MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium meliloti Rm41 plasmid pSYMA

Total Repeats: 177

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018683	ATTTT	2	10	26137	26146	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018683	TCTTT	2	10	35366	35375	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_018683	CGCGG	2	10	35410	35419	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
4	NC_018683	TTTTC	2	10	35467	35476	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018683	ACTCG	2	10	44225	44234	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018683	TTTGG	2	10	50787	50796	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018683	ATTTA	2	10	51111	51120	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018683	AAAAT	2	10	51122	51131	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018683	GCCGG	2	10	53851	53860	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_018683	CAGAC	2	10	60448	60457	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_018683	AGATG	2	10	63320	63329	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018683	GCACG	2	10	64731	64740	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_018683	CCATT	2	10	65276	65285	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_018683	AGCAA	2	10	80227	80236	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018683	AAACG	2	10	99858	99867	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018683	AGGAA	2	10	101297	101306	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018683	CTGGT	2	10	106450	106459	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018683	CTTGG	2	10	111539	111548	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018683	TCTGC	2	10	116346	116355	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_018683	CAACC	2	10	119711	119720	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
21	NC_018683	GTTCT	2	10	123964	123973	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_018683	CTGTG	2	10	132541	132550	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_018683	GAATA	2	10	135208	135217	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018683	GTCAT	2	10	141746	141755	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_018683	ATCAG	2	10	192209	192218	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018683	GGAAC	2	10	208635	208644	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_018683	AACCA	2	10	224583	224592	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_018683	CAACC	2	10	226721	226730	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
29	NC_018683	CCGGG	2	10	226769	226778	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
30	NC_018683	ATCCG	2	10	230227	230236	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_018683	GCCGC	2	10	230729	230738	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
32	NC_018683	CATGA	2	10	230868	230877	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018683	TCCGA	2	10	240178	240187	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_018683	GAAAC	2	10	246364	246373	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018683	TCGCA	2	10	275551	275560	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_018683	AAAGG	2	10	329072	329081	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018683	GCAGG	2	10	331768	331777	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018683	TGGCT	2	10	336506	336515	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_018683	TGAGT	2	10	356274	356283	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018683	AGGAA	2	10	363809	363818	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018683	TCTGC	2	10	402113	402122	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_018683	AATGG	2	10	407592	407601	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018683	TGCCG	2	10	414800	414809	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_018683	CTTTT	2	10	441667	441676	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018683	ATCCA	2	10	459630	459639	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_018683	GACCG	2	10	460374	460383	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_018683	AAGGG	2	10	460399	460408	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018683	AGATA	2	10	464451	464460	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018683	AGGTG	2	10	506840	506849	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018683	CCTCG	2	10	506861	506870	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
51	NC_018683	CACCG	2	10	534997	535006	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_018683	GTCTG	2	10	537251	537260	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_018683	CGCTT	2	10	539900	539909	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_018683	GCAGG	2	10	544058	544067	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018683	CCCGA	2	10	547905	547914	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_018683	GAAGC	2	10	548018	548027	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018683	TCTGA	2	10	554045	554054	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018683	CCGGT	2	10	554614	554623	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_018683	CTTTC	2	10	572101	572110	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_018683	TAAAA	2	10	579194	579203	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018683	CCAGG	2	10	586219	586228	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_018683	AGGCG	2	10	586604	586613	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018683	AGGAA	2	10	597616	597625	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018683	CAAAA	2	10	620934	620943	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_018683	CCCGG	2	10	623368	623377	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_018683	TATCG	2	10	623458	623467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_018683	CGTCA	2	10	626178	626187	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_018683	CCGAT	2	10	629984	629993	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_018683	AGGCG	2	10	634404	634413	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018683	GCGCC	2	10	643122	643131	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_018683	GGGCC	2	10	659336	659345	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
72	NC_018683	GCGCC	2	10	659403	659412	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_018683	TTTTC	2	10	665275	665284	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018683	TTTCG	2	10	677281	677290	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018683	GCCGA	2	10	680173	680182	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_018683	CCTTC	2	10	682236	682245	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_018683	GAGGT	2	10	691437	691446	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018683	TGTCG	2	10	691681	691690	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018683	CCTTC	2	10	692115	692124	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_018683	AATAC	2	10	692432	692441	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018683	GGGCA	2	10	694287	694296	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_018683	CACGT	2	10	695959	695968	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_018683	CGGGC	2	10	697538	697547	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
84	NC_018683	TGTCG	2	10	729703	729712	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_018683	GCGCC	2	10	738036	738045	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_018683	CCTTT	2	10	745374	745383	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_018683	TTCGA	2	10	763605	763614	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_018683	CCACC	2	10	783824	783833	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
