MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. UK-1 chromosome

Total Repeats: 176

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016863	TCTTAA	2	12	23204	23215	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016863	TGTGGT	2	12	74859	74870	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016863	AAAGAA	2	12	75354	75365	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016863	CGGGTG	2	12	116768	116779	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016863	AATGCT	2	12	121394	121405	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016863	AAGAGG	2	12	128584	128595	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016863	GGATAA	2	12	134225	134236	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016863	CAATAT	2	12	229775	229786	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016863	AGATGA	2	12	350851	350862	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016863	TTCTCA	2	12	358900	358911	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_016863	CTCATT	2	12	378166	378177	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_016863	GTGATA	2	12	477744	477755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016863	AAATTT	2	12	498414	498425	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016863	TGCTAT	2	12	528714	528725	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016863	CAGGCG	2	12	540845	540856	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_016863	AGCGCC	2	12	546573	546584	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_016863	TGCAAT	2	12	592003	592014	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016863	TGCAAT	2	12	592018	592029	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_016863	TAACGT	2	12	624786	624797	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016863	TGCAAA	2	12	644613	644624	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016863	CAAAAA	2	12	809604	809615	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_016863	GCAGCC	2	12	812980	812991	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_016863	CTGCGC	2	12	830657	830668	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_016863	CCTGCA	2	12	831064	831075	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_016863	GCCGGT	2	12	831595	831606	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016863	GTGGAA	2	12	831911	831922	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016863	TGAAAA	2	12	900400	900411	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016863	ATTTTT	2	12	907022	907033	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016863	CATCGT	2	12	947871	947882	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016863	GATGAC	2	12	969491	969502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016863	GCCGCA	2	12	997263	997274	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_016863	GCCGCA	2	12	997341	997352	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_016863	GCCGCA	2	12	997380	997391	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_016863	AGCGAA	2	12	998833	998844	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016863	GGTGGC	2	12	998845	998856	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_016863	AAAGAT	2	12	1048685	1048696	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016863	AAAATC	2	12	1063244	1063255	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016863	ACCCAA	2	12	1063419	1063430	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_016863	AAAGCA	2	12	1066317	1066328	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016863	CTTTTT	2	12	1070395	1070406	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016863	TAAATG	2	12	1101114	1101125	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016863	ATCTCG	2	12	1101580	1101591	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_016863	AAAAAT	2	12	1120629	1120640	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016863	AAGAGA	2	12	1126672	1126683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016863	CGTTTA	2	12	1132653	1132664	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016863	TGAGTA	2	12	1135075	1135086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016863	TGTCAT	2	12	1177021	1177032	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016863	TAATTA	2	12	1199972	1199983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016863	AAAAAG	2	12	1255178	1255189	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016863	AAAAAC	2	12	1283815	1283826	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016863	GGTTTA	2	12	1296953	1296964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016863	GATTTT	2	12	1318340	1318351	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016863	AAGCGC	2	12	1319967	1319978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_016863	GGACAT	2	12	1326695	1326706	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_016863	CGCTCG	2	12	1404607	1404618	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
56	NC_016863	AGTCTT	2	12	1419509	1419520	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_016863	CCAGCG	2	12	1587495	1587506	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_016863	CATCAC	2	12	1610972	1610983	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_016863	GATATT	2	12	1612834	1612845	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016863	CATTAA	2	12	1627400	1627411	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016863	TTCCCC	2	12	1630314	1630325	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_016863	AGTATA	2	12	1651442	1651453	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016863	TTTATG	2	12	1677307	1677318	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016863	TATTTA	2	12	1681437	1681448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016863	TTATTT	2	12	1684955	1684966	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016863	ACTGCC	2	12	1686630	1686641	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_016863	TTTTAT	2	12	1710634	1710645	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016863	TATAGT	2	12	1758752	1758763	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016863	TCTGCG	2	12	1771357	1771368	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_016863	TTGGCT	2	12	1853918	1853929	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_016863	TGTTAA	2	12	1858641	1858652	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016863	GGAAAT	2	12	1951103	1951114	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016863	CTTTCA	2	12	1952055	1952066	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016863	CAGGTA	2	12	1964102	1964113	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016863	CTCCAG	2	12	2052948	2052959	