MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60 chromosome

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017342	ATTAAT	2	12	29078	29089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017342	AAATTT	2	12	32275	32286	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017342	TTATAA	2	12	39034	39045	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017342	TAAAAA	2	12	53780	53791	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017342	CATACC	2	12	58227	58238	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017342	ATATAC	2	12	94382	94393	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017342	ATTTTA	2	12	109508	109519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017342	TCTTTA	2	12	131716	131727	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017342	CAAATT	2	12	133700	133711	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017342	ATATTA	2	12	162626	162637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017342	TTACAA	2	12	170930	170941	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017342	AAATGA	2	12	176232	176243	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017342	TTTTTC	2	12	180678	180689	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017342	AATTTT	2	12	180731	180742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017342	CATAAA	2	12	197370	197381	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017342	GTATAT	2	12	226110	226121	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017342	ATCGTT	2	12	241228	241239	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017342	AATTAT	2	12	251354	251365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017342	CTATAT	2	12	257625	257636	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017342	ATTTAA	2	12	273965	273976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017342	TTCCAC	2	12	279395	279406	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017342	AAATTT	2	12	315837	315848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017342	CTTTAT	2	12	340295	340306	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017342	TATAAA	2	12	340375	340386	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017342	AAACAA	2	12	388742	388753	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017342	ATTTAT	2	12	435234	435245	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017342	ATTTTT	2	12	482073	482084	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017342	GATTTA	2	12	503272	503283	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017342	TTTATA	2	12	505746	505757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017342	TTTATA	2	12	526426	526437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017342	AAAATC	2	12	532732	532743	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017342	TCGAAT	2	12	550213	550224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017342	AAATAG	2	12	554544	554555	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017342	TAAAAT	2	12	555092	555103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017342	AATTAT	2	12	574246	574257	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017342	AATATA	2	12	579105	579116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017342	ATATGA	2	12	616660	616671	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017342	ATAACA	2	12	631289	631300	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017342	AAATTA	2	12	631704	631715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017342	TTTTTA	2	12	632004	632015	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017342	TTTAAC	2	12	636128	636139	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017342	ATACTA	2	12	640707	640718	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017342	ATTTAC	2	12	650673	650684	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017342	CAAAAA	2	12	680856	680867	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017342	ATTCAA	2	12	683653	683664	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017342	AATATA	2	12	688110	688121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017342	TTTTAC	2	12	699675	699686	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017342	AAAAAG	2	12	699694	699705	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017342	TCGAAA	2	12	736975	736986	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017342	AAATAT	2	12	744681	744692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017342	TTGAAA	2	12	751070	751081	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017342	GTATTA	2	12	754036	754047	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017342	AAAGAG	2	12	758234	758245	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017342	AAAAAT	2	12	774288	774299	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017342	TAAAAA	2	12	778260	778271	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017342	TATGTA	2	12	780575	780586	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017342	GAAAAA	2	12	780626	780637	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017342	AAATTT	2	12	799911	799922	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017342	TTTTTA	2	12	802247	802258	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017342	TTTAAA	2	12	879420	879431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017342	TGTTTT	2	12	895336	895347	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017342	AAATAT	2	12	902255	902266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017342	AAAAAT	2	12	916891	916902	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017342	TTTCAT	2	12	927538	927549	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017342	ATTTCA	2	12	929354	929365	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017342	AACGTA	2	12	945919	945930	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017342	AATGAT	2	12	959727	959738	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017342	AAAAAT	2	12	971370	971381	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017342	TTTTAA	2	12	971495	971506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017342	TTAAAG	2	12	979970	979981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017342	TTTTTA	2	12	986398	986409	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017342	TAAGGC	2	12	986556	986567	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017342	TACTTA	2	12	991691	991702	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017342	ATTTTC	2	12	1044285	1044296	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017342	AAATTT	2	12	1049692	1049703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017342	