MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI1T1 complete sequence

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020530	CTA	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020530	GTG	2	6	95	100	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020530	TCA	2	6	108	113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020530	GAA	2	6	168	173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020530	TTA	2	6	189	194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020530	TGA	2	6	207	212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020530	CAT	2	6	639	644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020530	GCT	2	6	762	767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_020530	TTC	2	6	828	833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_020530	CTT	2	6	3085	3090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_020530	ATC	2	6	3108	3113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020530	TCA	2	6	3132	3137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020530	CTT	2	6	3163	3168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020530	ACC	2	6	3180	3185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_020530	ATG	2	6	3209	3214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020530	TTC	2	6	3392	3397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020530	ATC	2	6	3440	3445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020530	TAT	2	6	3475	3480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020530	TCA	2	6	3494	3499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020530	ATA	2	6	3597	3602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020530	AAT	2	6	3618	3623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020530	ATT	2	6	3722	3727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020530	TGA	2	6	3787	3792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020530	TAT	2	6	3817	3822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020530	ATA	2	6	3889	3894	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020530	ATA	2	6	3938	3943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020530	ATA	2	6	3950	3955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020530	AAG	2	6	6810	6815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020530	TCA	2	6	6905	6910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020530	AGA	2	6	6919	6924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020530	TAA	2	6	6958	6963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020530	GAA	2	6	7013	7018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020530	GAA	2	6	7037	7042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020530	ATA	2	6	7098	7103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020530	TTA	2	6	7127	7132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020530	TAA	2	6	7145	7150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020530	TTG	2	6	7982	7987	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020530	ATT	2	6	8712	8717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020530	TAA	2	6	8730	8735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020530	TAA	2	6	8791	8796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020530	TAT	3	9	8917	8925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020530	ACA	2	6	8998	9003	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020530	ATT	2	6	9416	9421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020530	GTA	3	9	9478	9486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020530	ATA	2	6	9525	9530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020530	AAT	2	6	10181	10186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020530	ATT	2	6	10305	10310	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020530	ACT	2	6	10326	10331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_020530	ATT	2	6	11949	11954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020530	TAA	2	6	11986	11991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020530	TAA	2	6	12009	12014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020530	TTA	2	6	12016	12021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020530	TAA	2	6	12026	12031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020530	GAT	2	6	12042	12047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020530	GAT	2	6	12756	12761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020530	TTC	2	6	12817	12822	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_020530	TGA	2	6	12857	12862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020530	TAC	2	6	13782	13787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_020530	ACT	2	6	13795	13800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_020530	GTG	2	6	13855	13860	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020530	TAA	2	6	13994	13999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020530	TAT	2	6	14042	14047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020530	TTA	2	6	14104	14109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020530	ATC	2	6	15137	15142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_020530	TGA	2	6	15155	15160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020530	CGA	2	6	15161	15166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020530	TGG	2	6	15229	15234	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020530	TGA	2	6	15304	15309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020530	GAA	3	9	15326	15334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020530	ATT	3	9	15378	15386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020530	AAT	2	6	15465	15470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020530	TTA	2	6	15472	15477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020530	ATT	2	6	15542	15547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020530	AAT	2	6	15552	15557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020530	TGA	2	6	15578	15583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020530	TTG	2	6	15703	15708	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020530	GTT	2	6	16289	16294	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020530	AAT	2	6	16316	16321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020530	TCT	2	6	16353	16358	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_020530	GTT	2	6	16390	16395	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020530	GAT	3	9	16420	16428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020530	GAA	2	6	16441	16446	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020530	GAC	2	6	16477	16482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_020530	GAA	2	6	16515	16520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020530	ATT	2	6	16650	16655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020530	CTG	2	6	16727	16732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020530	TTA	2	6	16762	16767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020530	TTA	2	6	16774	16779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020530	TAT	2	6	16848	16853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020530	ATA	2	6	17074	17079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020530	TCT	2	6	17161	17166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_020530	TTG	2	6	17215	17220	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020530	TAT	2	6	17246	17251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020530	TTA	3	9	17272	17280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020530	AGA	2	6	17414	17419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020530	TGA	2	6	17462	17467	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020530	GAA	2	6	17468	17473	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020530	AGA	2	6	17501	17506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020530	CAT	2	6	17565	17570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_020530	ATT	2	6	17629	17634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020530	TTA	2	6	17635	17640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020530	TCT	2	6	17708	17713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_020530	ATA	2	6	17888	17893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020530	CTA	2	6	17894	17899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_020530	ATA	2	6	17921	17926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020530	AAC	2	6	17957	17962	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020530	ATG	2	6	18069	18074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020530	TTC	2	6	18285	18290	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_020530	CGT	2	6	18322	18327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_020530	AAT	2	6	18460	18465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020530	TCT	2	6	18601	18606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_020530	ATA	2	6	18873	18878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020530	TCA	2	6	19033	19038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_020530	CAA	2	6	19964	19969	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_020530	TAT	2	6	20669	20674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020530	TAT	2	6	20757	20762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020530	GAA	3	9	20811	20819	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020530	ACC	2	6	20853	20858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_020530	GTT	2	6	20925	20930	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020530	TGA	2	6	20932	20937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020530	TTA	2	6	20997	21002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020530	GAC	2	6	21264	21269	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_020530	ATG	2	6	21478	21483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020530	CAC	2	6	21628	21633	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_020530	GTG	2	6	21659	21664	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020530	TAA	3	9	22278	22286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020530	GGA	2	6	22308	22313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020530	AGT	2	6	23006	23011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020530	TGA	2	6	23033	23038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020530	TAA	2	6	23060	23065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020530	TGA	2	6	23238	23243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020530	TCT	2	6	23258	23263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_020530	GAC	2	6	23304	23309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_020530	TAA	2	6	23349	23354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020530	TCA	2	6	23444	23449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020530	TTG	2	6	23459	23464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020530	TAG	2	6	23606	23611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020530	ATT	2	6	23658	23663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020530	TCT	2	6	23734	23739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_020530	TTA	2	6	25105	25110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020530	CAT	2	6	25201	25206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020530	TCC	2	6	25904	25909	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_020530	CCT	2	6	25941	25946	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_020530	TTC	2	6	27775	27780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_020530	AAC	2	6	27781	27786	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_020530	TGC	2	6	27822	27827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_020530	ACC	2	6	27842	27847	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_020530	CAA	2	6	27899	27904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_020530	CAA	2	6	27922	27927	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_020530	AAT	2	6	27952	27957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020530	CAC	2	6	28020	28025	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_020530	AAT	2	6	29361	29366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020530	TAA	2	6	29418	29423	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020530	ACA	2	6	29534	29539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_020530	TAA	2	6	29582	29587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020530	CTG	2	6	29600	29605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_020530	ATT	2	6	29796	29801	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020530	AAT	2	6	29815	29820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020530	AAG	2	6	29915	29920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_020530	TTC	2	6	29926	29931	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_020530	TCT	2	6	30829	30834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.