MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC1

Total Repeats: 80

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017078	TTTA	2	8	2291	2298	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017078	TTAT	2	8	2311	2318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017078	GAAT	2	8	5962	5969	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017078	GCAA	2	8	18699	18706	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017078	TCTG	2	8	22377	22384	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017078	CTGT	2	8	22389	22396	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017078	TTAT	2	8	26802	26809	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017078	GAAA	2	8	27635	27642	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017078	CAAT	2	8	29740	29747	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017078	CTTA	2	8	31317	31324	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017078	TCTA	2	8	34613	34620	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017078	AGCC	2	8	36077	36084	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017078	TGAA	2	8	37650	37657	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017078	AGGA	2	8	39397	39404	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017078	TTAT	2	8	46716	46723	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017078	TAAA	2	8	49098	49105	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017078	TAAA	2	8	53856	53863	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017078	GATT	2	8	56306	56313	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017078	AAGT	2	8	61231	61238	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017078	AAAT	2	8	70133	70140	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017078	CCTT	2	8	72489	72496	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017078	GGAT	2	8	77484	77491	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017078	GTAT	2	8	80073	80080	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017078	AAGA	2	8	80385	80392	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017078	AGGG	2	8	82673	82680	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017078	GATT	2	8	84284	84291	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017078	CAAT	2	8	84412	84419	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017078	AACT	2	8	88111	88118	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017078	AGAC	2	8	92048	92055	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017078	AATT	2	8	93917	93924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017078	ATCC	2	8	111309	111316	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017078	GCCT	2	8	111369	111376	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017078	AAGG	2	8	127042	127049	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017078	CCTT	2	8	133221	133228	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017078	TGGC	2	8	133291	133298	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017078	TTGT	2	8	133556	133563	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017078	AGGA	2	8	137411	137418	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017078	ATAA	2	8	138808	138815	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017078	TTCG	2	8	143583	143590	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017078	ATAG	2	8	154653	154660	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017078	TTAG	2	8	154752	154759	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017078	TCAC	2	8	157278	157285	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017078	ATAG	2	8	157436	157443	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017078	TTGG	2	8	172657	172664	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017078	AGTT	2	8	179840	179847	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017078	GGCA	2	8	180385	180392	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_017078	GCTT	2	8	180475	180482	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017078	GGAG	2	8	181916	181923	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017078	AAAC	2	8	184551	184558	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017078	GCTT	2	8	184564	184571	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017078	ATTT	2	8	184576	184583	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017078	GAAT	2	8	185968	185975	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017078	TTAA	2	8	189822	189829	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017078	TGTC	2	8	195977	195984	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017078	GCCA	2	8	196087	196094	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017078	AATA	2	8	199940	199947	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017078	ATTG	2	8	203041	203048	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017078	ATGT	2	8	203165	203172	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017078	TAAA	2	8	234667	234674	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017078	TTTA	2	8	237956	237963	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017078	AGCA	2	8	242523	242530	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017078	AAAC	2	8	242560	242567	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017078	CTAT	2	8	251323	251330	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_017078	AAAT	2	8	251463	251470	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017078	ATTA	2	8	251733	251740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017078	ATGA	2	8	251767	251774	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017078	ACTG	2	8	254837	254844	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017078	ATTT	2	8	261731	261738	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017078	CATA	2	8	266312	266319	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017078	AGGC	2	8	266409	266416	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017078	AGGG	2	8	266487	266494	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017078	AAAG	2	8	269338	269345	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017078	CTTT	2	8	271097	271104	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017078	GTAT	2	8	271304	271311	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017078	TCGT	2	8	273666	273673	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017078	AAAT	2	8	274717	274724	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017078	AAAT	2	8	275956	275963	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017078	AGTC	2	8	280255	280262	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017078	TTTA	2	8	284365	284372	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017078	TTAA	2	8	285349	285356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.