GTGAAT	2	12	1054390	1054401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017342	TTAACT	2	12	1066752	1066763	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017342	TAATGA	2	12	1070335	1070346	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017342	TACAAA	2	12	1082515	1082526	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017342	TTAAAA	2	12	1084002	1084013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017342	ATTAAT	2	12	1092919	1092930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017342	TTAATT	2	12	1097960	1097971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017342	GCACAA	2	12	1098443	1098454	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017342	AACTGT	2	12	1098706	1098717	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017342	GTGGCT	2	12	1105592	1105603	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017342	ATTAAA	2	12	1113562	1113573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017342	ACATTC	2	12	1115878	1115889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017342	TTATTT	2	12	1143047	1143058	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017342	CTTTTT	2	12	1180411	1180422	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017342	TAAATA	2	12	1182498	1182509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017342	ATAAAA	2	12	1190782	1190793	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017342	AAATAT	2	12	1196966	1196977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017342	TATGTA	2	12	1201645	1201656	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017342	TTAATT	2	12	1209565	1209576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017342	AATATT	2	12	1242164	1242175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017342	GTAAAT	2	12	1268122	1268133	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017342	AAAATT	2	12	1271963	1271974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017342	TTTAAA	2	12	1275841	1275852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017342	TGATAA	2	12	1275897	1275908	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017342	TAAAAA	2	12	1278829	1278840	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017342	CATAAT	2	12	1315641	1315652	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017342	TGAAAA	2	12	1325240	1325251	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017342	AAATTA	2	12	1325910	1325921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017342	TTAAAA	2	12	1335835	1335846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017342	GTTAGA	2	12	1340749	1340760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017342	TTTTAT	2	12	1341502	1341513	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017342	TAATGA	2	12	1365014	1365025	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017342	GTTAAA	2	12	1370663	1370674	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017342	AAATAA	2	12	1380590	1380601	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017342	GTAGAA	2	12	1387814	1387825	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017342	ATTTTT	2	12	1402490	1402501	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017342	TTAAAG	2	12	1407917	1407928	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017342	ATTATA	2	12	1411266	1411277	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017342	TTATAA	2	12	1433516	1433527	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017342	AAAGAA	2	12	1472022	1472033	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017342	CCAAAC	2	12	1483704	1483715	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017342	ATGAAA	2	12	1497711	1497722	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017342	TTTTTA	2	12	1502743	1502754	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017342	TTGATA	2	12	1504944	1504955	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017342	TAATTA	2	12	1508846	1508857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017342	AAAATG	2	12	1528296	1528307	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017342	TGATAA	2	12	1547255	1547266	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017342	AAAGTA	2	12	1547414	1547425	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017342	GAAAAT	2	12	1595016	1595027	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017342	TTAAAT	2	12	1601050	1601061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017342	GTTTTA	2	12	1610859	1610870	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017342	TTAATT	2	12	1613999	1614010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017342	AAAACT	2	12	1615244	1615255	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017342	TTTATT	2	12	1617786	1617797	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017342	AAAGGT	2	12	1643724	1643735	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017342	TTATAA	2	12	1653681	1653692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017342	GTTAAA	2	12	1656107	1656118	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017342	AGTCAA	2	12	1660991	1661002	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017342	TTGGCT	2	12	1661010	1661021	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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138	NC_017342	TCTTGT	2	12	1718962	1718973	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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140	NC_017342	TTTTAT	2	12	1727240	1727251	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017342	TTTATA	2	12	1750034	1750045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_017342	TTTATA	2	12	1972774	1972785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017342	TTTAAT	2	12	1980433	1980444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017342	AATTTT	2	12	1989665	1989676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_017342	TTCTTT	2	12	2019053	2019064	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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163	NC_017342	ATCATT	2	12	2079927	2079938	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
164	NC_017342	AATTTC	2	12	2092702	2092713	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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171	NC_017342	TATAAT	2	12	2177027	2177038	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017342	TATAAA	2	12	2180949	2180960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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216	NC_017342	TATCTT	2	12	2793766	2793777	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.