89	NC_018683	GCGCT	2	10	789464	789473	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_018683	CGACG	2	10	793705	793714	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_018683	CAAGC	2	10	813260	813269	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_018683	GCCGC	2	10	816759	816768	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
93	NC_018683	CATGT	2	10	822016	822025	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018683	TTCCG	2	10	828060	828069	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_018683	GCCGC	2	10	828880	828889	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
96	NC_018683	GGGCC	2	10	842696	842705	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
97	NC_018683	CAGCC	2	10	857728	857737	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_018683	GGCCC	2	10	875559	875568	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_018683	ATAGA	2	10	884506	884515	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018683	ACGAC	2	10	894296	894305	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_018683	CGGTG	2	10	895211	895220	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018683	CTTCA	2	10	898564	898573	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_018683	GTTCT	2	10	928795	928804	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018683	GTGCT	2	10	959351	959360	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_018683	TTTTG	2	10	970036	970045	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018683	GCGTC	2	10	986327	986336	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_018683	TCCCC	2	10	997891	997900	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
108	NC_018683	ACCCG	2	10	998021	998030	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
109	NC_018683	TCGCC	2	10	1005114	1005123	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_018683	TTGAT	2	10	1038488	1038497	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018683	CCGCG	2	10	1040549	1040558	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
112	NC_018683	GTGTC	2	10	1062398	1062407	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018683	CGCTT	2	10	1077042	1077051	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_018683	GGGCC	2	10	1077303	1077312	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_018683	CACGC	2	10	1081229	1081238	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
116	NC_018683	AGCGG	2	10	1082709	1082718	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018683	AGAGC	2	10	1086834	1086843	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018683	ACGGC	2	10	1088682	1088691	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
119	NC_018683	CTCAC	2	10	1088718	1088727	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
120	NC_018683	GCGGG	2	10	1088811	1088820	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018683	CTCCG	2	10	1092314	1092323	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
122	NC_018683	GGTGC	2	10	1098106	1098115	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018683	AGCCA	2	10	1111802	1111811	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_018683	CAAGG	2	10	1127806	1127815	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_018683	CTGGT	2	10	1133257	1133266	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_018683	AGGTC	2	10	1147008	1147017	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_018683	TTCCA	2	10	1154369	1154378	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_018683	CTGCT	2	10	1159029	1159038	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_018683	GTTCA	2	10	1159136	1159145	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_018683	GCTCT	2	10	1163090	1163099	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_018683	GCGGT	2	10	1163224	1163233	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_018683	CACCG	2	10	1207375	1207384	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
133	NC_018683	AGCCC	2	10	1209267	1209276	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
134	NC_018683	TTCTG	2	10	1210938	1210947	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_018683	GATGC	2	10	1222032	1222041	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_018683	CCCGC	2	10	1222736	1222745	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
137	NC_018683	ACCGT	2	10	1235522	1235531	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_018683	TCGTC	2	10	1244323	1244332	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_018683	AGGAA	2	10	1246757	1246766	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018683	CTGGG	2	10	1258878	1258887	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_018683	CTGCC	2	10	1262479	1262488	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_018683	TTTGG	2	10	1263109	1263118	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018683	CCAAT	2	10	1267217	1267226	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_018683	AAGGG	2	10	1279008	1279017	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018683	AAGAA	2	10	1279770	1279779	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018683	CGGCG	2	10	1289878	1289887	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
147	NC_018683	CAAGC	2	10	1292249	1292258	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_018683	CAGTT	2	10	1296583	1296592	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_018683	ACAGT	2	10	1298441	1298450	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_018683	CGCGC	2	10	1303469	1303478	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
152	NC_018683	ACCGC	2	10	1308461	1308470	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
153	NC_018683	TCCCA	2	10	1312767	1312776	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
154	NC_018683	AGGAG	2	10	1326382	1326391	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018683	CTGCA	2	10	1331654	1331663	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_018683	GACAG	2	10	1336930	1336939	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
157	NC_018683	TCGGA	2	10	1354027	1354036	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
158	NC_018683	ACGTA	3	15	1355015	1355029	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_018683	CCGGG	2	10	1365836	1365845	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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161	NC_018683	CGTGG	2	10	1370564	1370573	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
162	NC_018683	GAGCA	2	10	1373483	1373492	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
163	NC_018683	CGCCC	2	10	1373546	1373555	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
164	NC_018683	CGAAA	2	10	1392743	1392752	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
165	NC_018683	TCGAC	2	10	1398503	1398512	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
166	NC_018683	CGGCG	2	10	1415261	1415270	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
167	NC_018683	TCCGT	2	10	1479156	1479165	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
168	NC_018683	TCACG	2	10	1492543	1492552	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
169	NC_018683	ATCAG	2	10	1495167	1495176	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
170	NC_018683	GCCGA	2	10	1498142	1498151	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
171	NC_018683	TTGGC	2	10	1509656	1509665	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
172	NC_018683	GCGCC	2	10	1512695	1512704	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
173	NC_018683	CAATT	2	10	1512825	1512834	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
174	NC_018683	CAAGT	2	10	1525329	1525338	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
175	NC_018683	CACGG	2	10	1545352	1545361	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
176	NC_018683	ACCTT	2	10	1558011	1558020	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
177	NC_018683	GCCCT	2	10	1558302	1558311	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.