MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pSLT_SL1344

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017720	AAAG	2	8	9548	9555	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017720	AATT	2	8	9575	9582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017720	AATA	2	8	9585	9592	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017720	ATTT	2	8	9795	9802	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017720	ATTT	2	8	9826	9833	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017720	TTTC	2	8	9836	9843	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017720	GTCA	2	8	9872	9879	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017720	TTTA	2	8	10653	10660	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017720	TCCT	2	8	19658	19665	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017720	ACAG	2	8	25316	25323	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017720	ATTC	2	8	25589	25596	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017720	CAGG	2	8	26413	26420	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017720	GCCG	2	8	26436	26443	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017720	CTGA	2	8	26461	26468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017720	TTTA	2	8	32430	32437	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017720	ACTG	2	8	33835	33842	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017720	CAGT	2	8	34296	34303	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017720	GGCA	2	8	34657	34664	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017720	AATG	2	8	41171	41178	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017720	TGAT	2	8	42944	42951	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017720	CCCG	2	8	42954	42961	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
22	NC_017720	CCGG	2	8	44602	44609	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017720	ATTC	2	8	44692	44699	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017720	AAAT	2	8	50078	50085	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017720	GCAA	2	8	50310	50317	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017720	GCCA	2	8	51449	51456	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017720	CCGG	2	8	51609	51616	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017720	GCCA	2	8	51853	51860	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017720	CCTG	2	8	51908	51915	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017720	GCCA	2	8	52189	52196	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017720	CCAG	2	8	52405	52412	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017720	CAAA	2	8	54211	54218	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017720	ACTA	2	8	54230	54237	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017720	ACAA	2	8	54238	54245	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017720	CGGG	2	8	54329	54336	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017720	AGAC	2	8	54421	54428	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017720	AAAT	2	8	54974	54981	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017720	TTCG	2	8	61063	61070	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017720	GAAT	2	8	62658	62665	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017720	ATAA	2	8	62811	62818	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017720	GCGG	2	8	67647	67654	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017720	CTTA	2	8	68058	68065	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017720	CAGG	2	8	69838	69845	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017720	CTGC	2	8	70388	70395	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_017720	CGGG	2	8	70428	70435	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017720	TCAC	2	8	70474	70481	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_017720	CCCG	2	8	70485	70492	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
48	NC_017720	CGGG	2	8	70524	70531	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017720	CTGC	2	8	70806	70813	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_017720	GGCT	2	8	70885	70892	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017720	ACTG	2	8	75111	75118	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017720	CTGT	2	8	75129	75136	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017720	AAAT	2	8	75222	75229	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017720	GTGA	2	8	77447	77454	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017720	CTGC	2	8	77721	77728	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017720	TGGG	2	8	78331	78338	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017720	GCAA	2	8	78404	78411	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017720	GAAA	2	8	78415	78422	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017720	TATT	2	8	78879	78886	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017720	TATG	2	8	78980	78987	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017720	ATTT	2	8	79039	79046	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017720	AAAC	2	8	79088	79095	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017720	GTTT	2	8	79121	79128	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017720	GGAA	2	8	79666	79673	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017720	GCCA	2	8	79678	79685	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017720	TTTA	2	8	80300	80307	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017720	AGGC	2	8	85321	85328	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017720	TTAG	2	8	85570	85577	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017720	TTTA	2	8	85695	85702	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017720	ATTT	2	8	86308	86315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017720	CCGG	2	8	89046	89053	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_017720	GGGA	2	8	89096	89103	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017720	GGGC	2	8	90678	90685	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017720	TTAT	3	12	90725	90736	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017720	GCCA	2	8	92156	92163	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017720	ACTT	2	8	92554	92561	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.