MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. B182 chromosome

Total Repeats: 199

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017623	GCTTTG	2	12	155054	155065	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017623	CCATGC	2	12	155593	155604	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017623	TTTGTT	2	12	156205	156216	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017623	TATCAA	2	12	160357	160368	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017623	AAATAT	2	12	172428	172439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017623	TTTTAA	2	12	172624	172635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017623	TTTTAC	2	12	217280	217291	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017623	CTTTCA	2	12	235274	235285	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017623	CTGCAT	2	12	235584	235595	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017623	CGCTGG	2	12	235904	235915	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017623	GCAGCG	2	12	235931	235942	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017623	AGCGTT	2	12	236120	236131	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017623	TTTTGT	2	12	258250	258261	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017623	AGTTCA	2	12	277198	277209	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017623	CCCATA	2	12	288134	288145	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017623	TTTTGA	2	12	302261	302272	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017623	GTCTTT	2	12	405813	405824	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017623	TGTAAG	2	12	405916	405927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017623	CGCGTT	2	12	414581	414592	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017623	AGCATC	2	12	438392	438403	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017623	ATCAGC	2	12	457389	457400	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017623	TCAGGT	2	12	460612	460623	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017623	TTATGA	2	12	467120	467131	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017623	GAAAAA	2	12	467169	467180	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017623	CCCCAT	2	12	475594	475605	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_017623	TTGATT	2	12	486855	486866	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017623	ATTCTG	2	12	497202	497213	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017623	TTTTAT	2	12	498190	498201	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017623	GAGATA	2	12	515433	515444	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017623	ATGAAA	2	12	527694	527705	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017623	TTTTCC	2	12	577590	577601	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017623	TGATAT	2	12	641762	641773	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017623	TTATCA	2	12	688734	688745	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017623	CTCTTC	2	12	710882	710893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017623	AAGCGC	2	12	715520	715531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017623	GACCAT	2	12	755877	755888	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017623	TCTTAA	2	12	759026	759037	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017623	AAAGAA	2	12	805253	805264	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017623	CTTCGC	2	12	831462	831473	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017623	CGGGTG	2	12	846589	846600	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017623	AATGCT	2	12	851215	851226	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017623	AAGAGG	2	12	858405	858416	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017623	GGATAA	2	12	864046	864057	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017623	GAATCT	2	12	939039	939050	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017623	TATGCG	2	12	967285	967296	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017623	AAGCAA	2	12	967427	967438	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017623	CAATAT	2	12	972143	972154	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017623	AGCGAA	2	12	1034259	1034270	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017623	TTAAAT	2	12	1091924	1091935	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017623	AGATGA	2	12	1093516	1093527	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017623	TTCTCA	2	12	1101503	1101514	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017623	CTCATT	2	12	1159939	1159950	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017623	AAAATT	2	12	1167950	1167961	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017623	GGATGC	2	12	1221973	1221984	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017623	GAGTCA	2	12	1241304	1241315	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017623	GTGATA	2	12	1259518	1259529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017623	AAATTT	2	12	1280176	1280187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017623	TGCTAT	2	12	1309764	1309775	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017623	CAGGCG	2	12	1322021	1322032	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017623	AGCGCC	2	12	1327749	1327760	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017623	TGCAAT	2	12	1373178	1373189	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017623	TAACGT	2	12	1405946	1405957	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017623	CGCTGG	2	12	1409086	1409097	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017623	TGCAAA	2	12	1425773	1425784	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017623	GATATG	2	12	1438105	1438116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017623	TTTAGT	2	12	1510738	1510749	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017623	TACGGG	2	12	1516365	1516376	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017623	TTTTTA	2	12	1531311	1531322	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017623	CTGGCT	2	12	1531409	1531420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017623	TTTGAA	2	12	1558110	1558121	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017623	AGGGAA	2	12	1590661	1590672	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017623	CAAAAA	2	12	1590942	1590953	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017623	CTGCGC	2	12	1635760	1635771	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017623	TTAGAA	2	12	1706248	1706259	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017623	CATCGT	2	12	1727030	1727041	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017623	TTTTGC	2	12	1790650	1790661	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017623	AAAGAT	2	12	1827641	1827652	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017623	GTTTTT	2	12	1849548	1849559	