MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome

Total Repeats: 16180

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
16001	NC_020564	TTG	2	6	2724133	2724138	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16002	NC_020564	AATCA	2	10	2724143	2724152	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16003	NC_020564	TTG	2	6	2727552	2727557	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16004	NC_020564	GTT	2	6	2729063	2729068	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16005	NC_020564	TACTT	2	10	2729069	2729078	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16006	NC_020564	TAA	2	6	2729106	2729111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16007	NC_020564	CTT	2	6	2729247	2729252	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16008	NC_020564	TTA	2	6	2729271	2729276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16009	NC_020564	TTTC	2	8	2729288	2729295	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
16010	NC_020564	TTA	2	6	2729303	2729308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16011	NC_020564	TAT	2	6	2730461	2730466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16012	NC_020564	TAT	2	6	2730485	2730490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16013	NC_020564	ATTTTA	2	12	2730522	2730533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16014	NC_020564	T	6	6	2730534	2730539	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16015	NC_020564	CTATTT	2	12	2731070	2731081	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16016	NC_020564	TAA	2	6	2731849	2731854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16017	NC_020564	TGA	2	6	2731883	2731888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16018	NC_020564	TAT	2	6	2731920	2731925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16019	NC_020564	AT	3	6	2733637	2733642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16020	NC_020564	CATT	2	8	2733656	2733663	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16021	NC_020564	CAA	2	6	2733677	2733682	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16022	NC_020564	A	6	6	2734261	2734266	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16023	NC_020564	CCT	2	6	2735126	2735131	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16024	NC_020564	T	6	6	2735131	2735136	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16025	NC_020564	A	7	7	2735145	2735151	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16026	NC_020564	TAG	2	6	2735234	2735239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16027	NC_020564	ATA	3	9	2735254	2735262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16028	NC_020564	CTT	2	6	2735306	2735311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16029	NC_020564	AATT	2	8	2735320	2735327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16030	NC_020564	GTG	2	6	2735348	2735353	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16031	NC_020564	ATTCGA	2	12	2735390	2735401	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16032	NC_020564	T	6	6	2735423	2735428	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16033	NC_020564	GGT	2	6	2735430	2735435	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16034	NC_020564	TGTA	2	8	2735438	2735445	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16035	NC_020564	A	6	6	2735456	2735461	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16036	NC_020564	AT	5	10	2736041	2736050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16037	NC_020564	ATC	2	6	2736067	2736072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16038	NC_020564	AGGT	2	8	2736155	2736162	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16039	NC_020564	ATG	2	6	2737293	2737298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16040	NC_020564	TTAA	2	8	2738338	2738345	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16041	NC_020564	T	6	6	2738400	2738405	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16042	NC_020564	CATA	2	8	2738411	2738418	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
16043	NC_020564	TAAAT	2	10	2738453	2738462	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16044	NC_020564	CAAA	2	8	2739137	2739144	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
16045	NC_020564	GAT	2	6	2739190	2739195	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16046	NC_020564	ATG	2	6	2739216	2739221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16047	NC_020564	ATC	2	6	2740035	2740040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16048	NC_020564	GCC	2	6	2740127	2740132	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16049	NC_020564	T	7	7	2740142	2740148	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16050	NC_020564	T	6	6	2740169	2740174	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16051	NC_020564	TAC	2	6	2740201	2740206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16052	NC_020564	ATCTG	2	10	2740320	2740329	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16053	NC_020564	CTA	2	6	2740349	2740354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16054	NC_020564	ATA	2	6	2740361	2740366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16055	NC_020564	GTT	2	6	2740415	2740420	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16056	NC_020564	AAC	2	6	2740442	2740447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16057	NC_020564	TTA	2	6	2740979	2740984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16058	NC_020564	AAC	2	6	2740991	2740996	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16059	NC_020564	T	6	6	2741008	2741013	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16060	NC_020564	T	6	6	2741032	2741037	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16061	NC_020564	TAA	2	6	2741043	2741048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16062	NC_020564	TTC	2	6	2741065	2741070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16063	NC_020564	AAT	2	6	2741085	2741090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16064	NC_020564	TTAAT	2	10	2741107	2741116	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16065	NC_020564	ATT	2	6	2741127	2741132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16066	NC_020564	AGAA	2	8	2741188	2741195	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16067	NC_020564	A	7	7	2742865	2742871	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16068	NC_020564	ATTT	2	8	2742916	2742923	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16069	NC_020564	CA	3	6	2742966	2742971	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16070	NC_020564	CCT	2	6	2743956	2743961	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16071	NC_020564	TAA	2	6	2744022	2744027	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16072	NC_020564	ACCA	2	8	2744074	2744081	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16073	NC_020564	AAT	2	6	2744103	2744108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16074	NC_020564	ACA	2	6	2744148	2744153	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16075	NC_020564	GGAT	2	8	2744158	2744165	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16076	NC_020564	AT	4	8	2744785	2744792	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16077	NC_020564	TAA	2	6	2744795	2744800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16078	NC_020564	AAT	2	6	2744805	2744810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16079	NC_020564	ATA	2	6	2744816	2744821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16080	NC_020564	TTG	2	6	2745952	2745957	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16081	NC_020564	CTT	2	6	2745979	2745984	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16082	NC_020564	AGT	2	6	2746003	2746008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16083	NC_020564	AGG	2	6	2746150	2746155	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16084	NC_020564	CTTA	2	8	2746988	2746995	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16085	NC_020564	GTAG	2	8	2746998	2747005	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16086	NC_020564	T	6	6	2747012	2747017	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16087	NC_020564	ACA	2	6	2747031	2747036	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16088	NC_020564	CTT	2	6	2747069	2747074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16089	NC_020564	CAAT	2	8	2747609	2747616	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
