MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechocystis sp. PCC 6803

Total Repeats: 415

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020286	TAAAG	2	10	13447	13456	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020286	TAAAT	2	10	33654	33663	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020286	CTAGG	2	10	33847	33856	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020286	AAAGA	2	10	51912	51921	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020286	ATTAA	2	10	64957	64966	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020286	GGGCT	2	10	92496	92505	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020286	GAAAA	2	10	105135	105144	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020286	TTGGT	2	10	107097	107106	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020286	GACAA	2	10	110333	110342	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_020286	CTGTT	2	10	146694	146703	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_020286	AATCT	2	10	149686	149695	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020286	TCGGT	2	10	182251	182260	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020286	ATTAA	2	10	185733	185742	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020286	GCCAA	2	10	189804	189813	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_020286	CTAAA	2	10	192844	192853	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020286	CAATT	2	10	206490	206499	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020286	AATTT	2	10	210573	210582	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020286	GGGAA	2	10	210708	210717	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020286	ATCAA	2	10	219102	219111	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020286	ATTTT	2	10	230575	230584	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020286	AGTTA	2	10	268491	268500	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020286	TGAGC	2	10	268581	268590	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020286	GAGCC	2	10	289188	289197	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_020286	CAGCT	2	10	299473	299482	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_020286	GAAGG	2	10	312242	312251	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020286	GATTC	2	10	317070	317079	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020286	CCTAG	2	10	326133	326142	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_020286	TCATA	2	10	339642	339651	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020286	GTTAA	2	10	341060	341069	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020286	TAAAA	2	10	368953	368962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020286	ATTTT	2	10	390937	390946	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020286	TAGAT	2	10	403584	403593	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020286	AAGCT	2	10	414882	414891	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020286	AAACA	2	10	429728	429737	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020286	TGGTT	2	10	439229	439238	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020286	GGATA	2	10	450408	450417	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020286	TCATT	2	10	450466	450475	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020286	ACTAA	2	10	453047	453056	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020286	CAAAA	2	10	460982	460991	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020286	CTTTT	2	10	474590	474599	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020286	AAGGA	2	10	475905	475914	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020286	AATTG	2	10	502395	502404	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020286	TCAAG	2	10	508251	508260	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020286	CAGGC	2	10	517090	517099	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020286	TCCCT	2	10	524431	524440	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_020286	TTAAA	2	10	532485	532494	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020286	AATTC	2	10	556884	556893	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_020286	AGAGA	2	10	572206	572215	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020286	TTTGC	2	10	574017	574026	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_020286	TGTGG	2	10	593874	593883	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020286	CAGGA	2	10	598468	598477	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020286	TAAAC	2	10	615316	615325	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020286	CTTAA	2	10	625832	625841	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020286	AGCCT	2	10	645619	645628	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020286	CTTTC	2	10	664319	664328	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_020286	CGTCC	2	10	671378	671387	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_020286	ACTGG	2	10	715695	715704	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020286	GGGAA	2	10	727331	727340	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020286	TTTAT	2	10	727547	727556	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020286	CCACA	2	10	731768	731777	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020286	TTTAG	2	10	731788	731797	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020286	TCTAT	2	10	758277	758286	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020286	TAAAG	2	10	763602	763611	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020286	GCTAT	2	10	767934	767943	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020286	ATTGT	2	10	771025	771034	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020286	CCCAG	2	10	775888	775897	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_020286	AGCCT	2	10	800986	800995	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_020286	AGTAA	2	10	801818	801827	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020286	CTCCA	2	10	802948	802957	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_020286	ATCAA	2	10	803015	803024	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020286	ACATG	2	10	810406	810415	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020286	GAGCT	2	10	810425	810434	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020286	AAGGA	2	10	812585	812594	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020286	GGGGA	2	10	821028	821037	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020286	TTAAG	2	10	826215	826224	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020286	ACAGG	2	10	830267	830276	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020286	ATTAA	2	10	830943	830952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020286	AAGTT	2	10	835470	835479	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020286	CGTGA	2	10	839066	839075	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020286	AGTTC	2	10	839745	839754	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020286	GCAAT	2	10	846114	846123	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020286	GAAGG	2	10	853060	853069	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020286	GGCAA	2	10	857130	857139	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020286	ATCAG	2	10	878921	878930	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020286	GCAGA	2	10	887759	887768	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_020286	CGTGG	2	10	906500	906509	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020286	CTTGC	2	10	926950	926959	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_020286	GGAAG	2	10	934919	934928	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020286	GTAAT	2	10	953022	953031	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020286	CCCAA	2	10	970484	970493	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_020286	AGCCA	2	10	983218	983227	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_020286	TATTC	2	10	989247	989256	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020286	AAGGC	2	10	991332	991341	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020286	TCATT	2	10	994896	994905	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020286	TGGAG	2	10	1014222	1014231	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020286	AAGTA	2	10	1019318	1019327	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020286	CTTTC	2	10	1029802	1029811	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_020286	ACCCA	2	10	1033449	1033458	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_020286	ACTTC	2	10	1048996	1049005	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_020286	CCATA	2	10	1051898	1051907	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020286	GGGGA	2	10	1058139	1058148	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020286	ATCCT	2	10	1076819	1076828	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020286	TTTGT	2	10	1077128	1077137	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020286	CTCTG	2	10	1077264	1077273	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_020286	TCCTA	2	10	1080301	1080310	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_020286	AAAAT	2	10	1094224	1094233	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020286	TAAAA	2	10	1120207	1120216	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020286	GAAGG	2	10	1135286	1135295	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020286	ACAGA	2	10	1141719	1141728	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_020286	TGGTA	2	10	1142623	1142632	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020286	CCCCT	2	10	1144157	1144166	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
