2	6	18965	18970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020565	TCT	2	6	19038	19043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_020565	ATA	2	6	19218	19223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020565	CTA	2	6	19224	19229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020565	ATA	2	6	19251	19256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020565	AAC	2	6	19287	19292	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_020565	ATG	2	6	19399	19404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020565	TTC	2	6	19615	19620	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_020565	CGT	2	6	19652	19657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_020565	AAT	2	6	19790	19795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020565	TCT	2	6	19931	19936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_020565	ATA	2	6	20203	20208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020565	TCA	2	6	20363	20368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_020565	CAA	2	6	21294	21299	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_020565	TAT	2	6	21999	22004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020565	TAT	2	6	22087	22092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020565	GAA	3	9	22141	22149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020565	ACC	2	6	22183	22188	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_020565	GTT	2	6	22255	22260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020565	TGA	2	6	22262	22267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020565	TTA	2	6	22327	22332	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020565	GAC	2	6	22594	22599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_020565	ATG	2	6	22808	22813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020565	CAC	2	6	22958	22963	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_020565	GTG	2	6	22989	22994	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020565	TAA	3	9	23608	23616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020565	GGA	2	6	23638	23643	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020565	AGT	2	6	24336	24341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020565	TGA	2	6	24363	24368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020565	TAA	2	6	24390	24395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020565	TGA	2	6	24568	24573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020565	TCT	2	6	24588	24593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020565	GAC	2	6	24634	24639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_020565	TAA	2	6	24679	24684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020565	TCA	2	6	24774	24779	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_020565	TTG	2	6	24789	24794	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020565	TAG	2	6	24936	24941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020565	ATT	2	6	24988	24993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020565	TCT	2	6	25064	25069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_020565	TTA	2	6	26435	26440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020565	CAT	2	6	26531	26536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_020565	TCC	2	6	27234	27239	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_020565	CCT	2	6	27271	27276	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_020565	TTC	2	6	29105	29110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_020565	AAC	2	6	29111	29116	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_020565	TGC	2	6	29152	29157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_020565	ACC	2	6	29172	29177	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_020565	CAA	2	6	29229	29234	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_020565	CAA	2	6	29252	29257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_020565	AAT	2	6	29282	29287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020565	CAC	2	6	29350	29355	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_020565	AAT	2	6	30691	30696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020565	TAA	2	6	30748	30753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_020565	ACA	2	6	30864	30869	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_020565	TAA	2	6	30912	30917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020565	CTG	2	6	30930	30935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_020565	ATT	2	6	31126	31131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020565	AAT	2	6	31145	31150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020565	AAG	2	6	31245	31250	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020565	TTC	2	6	31256	31261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_020565	TCT	2	6	32159	32164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.