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017623	CTTTTT	2	12	1849879	1849890	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017623	TATTTT	2	12	1877245	1877256	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017623	ATCTCG	2	12	1879709	1879720	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017623	TGGAAA	2	12	1896240	1896251	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017623	AAAAAT	2	12	1898759	1898770	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017623	CGTTTA	2	12	1910783	1910794	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017623	TGAGTA	2	12	1913205	1913216	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017623	TGCATA	2	12	1961498	1961509	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017623	GGTTTA	2	12	2074874	2074885	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017623	AAACAA	2	12	2075224	2075235	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017623	GATTTT	2	12	2096264	2096275	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017623	AAGCGC	2	12	2097891	2097902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017623	AAACTT	2	12	2100284	2100295	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017623	CGCTCG	2	12	2182674	2182685	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017623	GGTTAG	2	12	2236422	2236433	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017623	CCAGCA	2	12	2299328	2299339	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017623	GTTACG	2	12	2324362	2324373	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017623	CCACGC	2	12	2389470	2389481	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_017623	CATCAC	2	12	2391096	2391107	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017623	TTTTCA	2	12	2393046	2393057	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017623	AGTGGC	2	12	2393478	2393489	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017623	TATTTA	2	12	2460808	2460819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017623	TTCAGA	2	12	2483708	2483719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017623	TTTTAT	2	12	2490009	2490020	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017623	TATAGT	2	12	2537299	2537310	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017623	TCTGCG	2	12	2549904	2549915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017623	TTTTTA	2	12	2599971	2599982	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017623	TTGGCT	2	12	2632468	2632479	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017623	GCCATA	2	12	2654600	2654611	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017623	TCAACG	2	12	2672964	2672975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017623	TTTTTC	2	12	2678266	2678277	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017623	CAGGTA	2	12	2740939	2740950	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017623	TAAAGC	2	12	2759247	2759258	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017623	GCGGTT	2	12	2769242	2769253	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017623	CGATAG	2	12	2774785	2774796	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017623	TAGCAG	2	12	2784280	2784291	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_017623	ATCGAT	2	12	2784395	2784406	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017623	ACGATG	2	12	2873072	2873083	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017623	AATCAG	2	12	2879763	2879774	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017623	CATATA	2	12	2879945	2879956	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017623	TCTTTT	2	12	2902479	2902490	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017623	TTCTGG	2	12	2950049	2950060	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017623	ACATAA	2	12	2961192	2961203	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017623	GAAATT	2	12	3012603	3012614	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017623	GATCAG	2	12	3033942	3033953	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017623	GCCCAG	2	12	3051973	3051984	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_017623	GGCGCA	2	12	3083739	3083750	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017623	CAGCAT	2	12	3084098	3084109	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017623	ACAAAT	2	12	3095559	3095570	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017623	CCTTCA	2	12	3102841	3102852	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_017623	ATCAAA	2	12	3197286	3197297	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017623	TTCTCA	2	12	3219744	3219755	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017623	CTGGCG	2	12	3223102	3223113	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017623	GCCGCT	2	12	3223167	3223178	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
133	NC_017623	CGCCTG	2	12	3224577	3224588	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_017623	TCGCAG	2	12	3235208	3235219	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017623	ATTTTT	2	12	3237499	3237510	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017623	TTCCCG	2	12	3249630	3249641	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
137	NC_017623	TATTTT	2	12	3251676	3251687	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017623	TGGCGT	2	12	3260426	3260437	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_017623	GTAAGT	2	12	3261636	3261647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017623	TTTTCA	2	12	3271655	3271666	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017623	CGGGCG	2	12	3273084	3273095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017623	TACGCT	2	12	3303553	3303564	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017623	CTCAAC	2	12	3366952	3366963	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
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146	NC_017623	TATTTT	2	12	3477229	3477240	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017623	GCTGGA	2	12	3484902	3484913	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_017623	ACTTTG	2	12	3485647	3485658	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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150	NC_017623	ACAAAA	2	12	3493631	3493642	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_017623	ACCGTT	2	12	3516877	3516888	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017623	CGACAT	2	12	3542950	3542961	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017623	CGCAGG	2	12	3543209	3543220	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017623	AAAGGC	2	12	3549842	3549853	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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159	NC_017623	ATTTGA	2	12	3615938	3615949	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017623	CGTCAG	2	12	3645654	3645665	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.