MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018181	ACA	2	6	702	707	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018181	GAG	2	6	922	927	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018181	GCG	2	6	944	949	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018181	CA	3	6	1029	1034	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_018181	TGGT	2	8	1082	1089	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018181	A	6	6	2098	2103	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018181	GAAC	2	8	3126	3133	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_018181	CAG	2	6	11169	11174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018181	ATC	2	6	11176	11181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018181	T	6	6	11224	11229	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018181	TC	3	6	11244	11249	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_018181	TAACA	2	10	11337	11346	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018181	CCT	2	6	11381	11386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_018181	TGC	2	6	11477	11482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018181	GCC	2	6	11500	11505	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_018181	GAA	2	6	11764	11769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018181	CGGT	2	8	12787	12794	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_018181	TTG	2	6	12818	12823	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018181	GCGT	2	8	12853	12860	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_018181	CCG	2	6	14577	14582	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_018181	TTC	2	6	14593	14598	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018181	GCGTC	2	10	15716	15725	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_018181	TTC	2	6	15931	15936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018181	TC	3	6	15984	15989	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_018181	ATC	2	6	16024	16029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018181	GCCG	2	8	16040	16047	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_018181	GC	3	6	16050	16055	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
28	NC_018181	GAA	2	6	16066	16071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018181	GAC	2	6	16102	16107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018181	GCA	2	6	16175	16180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_018181	GCA	2	6	16187	16192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018181	CGA	2	6	16206	16211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_018181	CTGA	2	8	16213	16220	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_018181	CGA	2	6	16221	16226	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018181	AGG	2	6	16285	16290	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018181	CTTT	2	8	16301	16308	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_018181	GGC	2	6	16367	16372	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_018181	AGC	2	6	16413	16418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_018181	TCG	2	6	16431	16436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_018181	TGA	2	6	16784	16789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018181	GAT	2	6	19026	19031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018181	CCA	2	6	19050	19055	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_018181	TGC	2	6	19107	19112	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_018181	GCC	2	6	19136	19141	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_018181	GCT	2	6	19155	19160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018181	GTC	2	6	19240	19245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018181	CG	4	8	19257	19264	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_018181	AGA	2	6	19274	19279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018181	CCGATC	2	12	19310	19321	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018181	CAA	2	6	19359	19364	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_018181	ATC	2	6	19462	19467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_018181	TCC	2	6	19468	19473	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_018181	GACGAT	2	12	19512	19523	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_018181	GGC	3	9	19524	19532	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_018181	CGG	2	6	19546	19551	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_018181	CT	3	6	19625	19630	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_018181	TCG	2	6	19649	19654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018181	CGA	2	6	19656	19661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_018181	GC	3	6	19683	19688	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_018181	CG	4	8	19700	19707	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_018181	ATC	2	6	19729	19734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018181	GCCGT	2	10	19762	19771	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_018181	AAC	2	6	19781	19786	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_018181	GAT	2	6	19788	19793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018181	CTG	2	6	19822	19827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_018181	GAAG	2	8	19878	19885	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018181	CTG	2	6	19930	19935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018181	ATC	2	6	19963	19968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018181	GC	3	6	20052	20057	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_018181	TCG	2	6	20084	20089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_018181	GAA	2	6	20094	20099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018181	TGCT	2	8	20117	20124	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_018181	AC	3	6	20144	20149	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_018181	GTC	2	6	20359	20364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_018181	CGG	2	6	20369	20374	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_018181	CCGG	2	8	20411	20418	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_018181	CAG	2	6	20464	20469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018181	CGA	2	6	20526	20531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018181	TCA	2	6	20546	20551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018181	CGGC	2	8	20556	20563	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_018181	GCG	2	6	20566	20571	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_018181	GAG	2	6	20608	20613	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018181	CCT	2	6	20628	20633	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_018181	GAT	2	6	20727	20732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018181	ACA	2	6	20855	20860	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_018181	TCG	2	6	20947	20952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_018181	CAT	2	6	21052	21057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_018181	CGA	2	6	21163	21168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_018181	TG	3	6	21170	21175	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018181	AAG	2	6	21191	21196	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018181	GCC	2	6	21255	21260	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_018181	GGC	2	6	21271	21276	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.