MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pCol1B9_SL1344

Total Repeats: 328

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017718	ATTTT	2	10	35	44	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017718	T	7	7	41	47	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017718	TTA	2	6	67	72	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017718	GAG	2	6	84	89	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017718	GAAGA	2	10	96	105	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017718	TTA	2	6	156	161	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017718	GCG	2	6	194	199	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017718	GA	3	6	236	241	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017718	AGA	2	6	264	269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017718	TCTT	2	8	311	318	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017718	ACG	2	6	333	338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017718	ATC	2	6	1511	1516	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017718	TCA	2	6	1625	1630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017718	GTT	2	6	1643	1648	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017718	CAAA	2	8	1670	1677	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017718	AAG	2	6	1685	1690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017718	ATT	2	6	1734	1739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017718	CGC	2	6	1758	1763	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_017718	GCCGC	2	10	1832	1841	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_017718	CG	3	6	1871	1876	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017718	CAA	2	6	1905	1910	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017718	CA	3	6	1934	1939	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017718	GCA	2	6	1943	1948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017718	GCC	2	6	1980	1985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_017718	AAC	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017718	TGT	2	6	2027	2032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017718	ATC	2	6	2042	2047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017718	TCT	2	6	2056	2061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017718	TCG	2	6	2144	2149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017718	CT	3	6	2175	2180	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017718	ATCA	2	8	2236	2243	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017718	CGG	2	6	2265	2270	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017718	GCC	2	6	2303	2308	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_017718	TA	3	6	2356	2361	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017718	TA	3	6	2367	2372	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017718	GTA	2	6	2374	2379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017718	AAGGA	2	10	2960	2969	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017718	GCCTG	2	10	3833	3842	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017718	CCG	2	6	3878	3883	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_017718	TTG	2	6	3885	3890	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017718	ATGT	2	8	3911	3918	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017718	GAT	2	6	3939	3944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017718	GA	3	6	3949	3954	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017718	TTG	2	6	4436	4441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017718	TTC	2	6	4442	4447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017718	TCA	2	6	4452	4457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017718	ATG	2	6	4489	4494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017718	TGAGAA	2	12	4537	4548	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017718	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017718	A	6	6	4812	4817	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017718	TC	4	8	4842	4849	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017718	T	6	6	5673	5678	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017718	GGCT	2	8	6325	6332	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017718	TAA	2	6	6345	6350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017718	TAA	2	6	6401	6406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017718	GTA	2	6	6435	6440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017718	AT	3	6	6500	6505	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017718	TC	3	6	6506	6511	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017718	TGT	2	6	6519	6524	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017718	ATAA	2	8	6531	6538	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017718	AGA	3	9	6563	6571	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017718	TACT	2	8	6629	6636	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017718	TGT	2	6	8060	8065	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017718	TGC	2	6	8116	8121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017718	CAG	2	6	8130	8135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017718	TAA	2	6	8212	8217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017718	ATG	2	6	10181	10186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017718	ATA	3	9	10597	10605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017718	CAATAA	2	12	10608	10619	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017718	CAT	2	6	10635	10640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017718	A	6	6	10673	10678	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017718	CTC	2	6	10734	10739	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017718	GGC	2	6	10755	10760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017718	TGG	2	6	10884	10889	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017718	GGT	2	6	10919	10924	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017718	TGG	2	6	10958	10963	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017718	CCA	2	6	10985	10990	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_017718	CAT	2	6	11070	11075	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017718	CTT	2	6	11136	11141	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017718	TGC	2	6	11163	11168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017718	CAC	2	6	11179	11184	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_017718	CTG	2	6	11268	11273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017718	ACG	2	6	11291	11296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017718	CAG	3	9	11341	11349	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017718	CGGC	2	8	11366	11373	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017718	GC	3	6	11408	11413	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017718	CAGC	2	8	11422	11429	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017718	TCC	2	6	11435	11440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_017718	GAC	2	6	11442	11447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017718	AGG	2	6	11451	11456	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017718	TCA	2	6	11546	11551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017718	CAGC	2	8	11556	11563	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017718	CGG	2	6	11597	11602	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017718	TCC	2	6	11623	11628	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_017718	CATT	2	8	11690	11697	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017718	AGA	2	6	11729	11734	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017718	CGT	2	6	11809	11814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017718	GTT	2	6	11831	11836	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017718	CATC	2	8	11864	11871	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017718	