16090	NC_020564	A	6	6	2747650	2747655	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16091	NC_020564	TAT	2	6	2747658	2747663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16092	NC_020564	AAT	2	6	2747666	2747671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16093	NC_020564	CAT	2	6	2747700	2747705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16094	NC_020564	CTCA	2	8	2747757	2747764	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
16095	NC_020564	CTA	2	6	2747770	2747775	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16096	NC_020564	TTCA	2	8	2747804	2747811	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16097	NC_020564	CTA	2	6	2747836	2747841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16098	NC_020564	ATT	2	6	2747850	2747855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16099	NC_020564	GATTTT	2	12	2750546	2750557	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16100	NC_020564	GA	3	6	2750596	2750601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16101	NC_020564	ACA	2	6	2750720	2750725	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16102	NC_020564	TTA	2	6	2750750	2750755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16103	NC_020564	TTA	2	6	2750764	2750769	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16104	NC_020564	CGT	2	6	2750777	2750782	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16105	NC_020564	GAA	2	6	2750783	2750788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16106	NC_020564	CAA	2	6	2750856	2750861	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16107	NC_020564	GCT	2	6	2750874	2750879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16108	NC_020564	T	6	6	2750882	2750887	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16109	NC_020564	T	6	6	2750964	2750969	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16110	NC_020564	ATTT	2	8	2751025	2751032	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16111	NC_020564	A	6	6	2751035	2751040	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16112	NC_020564	TAA	2	6	2751083	2751088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16113	NC_020564	T	6	6	2751133	2751138	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16114	NC_020564	AGA	2	6	2751314	2751319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16115	NC_020564	CAA	2	6	2751439	2751444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16116	NC_020564	TTG	2	6	2751456	2751461	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16117	NC_020564	T	7	7	2751465	2751471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16118	NC_020564	ATA	2	6	2751484	2751489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16119	NC_020564	GAT	3	9	2751501	2751509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16120	NC_020564	ACA	2	6	2752181	2752186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16121	NC_020564	AGAC	2	8	2752209	2752216	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
16122	NC_020564	TTA	2	6	2752266	2752271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16123	NC_020564	ATG	2	6	2752272	2752277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16124	NC_020564	T	6	6	2752386	2752391	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16125	NC_020564	ATAC	2	8	2752418	2752425	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
16126	NC_020564	TGA	2	6	2752431	2752436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16127	NC_020564	CAA	2	6	2752452	2752457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16128	NC_020564	CAT	2	6	2752492	2752497	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16129	NC_020564	TAA	2	6	2752593	2752598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16130	NC_020564	TAA	2	6	2752684	2752689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16131	NC_020564	C	6	6	2752700	2752705	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
16132	NC_020564	A	6	6	2752708	2752713	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16133	NC_020564	ATG	2	6	2752733	2752738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16134	NC_020564	TAA	2	6	2752763	2752768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16135	NC_020564	CAA	2	6	2752845	2752850	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16136	NC_020564	AG	3	6	2752897	2752902	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16137	NC_020564	GAT	2	6	2752993	2752998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16138	NC_020564	ATA	2	6	2753013	2753018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16139	NC_020564	AAGA	2	8	2753024	2753031	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16140	NC_020564	TAG	2	6	2753041	2753046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16141	NC_020564	CCT	2	6	2753055	2753060	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16142	NC_020564	ACC	2	6	2753066	2753071	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16143	NC_020564	AAT	2	6	2753084	2753089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16144	NC_020564	ACC	2	6	2753111	2753116	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16145	NC_020564	GAA	2	6	2753128	2753133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16146	NC_020564	TAAT	2	8	2753174	2753181	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16147	NC_020564	CA	3	6	2753202	2753207	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16148	NC_020564	ATTT	2	8	2753359	2753366	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16149	NC_020564	CGT	2	6	2753367	2753372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16150	NC_020564	A	6	6	2753401	2753406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16151	NC_020564	ACT	2	6	2753437	2753442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16152	NC_020564	ATATAA	2	12	2753498	2753509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16153	NC_020564	A	7	7	2753532	2753538	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16154	NC_020564	TCA	2	6	2753581	2753586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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16156	NC_020564	CTT	2	6	2757118	2757123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16157	NC_020564	CCT	2	6	2758542	2758547	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16158	NC_020564	TTA	2	6	2758577	2758582	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16159	NC_020564	TTCC	2	8	2758667	2758674	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16160	NC_020564	CTTA	2	8	2758686	2758693	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16161	NC_020564	TTA	2	6	2758700	2758705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16162	NC_020564	GTC	2	6	2758757	2758762	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16163	NC_020564	GCTG	2	8	2758772	2758779	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16164	NC_020564	AAT	2	6	2758792	2758797	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16165	NC_020564	AT	3	6	2758809	2758814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16166	NC_020564	T	6	6	2758885	2758890	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16167	NC_020564	TAT	2	6	2758929	2758934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16168	NC_020564	ACA	2	6	2758946	2758951	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16169	NC_020564	T	6	6	2758978	2758983	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16170	NC_020564	AT	3	6	2758984	2758989	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16171	NC_020564	TTAT	2	8	2759048	2759055	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16172	NC_020564	TATT	2	8	2759110	2759117	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16173	NC_020564	A	8	8	2759131	2759138	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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16177	NC_020564	T	6	6	2759219	2759224	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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16180	NC_020564	T	7	7	2759498	2759504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.