112	NC_020286	AACTA	2	10	1149111	1149120	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_020286	TAAAA	2	10	1152121	1152130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020286	CTGGG	2	10	1158631	1158640	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
115	NC_020286	AACCA	2	10	1164053	1164062	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_020286	TTTAA	2	10	1167141	1167150	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020286	TATGC	2	10	1190356	1190365	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_020286	TTAAA	2	10	1190479	1190488	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020286	ATTTG	2	10	1199315	1199324	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020286	TCAGG	2	10	1202704	1202713	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_020286	GTTTG	2	10	1206479	1206488	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020286	TTCCA	2	10	1210013	1210022	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_020286	AGTCA	2	10	1210071	1210080	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_020286	TAGAT	2	10	1240736	1240745	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020286	ATGCT	2	10	1245615	1245624	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020286	CTATC	2	10	1271764	1271773	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_020286	GTAAA	2	10	1275875	1275884	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020286	TAAGA	2	10	1295412	1295421	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020286	TTGAT	2	10	1299102	1299111	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020286	TTGAT	2	10	1301565	1301574	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020286	AATCA	2	10	1301727	1301736	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_020286	AAACC	2	10	1313182	1313191	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_020286	ATTTC	2	10	1321133	1321142	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_020286	TTGAG	2	10	1330881	1330890	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020286	GACGA	2	10	1348468	1348477	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020286	AATTT	2	10	1352395	1352404	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020286	TAGGG	2	10	1364014	1364023	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020286	AAAAT	2	10	1364878	1364887	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020286	TAGAA	2	10	1369443	1369452	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020286	ATACT	2	10	1394266	1394275	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_020286	TGATC	2	10	1398809	1398818	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_020286	GGATC	2	10	1421186	1421195	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_020286	TGACC	2	10	1421906	1421915	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_020286	GAAAT	2	10	1422448	1422457	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020286	GGATC	2	10	1422953	1422962	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_020286	ATTTT	2	10	1465970	1465979	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020286	TTCTC	2	10	1469838	1469847	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_020286	TGCAA	2	10	1482562	1482571	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_020286	GATTC	2	10	1489028	1489037	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_020286	ACCAC	2	10	1508422	1508431	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
152	NC_020286	AAAGA	2	10	1515932	1515941	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_020286	TAATT	2	10	1523568	1523577	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020286	AAAGA	2	10	1551868	1551877	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020286	ACTGA	2	10	1558142	1558151	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_020286	GGGCA	2	10	1566563	1566572	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
158	NC_020286	GATAC	2	10	1575200	1575209	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_020286	CATCA	2	10	1575221	1575230	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_020286	TAAAT	2	10	1578083	1578092	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020286	ATTTG	2	10	1580301	1580310	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020286	TTTGT	2	10	1580437	1580446	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020286	CTAGA	2	10	1580525	1580534	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_020286	ACTGG	2	10	1583650	1583659	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
165	NC_020286	TTCTC	2	10	1605389	1605398	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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167	NC_020286	AGCAA	2	10	1621584	1621593	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_020286	TTTCA	2	10	1629593	1629602	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
169	NC_020286	CCCAG	2	10	1639085	1639094	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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172	NC_020286	CATGG	2	10	1651801	1651810	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
173	NC_020286	AAAGA	2	10	1677750	1677759	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_020286	GTTGA	2	10	1694094	1694103	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_020286	TGCCC	2	10	1720586	1720595	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
183	NC_020286	TGATC	2	10	1723735	1723744	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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186	NC_020286	AAAAT	2	10	1738839	1738848	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_020286	TGGGA	2	10	1742683	1742692	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
188	NC_020286	TATTG	2	10	1749600	1749609	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_020286	ACAGT	2	10	1761497	1761506	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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202	NC_020286	TGGAT	2	10	1843911	1843920	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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219	NC_020286	CTATG	2	10	1922583	1922592	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
220	NC_020286	GTAAA	2	10	1922703	1922712	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_020286	AGCAA	2	10	2440713	2440722	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
273	NC_020286	CCTCT	2	10	2443651	2443660	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
274	NC_020286	GGGAT	2	10	2445991	2446000	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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277	NC_020286	CACGA	2	10	2449917	2449926	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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279	NC_020286	AAGTT	2	10	2472098	2472107	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
280	NC_020286	TTCAA	2	10	2478118	2478127	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
281	NC_020286	ATTAG	2	10	2479163	2479172	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
282	NC_020286	TTGAT	2	10	2485199	2485208	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
283	NC_020286	TCAGA	2	10	2529829	2529838	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_020286	AAAGA	2	10	2545339	2545348	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
286	NC_020286	TAGAA	2	10	2547880	2547889	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_020286	AGTTT	2	10	2553192	2553201	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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294	NC_020286	AAAGG	2	10	2604710	2604719	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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414	NC_020286	CCATC	2	10	3568902	3568911	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
415	NC_020286	ATCCT	2	10	3569450	3569459	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.