TG	3	6	11927	11932	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017718	ATA	2	6	11946	11951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017718	TG	3	6	12003	12008	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017718	CTCC	2	8	12081	12088	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_017718	GCT	2	6	12134	12139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017718	TGT	2	6	12152	12157	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017718	ATG	2	6	12207	12212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017718	TGA	3	9	12328	12336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017718	ATG	2	6	12344	12349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017718	TGA	2	6	12378	12383	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017718	CTT	2	6	13790	13795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017718	TCGC	2	8	13840	13847	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017718	GCG	2	6	13867	13872	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017718	ATT	2	6	14101	14106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017718	TTG	2	6	14109	14114	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017718	TGC	2	6	14121	14126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017718	TGC	2	6	14190	14195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017718	AGC	2	6	14201	14206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017718	GCA	2	6	15238	15243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017718	TGC	2	6	15248	15253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017718	T	7	7	15258	15264	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017718	GCA	2	6	15277	15282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017718	TGC	2	6	15309	15314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017718	AGT	2	6	15342	15347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017718	AGT	2	6	15416	15421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017718	CTC	2	6	16944	16949	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_017718	GTT	2	6	17011	17016	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017718	T	7	7	17057	17063	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017718	CTTTT	2	10	17114	17123	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017718	TA	5	10	17128	17137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017718	TAA	2	6	17146	17151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017718	CA	3	6	17161	17166	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017718	A	6	6	17189	17194	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017718	CTG	2	6	17226	17231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017718	GAG	2	6	17482	17487	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017718	CGGG	2	8	18435	18442	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017718	CTC	2	6	18482	18487	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_017718	CGCGG	2	10	18507	18516	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017718	CCGG	2	8	18549	18556	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017718	ACGGG	2	10	18559	18568	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017718	TGA	2	6	18628	18633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017718	GAC	2	6	18678	18683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017718	CAC	2	6	18757	18762	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_017718	CGC	2	6	20166	20171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_017718	GCG	2	6	20178	20183	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017718	ACGG	2	8	21828	21835	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017718	GGC	2	6	21836	21841	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017718	GCC	2	6	21845	21850	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_017718	GCG	2	6	22349	22354	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_017718	CAC	2	6	22379	22384	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_017718	TTG	2	6	22393	22398	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_017718	GGT	2	6	22443	22448	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017718	GCA	2	6	22465	22470	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017718	GCC	2	6	22501	22506	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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156	NC_017718	GCG	2	6	22570	22575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_017718	CCGGC	2	10	22579	22588	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
158	NC_017718	GGC	2	6	22703	22708	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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160	NC_017718	GCT	2	6	22740	22745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_017718	CCG	2	6	22763	22768	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
162	NC_017718	CGC	2	6	22845	22850	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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165	NC_017718	GCC	2	6	22936	22941	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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182	NC_017718	AGG	2	6	28926	28931	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_017718	CCG	2	6	29276	29281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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199	NC_017718	T	6	6	31393	31398	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_017718	CCG	2	6	62287	62292	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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288	NC_017718	A	6	6	70086	70091	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_017718	CAA	2	6	70098	70103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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291	NC_017718	TA	3	6	81759	81764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_017718	CCT	2	6	82871	82876	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
293	NC_017718	TTTTGT	2	12	82891	82902	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
294	NC_017718	AGC	2	6	83191	83196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
295	NC_017718	CGT	2	6	83202	83207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
296	NC_017718	A	6	6	83228	83233	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_017718	AGT	2	6	83245	83250	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
298	NC_017718	AGAA	2	8	83254	83261	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
299	NC_017718	GGT	2	6	83281	83286	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
300	NC_017718	GT	3	6	83312	83317	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
301	NC_017718	ATGT	2	8	83388	83395	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
302	NC_017718	GTG	2	6	83412	83417	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
303	NC_017718	AGA	2	6	84719	84724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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307	NC_017718	TGG	2	6	84862	84867	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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310	NC_017718	GCCCG	2	10	84919	84928	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
311	NC_017718	ATG	2	6	85511	85516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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317	NC_017718	GAC	2	6	86350	86355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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323	NC_017718	A	6	6	86532	86537	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_017718	ATG	2	6	86577	86582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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327	NC_017718	T	6	6	86786	86791	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
328	NC_017718	ATT	2	6	86831	86836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.