MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus equi subsp. zooepidemicus ATCC 35246 chromosome

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017582	CAGCTA	2	12	9093	9104	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017582	TATACA	2	12	19837	19848	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017582	TTACGT	2	12	20864	20875	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017582	ACTAAT	2	12	23116	23127	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017582	GATCCT	2	12	28793	28804	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017582	TACTTC	2	12	49153	49164	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017582	TAAGGT	2	12	78690	78701	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017582	TATACA	2	12	84309	84320	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017582	TTACGT	2	12	85336	85347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017582	ACTAAT	2	12	87588	87599	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017582	TTCGGG	2	12	88517	88528	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017582	TTTATA	2	12	90217	90228	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017582	AAAAAG	2	12	101029	101040	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017582	AAGACA	2	12	125655	125666	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017582	TTTAAT	2	12	143313	143324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017582	GAAAAA	2	12	149521	149532	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017582	AGAAAG	2	12	153328	153339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017582	CTCTTT	2	12	174738	174749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017582	AAAGCA	2	12	184620	184631	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017582	CAAAAG	2	12	198739	198750	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017582	TGTGAT	2	12	200728	200739	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017582	TAGCTG	2	12	213117	213128	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017582	ACATTA	2	12	221749	221760	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017582	ATATTT	2	12	250815	250826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017582	TTGTGC	2	12	285168	285179	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017582	GAAAAA	2	12	303199	303210	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017582	TAGGGT	2	12	322355	322366	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017582	TAGCTT	2	12	331085	331096	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017582	TGAGGT	2	12	336344	336355	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017582	TTAGAT	2	12	425855	425866	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017582	TAGGTG	2	12	486110	486121	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017582	TAGACA	2	12	489878	489889	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017582	AAATAT	2	12	490330	490341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017582	TTTAGC	2	12	515529	515540	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017582	CAGATC	2	12	524490	524501	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017582	GATATG	2	12	525635	525646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017582	GTCAAC	2	12	526034	526045	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017582	CTAAAA	2	12	629492	629503	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017582	ATTAAG	2	12	642658	642669	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017582	GTCATG	2	12	661546	661557	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017582	ATTGAA	2	12	668251	668262	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017582	TTTTAG	2	12	683898	683909	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017582	AAAGGA	2	12	700003	700014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017582	TAAAAA	2	12	716623	716634	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017582	TTTTAG	2	12	721800	721811	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017582	ATGTTA	2	12	726349	726360	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017582	AATGCC	2	12	726573	726584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017582	AAGTAG	2	12	732393	732404	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017582	CCAAAG	2	12	743926	743937	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017582	AATGCA	2	12	778694	778705	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017582	GAAATA	2	12	789187	789198	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017582	GAAAAA	2	12	791630	791641	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017582	AAATAA	2	12	791705	791716	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017582	ATTAAC	2	12	791811	791822	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017582	TAGGCA	2	12	821883	821894	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017582	ATTAAA	2	12	821932	821943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017582	GGTGAT	2	12	1000642	1000653	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017582	TCAGAG	2	12	1020687	1020698	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017582	AAGCTT	2	12	1020808	1020819	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017582	ATCACC	2	12	1028218	1028229	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017582	GATGCT	2	12	1041963	1041974	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017582	GCGTAT	2	12	1061519	1061530	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017582	AAAAAT	2	12	1066188	1066199	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017582	TCGGTT	2	12	1067543	1067554	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017582	TAGGGA	2	12	1067805	1067816	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017582	TCTTGC	2	12	1068210	1068221	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017582	TTAATG	2	12	1082409	1082420	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017582	TCAAGT	2	12	1098504	1098515	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017582	CTACCA	2	12	1115005	1115016	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017582	GTAGCG	2	12	1115042	1115053	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017582	TTTCAA	2	12	1132965	1132976	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017582	TTTAAT	2	12	1164605	1164616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017582	GCCCAA	2	12	1180800	1180811	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017582	CTCAGT	2	12	1195628	1195639	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017582	AAAAAG	2	12	1335801	1335812	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017582	ACGCAT	2	12	1402797	1402808	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017582	CTCAAT	2	12	1412036	1412047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017582	GATACA	2	12	1420372	1420383	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017582	ACAAGC	2	12	1425695	1425706	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017582	AAATAA	2	12	1508923	1508934	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017582	TTTATT	2	12	1543877	1543888	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017582	CTAAGC	2	12	1584563	1584574	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017582	CATAGC	2	12	1585189	1585200	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017582	TGAAAC	2	12	1586178	1586189	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017582	TAAAAA	2	12	1600960	1600971	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017582	AAGATT	2	12	1644191	1644202	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017582	TTTGAG	2	12	1650597	1650608	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017582	AGCATT	2	12	1694817	1694828	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017582	TATTAG	2	12	1704025	1704036	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017582	ACGTAA	2	12	1706278	1706289	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017582	TGTATA	2	12	1707305	1707316	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017582	TTTACG	2	12	1719766	1719777	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017582	GTAGAG	2	12	1719905	1719916	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017582	GAGCTT	2	12	1720026	1720037	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017582	AAAGGT	2	12	1720369	1720380	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017582	CATTAT	2	12	1767632	1767643	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017582	AAGGTA	2	12	1770301	1770312	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017582	TCTTTT	2	12	1793938	1793949	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017582	ATTTTA	2	12	1796305	1796316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017582	CATTCC	2	12	1797216	1797227	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_017582	TATTAG	2	12	1850715	1850726	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017582	ACGTAA	2	12	1852968	1852979	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017582	TGTATA	2	12	1853995	1854006	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017582	CAGTAG	2	12	1878606	1878617	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017582	CCAAAT	2	12	1896069	1896080	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017582	AAAAAT	2	12	1899522	1899533	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017582	TTTTTA	2	12	1919877	1919888	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017582	TATTAG	2	12	1932383	1932394	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017582	ACGTAA	2	12	1934636	1934647	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017582	TGTATA	2	12	1935663	1935674	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017582	TTCATC	2	12	1956559	1956570	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017582	TAAAAA	2	12	1963545	1963556	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017582	CTTTTT	2	12	1991566	1991577	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017582	TTATTT	2	12	2009828	2009839	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017582	TCCCTT	2	12	2026878	2026889	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_017582	AAAACG	2	12	2043482	2043493	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017582	TGACAT	2	12	2058036	2058047	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017582	CTAAAA	2	12	2064705	2064716	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017582	GTTTTG	2	12	2107156	2107167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017582	TGCTAA	2	12	2118490	2118501	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017582	AATCAC	2	12	2163393	2163404	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017582	GCTCTT	2	12	2166241	2166252	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.