MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 6312 chromosome

Total Repeats: 187

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019680	ATTGAA	2	12	91113	91124	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019680	GGAGAA	2	12	104547	104558	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019680	CATCCT	2	12	121535	121546	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_019680	CGATCT	2	12	130835	130846	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_019680	AGATTA	2	12	142745	142756	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019680	GATTTT	2	12	142904	142915	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019680	CAATTA	2	12	168373	168384	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_019680	AAAGCG	2	12	187032	187043	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_019680	CTGTCG	2	12	293663	293674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_019680	TATGAG	2	12	331757	331768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019680	CCCAGG	2	12	359186	359197	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_019680	AGAATA	2	12	365216	365227	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019680	AGTTTG	2	12	389882	389893	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019680	CTGGGT	2	12	425895	425906	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_019680	CCCGAA	2	12	455201	455212	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_019680	AGGGTG	2	12	455320	455331	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019680	CTATCT	2	12	492761	492772	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_019680	TGGGCC	2	12	532800	532811	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_019680	AATGCA	2	12	532904	532915	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_019680	CGATTA	2	12	556792	556803	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_019680	TTTAAA	2	12	566988	566999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019680	CCTTAC	2	12	643731	643742	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_019680	ATCAAT	2	12	646424	646435	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_019680	CTCAAG	2	12	654769	654780	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_019680	AACTTT	2	12	669183	669194	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_019680	ATTTAC	2	12	708419	708430	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_019680	TCAATT	2	12	748253	748264	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_019680	ACTGCT	2	12	759709	759720	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_019680	ATAAAT	2	12	760186	760197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019680	CTATAA	2	12	769901	769912	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_019680	GGCCTG	2	12	848985	848996	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_019680	TCCCGC	2	12	857902	857913	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_019680	CTGGGC	2	12	877389	877400	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_019680	TGCCCC	2	12	877695	877706	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_019680	GAATAA	2	12	909141	909152	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019680	TAGAGC	2	12	939371	939382	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_019680	TTGATC	2	12	965431	965442	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_019680	CCGACA	2	12	986241	986252	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_019680	ACTTCA	2	12	998833	998844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_019680	CAATCC	2	12	1000175	1000186	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_019680	CAATTG	2	12	1025085	1025096	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019680	AGTTTG	2	12	1028115	1028126	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019680	AGATTT	2	12	1059692	1059703	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019680	AATCGG	2	12	1064954	1064965	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_019680	AAAACT	2	12	1080677	1080688	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_019680	TAGAAC	2	12	1089333	1089344	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_019680	AGGGAT	2	12	1100358	1100369	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019680	AGGAAC	2	12	1105258	1105269	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_019680	GCGGGT	2	12	1149125	1149136	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_019680	CCAAAC	2	12	1226988	1226999	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_019680	TTAACT	2	12	1254882	1254893	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_019680	ATCCCC	2	12	1274492	1274503	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_019680	GGGCCA	2	12	1308415	1308426	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_019680	TCTAGG	2	12	1342856	1342867	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_019680	CCATAG	2	12	1343716	1343727	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_019680	TTATTT	2	12	1356945	1356956	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019680	GCCTGA	2	12	1359164	1359175	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_019680	TTGGGC	2	12	1363740	1363751	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_019680	TTGAGT	2	12	1364505	1364516	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019680	TTCTAA	2	12	1367997	1368008	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_019680	TAAAGC	2	12	1389349	1389360	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_019680	TTAGAG	2	12	1396309	1396320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019680	AAAGGT	2	12	1414729	1414740	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019680	GTTAAG	2	12	1562809	1562820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019680	TTATGG	2	12	1645894	1645905	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019680	CTGGGC	2	12	1646690	1646701	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_019680	TGCCAC	2	12	1677943	1677954	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_019680	TGCCAC	2	12	1698683	1698694	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_019680	CTTGCA	2	12	1698719	1698730	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_019680	CCCCAC	2	12	1698965	1698976	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
71	NC_019680	AGGATG	2	12	1701413	1701424	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019680	GGAATA	2	12	1701579	1701590	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019680	TTCCGT	2	12	1702896	1702907	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_019680	AACTTC	2	12	1704033	1704044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019680	TAGGCA	2	12	1705579	1705590	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_019680	TGGGCC	2	12	1707166	1707177	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_019680	CCCAAA	2	12	1707234	1707245	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_019680	TTAAGT	2	12	1761283	1761294	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019680	TTTATA	2	12	1786351	1786362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019680	CGGCTC	2	12	1794357	1794368	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_019680	CAGGTA	2	12	1851312	1851323	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_019680	AATATT	2	12	1861713	1861724	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019680	GTTTTT	2	12	1866408	1866419	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019680	CTTAAT	2	12	1892088	1892099	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_019680	CACAAA	2	12	1906762	1906773	