MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI3T3 complete sequence

Total Repeats: 354

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020565	CTA	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020565	AT	3	6	71	76	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020565	GTG	2	6	95	100	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020565	TCA	2	6	108	113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020565	GAA	2	6	168	173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020565	A	6	6	181	186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020565	TTA	2	6	189	194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020565	TGA	2	6	206	211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020565	ACAT	2	8	272	279	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020565	TTAAAC	2	12	427	438	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020565	AAGA	2	8	506	513	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020565	TA	3	6	577	582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020565	CAT	2	6	638	643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020565	GCT	2	6	761	766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_020565	TTC	2	6	827	832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_020565	C	6	6	844	849	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
17	NC_020565	CTT	2	6	3084	3089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020565	ATC	2	6	3107	3112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_020565	TCA	2	6	3131	3136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020565	CTT	2	6	3162	3167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020565	ACC	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_020565	CGTA	2	8	3199	3206	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020565	ATG	2	6	3208	3213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020565	AC	3	6	3260	3265	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_020565	GTAA	2	8	3289	3296	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020565	TTC	2	6	3391	3396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020565	A	6	6	3405	3410	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020565	TCTT	2	8	3422	3429	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020565	ATC	2	6	3439	3444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020565	TTCA	2	8	3450	3457	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_020565	ATTT	2	8	3461	3468	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020565	TAT	2	6	3474	3479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020565	TCA	2	6	3493	3498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020565	GCAA	2	8	3500	3507	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020565	TGAA	2	8	3513	3520	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020565	AAGT	2	8	3529	3536	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020565	AACG	2	8	3561	3568	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020565	ATA	2	6	3596	3601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020565	AAT	2	6	3617	3622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020565	A	6	6	3628	3633	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020565	TAAA	2	8	3680	3687	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020565	AT	3	6	3711	3716	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020565	ATT	2	6	3721	3726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020565	A	6	6	3743	3748	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020565	TGA	2	6	3786	3791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020565	TAT	2	6	3816	3821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020565	T	6	6	3828	3833	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020565	TA	3	6	3835	3840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020565	AAAT	2	8	3873	3880	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020565	ATA	2	6	3888	3893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020565	ATA	2	6	3937	3942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020565	ATA	2	6	3949	3954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020565	TATT	2	8	3976	3983	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020565	AATAT	2	10	6745	6754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020565	A	6	6	6760	6765	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020565	AAG	2	6	6809	6814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020565	TA	3	6	6851	6856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020565	A	6	6	6856	6861	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020565	ATTT	2	8	6892	6899	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020565	TCA	2	6	6904	6909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020565	AGA	2	6	6918	6923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020565	TAA	2	6	6957	6962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020565	GAA	2	6	7012	7017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020565	GAA	2	6	7036	7041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020565	ATA	2	6	7097	7102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020565	TTA	2	6	7126	7131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020565	TAA	2	6	7144	7149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020565	AT	3	6	7158	7163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020565	CT	3	6	7207	7212	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020565	TA	5	10	7222	7231	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020565	TA	3	6	7322	7327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020565	AAGA	2	8	7934	7941	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020565	AC	3	6	7956	7961	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020565	TTG	2	6	7981	7986	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020565	TATT	2	8	8022	8029	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020565	ATTG	2	8	8657	8664	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020565	TC	3	6	8681	8686	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_020565	ATT	2	6	8711	8716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020565	TAA	2	6	8729	8734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020565	A	6	6	8744	8749	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020565	TA	3	6	8771	8776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020565	TAA	2	6	8790	8795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020565	AT	3	6	8807	8812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020565	TAT	3	9	8916	8924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020565	T	6	6	8930	8935	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020565	TAAC	2	8	8954	8961	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020565	A	6	6	8989	8994	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020565	ACA	2	6	8997	9002	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020565	TACTA	2	10	9199	9208	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020565	A	6	6	9214	9219	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020565	AATA	2	8	9347	9354	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020565	ATT	2	6	9415	9420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020565	CATT	2	8	9429	9436	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020565	AG	3	6	9447	9452	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020565	CT	3	6	9465	9470	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020565	GTA	3	9	9477	9485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020565	AACG	2	8	9506	9513	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020565	ATA	2	6	9524	9529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020565	AT	5	10	9548	9557	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020565	A	6	6	10167	10172	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020565	AAT	2	6	10180	10185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020565	T	6	6	10222	10227	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020565	A	7	7	10240	10246	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020565	ATT	2	6	10304	10309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020565	T	6	6	10313	10318	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020565	ACT	2	6	10325	10330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020565	AT	3	6	11857	