MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC5

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017074	CAA	2	6	1629	1634	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017074	CATA	2	8	1654	1661	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017074	CGA	2	6	1662	1667	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017074	GATAGA	2	12	1694	1705	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017074	CTT	2	6	1773	1778	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017074	CCT	2	6	2827	2832	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_017074	AAT	2	6	2860	2865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017074	ACTCTA	2	12	2889	2900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017074	TAAC	2	8	2960	2967	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017074	C	6	6	2997	3002	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
11	NC_017074	AT	3	6	3051	3056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017074	ACA	2	6	3062	3067	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017074	A	6	6	3121	3126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017074	CTT	2	6	3590	3595	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017074	T	6	6	3594	3599	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017074	T	6	6	3613	3618	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017074	AGA	2	6	3640	3645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017074	GCA	2	6	3664	3669	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017074	TCTTTT	2	12	3706	3717	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017074	A	6	6	3722	3727	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017074	GTC	2	6	3779	3784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017074	ATT	2	6	3795	3800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017074	GCT	2	6	3833	3838	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017074	ACT	2	6	3844	3849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017074	AGA	2	6	3868	3873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017074	CCTC	2	8	3888	3895	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_017074	GAAT	2	8	4151	4158	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017074	GAG	2	6	4236	4241	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017074	GCA	2	6	4451	4456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017074	TTG	2	6	4457	4462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017074	GTC	2	6	4475	4480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017074	CCT	2	6	4488	4493	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_017074	CCAA	2	8	4494	4501	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017074	GCGT	2	8	4511	4518	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017074	TGT	2	6	4519	4524	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017074	GCC	2	6	4583	4588	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_017074	TA	3	6	4648	4653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017074	GC	3	6	4699	4704	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_017074	AGA	2	6	4725	4730	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017074	AGGA	2	8	4802	4809	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017074	AGAT	2	8	5034	5041	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017074	GGA	2	6	5043	5048	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017074	T	6	6	5505	5510	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017074	ATA	2	6	5514	5519	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017074	TGT	2	6	5527	5532	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017074	GCT	2	6	5542	5547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017074	CGT	2	6	5574	5579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017074	A	6	6	5582	5587	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017074	T	8	8	5588	5595	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017074	ACA	2	6	5702	5707	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017074	A	6	6	5707	5712	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017074	AAC	2	6	5719	5724	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017074	ACCTT	2	10	5770	5779	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017074	TAT	2	6	5830	5835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017074	T	6	6	5908	5913	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017074	ACA	2	6	5987	5992	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017074	A	6	6	5992	5997	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017074	ACA	2	6	7809	7814	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017074	AGG	2	6	7884	7889	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017074	T	6	6	8907	8912	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017074	A	6	6	9615	9620	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017074	TCC	3	9	9621	9629	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_017074	AT	3	6	9660	9665	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017074	CTG	2	6	9667	9672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017074	CAG	2	6	9692	9697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017074	TAT	2	6	9708	9713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017074	AAT	2	6	9718	9723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017074	ATT	2	6	9730	9735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017074	TAA	2	6	9776	9781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017074	ACC	2	6	9791	9796	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_017074	GGGC	2	8	9804	9811	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017074	TA	4	8	9865	9872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017074	ATAG	2	8	10548	10555	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017074	AACAAA	2	12	10561	10572	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017074	GGA	2	6	10584	10589	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017074	TAG	2	6	10904	10909	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017074	TA	4	8	10920	10927	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017074	AGGA	2	8	10928	10935	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017074	A	6	6	11812	11817	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017074	TTTCT	2	10	11828	11837	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017074	AT	3	6	11867	11872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017074	AC	3	6	11900	11905	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017074	TA	4	8	11912	11919	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017074	ACA	2	6	11972	11977	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017074	AAG	2	6	11982	11987	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017074	TTTA	2	8	12340	12347	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017074	GC	3	6	12361	12366	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017074	CTATAA	2	12	12423	12434	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017074	T	6	6	12435	12440	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017074	AGAA	2	8	12453	12460	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017074	TAT	2	6	14711	14716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017074	AT	4	8	14715	14722	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017074	TGAA	2	8	14723	14730	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017074	TTAA	2	8	14735	14742	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017074	A	7	7	14741	14747	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017074	AAGGA	2	10	14749	14758	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017074	TTG	2	6	17848	17853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017074	AGCC	2	8	17882	17889	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017074	TAT	2	6	17896	17901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017074	AAAG	2	8	17914	17921	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017074	GA	3	6	19485	19490	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017074	TAG	2	6	20729	20734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017074	CT	3	6	20799	20804	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017074	TA	4	8	20807	20814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017074	AAC	2	6	20821	20826	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017074	CCT	2	6	21297	21302	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_017074	CTT	2	6	21308	21313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017074	GAC	2	6	21776	21781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017074	TAC	2	6	21792	21797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017074	CCT	2	6	24799	24804	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_017074	AGG	2	6	24817	24822	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017074	TAT	2	6	27055	27060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017074	AT	4	8	27059	27066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017074	AGG	2	6	27086	27091	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017074	TGAT	2	8	31999	32006	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017074	ATA	3	9	32013	32021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017074	CAG	2	6	32026	32031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017074	ATT	2	6	32061	32066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017074	ACT	2	6	32083	32088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017074	ATT	2	6	33400	33405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017074	GC	4	8	33973	33980	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_017074	ATGAC	2	10	34422	34431	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017074	ATGAC	2	10	34926	34935	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017074	TAT	2	6	35002	35007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017074	AT	3	6	35006	35011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017074	TCC	2	6	35033	35038	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_017074	TTAT	2	8	35039	35046	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017074	ACC	2	6	35052	35057	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_017074	GGT	2	6	35067	35072	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017074	TTTTG	2	10	35073	35082	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017074	GTT	2	6	35107	35112	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017074	CTA	2	6	35122	35127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.