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_019680	GGAAAA	2	12	1921356	1921367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019680	AAAATA	2	12	1998231	1998242	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019680	ATGGCC	2	12	2008955	2008966	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_019680	ACCGTA	2	12	2036428	2036439	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_019680	CAGGGT	2	12	2065135	2065146	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_019680	TGGGTC	2	12	2096173	2096184	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_019680	TGACAA	2	12	2096860	2096871	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_019680	GGCTAA	2	12	2176170	2176181	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_019680	AGGACA	2	12	2223267	2223278	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_019680	GACTAT	2	12	2243194	2243205	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_019680	GTTTAT	2	12	2267900	2267911	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019680	GCGATC	2	12	2292862	2292873	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_019680	AACCAG	2	12	2306361	2306372	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019680	AATCAG	2	12	2318852	2318863	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_019680	AATATT	2	12	2319622	2319633	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019680	ACTATA	2	12	2348657	2348668	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_019680	TGAGAT	2	12	2360886	2360897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019680	TGGTGA	2	12	2372283	2372294	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019680	GTTGCC	2	12	2394067	2394078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_019680	CCAGGC	2	12	2407721	2407732	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_019680	TTTAAT	2	12	2417831	2417842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019680	TATCAA	2	12	2431383	2431394	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_019680	CACTAA	2	12	2494811	2494822	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_019680	TTTCAA	2	12	2520292	2520303	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_019680	GTTAGG	2	12	2526099	2526110	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019680	CCCATC	2	12	2526500	2526511	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_019680	TCACCC	2	12	2531825	2531836	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_019680	TTGGGA	2	12	2545230	2545241	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019680	ACATAG	2	12	2549389	2549400	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_019680	CTCTAT	2	12	2573627	2573638	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_019680	CTTGTC	2	12	2591573	2591584	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019680	CAGAAC	2	12	2602397	2602408	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019680	GAAGCA	2	12	2604920	2604931	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_019680	TGAACT	2	12	2606109	2606120	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_019680	TAACGG	2	12	2615682	2615693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_019680	ATTAAA	2	12	2625169	2625180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019680	TTTAAG	2	12	2653875	2653886	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019680	ATTAAG	2	12	2660895	2660906	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019680	TCCTGA	2	12	2693045	2693056	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_019680	CTTTAC	2	12	2732111	2732122	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_019680	TTTGGG	2	12	2744351	2744362	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019680	AAAGGG	2	12	2744901	2744912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019680	TTTGGG	2	12	2745996	2746007	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019680	TGGGGT	2	12	2772626	2772637	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019680	GTCATA	2	12	2773864	2773875	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_019680	CGGTGA	2	12	2774886	2774897	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_019680	CATAGC	2	12	2775168	2775179	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019680	GCGGTT	2	12	2775415	2775426	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_019680	GTCATA	2	12	2776219	2776230	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_019680	CAGGGT	2	12	2776840	2776851	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_019680	GCGGTA	2	12	2780599	2780610	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_019680	GCGGTA	2	12	2781821	2781832	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_019680	GATTTG	2	12	2803532	2803543	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019680	TGGCTG	2	12	2804229	2804240	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_019680	AGTCGT	2	12	2805064	2805075	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_019680	TTGAGG	2	12	2805090	2805101	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019680	GCCATA	2	12	2805775	2805786	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_019680	CGTTAG	2	12	2841686	2841697	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_019680	TTGGTT	2	12	2845678	2845689	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019680	CTCTAT	2	12	2872544	2872555	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_019680	GAGTCA	2	12	2918789	2918800	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_019680	CAAAAC	2	12	2919540	2919551	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_019680	TAAATA	2	12	2943906	2943917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019680	CAGACG	2	12	2965585	2965596	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_019680	TAAGTA	2	12	2988261	2988272	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019680	CATTCT	2	12	2996388	2996399	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_019680	ACTTAA	2	12	3006353	3006364	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_019680	TTGAGT	2	12	3006569	3006580	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019680	AAGATT	2	12	3083284	3083295	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_019680	ATCGTG	2	12	3145592	3145603	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_019680	TGGTAG	2	12	3157738	3157749	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
157	NC_019680	CCCAAC	2	12	3174768	3174779	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_019680	TTGATC	2	12	3182486	3182497	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_019680	CCCCGA	2	12	3214076	3214087	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_019680	TCAAAT	2	12	3234325	3234336	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_019680	GGCACA	2	12	3244173	3244184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_019680	AAGACC	2	12	3245236	3245247	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_019680	GGAGAG	2	12	3258385	3258396	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_019680	TCTGGC	2	12	3265560	3265571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_019680	ACCTGA	2	12	3276764	3276775	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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180	NC_019680	GCCTGG	2	12	3493506	3493517	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_019680	AGTTAG	2	12	3526951	3526962	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_019680	TTTAAA	2	12	3655662	3655673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_019680	AGTTGT	2	12	3688978	3688989	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.