11862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020565	T	6	6	11942	11947	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020565	ATT	2	6	11948	11953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020565	TAA	2	6	11980	11985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020565	GTAAAA	2	12	12001	12012	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020565	AGG	2	6	12068	12073	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020565	TTA	2	6	13312	13317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020565	ATA	2	6	13318	13323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020565	TAA	2	6	13339	13344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020565	TTA	2	6	13346	13351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020565	TAA	2	6	13356	13361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020565	GAT	2	6	13372	13377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020565	TA	3	6	13955	13960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020565	AAAC	2	8	13995	14002	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_020565	GAT	2	6	14086	14091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020565	TTC	2	6	14147	14152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_020565	TGA	2	6	14187	14192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020565	TA	3	6	14210	14215	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020565	TAAT	2	8	14248	14255	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020565	T	6	6	15086	15091	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020565	TAC	2	6	15112	15117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_020565	ACT	2	6	15125	15130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_020565	GTG	2	6	15185	15190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020565	TA	3	6	15244	15249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020565	TAA	2	6	15324	15329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020565	TA	3	6	15351	15356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020565	T	6	6	15358	15363	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020565	TAT	2	6	15372	15377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020565	AT	4	8	15376	15383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020565	TTA	2	6	15434	15439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020565	ATC	2	6	16467	16472	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_020565	TGA	2	6	16485	16490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020565	CGA	2	6	16491	16496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_020565	A	7	7	16496	16502	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020565	TGG	2	6	16559	16564	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020565	TGA	2	6	16634	16639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020565	GAA	3	9	16656	16664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020565	ATT	3	9	16708	16716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020565	A	6	6	16718	16723	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020565	AAT	2	6	16795	16800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020565	TTA	2	6	16802	16807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020565	TATTT	2	10	16852	16861	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020565	ATT	2	6	16872	16877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020565	AAT	2	6	16882	16887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020565	TGA	2	6	16908	16913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020565	T	7	7	16922	16928	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020565	T	7	7	16933	16939	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_020565	A	7	7	17249	17255	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_020565	TA	3	6	24622	24627	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_020565	GAC	2	6	24634	24639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
303	NC_020565	TAA	2	6	24679	24684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_020565	TC	3	6	24697	24702	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
305	NC_020565	AG	3	6	24722	24727	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
306	NC_020565	TCA	2	6	24774	24779	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
307	NC_020565	TTG	2	6	24789	24794	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
308	NC_020565	A	6	6	24854	24859	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_020565	TAG	2	6	24936	24941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
310	NC_020565	ATT	2	6	24988	24993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_020565	TCT	2	6	25064	25069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
312	NC_020565	T	7	7	25783	25789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_020565	TTA	2	6	26435	26440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_020565	TATT	2	8	26475	26482	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_020565	TAGA	2	8	26508	26515	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
316	NC_020565	CAT	2	6	26531	26536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
317	NC_020565	TCC	2	6	27234	27239	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
318	NC_020565	CCT	2	6	27271	27276	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
319	NC_020565	CT	3	6	29036	29041	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
320	NC_020565	T	6	6	29066	29071	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_020565	TTC	2	6	29105	29110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
322	NC_020565	AAC	2	6	29111	29116	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
323	NC_020565	TGC	2	6	29152	29157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
324	NC_020565	ACC	2	6	29172	29177	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
325	NC_020565	CAA	2	6	29229	29234	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
326	NC_020565	CAA	2	6	29252	29257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
327	NC_020565	AAT	2	6	29282	29287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
328	NC_020565	CATC	2	8	29337	29344	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
329	NC_020565	CAC	2	6	29350	29355	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
330	NC_020565	A	8	8	29363	29370	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_020565	TACA	2	8	29390	29397	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
332	NC_020565	T	6	6	29434	29439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_020565	T	6	6	29454	29459	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_020565	ATTT	2	8	30659	30666	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_020565	AAT	2	6	30691	30696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NC_020565	CTTTT	2	10	30730	30739	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
337	NC_020565	TAA	2	6	30748	30753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
338	NC_020565	T	6	6	30801	30806	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NC_020565	TC	3	6	30835	30840	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
340	NC_020565	ACA	2	6	30864	30869	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
341	NC_020565	TAA	2	6	30912	30917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_020565	CTG	2	6	30930	30935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
343	NC_020565	AT	3	6	30946	30951	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NC_020565	TCACA	2	10	31026	31035	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
345	NC_020565	ATT	2	6	31126	31131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
346	NC_020565	T	6	6	31130	31135	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
347	NC_020565	AAT	2	6	31145	31150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
348	NC_020565	A	6	6	31170	31175	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
349	NC_020565	TTAT	2	8	31178	31185	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
350	NC_020565	T	6	6	31203	31208	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
351	NC_020565	AAG	2	6	31245	31250	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
352	NC_020565	TTC	2	6	31256	31261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
353	NC_020565	A	6	6	31282	31287	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
354	NC_020565	TCT	2	6	32159	32164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.