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_016863	TAATAC	2	12	2086388	2086399	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_016863	GATTCG	2	12	2133750	2133761	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016863	AATCAG	2	12	2143791	2143802	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016863	CATATA	2	12	2143973	2143984	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_016863	GTTATT	2	12	2188189	2188200	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016863	ATAACA	2	12	2225016	2225027	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016863	ACATAA	2	12	2225234	2225245	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016863	TGTTTA	2	12	2233220	2233231	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016863	TTTATC	2	12	2263228	2263239	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_016863	TCCAGT	2	12	2331212	2331223	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_016863	ATTTTC	2	12	2331575	2331586	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_016863	CCTTCA	2	12	2367013	2367024	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_016863	CATTAA	2	12	2439451	2439462	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_016863	AGAAAA	2	12	2476176	2476187	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016863	ATTTTT	2	12	2504465	2504476	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016863	GTAAGT	2	12	2515579	2515590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016863	TTTTCA	2	12	2524888	2524899	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016863	CAAGTG	2	12	2541893	2541904	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016863	TATCCG	2	12	2634549	2634560	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016863	CAGCGT	2	12	2636685	2636696	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016863	TTCACC	2	12	2638360	2638371	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_016863	CGGTGA	2	12	2639957	2639968	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016863	GCTACA	2	12	2658153	2658164	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_016863	TGTTTT	2	12	2673701	2673712	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016863	GCAAGG	8	48	2730631	2730678	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_016863	TTGGGT	2	12	2769965	2769976	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016863	TTTGTT	2	12	2782206	2782217	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016863	TATTTT	2	12	2782401	2782412	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016863	ACAAAA	2	12	2798478	2798489	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_016863	CTTCGC	2	12	2823758	2823769	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_016863	AAAGGC	2	12	2854316	2854327	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016863	ATTAAA	2	12	2856777	2856788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016863	TAAGGG	2	12	2867842	2867853	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016863	CAAGAG	2	12	2880996	2881007	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016863	ATCTTA	2	12	2897936	2897947	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_016863	CAATAA	2	12	2911472	2911483	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_016863	ATTAAA	2	12	3014586	3014597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016863	GATTAT	2	12	3062190	3062201	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016863	CCTGTT	2	12	3063231	3063242	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_016863	GGCGTC	2	12	3082238	3082249	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_016863	GCGATC	2	12	3108300	3108311	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016863	GGTAAT	2	12	3130747	3130758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016863	CCACCG	2	12	3152647	3152658	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_016863	TTTTAT	2	12	3154081	3154092	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016863	GGTAAA	2	12	3163190	3163201	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016863	TTCAGT	2	12	3219766	3219777	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016863	AGTTGT	2	12	3340163	3340174	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016863	AATGAT	2	12	3345831	3345842	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016863	TAACCA	2	12	3384468	3384479	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016863	ATTCAA	2	12	3386215	3386226	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_016863	TTATTT	2	12	3388414	3388425	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016863	AACCCT	2	12	3412255	3412266	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_016863	TAAGCG	2	12	3431691	3431702	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016863	TGTTAT	2	12	3476173	3476184	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016863	TGTCGC	2	12	3558317	3558328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_016863	AATATT	2	12	3677564	3677575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016863	CTTAAT	2	12	3740227	3740238	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_016863	TAAAAA	2	12	3794073	3794084	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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135	NC_016863	CGAGTA	2	12	3825677	3825688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_016863	ATTATA	2	12	3841593	3841604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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138	NC_016863	GCATTA	2	12	3914832	3914843	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_016863	TAAATA	2	12	3920775	3920786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016863	ACATGA	2	12	3926584	3926595	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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142	NC_016863	CCATGC	2	12	4206681	4206692	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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144	NC_016863	TATCAA	2	12	4211445	4211456	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_016863	TAAATA	2	12	4223526	4223537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016863	TTTTAA	2	12	4223723	4223734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016863	TTTTAC	2	12	4268052	4268063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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149	NC_016863	TTTTGT	2	12	4317714	4317725	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_016863	TAACCA	2	12	4403655	4403666	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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155	NC_016863	TTTTCA	2	12	4468683	4468694	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.