MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018299	AAAC	2	8	9236	9243	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_018299	ACGC	2	8	14911	14918	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_018299	CAAA	2	8	21674	21681	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_018299	CGTA	2	8	22989	22996	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018299	CCCG	2	8	37648	37655	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
6	NC_018299	TGAC	2	8	37672	37679	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_018299	TGAG	2	8	41193	41200	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018299	CTTG	2	8	41254	41261	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_018299	GAGC	2	8	46068	46075	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_018299	CGAG	2	8	47231	47238	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_018299	CGCA	2	8	48424	48431	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_018299	TCCA	2	8	48474	48481	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_018299	TGAC	2	8	50197	50204	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_018299	CCGA	2	8	50537	50544	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_018299	GGGC	2	8	50786	50793	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
16	NC_018299	GCCA	2	8	50954	50961	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_018299	AGAT	2	8	51029	51036	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018299	AGAA	2	8	51506	51513	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018299	CGTG	2	8	52372	52379	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_018299	TATT	2	8	53448	53455	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018299	CGGG	2	8	58960	58967	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
22	NC_018299	TGCT	2	8	60449	60456	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_018299	GTCA	2	8	70095	70102	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_018299	GGCC	2	8	73531	73538	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_018299	TGCC	2	8	75188	75195	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_018299	GACT	2	8	75228	75235	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_018299	CTCC	2	8	82493	82500	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
28	NC_018299	ATCG	2	8	85585	85592	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_018299	GCCT	2	8	91030	91037	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_018299	CTGG	2	8	91334	91341	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_018299	CCAG	2	8	91367	91374	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_018299	TGCC	2	8	114649	114656	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_018299	AAGG	2	8	114664	114671	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018299	AGGA	2	8	115293	115300	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018299	TGAG	2	8	121400	121407	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018299	CGGC	2	8	122881	122888	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_018299	TTGC	2	8	128430	128437	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_018299	GCCG	2	8	129685	129692	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_018299	CTTC	2	8	135010	135017	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_018299	CGGA	2	8	137579	137586	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_018299	CGGA	2	8	140820	140827	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_018299	CGTC	2	8	140943	140950	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_018299	CGCT	2	8	151957	151964	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_018299	TTGG	2	8	152727	152734	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018299	GGCG	2	8	155397	155404	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
46	NC_018299	TCAG	2	8	156722	156729	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_018299	GTCA	2	8	158160	158167	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_018299	GCCC	2	8	158495	158502	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
49	NC_018299	CAGC	2	8	178945	178952	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018299	TTGC	2	8	179285	179292	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_018299	GCGA	2	8	181321	181328	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_018299	GGCC	2	8	184640	184647	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_018299	CCGG	2	8	184661	184668	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_018299	GCAG	2	8	184700	184707	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_018299	GACG	2	8	193842	193849	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_018299	CCGC	2	8	194847	194854	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
57	NC_018299	AGGG	2	8	197376	197383	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018299	CATC	2	8	199247	199254	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_018299	TTGG	2	8	202346	202353	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018299	AGCG	2	8	203380	203387	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_018299	GCCC	2	8	203574	203581	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
62	NC_018299	GGGA	2	8	204028	204035	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018299	CGGG	2	8	204081	204088	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
64	NC_018299	GTCG	2	8	209732	209739	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_018299	CCCT	2	8	209846	209853	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_018299	CGGA	2	8	211771	211778	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_018299	AGCG	2	8	212609	212616	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_018299	TCGG	2	8	213543	213550	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_018299	GATC	2	8	213572	213579	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_018299	GCCG	2	8	213609	213616	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_018299	CCGG	2	8	213702	213709	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_018299	GCCG	2	8	216818	216825	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_018299	GGCT	2	8	224336	224343	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_018299	GACC	2	8	229438	229445	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_018299	GGAT	2	8	229593	229600	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018299	GTCG	2	8	229683	229690	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_018299	TTTG	2	8	229851	229858	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018299	CAGC	2	8	229972	229979	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_018299	GCCC	2	8	229984	229991	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
80	NC_018299	TGTC	2	8	230441	230448	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_018299	GATC	2	8	231576	231583	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_018299	CGAG	2	8	231745	231752	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_018299	GTCG	2	8	232949	232956	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_018299	AGGC	2	8	233457	233464	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_018299	TGCT	2	8	234748	234755	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_018299	CATC	2	8	234868	234875	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_018299	TCGC	2	8	238659	238666	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_018299	GGCT	2	8	241543	241550	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_018299	TCCC	2	8	241609	241616	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
90	NC_018299	GCCC	2	8	241923	241930	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
91	NC_018299	TCTT	2	8	246133	246140	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_018299	CGCC	2	8	246161	246168	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
93	NC_018299	TCCA	2	8	248090	248097	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.